In der Frühjahrssession 2017 äusserte sich auch der Nationalrat negativ zu einer Standesinitiative des Kantons Genfs, welche den Transport grosser Mengen von Chlor verbieten wollte, womit das Anliegen erledigt wurde. Die grosse Kammer, die das Anliegen mit 118 zu 50, in erster Linie von linker Seite stammenden Stimmen, bachab schickte, stützte sich bei ihrem Entscheid auf die Empfehlung einer grossen Mehrheit der KVF-NR. Diese wies – ebenso wie ihre Schwesterkommission im Vorjahr – auf das im Herbst 2016 auf freiwilliger Basis erarbeitete Abkommen zur Risikominderung bei Chlortransporten hin.

Eine Standesinitiative des Kantons Genf verlangt einen besseren Schutz bei Chlortransporten und zwar insofern, als dass der Transport grosser Mengen von Chlor verboten und Unternehmen, die auf grosse Mengen desselben angewiesen sind, verpflichtet würden, diese vor Ort herzustellen. Der Kanton begründete sein Anliegen mit den rasant angestiegenen Chlortransporten von Genf zu den Chemiewerken im Wallis; die Zahl der Eisenbahntransporte habe sich in den letzten zehn Jahren verdoppelt. Bei einem Unfall wäre mit verheerenden gesundheitlichen und ökologischen Folgen zu rechnen. Ferner schränkten die Gefahren den Wohnungsbau in Gleisnähe ein, was bei der herrschenden Wohnungsnot nicht sinnvoll sei.
Von einem so ausgestalteten Verbot wollte die erstberatende KVF-SR aufgrund laufender Arbeiten indessen nichts wissen. Diese umfassen die Unterzeichnung eines Abkommens durch die betroffenen Unternehmen – ein im September 2016 umgesetztes Unterfangen –, worin Massnahmen zur Risikoverminderung, so etwa die Reduzierung der Zuggeschwindigkeit oder die Wahl alternativer, kürzerer Routen, festgelegt wurden. Wegen fehlenden Handlungsbedarfs empfahl die Kommission ihrem Rat einstimmig, dem kantonalen Anliegen keine Folge zu geben. Zum selben Schluss kam die KVF-SR bezüglich einer von den Genfer, Walliser und Waadtländer Grünen eingereichten Petition "Chlor-Transporte stoppen, um die Bevölkerung zu schützen und den Wohnungsbau zu ermöglichen" (Pet. 15.2011). In der Wintersession 2016 folgte der Ständerat seiner Kommission und gab der Standesinitiative keine Folge.

Der Bundesbeschluss zur Genehmigung des Abkommens mit Frankreich bezüglich der Bahnlinie von Annemasse (F) nach Genf wurde 2015 in den Räten behandelt. Dass die Bahnverbindung nach Annemasse (F) für die Region Genf eine wichtige Sache ist, war in den Räten unbestritten. Anlass zu Diskussionen gab die Finanzierung eines Streckenabschnitts auf französischem Boden durch die Schweiz. Bundesrätin Leuthard begründete diese Abweichung vom Territorialprinzip mit der Entlastung Genfs vom Grenzgängerverkehr deutlich, so dass der Nationalrat im März und der Ständerat im Juni 2015 ihre Zustimmung gaben.

Im September 2014 unterbreitete der Bundesrat seine Botschaft zum Abkommen mit Frankreich bezüglich der Modernisierung und dem Betrieb der Bahnlinie von Annemasse (F) nach Genf. Es geht dabei um die Ratifizierung des von Bundesrätin Leuthard und dem französischen Transportminister Frédéric Cuvillier im März 2014 unterzeichneten Abkommens zum Ausbau der Bahnverbindung Cornavin-Eaux Vives-Annemasse (CEVA). Das Projekt, welches den Strassenverkehr in der Region Genf entlasten soll, beinhaltet den Bau einer neuen Bahnlinie von 14 km Länge in der Schweiz sowie ein zwei Kilometer langer Streckenabschnitt in Frankreich, dessen Finanzierung in Abweichung vom Territorialprinzip von der Schweiz geleistet werden soll. Die Kosten für die Bauarbeiten in der Schweiz sollen CHF 1'567 Mio. betragen, jene für das Streckenstück in Frankreich EUR 15,7 Mio. Der Bundesbeschluss über die Genehmigung des Abkommens wurde 2014 vom Nationalrat nicht mehr behandelt.

