Le Conseil fédéral demande de prolonger l'engagement de la Swisscoy au sein de la Kosovo Force multinationale (KFOR) jusqu'à fin 2023, d'augmenter l'effectif maximal en avril 2021 à 195 militaires, ainsi que de conserver la compétence de renforcer temporairement le contingent suisse pour la maintenance et pour la sécurité en cas de menace accrue. D'après les différentes parties impliquées dans le processus de promotion de la paix, les autorités kosovares ne seraient pas encore en mesure d'assurer la relève des tâches de la KFOR. De plus, des lacunes capacitaires ont été signalées lors de la Conférence de génération de forces en juin 2019 et lors d'une rencontre bilatérale entre le Chef de l'armée et le Commandant de la KFOR en août de la même année. La KFOR nécessiterait plus de moyens, notamment dans les domaines de la liberté de mouvement, de la collecte de renseignements et dans les fonctions d'officiers d'état-major à son quartier général. L'OTAN a d'ailleurs renoncé à son projet de réduction des effectifs de la KFOR de moitié d'ici à 2020.
Pour justifier sa requête, le Conseil fédéral détaille dans son message la situation politique et sécuritaire du Kosovo, qui s'est détériorée comme dans d'autres pays des Balkans occidentaux. En politique interne, le parlement était dysfonctionnel et peu de lois et de réformes ont pu être entreprises. Apparemment lassée, la population a sanctionné les partis gouvernementaux lors des élections parlementaires nationales et locales en 2017. Le pays s'est alors retrouvé en paralysie politique. En parallèle, les élites politiques ont été menacées d'inculpations. En effet, depuis octobre 2018, les Chambres spécialisées pour le Kosovo, chargées de juger les allégations contenues dans le «Rapport Marty» relatif aux crimes commis par les membres de l'Armée de Libération du Kosovo (UçK) entre 1999 et 2000, procèdent à de nombreux interrogatoires. Après avoir été convoqué, le Premier ministre kosovar a démissionné en juillet 2019. Le parlement a par la suite voté sa propre dissolution, ce qui a engendré des élections législatives anticipées en octobre 2019. Deux partis promouvant la santé, l'éducation, la bonne gouvernance et la lutte contre la corruption ont pu être portés au pouvoir.
Au niveau sécuritaire, la police kosovare participe au maintien de la sécurité quotidienne. Toutefois, la sécurité juridique, nécessaire à tout investissement économique, n'est toujours pas assurée en raison du haut taux de délinquance et du crime organisé. En outre, les relations entre le Kosovo et la Serbie se sont dégradées, provoquant une recrudescence de tensions et d'incidents. Début 2017, le dialogue entre Belgrade et Pristina, institué sous l'égide de l'UE et sous mandat de l'ONU, a été interrompu. Un sommet informel des Balkans occidentaux a été alors institué, en avril 2019, en vue de rétablir les pourparlers. Fin 2017, la Serbie a lancé une campagne internationale de «déreconnaissance» du Kosovo, qui s'est vu refuser pour la troisième fois l'adhésion à Interpol. En représailles, le Kosovo a taxé à hauteur de 100% les importations de biens provenant de la Serbie et de la Bosnie-Herzégovine. En parallèle, la transformation de la Kosovo Security Force (KSF) en force armée régulière a avivé les craintes de la Serbie, qui a exprimé son inquiétude dans une lettre officielle adressée à 53 pays, dont la Suisse. Les membres serbes kosovares de la KSF ont fait l'objet de menaces, afin qu'ils démissionnent. Il y a également eu une multiplication d'actes d'intimidations exercés à l'encontre des membres d'institutions kosovares issus des minorités et des préjugés négatifs mutuels des communautés albanophones et serbophones. Au nord du pays, le potentiel d'escalade perdure. La région de Mitrovica est régulièrement touchée par des incidents sécuritaires liés à des motifs politiques, interethniques ou criminels.
Le Conseil fédéral expose également dans son message les conséquences d'un retrait de la Swisscoy en l'état actuel des choses. La Suisse aurait de la peine à justifier la fin de sa participation, les gouvernements de la Serbie et du Kosovo ne comprendraient pas. Les Etats impliqués dans la mission de promotion de la paix pourraient l'interpréter comme une rupture de solidarité et la confiance de l'OTAN et des partenaires de la KFOR envers la Suisse risquerait d'être entachée. Enfin, l'engagement des autres pays pourraient être remis en cause et pourrait signifier au Kosovo qu'il est prêt à assurer sa propre sécurité.
Au vu du contexte actuel et avec la perte d'influence de la communauté internationale au Kosovo, le Conseil fédéral juge donc la présence de la KFOR encore «indispensable» pour garantir la sécurité au Kosovo. C'est pourquoi, il veut adapter la contribution de la Suisse aux besoins de la KFOR.

