Wie schon die Eintretensdebatte im Frühjahr 2018 begann auch die Differenzbereinigung zur Umsetzung der EU-Waffenrichtlinie im Herbst desselben Jahres im Nationalrat mit einem Versuch, das Geschäft bis auf Weiteres zu sistieren. Mittels Ordnungsantrag wollte SVP-Nationalrat und ProTell-Interimspräsident Jean-Luc Addor (svp, VS) das Geschäft vom Sessionsprogramm streichen. Damit wolle er verhindern, dass die Schweiz ihr Waffenrecht aufgrund juristischer Verpflichtungen anpasse, die sich womöglich mit einem Entscheid des EuGH über die nach wie vor hängige Klage der Tschechischen Republik gegen die Rechtmässigkeit der Richtlinie in Luft auflösen könnten. Ausserhalb der SVP-Fraktion fand sein Antrag jedoch nur marginale Unterstützung, weshalb er mit 59 zu 118 Stimmen Schiffbruch erlitt.
Die drei grossen, inhaltlichen Differenzen räumte der Nationalrat allesamt aus, indem er sich hinter den Kompromissvorschlag des Ständerates stellte. Dabei handelte es sich erstens um die vom Ständerat eingefügte Regelung von Erwerb und Besitz grosser Magazine, die von der Volkskammer mit 101 zu 84 Stimmen bestätigt wurde. Eine Minderheit Salzmann (svp, BE) hatte am eigenen Beschluss festhalten und auf eine solche Regelung verzichten wollen. Zweitens hiess der Nationalrat mit 99 zu 85 Stimmen die Pflicht zur Markierung aller wesentlichen Waffenbestandteile gut. Auch hier konnte sich die Kommissionsmehrheit gegen dieselbe Minderheit Salzmann durchsetzen, die am nationalrätlichen Beschluss festhalten wollte, wonach bei zusammengesetzten Waffen eine Markierung genügte. Drittens bewahrte der Nationalrat mit 100 zu 84 Stimmen den Ermessensspielraum der Kantone bei Ausnahmebewilligungen für verbotene Waffen. Als Erstrat war er hier noch mehrheitlich der Ansicht gewesen, dass die Kantone Ausnahmebewilligungen erteilen müssten, wenn die Voraussetzungen erfüllt sind, und nicht nur erteilen können sollten. An der Muss-Formulierung festhalten wollte jetzt noch die Minderheit Salzmann, während sich die Mehrheit dem Ständerat anschloss und die ursprüngliche Kann-Formulierung beibehielt. Ein Minderheitsantrag Müller (fdp, SG), der bei beschlagnahmten, nicht fristgemäss gemeldeten, verbotenen Waffen eine kurze Nachmeldefrist gewähren wollte, wurde mit 104 zu 85 Stimmen ebenso abgelehnt. Die Kommissionsmehrheit und auch Bundesrätin Simonetta Sommaruga vertraten die Ansicht, eine zusätzliche Nachmeldefrist sei nicht nötig, da man in einem solchen Fall ohnehin drei Monate Zeit habe, nachträglich eine Ausnahmebewilligung zu beantragen. Mit zwei kleinen, neu geschaffenen Differenzen formeller Natur ging die Vorlage zurück an den Ständerat, der beide stillschweigend bereinigte. In der Schlussabstimmung nahm der Ständerat das geänderte Waffengesetz mit 34 zu 6 Stimmen bei 5 Enthaltungen an; der Nationalrat stimmte dem Gesetz mit 120 zu 69 Stimmen bei 4 Enthaltungen zu. Bis zuletzt leistete die SVP-Fraktion geschlossen Widerstand, konnte aber insgesamt nur drei Stimmen aus dem bürgerlichen Lager dazugewinnen; einige Vertreterinnen und Vertreter der CVP und der FDP enthielten sich der Stimme.

