Dans la nouvelle version de l'ordonnance sur la protection des eaux (OEaux), approuvée par le Conseil fédéral, figure une dérogation à l'autorisation de déversement d'eaux issues de circuits de refroidissement ouverts. Cet assouplissement vise à réduire le problème découlant de l'obligation de suspendre le déversement d'eaux de refroidissement lorsque la température du cours d'eau excède les 25 degrés. Au-delà de cette température, les autorités pourront donc tolérer des rejets thermiques ayant un effet minime sur la température de l’eau. Des dérogations spécifiques sont accordées aux centrales nucléaires existantes. Toutefois, les nouvelles installations construites devront limiter la production de chaleur et utiliser l'évacuation dans le cours d'eau seulement pour les rejets thermiques non récupérables.
Le projet de modification a été accueilli favorablement par la plupart des cantons et par les milieux économiques interrogés. Ce ne fut pas le cas pour le PS, les organisations environnementales, quelques associations professionnelles et instituts de recherche, et pour huit cantons (AG, BL, FR, GE, LU, TI, TG, VD). Une des principales raisons qui motive leur position est la survie des organismes aquatiques. Pour l'assurer, il faudrait empêcher ou limiter toute hausse de température des cours d'eau par des rejets thermiques.

En Suisse romande, un nouvel acteur du traitement des déchets est né de la fusion du Centre régional d’incinération des ordures ménagères (Cridor, à la Chaux-de-Fonds) et de la Société anonyme pour l’incinération des ordures et des déchets (Saiod, à Colombier). La nouvelle société, du nom de Vadec (Réseau de valorisation des déchets de l’Arc jurassien), s’occupe désormais du traitement des déchets d’une zone couvrant le canton du Jura, le Jura bernois, le canton de Neuchâtel et le Nord vaudois, soit 260 communes totalisant 355 000 habitants. L’opération doit permettre de rationaliser la gestion des déchets et de mettre en place une stratégie ambitieuse de valorisation, notamment à travers la production d’énergie.

Chargée de se prononcer sur l'opportunité de construire les usines d'incinération d'ordures ménagères (UIOM) de Posieux (FR) et de Lausanne eu égard aux surcapacités des fours des Cheneviers (GE), une commission de coordination tripartite - composée de représentants des cantons de Fribourg, Vaud et Genève et présidée par la Confédération - est parvenue à la conclusion que les deux projets devront bel et bien être réalisés à moyen terme, mais de façon échelonnée dans le temps: Ainsi, simultanément à l'utilisation des surcapacités de l'usine des Cheneviers via le transfert provisoire sur ce site d'une partie des déchets ménagers vaudois et fribourgeois, la première usine sera construite de manière à être opérationnelle à partir de 2001. Quant à la seconde, elle devra pouvoir entrer en fonction aux alentours de 2005. La question du choix de l'installation à réaliser en premier a pour l'heure été laissée ouverte.

La France a décidé de ne plus accepter sans condition les ordures ménagères étrangères sur son sol, notamment les déchets helvétiques, et a introduit des procédures de contrôle et de notification identiques à celles en vigueur pour les déchets spéciaux. La Suisse, en particulier les cantons de Vaud et du Jura, avait en effet pris l'habitude depuis de nombreuses années d'exporter ses surplus. La nouvelle situation la contraint à assumer elle-même le traitement, ce qui devrait être possible, compte tenu de l'avancement du programme de rénovation des installations d'incinération des ordures ménagères.