Schwere Niederlagen musste die FDP im Berichtjahr auch bei den kantonalen Regierungswahlen einstecken. In Genf verlor der Freisinn eines und in Neuenburg gleich zwei der jeweils ursprünglich drei Exekutivmandate. Während die FDP in Neuenburg für verschiedene politische Skandale richtiggehend abgestraft wurde, konnte der Verlust der Regierungsbeteiligung im Kanton Wallis mit der „Steinaffäre“ um Christian Varone und mit der erstarkten SVP erklärt werden. Bei Ersatzwahlen im Kanton Basel-Landschaft verzichtete die FDP darauf, ihren zurücktretenden Regierungsvertreter zu Gunsten einer Regierungsbeteiligung der SVP zu ersetzen. Einzig im Kanton Appenzell Ausserrhoden, wo die FDP eine politische Macht ist, konnte auf Kosten der SVP ein sechster von sieben Regierungssitzen erobert werden. Ohrfeigen musste die FDP auch bei kommunalen Exekutivwahlen einstecken. So wurde der langjährige FDP-Sindaco von Lugano abgewählt und durch einen Lega-Politiker ersetzt und bei Ersatzwahlen in der bereits stark links gefärbten Stadt Zürich verlor die FDP ihren Sitz an die Alternative Linke. Die Verluste bei den Exekutivwahlen wurden in der Presse auch auf einen Mangel an überzeugenden Köpfen zurückgeführt. Der Freisinn müsse mehr in den Nachwuchs investieren. Die Personalpolitik in den Kantonalsektionen wurde von Präsident Philipp Müller im Hinblick auf die Wahlen 2015 als zentrales Projekt forciert. Trotz der Niederlagen blieb die FDP Ende Berichtjahr die stärkste Regierungskraft in den Kantonen. 26,9% der Exekutivsitze (42 von total 156 Sitzen) waren in freisinniger Hand.

Die kantonalen Gesamterneuerungswahlen 2013 dürften der FDP nicht in guter Erinnerung bleiben. Per Saldo verloren die Freisinnigen in den vier Kantonen, in denen Parlamentswahlen stattfanden, nicht weniger als 14 Sitze. Herbe Verluste mussten sie in der Westschweiz hinnehmen: Im Kanton Genf verlor die FDP sieben Mandate und im Kanton Neuenburg deren sechs. Auch im Kanton Solothurn büsste die FDP einen Sitz ein. Trösten konnten sich die Freisinnigen daran, dass sie in diesen drei Kantonen trotz teilweise massiver Wählerverluste noch immer die stärkste Kraft in der kantonalen Legislative blieben. Einzig im Kanton Wallis gelang es der FDP, trotz Misserfolg der deutschsprachigen FDP Oberwallis, ihre Sitze zu halten. Die Sitzverluste führten dazu, dass sich der Abstand zur SVP, die mit 562 aller 2'559 kantonalen Sitze Ende Berichtjahr nach wie vor am stärksten in den kantonalen Parlamenten vertreten war, vergrösserte. Die FDP war diesbezüglich aber mit total 530 Mandaten immer noch zweitstärkste Partei.

Mit dem erst 30-jährigen Raphaël Comte konnte die FDP den aufgrund der Wahl von Didier Burkhalter in den Bundesrat frei gewordenen Neuenburger Ständeratssitz bei den Ersatzwahlen vom Januar 2010 verteidigen.

Bei den Wahlen in den 115köpfigen Neuenburger Kantonsrat erhielt die FDP die Quittung für ihre Verwicklung in verschiedene Affären. Sie verlor gleich fünf Sitze (24) und wurde damit klar von der anderen bürgerlichen Partei, den Liberalen, distanziert, die ihre 38 Sitze halten konnte. Von den fünf FDP-Sitzen gingen zwei an die SP (41), die damit ihre Stellung als grösste Fraktion ausbauen konnte. Ebenfalls zwei Sitze zulegen konnte die PdA/POP (6), während die Gruppierung Solidarités einen Sitz gewann und damit neu in den Grossen Rat einziehen konnte. Die Grünen konnten ihre fünf Mandate halten. Erwartungsgemäss gelang es der erst Wochen vor den Wahlen gegründeten CVP nicht, das nötige Quorum von 10% in einem Wahlkreis zu erreichen. Sie musste sich mit insgesamt 0,6% der Stimmen zufrieden geben. Der Vorsprung der bürgerlichen Seite gegenüber der Linken liegt nun wieder wie 1981 bei 9 Mandaten. Der Frauenanteil erhöhte sich mit einer zusätzlichen Vertreterin (33) nur leicht, auf 28,7%.