Die 2012 eingereichte Standesinitiative Genf zum Ausbau der A1 in Genf (zwischen Genf Flughafen und Le Vengeron) war 2013 von beiden Räten sistiert worden, da dieses Ausbauprojekt im Rahmen des zweiten Programmes zur Beseitigung von Engpässen im Nationalstrassennetz diskutiert werden müsse. Das Ausbauprojekt fand Eingang in die zweite bundesrätliche Programmbotschaft, welche in der Herbstsession des Berichtjahres verhandelt wurde. Aufgrund seiner Zustimmung zum zweiten Programm betrachtete der Ständerat die Forderung der Standesinitiative als erfüllt und gab keine Folge. Der Nationalrat folgte der kleinen Kammer in der Wintersession 2014 und gab ebenfalls keine Folge.

Im November wurde mit den Bauarbeiten für die Vernetzung des schweizerischen mit dem französischen Bahn-Agglomerationsverkehr bei Genf begonnen. Das Vorhaben einer Bahnverbindung Cornavin–Eaux-Vives–Annemasse war bereits 1912 in einem Vertrag zwischen dem Bund und dem Kanton Genf geplant worden.

L’OFT et les CFF ont rendu public le concept « Rail 2030 ». Selon le mandat du Conseil fédéral, l’OFT a d’abord déterminé les besoins à l’horizon 2030 et les travaux nécessaires pour les satisfaire, avant d’élaborer deux variantes, respectivement à CHF 12 et à CHF 21 milliards, cette dernière incluant le trafic régional. Pour répondre à la croissance de la demande, le concept retenu privilégie l’augmentation du nombre de trains, l’allongement des trains et des quais de gare à 400 mètres, ainsi que la généralisation des trains à deux niveaux avec l’adaptation en conséquence des gabarits des tunnels. La construction de voies ferrées supplémentaires et de tunnels joue ainsi un rôle tout à fait secondaire dans la stratégie présentée (à l’exception des tunnels du Heitersberg, dans la variante 1, et du Zimmerberg, dans la variante 2). Les projets prioritaires de la variante 1 concernent les axes Genève-Lausanne-Viège et Genève-Berne-Zurich-St-Gall, pour le trafic voyageurs « grandes lignes », et les axes Lausanne-Neuchâtel-Bienne-Berne-Aarau-Zurich et Bâle-gare de triage du Limmattal-Rotkreuz, pour le trafic marchandises. La variante 2 comprend en outre des projets visant à développer le trafic marchandises au St-Gothard et le trafic régional dans les régions de Bâle, de Berne, de Lucerne, de Saint-Gall et de Zurich, ainsi que les liaisons de Zurich en direction de Zoug, de Lucerne et du Tessin et celle entre Lugano et Locarno. Plusieurs projets âprement discutés ces dernières années (troisième voie Lausanne-Genève, achèvement du Lötschberg, tunnel du Wisenberg, etc.) ont été exclus des variantes et relégués au troisième rang de priorité. Le concept ne règle pas la question du financement, mais l’OFT a communiqué diverses options encore à l’étude. En l’état, les investissements nécessaires sont estimés, selon la variante, de CHF 300 à 600 millions par an de 2017 à 2030. L’OFT a évoqué la possibilité de prolonger le fonds pour les transports publics (FTP) et de l’alimenter par la part fédérale aux recettes de la RPLP, une part de l’impôt sur les huiles minérales et 0,1% de TVA. L’introduction d’une redevance sur les titres de transports de 5-10% du prix (taxe sur la mobilité), l’affectation au FTP de la part des cantons à la RPLP, la hausse du prix du sillon ou la conclusion de partenariats publics-privés sont également étudiées. Après la soumission du concept aux cantons pour avis, la mise en consultation d’un avant-projet de message est prévue d’ici à l’été 2011.
Lors de la consultation, la priorité accordée au trafic voyageurs « grandes lignes » sur le plateau a été critiquée par les cantons de montagne et périphériques. La relégation des projets de développement de l’axe ferroviaire du Gothard dans la seconde variante a suscité la colère du Comité du St-Gothard, réunissant des représentants des treize cantons sis sur cet axe. Les cantons de Berne et du Valais ont quant à eux vivement déploré l’exclusion du projet d’achèvement du tunnel du Lötschberg, alors que les cantons de Glaris, des Grisons, de Saint-Gall, de Schwytz et de Zurich ont réclamé le passage à la cadence semi-horaire de la liaison Coire-Zurich par les trains Intercity. Si les cantons du plateau se sont montrés majoritairement favorables au concept, le canton de Genève a fustigé l’abandon du projet de troisième voie entre Lausanne et Genève et celui d’Argovie s’est élevé contre la relégation du tunnel du Wisenberg. Quant au financement, les cantons ont unanimement rejeté les mesures proposées par l’OFT, dénonçant une tentative de transfert de charges. La Conférence des directeurs cantonaux des transports a ainsi catégoriquement refusé l’affectation de la part cantonale de la RPLP à Rail 2030, rappelant que, s’agissant d’une tâche fédérale, il incombe à la Confédération de pourvoir à son financement.

