Der Vorentwurf zur Änderung des DNA-Profil-Gesetzes erzeugte in der Vernehmlassung ein überwiegend positives Echo. 43 von insgesamt 51 Stellungnehmenden äusserten ihre grundsätzliche Zustimmung zur Vorlage. Die acht ablehnenden Stellungnahmen stammten vom Kanton Genf, der Grünen Partei, den juristischen Organisationen Association des juristes progressistes, Demokratische Juristinnen und Juristen der Schweiz und dem Anwaltsverband, den Vereinen biorespect und grundrechte.ch sowie der Universität Freiburg. Sie äusserten vor allem grund- und datenschutzrechtliche Bedenken zur neuen Ermittlungsmethode der Phänotypisierung und verwiesen im Zusammenhang mit der Auswertung der biogeografischen Herkunft auf das Risiko von Racial Profiling, d.h. die Gefahr, dass Personen mit bestimmten äusserlichen Merkmalen pauschal verdächtigt würden. Demgegenüber beurteilten 17 Kantone, die stellungnehmenden Organisationen aus Strafverfolgung, Polizei und Rechtsmedizin sowie die GUMEK die vorgeschlagene Regelung als zu wenig flexibel. Mit der abschliessend formulierten Liste von Merkmalen, die bei einer Phänotypisierung ausgewertet werden dürfen (Augen-, Haar- und Hautfarbe, biogeografische Herkunft und Alter) könne dem zu erwartenden Fortschritt in der Forschung nicht Rechnung getragen werden, bedauerten sie. Diese Kritik veranlasste den Bundesrat zur einzigen grösseren Änderung gegenüber dem Vorentwurf. In der Anfang Dezember 2020 präsentierten Botschaft sah er an dieser Stelle zusätzlich zu den fünf genannten Merkmalen eine Delegationsnorm vor, die es ihm erlauben soll, dem wissenschaftlich-technischen Fortschritt entsprechend weitere äusserlich sichtbare Merkmale für die Phänotypisierung zuzulassen. Den Bedenken bezüglich Racial Profiling begegnete die Regierung in der Botschaft mit dem Argument, die Analyse im Rahmen einer Phänotypisierung erfolge ergebnisoffen; eine «Vorselektion der Ermittlungsbehörden zuungunsten einer bestimmten Population» sei daher ausgeschlossen. Fedpol-Direktorin Nicoletta della Valle ergänzte in der NZZ, die Phänotypisierung könne einer Diskriminierung sogar entgegenwirken, weil Zeuginnen und Zeugen eine Person oft als «zu gross und zu dunkel» beschrieben. Die übrigen Anpassungen betreffend die Löschregelung für DNA-Profile und die Verwandtenrecherche übernahm der Bundesrat aufgrund der positiven Rückmeldungen aus der Vernehmlassung weitestgehend unverändert in den Entwurf.

Mit einer 2013 eingereichten Standesinitiative forderte der Kanton Genf ein gesetzliches Verbot der Weitergabe von persönlichen Daten. Wie der Ständerat im Jahr zuvor gab in der Herbstsession 2015 auch der Nationalrat der Initiative keine Folge. Die Argumentation deckte sich mit jener des Ständerats: Die materiellen Forderungen des Vorstosses seien bereits erfüllt und eine wortgetreue Umsetzung käme der Aufhebung des gesamten Systems der Amtshilfe gleich, was nicht gewollt sein könne.

Im Nachgang des Wirbels um die Weitergabe persönlicher Daten von Bankmitarbeitenden lancierte der Kanton Genf eine Standesinitiative, um die Betroffenen künftig besser zu schützen. Der Vorstoss sah vor, dass die Weitergabe von Personendaten ausserhalb von Rechtshilfeabkommen oder bestehenden internationalen Verträgen nicht mehr erlaubt wäre, und dass in künftigen Abkommen ausdrücklich das Recht auf Anhörung festgehalten würde. Da der Gegenstand der Initiative mit den nach dem Scheitern der Lex USA entworfenen Musterverfügungen bereits materiell erfüllt war, gab der Ständerat der Standesinitiative keine Folge. Wäre der Initiative Folge gegeben worden, so hätte dies auch eine Änderung der bisherigen Praxis zur Folge gehabt, da heute die Amtshilfeabkommen meist in Gesetzen und nicht in Rechtshilfeabkommen oder internationalen Verträgen geregelt sind.