L’OFT et les CFF ont rendu public le concept « Rail 2030 ». Selon le mandat du Conseil fédéral, l’OFT a d’abord déterminé les besoins à l’horizon 2030 et les travaux nécessaires pour les satisfaire, avant d’élaborer deux variantes, respectivement à CHF 12 et à CHF 21 milliards, cette dernière incluant le trafic régional. Pour répondre à la croissance de la demande, le concept retenu privilégie l’augmentation du nombre de trains, l’allongement des trains et des quais de gare à 400 mètres, ainsi que la généralisation des trains à deux niveaux avec l’adaptation en conséquence des gabarits des tunnels. La construction de voies ferrées supplémentaires et de tunnels joue ainsi un rôle tout à fait secondaire dans la stratégie présentée (à l’exception des tunnels du Heitersberg, dans la variante 1, et du Zimmerberg, dans la variante 2). Les projets prioritaires de la variante 1 concernent les axes Genève-Lausanne-Viège et Genève-Berne-Zurich-St-Gall, pour le trafic voyageurs « grandes lignes », et les axes Lausanne-Neuchâtel-Bienne-Berne-Aarau-Zurich et Bâle-gare de triage du Limmattal-Rotkreuz, pour le trafic marchandises. La variante 2 comprend en outre des projets visant à développer le trafic marchandises au St-Gothard et le trafic régional dans les régions de Bâle, de Berne, de Lucerne, de Saint-Gall et de Zurich, ainsi que les liaisons de Zurich en direction de Zoug, de Lucerne et du Tessin et celle entre Lugano et Locarno. Plusieurs projets âprement discutés ces dernières années (troisième voie Lausanne-Genève, achèvement du Lötschberg, tunnel du Wisenberg, etc.) ont été exclus des variantes et relégués au troisième rang de priorité. Le concept ne règle pas la question du financement, mais l’OFT a communiqué diverses options encore à l’étude. En l’état, les investissements nécessaires sont estimés, selon la variante, de CHF 300 à 600 millions par an de 2017 à 2030. L’OFT a évoqué la possibilité de prolonger le fonds pour les transports publics (FTP) et de l’alimenter par la part fédérale aux recettes de la RPLP, une part de l’impôt sur les huiles minérales et 0,1% de TVA. L’introduction d’une redevance sur les titres de transports de 5-10% du prix (taxe sur la mobilité), l’affectation au FTP de la part des cantons à la RPLP, la hausse du prix du sillon ou la conclusion de partenariats publics-privés sont également étudiées. Après la soumission du concept aux cantons pour avis, la mise en consultation d’un avant-projet de message est prévue d’ici à l’été 2011.
Lors de la consultation, la priorité accordée au trafic voyageurs « grandes lignes » sur le plateau a été critiquée par les cantons de montagne et périphériques. La relégation des projets de développement de l’axe ferroviaire du Gothard dans la seconde variante a suscité la colère du Comité du St-Gothard, réunissant des représentants des treize cantons sis sur cet axe. Les cantons de Berne et du Valais ont quant à eux vivement déploré l’exclusion du projet d’achèvement du tunnel du Lötschberg, alors que les cantons de Glaris, des Grisons, de Saint-Gall, de Schwytz et de Zurich ont réclamé le passage à la cadence semi-horaire de la liaison Coire-Zurich par les trains Intercity. Si les cantons du plateau se sont montrés majoritairement favorables au concept, le canton de Genève a fustigé l’abandon du projet de troisième voie entre Lausanne et Genève et celui d’Argovie s’est élevé contre la relégation du tunnel du Wisenberg. Quant au financement, les cantons ont unanimement rejeté les mesures proposées par l’OFT, dénonçant une tentative de transfert de charges. La Conférence des directeurs cantonaux des transports a ainsi catégoriquement refusé l’affectation de la part cantonale de la RPLP à Rail 2030, rappelant que, s’agissant d’une tâche fédérale, il incombe à la Confédération de pourvoir à son financement.

Le DETEC a ouvert une procédure de consultation relative à la révision partielle de l'ordonnance de 1963 de la loi sur la circulation routière. Moritz Leuenberger a exprimé son intention d'abaisser le taux maximal d'alcoolémie de 0,8 à 0,5 pour mille et de s’aligner sur la plupart des pays européens. Cette modification est de la compétence du Conseil fédéral, mais le DETEC a souhaité procéder à une consultation auprès des cantons et milieux intéressés avant que l'exécutif ne prenne sa décision. Le projet vise également à renforcer la durée du retrait de permis pour les récidivistes et à introduire des contrôles systématiques. Les propositions ont eu dans l’ensemble des échos plutôt positifs. Toutefois, la plupart des cantons et le Parti radical ont demandé un assouplissement des mesures pour les chauffeurs dont le taux d’alcoolémie se situerait entre 0,5 et 0,8 gramme pour mille. Ils ont aussi demandé que le retrait de permis ne soit envisagé qu'à partir de 0,8 pour mille. On compta parmi les opposants fermes au projet trois cantons romands (Vaud, Neuchâtel et Valais), le TCS, l'ACS, l'ASTAG, le PdL, l'UDC, Gastrosuisse et la Fédération suisse des vignerons.