Le ministre des affaires étrangères et le ministre de la défense ont rencontré le secrétaire général de l’OTAN, Anders Fogh Rasmussen. La politique de sécurité, les priorités des deux parties et l’engagement de la Suisse au Kosovo étaient sur la liste des sujets de discussion.

En février, une partie de la troupe d’élite du Détachement de reconnaissance de l’armée 10 (DRA 10) a été engagé dans le cadre du contingent de la Swisscoy. La Suisse a effectivement repris la mission de création d’équipe de liaison et de surveillance effectuée jusqu’alors par la France. Cette dernière a décidé de retirer une partie de ses troupes dans le cadre de la réduction des troupes de l’OTAN.

En août, un contingent de 220 militaires de la Swisscoy est parti pour le Kosovo malgré une décision de l’OTAN de réduction globale des effectifs de la KFOR de 12'600 à 10'000 hommes. Selon le DDPS, une réduction des effectifs militaires ne permettrait effectivement pas de garantir des engagements helvétiques importants et pertinents. Le mandat donné à la Swisscoy en a été affecté. Un projet de mise en place d’équipes de liaison et de supervision comme celles qui étaient engagées en Bosnie-Herzégovine a été entamé.

La Suisse a organisé, à Lucerne, une table ronde pour tenter de résoudre les problèmes tels que le statut des minorités ou la lutte contre le crime organisé dans les Balkans. Celle-ci a réuni des représentants d’Albanie, de Macédoine, de Roumanie, de Serbie et Monténégro, de Suisse, de l’Union européenne et des Etats-Unis. Le Kosovo, le Conseil de l’Europe, l’OTAN et l’ONU y étaient également représentés.

Malgré ces appels au calme, le DDPS a tenu à mettre en place un certain nombre de mesures destinées à parer des cas de leucémies parmi les 900 soldats ayant été en Bosnie ou au Kosovo, et 250 civils de la Direction du développement et de la coopération (DDC). Environ 500 soldats de la Swisscoy et 400 Bérets jaunes ont reçu une convocation à un contrôle médical. Ce dernier a révélé quelques anomalies et de rares «cas pathologiques», sans apporter pour autant la confirmation définitive de développements cancérigènes. Au cœur de la polémique, plusieurs anciens soldats de la Swisscoy ont critiqué, via les médias helvétiques, le peu de transparence sur le problème de la part de l’état-major qui, selon eux, était au courant des risques latents liés à l’utilisation de l’uranium appauvri depuis le printemps 1999. Dans ce contexte, et afin de contrer les éventuelles futures plaintes, le contrat d’engagement des volontaires s’est vu rajouter une clause nouvelle rendant obligatoire une prise de sang au départ et au retour des soldats envoyés au Kosovo.

L’année a commencé sous le coup d’une controverse monstre suite aux décès suspects de plusieurs militaires italiens engagés en ex-Yougoslavie. Les accusations ont tout de suite visé l’emploi par les forces de l’OTAN d’armes contenant de l’uranium appauvri, dont la toxicité pourrait être source de cas de leucémies, maladies foudroyantes responsables du décès des soldats italiens. Au cours de ses attaques, l’Alliance Atlantique aurait utilisé plus de 10'800 de ces projectiles en Bosnie et près de 30'000 au Kosovo. Afin de désamorcer un débat qui, en un laps de temps très court, a monopolisé la première place des médias suisses et étrangers, le Conseil fédéral s’est immédiatement montré rassurant par la voix de Samuel Schmid. Celui-ci a rappelé qu’il n’y avait aucun lien scientifiquement prouvé entre les décès et l’usage de munitions à uranium appauvri. De plus, il a précisé que les soldats suisses n’avaient pas séjourné au Kosovo dans les régions où ces armes avaient été utilisées. Le Conseiller fédéral s’est toutefois joint aux nombreux gouvernements européens qui ont demandé des éclaircissements rapides à l’OTAN.

