Au Conseil des Etats, si personne ne s'est opposé à l'entrée en matière, beaucoup se sont cependant inquiétés des coûts du projet; le montant prévu à l'origine a été estimé largement insuffisant, la barre des CHF 20 milliards devant certainement être allègrement dépassée. Certains ont même parlé de CHF 40 milliards, auquel il faut rajouter quelques milliards de plus pour les travaux supplémentaires visant à satisfaire les aspirations des divers cantons. Pourtant, si A. Ogi a demandé de ne pas surcharger le projet d'adjonctions supplémentaires, la petite chambre a accepté, en plus du projet de base, toutes les propositions régionalistes adoptées par sa commission. Ainsi en alla-t-il du double embranchement en Valais du Lötschberg à Rarogne et à Mundbach à côté de Brigue (ce qui ajoute plus de 10 km de tunnel), du raccordement des Grisons au Gothard permettant d'éventuelles extensions en direction de la Surselva et dans la région de Luino et du lac de Côme pour le Tessin. En outre, la Suisse romande a obtenu que les liaisons TGV avec la France puissent se faire aussi par Boncourt, les Verrières et Vallorbe en plus de Bâle et Genève comme le prévoyait le projet du gouvernement. Par ailleurs, une proposition de la majorité de la commission et défendue par Danioth (pdc, UR), obligeant le trafic de marchandises à passer en principe de la route au rail afin de soulager l'environnement et les régions traversées, a été acceptée.
Neue Eisenbahn-Alpentransversale (NEAT; BRG 90.040)Dossier: Geschichte der neuen Eisenbahn-Alpentransversale (NEAT)