Afin de hâter la résolution du problème de saturation de la ligne Lausanne-Genève, les gouvernements vaudois et genevois ont conclu une convention comprenant notamment le préfinancement de la quatrième voie sur le tronçon Lausanne-Renens pour un montant de CHF 210 millions. Cette avance de fonds aux CFF vise en outre à relancer le projet de troisième voie entre Renens et Coppet, pour l’heure relégué dans le paquet Rail 2030. À cet égard, elle est destinée à financer les études préalables et avant-projets y-relatifs.

En fin d’année, l’OFT et les CFF ont lancé la mise en œuvre du ZEB. Ils ont en outre incité les cantons à préfinancer les projets sur leurs territoires pour accélérer leur réalisation, à l’instar des cantons de Vaud et Genève. Cette solution est par ailleurs à l’étude dans les cantons d’Argovie et de Zoug pour hâter la construction des tunnels du Wisenberg et du Zimmerberg, respectivement.

À l’automne, le peuple genevois a approuvé par 61,2% des voix l’octroi d’un crédit supplémentaire pour la future ligne transfrontalière du RER genevois Cornavin-Eaux-Vives-Annemasse (F) (CEVA) afin de couvrir un surcoût de CHF 107 millions par rapport aux CHF 400 millions octroyés par le Grand Conseil en 2002. Suite à l’approbation du Grand Conseil en juin, le référendum avait été lancé par le front anti-CEVA, qui avait déjà tenté de faire barrage au projet l’année précédente au moyen d’une initiative populaire visant à modifier le tracé de la ligne. Le Grand Conseil avait alors invalidé l’initiative, décision confirmée par la suite par le Tribunal fédéral.

En avril, le DETEC a mis en consultation la vue d’ensemble du fonds destiné à la réalisation des projets d’infrastructure des transports publics (FTP) et le futur développement de l’infrastructure ferroviaire (ZEB). La réalisation du projet du ZEB (deuxième étape de Rail 2000) doit notamment permettre une réduction d’une demi-heure des temps de parcours entre l’ouest et l’est du pays et d’un quart d’heure entre les nœuds de Lausanne et de Berne, de Bienne et de Zurich, ainsi que de Zurich et de Saint-Gall. (Pour plus d’informations sur le FTP, voir ici.) Le projet englobe les besoins financiers révisés et le crédit d’ensemble actualisé de la NLFA, ainsi que le projet du ZEB. Il comporte six actes législatifs pour un montant total de CHF 31,5 milliards, dont CHF 19,1 milliards pour le crédit d’ensemble NLFA et CHF 5,2 milliards pour la réalisation du ZEB. Le volume d’investissement FTP est ainsi augmenté de CHF 1 milliard (3%) par rapport au projet initial afin de garantir le financement intégral de la NLFA et du ZEB dans le cas où les risques calculés se produiraient. Connaissant un accueil globalement mitigé, le projet a suscité de vives critiques de la part des cantons du nord-ouest du pays (Argovie, Bâle-Ville, Bâle-Campagne, Berne, Jura et Soleure) et de l’arc lémanique. Leurs représentants ont dénoncé le choix du gouvernement de subordonner le financement du ZEB à celui de la NLFA, craignant que les surcoûts répétés de celle-ci ne mettent en péril la réalisation de projets jugés essentiels comme la troisième voie entre Lausanne et Genève et la transversale jurassienne (tunnel de Wisenberg notamment). Selon le projet du Conseil fédéral, ces deux infrastructures seraient en effet reléguées dans un second paquet et leur mise en service n’interviendrait qu’à l’horizon 2030. La Conférence suisse des directeurs cantonaux des transports a pris une position similaire en dénonçant le sacrifice des projets concernant le plateau au seul profit du Gothard. Elle a par conséquent réclamé à Moritz Leuenberger l’attribution de CHF 8 milliards en lieu et place des CHF 5,2 milliards prévus pour la réalisation du ZEB. À la mi-août, le ton est à nouveau monté d’un cran du côté des cantons romands après un éboulement survenu à Flamatt (FR) et ayant occasionné une interruption du trafic sur la ligne Fribourg-Berne durant une dizaine de jours. Cette coupure partielle de la Suisse occidentale par rapport au reste du pays a été érigée en symbole de la faillite prévisible d’une politique fédérale des transports sacrifiant le réseau ferroviaire de plaine à la faveur du trafic transalpin. Le gouvernement n’a pas donné suite aux exigences et critiques émises par les autorités cantonales durant la consultation. Le message qu’il a adopté en octobre, pour l’essentiel identique au projet mis en consultation, comporte toutefois un crédit de planification de CHF 40 millions pour établir un nouveau message (ZEB 2) censé répondre aux attentes des cantons en matière d’extension de l’infrastructure ferroviaire.