In der Sommersession 2018 befasste sich der Nationalrat als Erstrat mit der Übernahme der geänderten EU-Waffenrichtlinie (2017/853) als Weiterentwicklung des Schengen-Besitzstands. Wie umstritten diese Vorlage war, zeigte sich schon in der langen, ausführlichen Eintretensdebatte, an deren Ende die grosse Kammer über einen Nichteintretens-, einen Sistierungs- und einen Rückweisungsantrag – alle von derselben SVP-Minderheit gestellt – zu befinden hatte. Nationalrat Beat Arnold (svp, UR) begründete als Minderheitssprecher die Anträge: Mit einer Sistierung der Beratungen, bis der EuGH über die Klage der Tschechischen Republik bezüglich der Rechtmässigkeit der EU-Waffenrichtlinie als sicherheitspolitisches Instrument befunden haben wird, soll verhindert werden, dass sich die Schweiz mit der Umsetzung einer gar nicht legitimen Richtlinie beschäftige. Nichteintreten sei angezeigt, weil die im Gesetzesentwurf enthaltenen Verschärfungen für die Terrorbekämpfung nichts nützten und stattdessen «der breiten Entwaffnung der Bevölkerung dienen» sowie von «gravierenden Versäumnissen in der Schengen-Sicherheitspolitik» ablenken sollten. Das Schweizer Waffengesetz enthalte bereits «alle notwendigen und sinnvollen Vorschriften zur Terrorbekämpfung», weshalb es nicht revidiert werden müsse. Mit dem Rückweisungsantrag wollte die Minderheit Arnold den Bundesrat beauftragen, alle über die EU-Waffenrichtlinie hinausgehenden Einschränkungen sowie alle Regulierungen, die die Schweizer Waffentradition in irgendeiner Weise beeinträchtigen, aus dem Entwurf zu entfernen. FDP-Fraktionssprecherin Corina Eichenberger-Walther (fdp, AG) entgegnete, die FDP-Fraktion werde einstimmig auf die Vorlage eintreten, da sowohl die Rückweisung als auch die Sistierung die fristgemässe Umsetzung der Vorgaben – die Schweiz hat dazu bis am 31. Mai 2019 Zeit – torpedierten und somit ein unnötiges Risiko für die Weiterführung der Abkommen von Schengen und Dublin eingegangen würde. Zwar sei es bedauerlich, dass die Änderung des Waffengesetzes die Sicherheit in der Schweiz nur marginal erhöhe, allerdings bringe die Assoziierung an Schengen/Dublin für die Schweiz einen grossen Sicherheitsgewinn, weshalb diese Abkommen nicht gefährdet werden dürften. Denselben Tenor liess auch die CVP-Fraktion hören: Man sei nicht bereit – wie es Fraktionssprecher Nicolo Paganini (cvp, SG) ausdrückte – «das Schengen-Abkommen für ein an einem untauglichen Ort statuiertes Souveränitätsexempel auf den Opferaltar zu legen.» Ebenso betonten die Vertreterinnen und Vertreter der GLP-, SP- und BDP-Fraktionen die Bedeutung von Schengen/Dublin für die Schweiz. Auch die Grüne Fraktion erklärte, auf die Vorlage eintreten zu wollen, betonte aber gleichzeitig, der Entwurf gehe zu wenig weit, um die Sicherheit der Schweizer Bevölkerung tatsächlich zu verbessern. Nach einem langen Schlagabtausch und vielen Fragen an Bundesrätin Simonetta Sommaruga trat der Nationalrat schliesslich auf die Vorlage ein und lehnte die Minderheitsanträge auf Sistierung, Nichteintreten und Rückweisung mit grosser Mehrheit ab. Eintreten mit allen verfügbaren Mitteln verhindern wollte die geschlossene SVP-Fraktion mit sehr vereinzelter Unterstützung aus den Fraktionen der CVP und der FDP, blieb damit aber letztlich erfolglos.
