Au début de l’année sous revue, dans le cadre de l’affaire des otages en Libye, la CPE-CE a approuvé les mesures restreignant l’accès aux visas Schengen pour certains ressortissants libyens. En guise de rétorsion, la Libye a interdit de séjour les ressortissants de l’espace de Schengen afin de casser la solidarité administrative européenne. Cela a entraîné une européanisation du conflit, les Etats de l’UE se voyant handicapés dans leur relation avec la Libye. Si l’Allemagne, puis l’Espagne, qui assure alors la présidence de l’UE, ont proposé leurs services en tant que médiateurs dans le conflit, l’Italie a protesté contre la Suisse, l’accusant de prendre en otage tous les Etats Schengen.

En Libye, les procès des deux Suisses retenus à Tripoli ont repris après de multiples reports. Ces derniers ne s’étaient jusque là pas présentés aux audiences craignant d’être à nouveau enlevés. La Cour d’appel libyenne a acquitté l’un des otages suisses et a condamné l’autre à quatre mois de prison. Au niveau diplomatique, les deux parties en conflits se sont réunies sous l’égide de l’UE qui souhaite que la crise se règle rapidement. La Suisse a accepté de mener une enquête sur la divulgation des photos de l’arrestation d’Hannibal Kadhafi. A la fin du mois de février, les autorités libyennes ont menacé de prendre d’assaut l’ambassade suisse de Tripoli. Certains pays de l’UE ont musclé leur soutien en dépêchant leur ambassadeur au sein de l’ambassade helvétique. Les deux Suisses se sont toutefois vus obligés de se rendre aux autorités. Celui qui a été acquitté a pu sortir du pays grâce au soutien de diplomates arabes, tandis que l’autre a été conduit en prison pour purger sa peine. Malgré les négociations, une demande de grâce n’a jamais abouti. Parallèlement, la Lybie a lancé une campagne de propagande qui a conduit à la création d’un front hostile à la Suisse au sein de l’espace Schengen. Dans le même temps, la justice genevoise a donné raison à Hannibal Kadhafi concernant la responsabilité de l’Etat de Genève dans la diffusion des photos d’identité prises lors de son arrestation, elle a toutefois rejeté le versement de la somme demandée à titre d’indemnisation.

En juin, le second otage a été libéré deux jours avant sa sortie annoncée. Micheline Calmy-Rey s’est rendue à Tripoli et a signé un plan d’action avec la Libye, l’Allemagne et l’Espagne, afin de normaliser les relations bilatérales. Micheline Calmy-Rey s’est excusée auprès de Tripoli de la publication des photos dans la presse et a remercié l’UE pour son soutien dans cette crise.

A la suite de cette affaire, le parlement a décidé de créer une sous-commission afin d’examiner la conduite du Conseil fédéral et de publier un rapport relatif à la gestion de l’affaire libyenne. Au Conseil fédéral, de fortes tensions se sont manifestée impliquant Micheline Calmy-Rey, Hans-Rudolf Merz, Doris Leuthard et Ueli Maurer. Par ailleurs, la conférence des gouvernements cantonaux a apporté son soutien au canton de Genève en affirmant que la mise en place d’un tribunal arbitral international ne respecte pas les prérogatives genevoises. En fin d’année, la sous-commission a rendu son rapport mettant en avant un manque de communication au sein du gouvernement. Si elle attaque fortement les actions de Hans-Rudolf Merz, de Micheline Calmy-Rey et, dans une moindre mesure, d’Ueli Maurer, elle souligne surtout les dysfonctionnements collectifs dans la gestion de la crise comme ce fut le cas dans l’affaire UBS.

Suite à l’affaire de l’arrestation d’Hannibal Kadhafi à Genève, la menace de cessation des livraisons de pétrole à la Suisse n’a pas été suivie d’effet. En représailles, deux ressortissants suisses ont par contre été retenus par les autorités libyennes et, selon la BNS, près de 5,6 milliards de francs ont été retirés des banques suisses sans répercussion sur l’économie helvétique. Au début de l’année, les autorités libyennes ont exigé des excuses de la part de la Confédération et ont déposé une plainte civile contre l’Etat de Genève évoquant la disproportion des moyens utilisés lors de cette arrestation. Parallèlement, Micheline Calmy-Rey s’est engagée directement dans les négociations et a rencontré Saif al-Islam Kadhafi, le frère d’Hannibal, en marge du Forum économique mondial de Davos. Elle a ensuite fait le déplacement à Tripoli (Libye) pour s’entretenir avec le premier ministre libyen, Al Baghdadi Ali al-Mahmoudi. L’apaisement espéré n’a pas eu lieu.

