Dans la nouvelle version de l'ordonnance sur la protection des eaux (OEaux), approuvée par le Conseil fédéral, figure une dérogation à l'autorisation de déversement d'eaux issues de circuits de refroidissement ouverts. Cet assouplissement vise à réduire le problème découlant de l'obligation de suspendre le déversement d'eaux de refroidissement lorsque la température du cours d'eau excède les 25 degrés. Au-delà de cette température, les autorités pourront donc tolérer des rejets thermiques ayant un effet minime sur la température de l’eau. Des dérogations spécifiques sont accordées aux centrales nucléaires existantes. Toutefois, les nouvelles installations construites devront limiter la production de chaleur et utiliser l'évacuation dans le cours d'eau seulement pour les rejets thermiques non récupérables.
Le projet de modification a été accueilli favorablement par la plupart des cantons et par les milieux économiques interrogés. Ce ne fut pas le cas pour le PS, les organisations environnementales, quelques associations professionnelles et instituts de recherche, et pour huit cantons (AG, BL, FR, GE, LU, TI, TG, VD). Une des principales raisons qui motive leur position est la survie des organismes aquatiques. Pour l'assurer, il faudrait empêcher ou limiter toute hausse de température des cours d'eau par des rejets thermiques.

Suite aux événements tragiques survenus au mois de décembre 2005, la question de l’interdiction des chiens dangereux a occupé une grande place dans le débat public au cours de l’année sous revue. Au mois de janvier, le DFE a proposé, dans un projet d’ordonnance, de ne pas interdire de race de chiens (sauf le pitbull, à moyen terme), mais d’en soumettre 13 à autorisation. Ce projet, mis en consultation accélérée (5 jours), a été bien reçu par 21 gouvernements cantonaux, tandis que Vaud et Neuchâtel, notamment, se sont élevés contre celui-ci, à l’instar des vétérinaires cantonaux, des organisations canines et des détenteurs de chiens. Sur la base de ces résultats, et sans doute à cause de rapports de force internes au collège, le Conseil fédéral, après avoir tout d’abord repoussé sa décision, a finalement décidé de ne pas légiférer sur la question des chiens dangereux. Le parlement s’est toutefois saisi de cette question lors de la session parlementaire de printemps. Les chambres se sont clairement prononcées en faveur de mesures d’interdiction à l’égard des chiens dangereux, en adoptant toutes deux une motion identique (Mo.WBK-NR, 05.3812; Mo. WBK-SR, 05.3790) de leurs commissions de la science, de l’éducation et de la culture (CSEC), qui demandait au Conseil fédéral de mettre immédiatement en vigueur les articles 7a et 7c de la loi sur la protection des animaux, et d’inscrire les mesures nécessaires dans l’ordonnance correspondante, en interdisant par exemple les chiens susceptibles de représenter un danger considérable pour l’homme. Le Conseil fédéral s’était pourtant prononcé contre la motion en question, estimant que la responsabilité de parer aux dangers pour la population incombait principalement aux détenteurs de chiens. Il a ajouté qu’il appartenait aux cantons de prendre des mesures pour protéger la population contre les chiens dangereux, et que les articles 7a et 7c de la loi sur la protection des animaux ne constituaient pas une base légale suffisante pour prendre de telles mesures.
A la mi-avril, le Conseil fédéral a néanmoins présenté des mesures concrètes, refusant toutefois de céder à la pression que le parlement exerçait sur lui au travers des deux motions. Le gouvernement s’est en effet contenté de fixer un cadre très général, relativement minimaliste et le moins contraignant possible, laissant aux cantons la latitude d’agir selon leurs sensibilités respectives. La principale mesure prise par le gouvernement a consisté à prévoir l’obligation pour les vétérinaires, médecins, douaniers et autres éducateurs canins d’annoncer à l’autorité cantonale tous les cas où un chien a « gravement blessé des êtres humains ou d’autres animaux », ou paraît « anormalement agressif ». Les chambres, à ce moment de l’année, devaient toutefois encore se prononcer sur d’autres interventions parlementaires relatives à une interdiction des chiens dangereux. Les cantons ont demandé de leur côté au gouvernement de prendre des mesures à l’échelon fédéral contre les chiens dangereux.

Le DETEC a ouvert une procédure de consultation relative à la révision partielle de l'ordonnance de 1963 de la loi sur la circulation routière. Moritz Leuenberger a exprimé son intention d'abaisser le taux maximal d'alcoolémie de 0,8 à 0,5 pour mille et de s’aligner sur la plupart des pays européens. Cette modification est de la compétence du Conseil fédéral, mais le DETEC a souhaité procéder à une consultation auprès des cantons et milieux intéressés avant que l'exécutif ne prenne sa décision. Le projet vise également à renforcer la durée du retrait de permis pour les récidivistes et à introduire des contrôles systématiques. Les propositions ont eu dans l’ensemble des échos plutôt positifs. Toutefois, la plupart des cantons et le Parti radical ont demandé un assouplissement des mesures pour les chauffeurs dont le taux d’alcoolémie se situerait entre 0,5 et 0,8 gramme pour mille. Ils ont aussi demandé que le retrait de permis ne soit envisagé qu'à partir de 0,8 pour mille. On compta parmi les opposants fermes au projet trois cantons romands (Vaud, Neuchâtel et Valais), le TCS, l'ACS, l'ASTAG, le PdL, l'UDC, Gastrosuisse et la Fédération suisse des vignerons.