Die Detailberatung zum Geschäft fand in drei getrennten Blöcken statt, wovon sich der erste mit den Begriffen, dem Erwerb und Besitz von Waffen und wesentlichen Waffenbestandteilen, dem Erwerb von Munition und Munitionsbestandteilen, der Waffenherstellung, der Buchführung und dem Aufbewahren von Waffen beschäftigte. Im zweiten Block standen die Verbote im Zusammenhang mit Waffen, Waffenbestandteilen und Waffenzubehör, die Ausnahmebewilligungen sowie die Übergangsbestimmungen im Zentrum, bevor im dritten Block über die administrativen Sanktionen und die Datenbearbeitung debattiert wurde. Insgesamt hatte die grosse Kammer über 33 Minderheits- und einige Einzelanträge zu befinden, wovon jedoch nur zwei im Rat eine Mehrheit fanden. Durch die Annahme dieser beiden SVP-Minderheitsanträge im ersten Block hielt der Nationalrat erstens am geltenden Recht fest, dass bei zusammengebauten Waffen die Markierung eines wesentlichen Bestandteils genügt; der Bundesrat hatte diesen Satz aufheben und die Markierungspflicht damit auf alle wesentlichen Waffenbestandteile ausdehnen wollen, wie es die EU-Richtlinie verlangt. Zweitens verzichtete die Volkskammer darauf, den Erwerb und Besitz von grossen Magazinen zu regeln. Der Bundesrat hatte für die sogenannten Ladevorrichtungen mit hoher Kapazität dieselben Regeln wie für Munition vorgesehen, womit diese insbesondere auch der Buchführungspflicht für Händler unterlägen, was der Nationalrat nicht goutierte. Ein Verbot erachtete er auch nicht als sinnvoll, weil Magazine im Internet beschafft werden könnten und das Verbot somit nicht kontrollierbar wäre.
Im zweiten Block nahm der Nationalrat drei grössere Änderungen am Gesetzesentwurf vor, allesamt so wie sie die Kommissionsmehrheit vorgeschlagen hatte. So stimmte die grosse Kammer mit deutlicher Mehrheit dem Konzept ihrer Kommission zu, das die direkt von der Armee übernommene Ordonnanzwaffe trotz ihrer Eigenschaft als zum Halbautomat umgebaute automatische Waffe gar nicht erst zu den verbotenen Waffen zählt. Der Bundesrat hatte angedacht, diese zwar zu den verbotenen Waffen zu zählen, deren Eigentümer aber von der Pflicht zur Mitgliedschaft in einem Schützenverein oder zum regelmässigen Schiessen auszunehmen. Da im Endeffekt beide Regelungen zur selben Anwendung führten, ging es hierbei nicht um eine materielle Änderung, sondern vielmehr darum, das Schweizer Sturmgewehr nicht als «verboten» zu bezeichnen. Des Weiteren sprach der Nationalrat den Kantonen die Entscheidkompetenz in Bezug auf Ausnahmebewilligungen für verbotene Waffen ab. In der Version des Nationalrates schreibt das Waffengesetz neu vor, dass Ausnahmebewilligungen grundsätzlich immer erteilt werden, wenn die im Gesetz bestimmten Bedingungen erfüllt sind; der Bundesrat hatte gewollt, dass die Kantone wie bisher zusätzliche, eigene Erfordernisse verlangen können. Die dritte Änderung in diesem Bereich betraf den Nachweis über die Mitgliedschaft in einem Schiessverein oder das regelmässige Nutzen der Waffe zum sportlichen Schiessen als Voraussetzung für den Erhalt einer Ausnahmebewilligung. Während der Bundesrat vorgesehen hatte, dass dieser Nachweis gleich sowie nach fünf und nach zehn Jahren erneut erbracht werden muss, beschloss der Nationalrat, dass das erste Mal nach fünf und noch einmal nach zehn Jahren genügt.