Le débat sur le choix de ne construire qu'un seul tunnel afin d'épargner les finances fédérales s'est poursuivi en 1994. Certains politiciens alémaniques ont exprimé leur conviction que la construction du seul tunnel du Gothard était suffisante, ce qui a provoqué l'ire d'un certain nombre de Romands et de Bernois. Pour sa part, s'appuyant sur de nouvelles analyses financières concluant que la Suisse ne pourra faire face à des investissements aussi gigantesques, Otto Stich a, à nouveau, affirmé qu'il était nécessaire de ne construire que le Gothard. Ces déclarations ont provoqué de fortes protestations, notamment de la part du Valais et de Berne ainsi que des autres cantons romands, de diverses organisations et de Michel Béguelin (ps, VD), président de la commission des transports du Conseil national. Ceux-ci ont répliqué que, s'il s'agissait de faire des économies, c'est bien plutôt au Gothard qu'il fallait renoncer car son coût est plus élevé que celui du Lötschberg. Ils ont par ailleurs rappelé qu'il fallait respecter la volonté populaire et ne pas frustrer une fois de plus la Suisse occidentale. Les trois partis gouvernementaux bourgeois se sont également ralliés à ces protestations. Le chef du DFTCE a répondu aux propos d' Otto Stich en certifiant que les deux tunnels pouvaient être financés, qu'ils étaient nécessaires pour absorber le trafic européen et indispensables pour la Suisse romande. Le Conseil fédéral a pour sa part assuré que le percement du Lötschberg ne serait pas retardé et que les deux tunnels seraient traités sur un pied d'égalité.
Afin de sortir de ce débat, Max Friedli, directeur de l'OFT, a proposé de séparer la question de la construction des tunnels de celle des voies d'accès qui est la plus conflictuelle. Il s'agirait ainsi de réaliser dans un premier temps les tunnels de manière simultanée et de remettre à plus tard l'étude des voies d'accès et de leurs variantes. Les tunnels pourraient ainsi être achevés en 2005, en tout cas pour le Lötschberg. Les cantons du Valais, de Berne, du Tessin et d'Uri ont répondu favorablement à cette proposition.
Le comité urannais «Neat in den Berg», qui oeuvre en faveur d'une variante passant dans la montagne, a toutefois refusé cette idée et demandé une décision d'ensemble prenant en compte tous les facteurs. Selon lui, une construction par étapes risquerait d'aboutir à un manque de moyens pour la réalisation de voies d'accès compatibles avec l'environnement. De même, les représentants du Kandertal (BE) et des associations actives de la région ont refusé une construction par étapes et ont exigé une réalisation complète avec le tunnel du Niesen.

Soutenus par leur population et les communes concernées, les cantons consultés ont tous demandé plus de tunnels (au total 30 km supplémentaires pour le Gothard et 12 pour le Lötschberg) et ont rejeté les variantes proposées. Pour le Lötschberg, Berne et le Valais se sont opposés à l'abandon provisoire prévu par la variante de base du tunnel de Niesen dans le Kandertal (BE) ainsi que celui allant vers Mundbach (VS). Ils ont également réclamé que le Gothard et le Lötschberg soient traités sur un pied d'égalité. Concernant le Gothard, les exigences des cantons conduiraient à ce que pratiquement toute la ligne soit enterrée. Uri a considéré que les variantes des CFF ne respectaient ni l'homme, ni l'environnement et a refusé qu'elles passent dans la vallée de la Reuss. Il a lui-même débloqué des fonds pour étudier un tracé dans la montagne. Schwytz a rejeté particulièrement le viaduc entre Brunnen et Schwytz et a également souhaité une ligne souterraine. Il a en outre exigé un raccordement entier pour Arth-Goldau. Le Tessin s'est prononcé pour l'enterrement de la ligne peu après Biasca et le prolongement du tunnel jusqu'à Lugano et non jusqu'à Taverne. La traversée de la plaine de Magadino a également été contestée. De plus, selon les voeux du canton, Bellinzone devrait être contourné par l'ouest plutôt que par l'est et la ligne devrait être prolongée jusqu'à Chiasso.

Le choix de variantes pour le tracé de chacune des NLFA a été source de plusieurs conflits. Pour la ligne du Gothard, les problèmes furent particulièrement débattus dans les cantons d'Uri et de Schwyz. Le gouvernement uranais s'est notamment déclaré opposé aux quatre variantes proposées en consultation. Des groupes écologistes schwytzois ont également manifesté leur mécontentement face aux choix proposés. Au Tessin, le gouvernement cantonal a également rejeté la variante officielle. Selon le DFTCE, les exigences de ces trois cantons (TI, SZ, UR) renchériraient le coût de la NLFA de CHF 1.6 milliards. Concernant le Lötschberg, les cantons du Valais et de Berne sont parvenu à un accord sur une variante. Celle-ci s'étant révélée trop chère, chacun dut faire quelques concessions en rationalisant le tracé afin de respecter l'enveloppe budgétaire.