En réponse à une demande de l’OTAN (Organisation du Traité de l’Atlantique Nord), la Suisse a pris la décision de participer à une troupe de maintien de la paix au Kosovo en envoyant sur place 160 militaires au maximum (gardes-fortifications, instructeurs et miliciens volontaires) dès le mois de septembre. Les participants ont reçu une formation de trois semaines avant d’être envoyés sur place. La majorité des soldats suisses ne pouvant légalement pas être armés, c’est un bataillon autrichien, lui-même incorporé dans la brigade allemande chargée de contrôler le secteur sud-ouest du Kosovo, qui a été chargé de leur sécurité. Prévu jusqu’à la fin de l’année 2000, cet engagement de la Swiss Company (SWISSCOY) consiste notamment en des tâches de transport, de génie, de remise en état de réseaux d’eau potable et de la mise en place et de la direction d’un centre de soins. Le Conseil fédéral a en outre déclaré que contrairement aux pays de l’OTAN engagés dans la Kosovo Force (KFOR) qui ont pour tâche l’imposition de la paix, la Suisse se refusera – tout comme les Autrichiens – à prendre part à des actions d’imposition de la paix en contradiction avec la neutralité. En plus de cette mesure, le gouvernement a décidé d’une part d’augmenter son aide humanitaire et d’autre part, de mettre à disposition CHF 10 millions et 70 personnes (dont sept policiers non-armés) pour la mise en place d’institutions démocratiques et judiciaires et pour le déminage, ceci en collaboration avec l’ONU, l’OSCE et le Centre de déminage humanitaire de Genève. Pour la première fois, quatre policiers suisses professionnels armés ont été envoyés à l’étranger. Attachés à la Brigade sud multinationale au Kosovo, ils ont été incorporés dans une compagnie de gendarmes allemands, tout en restant sous le commandement de la SWISSCOY. Adolf Ogi s’est rendu au mois de novembre sur place et s’est dit impressionné par le travail accompli par la compagnie suisse.

Obwohl am Parteitag Ende Mai in Neuenburg das Thema der NATO-Einsätze im Kosovo nicht traktandiert war, äusserten sich die Bundesräte Leuenberger und Dreifuss ausgiebig dazu. Leuenberger liess verlauten, Milosevic und seine Aggression gehörten verurteilt, «nicht nur moralisch», und Dreifuss forderte die Partei auf, «Flagge zu zeigen», indem sie Fremdenfeindlichkeit und Abschottung eine Absage erteile. Parteipräsidentin Koch nahm ihre früheren Aussagen etwas zurück und forderte nun eine schnelle Beendigung des Krieges, so dass die Rückkehr der Flüchtlinge möglich werde. Die Delegierten verabschiedeten eine Resolution, die forderte, den Krieg zu Luft und zu Land unverzüglich zu beenden. Innenpolitisch forderte die Resolution die unbürokratische Aufnahme von Flüchtlingen und ein uneingeschränktes Bleiberecht, bis eine dauerhafte Rückkehr sichergestellt werden könne. Die Schweiz solle sich zudem mit Blau- und Gelbmützen an einer internationalen Friedenstruppe beteiligen.

Der Kosovo-Konflikt und die Intervention der NATO führten innerhalb der SP zu einer Kontroverse. Parteipräsidentin Koch sprach sich für den NATO-Einsatz im Kosovo aus. Innerhalb der Partei stiess Koch mit ihren Äusserungen auf harsche Kritik und verschiedene Parteiexponenten wollten ihre Erklärung nicht als SP-Meinung stehen lassen. Nationalrat Cavalli (TI) forderte den sofortigen Stopp des NATO-Einsatzes. Nationalrat Ziegler (GE) sprach sich dagegen für den sofortigen Beitritt der Schweiz zum Verteidigungsbündnis der NATO aus. Weil Parteipräsidentin Koch zudem in der Sonntagspresse den Einsatz von Bodentruppen gefordert hatte – sie dementierte später ihre Aussagen wieder – wurde sie von Generalsekretär Steiert in den Medien angegriffen. Das Zerwürfnis innerhalb der Partei wurde Tage später noch deutlicher, als die SP-Frauen in einer Resolution den sofortigen Stopp des NATO-Angriffes forderten. An ihrer 1.-Mai-Rede in Basel wurde Koch wegen ihrer Haltung im Kosovo-Konflikt mit Pfiffen empfangen.