Im dritten Block betreffend die administrativen Sanktionen und die Datenbearbeitung nahm die Volkskammer keine Änderungen gegenüber dem Entwurf des Bundesrates vor. Ebenfalls in diesem letzten Block behandelte der Nationalrat den Bundesbeschluss über die Genehmigung und die Umsetzung des Notenaustauschs zwischen der Schweiz und der EU betreffend die Übernahme der EU-Waffenrichtlinie – zuvor war ausschliesslich über die konkrete Umsetzung der Vorgaben im Schweizer Waffengesetz debattiert worden. Hierbei kam es noch einmal zu einer Grundsatzabstimmung: Eine Minderheit Arnold hatte beantragt, in den Bundesbeschluss einen Absatz einzufügen, dass der Bundesrat der EU mitteile, dass das aktuelle Schweizer Waffengesetz alle notwendigen Vorschriften zur Terrorbekämpfung enthalte und folglich Art. 2 des Beschlusses, der die Annahme der Änderung des Waffengesetzes festschreibt, zu streichen. Mit 124 gegen 67 Stimmen (die geschlossene SVP-Fraktion und zwei Abweichler aus den Reihen der FDP) sprach sich der Nationalrat jedoch für die Genehmigung des Notenaustausches aus, wie ihn der Bundesrat vorgesehen hatte.
In der Gesamtabstimmung nahm die grosse Kammer die Vorlage mit 114 zu 67 Stimmen bei 8 Enthaltungen an. Die Presse resümierte, die Debatte habe sich über weite Strecken nur um die «rote Linie» gedreht, die Frage, wie weit man gehen könne, ohne mit der EU auf Konfrontationskurs zu gehen. Richtig begeistert von der Vorlage schien niemand zu sein: Die Linke brachte keinen einzigen ihrer Verschärfungsvorschläge durch und monierte, das Gesetz bringe keine Verbesserung im Hinblick auf die Prävention von Suiziden und häuslicher Gewalt. Sie begrüsste einzig die Nachregistrierung aller halbautomatischen Waffen. Die SVP schien zu versuchen, die Gelegenheit zu nutzen, das ihr ohnehin unliebsame Schengen-Abkommen loszuwerden und versuchte mit allen Mitteln, dem Entwurf des Bundesrates die Zähne zu ziehen, was ihr mit vereinzelter Unterstützung aus dem bürgerlichen Lager in zwei Punkten schliesslich auch gelang: Dort, wo die Minderheitsanträge angenommen wurden, ist das Gesetz mutmasslich nicht mehr mit den EU-Vorgaben kompatibel. Der SVP und ProTell ging jedoch schon die Version des Nationalrates zu weit: Erfolge im Ständerat keine Korrektur, werde man das Referendum ergreifen, drohte ProTell zum wiederholten Male in einer Mitteilung. Zuvor wolle man jedoch «sämtliche Hebel in Bewegung setzen, insbesondere via die interparlamentarische Gruppe für ein liberales Waffenrecht, um die Ständeräte zu überzeugen, dieses unfaire Gesetz abzulehnen.» Im bürgerlichen Lager ausserhalb der SVP wurde die Gesetzesanpassung am ehesten als notwendiges Übel betrachtet, das an sich zwar nicht viel bringt, mit dem man aber den Fortbestand der Schengen-Assoziierung sichern kann.

Am 6. Mai 2015 leitete ein NZZ-Artikel eine eigentliche Kaskade ein, die später als „Kasachstan-Affäre” nicht nur zahlreiche Diskussionen und Vorstösse zu Lobbyismus- und Kommissionsgeheimnisregelungen im Bundeshaus auslöste, sondern auch Gesuche der Bundesanwaltschaft, zwei Parlamentsmitgliedern die Immunität zu entziehen, provozierte.