En août, le président de la Confédération s’est rendu à Tripoli pour rencontrer le premier ministre libyen. Les deux parties ont signé un accord de sortie de crise qui exige des excuses de la Confédération et la mise en place d’un tribunal arbitral international concernant l’arrestation d’Hannibal Kadhafi. L’accord ne mentionne pas les deux citoyens suisses retenus en Libye et ne correspond pas à l’accord négocié par le DFAE. Lors de cette visite, le président de la Confédération a exprimé ses excuses au peuple libyen tandis que le premier ministre libyen a promis le retour des ressortissants helvétiques au 1er septembre. Cette démarche solitaire a soulevé de nombreuses critiques en Suisse, notamment de la part du DFAE, des cantons et de la classe politique. Néanmoins, elles sont restées modérées afin de ne pas compromettre un hypothétique retour des deux citoyens suisses. En conséquence, le Conseil fédéral a reconnu l’accord signé par le président de la Confédération et a entamé des démarches pour la création d’un tribunal arbitral international. Dans le même temps, le dirigeant libyen, Mouammar Kadhafi, a demandé au secrétariat général de l’ONU à ce que figure à l’ordre du jour de l’Assemblée générale de l’ONU le démantèlement de la Suisse, sans succès. Au début du mois de septembre, les deux Suisses étaient toujours retenus en Libye et le vice-ministre des affaires étrangères libyen, Khaled Kaim, a essayé d’apaiser la situation en affirmant que la Libye ne s’était à aucun moment engagé à les laisser quitter le pays d’ici la fin août.

A la fin du mois de septembre, suite à une visite médicale exigée par les autorités libyennes, les deux ressortissants suisses ont été placés en détention sans qu’en soient informées les autorités helvétiques. Parallèlement, en marge de l’Assemblée générale de l’ONU, Hans-Rudolf Merz a pu rencontrer Mouammar Kadhafi. Il a exigé la libération des deux Suisses comme condition à la normalisation des relations entre les deux pays sans pour autant obtenir d’assurances à ce propos. Durant l’automne, le gouvernement helvétique a durci le ton des négociations. Il a mis en place une politique restrictive d’établissement de visa Schengen pour les ressortissants libyens, a gelé l’accord signé par le président de la Confédération en août et a accusé Tripoli de non collaboration. Dans le même temps, l’Espagne, qui allait assurer la présidence tournante de l’UE au premier semestre 2010, a proposé son aide dans les négociations. En novembre, les deux citoyens suisses ont fait leur retour à l’ambassade helvétique de Tripoli après 50 jours de détention mais sans pour autant pouvoir quitter le pays. A la fin de l’année, ils ont été condamnés par contumace à 16 mois de prison ferme et à une peine pécuniaire équivalente à 1600 francs chacun pour séjour illégal, ils ont fait appel. Au 31 décembre, les deux Suisses étaient toujours en Libye et attendaient un jugement pour exercice d’activités illégales et fraude fiscale.

Président de la Confédération durant l’année sous revue, le chef du département des finances, Hans-Rudolf Merz, s’est rendu au Luxembourg pour rencontrer ses homologues autrichien et luxembourgeois afin de discuter du secret bancaire pratiqué par les trois Etats et de coordonner leurs actions en vue de la rencontre prochaine du G20. En avril, il s’est rendu à Washington accompagné par Doris Leuthard dans le cadre des réunions de printemps du FMI. Il a également rencontré le secrétaire général de l’OCDE, Angel Gurria, à qui il a adressé de vives critiques concernant la mise en place, sans consultation des membres concernés, de listes concernant les paradis fiscaux. Cette visite à Washington a également marqué le début des pourparlers d’un nouvel accord sur la fiscalité avec les Etats-Unis. Le même mois, il a pris part à la réunion des ministres des finances de l’OCDE à Berlin. Les discussions se sont concentrées sur la question du secret bancaire et des standards de l’OCDE en matière de bonne gouvernance de la politique fiscale. En septembre, il s’est rendu à New-York dans le cadre de l’Assemblée générale des Nations Unies. Il a tenu un discours critique face au G20 en soulignant son manque de légitimité et le fait que ce dernier ne devait pas court-circuiter les institutions globales déjà en place. Il a également annoncé la candidature officielle de l’ancien conseiller fédéral Joseph Deiss à la présidence de l’Assemblée générale de l’ONU. En marge de l’assemblée, il a rencontré le dirigeant libyen, Mouammar Kadhafi, dans le cadre du différend avec la Libye. Au mois de novembre, il a pris part au déjeuner de clôture du Conseil des ministres des finances de l’UE et de ceux de l’AELE à Bruxelles. Malgré un ordre du jour axé sur la sortie de la crise, l’objectif officieux était de discuter de la réforme de la directive communautaire sur la fiscalité de l’épargne. Les 27 voulaient effectivement généraliser au sein de l’Union l’échange automatique d’information, ce qui mettait à mal le secret bancaire, notamment helvétique.