Die Leistungen der Neuntklässler in Mathematik, Lesen, Naturwissenschaften und Problemlösen, die 2003 parallel zum internationalen PISA-Test auch in zwölf Kantonen (AG, BE, FR, GE, JU, NE, SG, TG, TI, VD, VS, ZH) und in Liechtenstein erhoben wurden, förderten zwar statistisch signifikante Leistungsunterschiede zutage. Gemäss BFS liessen sich aber keine Rückschlüsse auf die Leistungsfähigkeit kantonaler Schulmodelle oder den pädagogisch optimalen Zeitpunkt zur Einschulung ableiten, da der Test viele zentrale inner- und ausserschulische Parameter nicht berücksichtigt hatte. Generell bestätigte er, was schon PISA International zutage gefördert hatte: Die soziale und kulturelle Herkunft der Schülerinnen und Schüler hat einen grossen Einfluss auf die Leistung – Jugendliche aus bildungsfernen Schichten erzielten in allen Kantonen tendenziell schlechtere Resultate, wobei die Westschweizer Kantone bei der Förderung von ausländischen Schülern und Jugendlichen markant besser abschnitten als jene der Deutschschweiz; dies sei kein Zufall, da sich die Romandie generell stärker um die Integration von ausländischen Mitbürgerinnen und Mitbürgern bemühe. Bestätigt wurden auch die fachspezifischen Resultate des internationalen Vergleichs und die Leistungsunterschiede zwischen den Geschlechtern: Während sich die Ergebnisse in Mathematik und beim Problemlösen fast überall auf hohem Niveau bewegten und auch bei den Naturwissenschaften beachtlich ausfielen, war die Lesekompetenz mangelhaft. In Mathematik und in den Naturwissenschaften schnitten die Buben überall deutlich besser ab ausser in Liechtenstein, im Lesen hingegen die Mädchen. Insgesamt über dem Durchschnitt aller vier getesteten Bereiche lagen Freiburg, St. Gallen, Thurgau, Wallis und Aargau, im Mittelfeld Jura, Zürich und Liechtenstein, darunter Bern, Neuenburg, Waadt, Tessin und Genf.