Der NZZ-Journalist Markus Häfliger hatte gestützt auf E-Mails, die Unbekannte ins Internet gestellt hatten, recherchiert, dass eine von Christa Markwalder (fdp, BE) eingereichte Interpellation formale Ungereimtheiten aufweist. Der Vorstoss war von Marie-Louise Baumann, Senior Advisor bei der PR-Firma Burson-Marsteller, ausformuliert worden, die wiederum von einem kasachischen Politiker hierfür finanziell honoriert worden war. Entsprechend konnten im Vorstoss starke Überarbeitungen aus Kasachstan selbst ausgewiesen werden. Dass Vorstösse von Parlamentarierinnen und Parlamentariern von Dritten formuliert werden, ist nicht selten. Dass allerdings ein autokratisches Land indirekt Einfluss nimmt und dafür bezahlt, sei weniger alltäglich – so Häfliger in der NZZ. In der Interpellation war der Bundesrat angefragt worden, wie er die Demokratisierungsprozesse in Kasachstan und die Partei Ak Schol – die indirekte Auftraggeberin der Interpellation – unterstütze. Markwalder habe zudem drei von Baumann formulierte und von den kasachischen Auftraggebern überarbeitete Fragen zu Kasachstan in der APK-NR eingereicht. In einer ersten Reaktion im NZZ-Artikel selber gab Markwalder zu Protokoll, nicht gewusst zu haben, dass Baumann sich derart eng mit Kasachstan abgesprochen habe. Sie habe in guter Absicht gehandelt und es handle sich letztlich um eine harmlose Interpellation, von der andere finanziell profitiert hätten, was sie ärgere. Sie sei wohl zu gutgläubig gewesen.

Die Reaktionen am nächsten Tag in der Presse waren zuerst noch zurückhaltend. Von „käuflicher” (AZ) oder „ferngesteuerter” Politik (Blick) war die Rede und davon, dass man es mit CHF 7'000 – die Summe die Burson-Marsteller für das Verfassen und Überarbeiten der Interpellation verlangt hatte – ins Bundeshaus schaffe (Le Matin). Hinterfragt wurden zunächst die „kasachischen Verflechtungen” (NLZ) der Berner FDP-Politikerin.
In der Folge nahm die mediale Debatte dann aber Fahrt in zweifache Richtung auf. Auf der einen Seite wurde der Lobbyismus diskutiert. „Politik-Einflüsterer” hätten Konjunktur und Lobbying sei ein lukratives Business (AZ). Die „Käuflichkeit von Politikern” sei „pikant” (WW). Allerdings – so die Meinung in den meisten Medien – sei das Milizsystem bei der Formulierung von Vorstössen auf ausserparlamentarische Expertise angewiesen. Weil ein breiter Mitarbeiterstab fehle, würden sich die meisten Parlamentarierinnen und Parlamentarier etwa von Mitgliedern der Bundesverwaltung oder Vertreterinnen und Vertretern von Verbänden und NGO's Vorstösse zumindest vorformulieren lassen. Zahlreiche Parlamentsmitglieder nahmen Christa Markwalder entsprechend in Schutz. Gefordert wurde aber mehr Transparenz und eine Reform des Badge-Systems, also der Zulassungsregeln von Lobbyisten ins Bundeshaus. Weil zahlreiche entsprechende parlamentarische Vorstösse allerdings bisher chancenlos geblieben waren, spielte Thomas Minder (parteilos, SH) mit dem Gedanken, eine Volksinitiative zu lancieren, und zahlreiche Parlamentarier kündigten an, neuerliche Vorstösse für mehr Transparenz zum „krass unterreglementierten Lobbying” (AZ) zu lancieren.

Auf der anderen Seite geriet die Person Christa Markwalder immer stärker ins Zwielicht. Die Bernerin sei selber eine „knallharte Lobbyistin” – vor allem für die Krankenkassen – und so stark verbandelt, dass sie den Überblick verliere (Blick). Ein gefundenes Fressen war die Geschichte für die Sonntags-Medien. Die Sonntagszeitung fand heraus, dass die Antworten, die Markwalder auf ihre Fragen an die APK-NR erhalten hatte, an Kasachstan weitergeleitet worden waren, obwohl es sich dabei vermutlich um Dokumente gehandelt habe, die dem Kommissionsgeheimnis unterstellt seien. Markwalder dementierte, Dokumente weitergegeben zu haben; sie habe sie lediglich mit Baumann geteilt. Die FDP stellte allerdings in einer Medienmitteilung klar, dass Markwalder von der Zusammenarbeit zwischen Kasachstan und Baumann gewusst habe, aber nicht genügend transparent informiert worden sei. Die Partei verlangte von Markwalder und Baumann vollständige Transparenz und eine Offenlegung aller Dokumente. In der Presse wurden erste Forderungen der Ratsrechten laut, dass die designierte Nationalratspräsidentin ihr Amt im kommenden Jahr nicht antreten dürfe. Markwalder bezeichnet das Ganze als „Rufmordkampagne”; sie sehe sich als Medienopfer (TA) und die letzten Tage seien für sie „die Hölle” gewesen (Blick).