Les cantons de Genève, du Tessin et de Zurich ont conclu une alliance afin de forcer le Conseil fédéral à inscrire leurs projets dans la prochaine convention de prestations 2007-2010 des CFF. A Genève, la réalisation de la liaison ferroviaire Cornavin-Eau-Vives-Annemasse (CEVA) est en jeu. Au Tessin, c’est la ligne transfrontalière Mendrisio-Varese, qui reliera la région de Lugano à l’aéroport international de Milan-Malpensa. A Zurich, la menace pèse sur le prolongement de la gare principale à celle de la Löwenstrasse.

Le Conseil fédéral a confirmé son intérêt au projet genevois de RER en acceptant d’y consacrer CHF 40 millions de la convention sur les prestations des CFF. Répondant aux attentes qu’avaient manifestés les autorités fédérales en accordant ce crédit, le Conseil d’Etat genevois a proposé de mettre sur la table l’intégralité de la contribution genevoise, soit CHF 400 millions sur un total de CHF 950 millions. Les CHF 550 millions restants seront versés par la Confédération. Les sources de financement genevoises proviendront des ressources liées à la nouvelle Redevance poids lourds liées aux prestations (RPLP) et de la valorisation des parcelles à côté de la Praille et de la gare des Eaux-Vives. La majeure partie de cette somme sera destinée à la réalisation de la liaison ferroviaire Cornavin–Annemasse via la Praille. A ce propos, le raccordement ferroviaire La Praille–Les Eaux-Vives a été rebaptisé CEVA pour Cornavin-Eaux-Vives-Annemasse. Le Grand Conseil genevois a suivi le Conseil d’Etat et a également donné un signal clair aux Chambres fédérales en votant unanimement un crédit de CHF 400 millions. Se saisissant du dossier, le Conseil fédéral a décidé d’approuver et signer le protocole d’accord du 26 avril 2002 entre les parties concernées (Confédération, Canton de Genève et CFF).

En début d’année, Genève a présenté son réseau express régional (RER). Il espère le mettre en fonction pour 2007. Cette nouvelle offre ferroviaire desservira un vaste espace transfrontalier, dans un rayon d’une trentaine de kilomètres autour de Genève. Gland (VD), Bellegarde, Bonneville et Thonon (F) en constitueront les points d’ancrage extérieurs. L’étendard du nouveau système de transports sera formé de la nouvelle liaison entre la Praille et les Eaux-Vives. C’est dans ce contexte que l’Etat de Genève a plaidé en faveur d’une application rapide d’une Convention signée le 7 mai 1912. Ce texte prévoyait que le raccordement ferroviaire entre Cornavin et la frontière d’Annemasse soit financé par l’Etat de Genève, la Confédération et les CFF à hauteur d’un tiers chacun. Son but inhérent était de désenclaver Genève en le raccordant au réseau français de Haute-Savoie. La commission des transports du Conseil des Etats a reconnu que l’accord de 1912 était encore valable et l’a transmis sous forme de motion chargeant la Confédération d’honorer les engagements pris. Les Etats l’ont adopté sans opposition, la préférant à une initiative cantonale genevoise (00.317). Suivant sa commission des transports, le Conseil national a fait de même en plébiscitant cette motion. Le Conseil fédéral a reconnu la pertinence de la motion et, à l’aune des estimations, il prendra CHF 550 millions à sa charge. Quant à la part cantonale de CHF 400 millions, elle représentera un peu plus du tiers du devis, car certains aménagements n’étaient pas couverts par l’accord du début du siècle.

Les membres du Conseil d'Etat genevois ont manifesté leur volonté de construire la voie de chemin de fer entre Cornavin/La Praille et la gare SNCF d'Annemasse par les Eaux Vives. Pour ce projet à environ CHF 650 millions, le gouvernement genevois a saisi le parlement fédéral par le biais d'une initiative d'un canton pour lui demander d'assumer l'investissement requis à hauteur des deux tiers.