Ende Mai gab die Bundesanwaltschaft bekannt, dass gegen Markwalder zwei Strafanzeigen von Privatpersonen eingegangen seien und sie Ermittlungen aufnehmen wolle, wenn die Immunität der Bernerin aufgehoben werde, wonach sie ersuche. Die APK-NR entschied sich ihrerseits mit 18 zu 0 Stimmen bei 5 Enthaltungen, keine Strafanzeige wegen Amtsgeheimnisverletzung einzureichen. Die Kommission entschied sich gar mit 14 zu 9 Stimmen (1 Enthaltung) dafür, die besagten Dokumente (die Fragen von Markwalder und die Antworten des Bundesrates) zu veröffentlichen. Auch das Büro-NR beschloss Anfang Juni, auf disziplinarische Massnahmen gegen Markwalder zu verzichten, da diese das Amtsgeheimnis zwar verletzt habe, aber nur geringfügig. Ein Teil des Parlaments applaudierte nach der Bekanntgabe des Büros, um Solidarität zu signalisieren. Zwar stand eine Entscheidung über die Forderung der Bundesanwaltschaft zur Aufhebung der Immunität noch aus, die Presse zeigte sich ob der starken Rückendeckung für Markwalder aber doch einigermassen erstaunt. „Même pas une tape sur les doigts”, wunderte sich etwa Le Temps. Die Classe Politique beschütze sich wieder einmal gegenseitig, liess sich Christoph Mörgeli (svp, ZH) im Blick zitieren. Die Parlamentsmitglieder hätten „nicht begriffen, dass ihre Glaubwürdigkeit auf dem Spiel” stehe. Die Angelegenheit dürfe nicht als erledigt betrachtet werden (TA).
Noch einmal aufgekocht wurde die Affäre, weil im Nachgang des Entscheids des Büros bekannt wurde, dass weitere Dokumente an Kasachstan weitergegeben worden waren, die aber nicht in die Beurteilung der APK-NR eingeflossen zu sein schienen. In der Tat hatte Markwalder auch Antworten des Bundesrates zu Tschechien und Bosnien weitergegeben. Die SVP forderte, den Fall nicht einfach ad acta zu legen oder aber über eine generelle Aufhebung des Kommissionsgeheimnisses nachzudenken.
Die Immunitätskommission des Nationalrats (IK-NR) nahm dann den Ball Anfang Juli wieder auf. Zwar entschied sich die IK-NR, nachdem sie festgestellt hatte, dass die strafrechtlich relevanten Tätigkeiten mit dem Parlamentsmandat zusammenhängen, und auf das Gesuch der Bundesanwaltschaft eingetreten war, die Immunität der Bernerin nicht aufzuheben. Sie forderte das Büro-NR aber mit 4 zu 4 Stimmen und einer Enthaltung bei Stichentscheid des Vizepräsidenten (Gerhard Pfister; cvp, ZG) auf, nochmals auf den Entscheid zurückzukommen und Disziplinarmassnahmen zu ergreifen. Das Kommissionsgeheimnis dürfe nicht ausgehöhlt werden, begründete Pfister den Entscheid. Mitte August bestätigte die Rechtskommission des Ständerats (RK-SR) den Entscheid der IK-NR: Einstimmig trat sie auf das Gesuch ein und mit 10 zu 0 Stimmen bei einer Enthaltung entschied sie, die Immunität nicht aufzuheben. Das Verhalten der Berner Freisinnigen sei zwar wenig besonnen und unvorsichtig gewesen und die Weitergabe der Dokumente zu Tschechien und Bosnien sei kritisch zu beurteilen, eine Aufhebung der Immunität sei aber nicht zu rechtfertigen.
Mitte August entschied das Büro-NR schliesslich, nicht auf die Forderung der IK-NR einzutreten. Es gebe keine neuen Fakten, die ein Rückkommen auf den ursprünglichen Entscheid rechtfertigten. Allerdings fordert das Büro eine umfassende Auseinandersetzung über Lobbyismus. Die zur Zeit dieser Forderung hängigen 13 Vorstösse zum Thema zeigten deutlich, dass eine vertiefte Diskussion angezeigt sei. Damit war Markwalder definitiv aus dem Schneider.

Die „Affäre Markwalder” (AZ) war vollends zur Kasachstan-Affäre geworden, als bekannt wurde, dass Walter Müller (fdp, SG) und Christian Miesch (svp, BL) eine von Burson-Marsteller organisierte Reise ins autokratische Land unternahmen, ohne selber für die Reisekosten aufgekommen zu sein. Das Geld sei von Kasachstan aus geflossen. Müller, welcher der Freundschaftsgruppe Schweiz-Kasachstan angehört, gab zu Protokoll, weder gewusst zu haben, dass die Reise von Kasachstan bezahlt worden war, noch dass die organisierende PR-Agentur mit Kasachstan verbandelt sei. Die Juso reichte bei der Bundesanwaltschaft Klage wegen Verdachts auf Vorteilnahme gegen Müller ein. Weil Miesch zum Zeitpunkt der Reise noch nicht im Nationalrat sass, wurde gegen ihn keine Anzeige eingereicht. Müller, der von seiner eigenen Partei gerügt wurde, wollte das Geld für die Reise zurückzahlen.
Die IK-NR beriet das Gesuch der Bundesanwaltschaft um Aufhebung der Immunität von Müller (15.191) an der gleichen Sitzung, an der sie auch den Entscheid zu Christa Markwalder gefällt hatte. Müllers Immunität wurde einstimmig nicht aufgehoben. Die Reise stehe im Zusammenhang mit seinem Mandat, weshalb auf das Gesuch einzutreten sei. Müller habe sich zwar nicht an die Empfehlungen zum Korruptionsstrafrecht gehalten, die institutionellen Interessen würden jedoch die rechtsstaatlichen überwiegen. Zum gleichen Schluss kam die RK-SR, die einstimmig Eintreten beschloss und mit 10 zu 2 Stimmen entschied, Müllers Immunität nicht aufzuheben. Allerdings wünschte sich die ständerätliche Kommission, dass die Empfehlungen für Reisen von Parlamentsmitgliedern durch das Büro verbindlicher formuliert werden.

Ein Nachspiel hatte die Affäre auch für die Lobbyistin Marie-Louise Baumann. Sie wurde aus dem Bundeshaus verbannt, musste also den Badge, den sie von Corina Eichenberger (fdp, AG) erhalten hatte, zurückgeben. Sie entschuldigte sich öffentlich bei Markwalder und zeigte sich über den Verlauf der Affäre erschüttert. Die Standesskommission der Schweizerischen Public Affairs Gesellschaft (SPAG) kam zudem zum Schluss, dass Baumann die Standesregeln nicht vollständig beachtet habe, und sprach eine Rüge aus. Es liege zwar keine Täuschung vor, aber sie hätte mehr Transparenz schaffen müssen; die Kommunikation sei nicht optimal gewesen. Die 69-Jährige kündigte an, ihre Tätigkeit als Lobbyistin im Parlament per Ende der Legislatur zu beenden. Zudem wurde die Zusammenarbeit zwischen Burson-Marsteller und Baumann beendet.

Das Thema Lobbying, aber auch die Diskussion um den Rahmen des Kommissionsgeheimnisses, liessen in der Folge das Parlament eine Weile nicht mehr los.