Im September 2018 legte der Bundesrat seine Botschaft zur Änderung des Bundesgesetzes über den Finanz- und Lastenausgleich (FiLaG) vor. Diese basiert insbesondere auf der Feststellung im dritten Wirksamkeitsbericht zum Finanzausgleich, wonach der Ressourcenausgleich bisher zu hoch dotiert war. Anstelle der angestrebten 85 Prozent hatte die Mindestausstattung des ressourcenschwächsten Kantons (Kanton Jura) im Jahr 2018 88.3 Prozent des schweizerischen Durchschnitts betragen. Sich auf den im März 2017 von der KdK verabschiedeten Antrag zur Optimierung des Finanzausgleichs stützend schlug der Bundesrat diesbezüglich einen Systemwechsel vor: Neu soll die politische Steuerung des Ressourcenausgleichs nicht mehr über die alle vier Jahre erfolgende Festlegung der Grundbeiträge, sondern über die Festlegung der Mindestausstattung für den ressourcenschwächsten Kanton erfolgen. Diese soll neu garantiert, nicht mehr bloss angestrebt, und entsprechend auf Gesetzesstufe bei 86.5 Prozent des schweizerischen Durchschnitts festgelegt werden. Da der effektive Wert bisher höher war, soll der Zielwert durch schrittweise Senkung erreicht werden. Durch diese Senkung sparen die ressourcenstarken Kantone sowie der Bund Geld. Der Anteil Ersterer an der Finanzierung des Ressourcenausgleichs wird zudem auf das verfassungsmässige Minimum von zwei Dritteln der Leistungen beschränkt, die dadurch entstehende Finanzierungslücke übernimmt der Bund. Der Bund wird seine Einsparungen in der Höhe von CHF 280 Mio. ins Ausgleichssystem reinvestieren und für eine höhere Dotation des soziodemografischen Lastenausgleichs sowie zur zeitlich beschränkten Abfederung der Auswirkungen dieser Änderungen auf die ressourcenschwächeren Kantone einsetzen. Schliesslich wird auch der Alpha-Faktor, der die Gewichtung der Vermögen im Ressourcenpotenzial beinhaltet, «an die fiskalische Realität», wie es der Bundesrat in seinem Bericht nannte, angepasst.

Mit diesen Änderungen erfüllte der Bundesrat die bereits seit langem gestellten Forderungen der Geberkantone. Deren Beiträge waren absolut in den letzten Jahren stetig angestiegen, weshalb sie eine Änderung des bisherigen NFA-Systems forderten. Der nun vorliegende Entwurf fand entsprechend bei ihnen allen Anklang; Unterstützung wurde ihm aber auch von den meisten Nehmerkantonen zuteil. In der zwischen März 2018 und Juni 2018 durchgeführten Vernehmlassung standen 21 Kantone der Revision positiv gegenüber. Einzig verschiedene ressourcenschwächere Kantone hatten sich explizit gegen die Vorlage und für eine Beibehaltung des heutigen Systems ausgesprochen (Wallis und Jura) respektive Vorbehalte angemeldet (Freiburg, Neuchâtel und Bern). In den Medien der Romandie wurde denn auch insbesondere thematisiert, dass mit Freiburg, dem Wallis, Neuchâtel und Jura insbesondere französischsprachige Kantone von der Revision benachteiligt würden. Die Deutschschweizer Medien hingegen fokussierten insbesondere darauf, dass der Bund die Einigung zwischen den Kantonen durch die Reinvestition der CHF 280 Mio., die er theoretisch sparen könnte, «erkauft» habe.

Im August 2018 erschien der dritte Wirksamkeitsbericht zum Finanzausgleich 2016-2019, den der Bundesrat dem Parlament alle vier Jahre vorlegt. Darin bilanziert die Regierung den Vollzug und die Wirksamkeit des Finanzausgleichs zwischen Bund und Kantonen, so dass das Parlament daraus Konsequenzen ziehen und gegebenenfalls Anpassungen des Finanzausgleichssystems vornehmen könnte. Während die ersten zwei Berichte (2008-2011, 2012-2015) den Übergang vom alten zum neuen Finanzausgleichsystem beinhaltet hatten, fokussierte dieser dritte Bericht auf die Überprüfung der Zielerreichung sowie auf Systemanpassungen beim Finanzausgleich. Die Aufgabenteilung hingegen soll im Bericht zur Motion der FK-NR (Mo. 13.3363) erläutert werden.
Der dritte Wirksamkeitsbericht zeigt auf, dass die Ziele gemäss FiLaG in der Periode 2016-2019 grösstenteils erfüllt wurden. Der Bericht hob hervor, dass der Anteil zweckfreier Transfers am Gesamtvolumen der Transfers zwischen Bund und Kantonen von 31 Prozent (2007) auf 40 Prozent erhöht wurde. Dies soll helfen, die kantonale Finanzautonomie zu wahren. Gleichzeitig gelang es, die Unterschiede in der finanziellen Leistungsfähigkeit zwischen den Kantonen mithilfe des Ressourcenausgleichs um einen Drittel zu reduzieren. Dabei veränderte der Ressourcenausgleich die Position der ressourcenstarken Kantone mit tiefen Grenzabschöpfungsquoten – also dem Anteil, um den der Zuschuss aus dem Ressourcenausgleichstopf gekürzt wird, wenn die Steuerkraft steigt – im Steuerwettbewerb nicht. Ressourcenschwache Kantone hingegen haben aufgrund der relativ hohen Grenzabschöpfungsquote von durchschnittlich 80 Prozent kaum Anreize, ihr Ressourcenpotenzial zu steigern – dadurch würden ihnen teilweise sogar mehr Zuschüsse entgehen, als sie zusätzliche Steuern einnehmen könnten. Überdies wurde die minimale finanzielle Pro-Kopf-Ressourcenausstattung von 85 Prozent des schweizerischen Durchschnitts in den Jahren 2016 bis 2018 sogar übertroffen: Der ressourcenschwächste Kanton Jura erzielte eine Ausstattung von 88 Prozent. Dabei hat sich gezeigt, dass das Mindestausstattungsziel angemessen, jedoch die Dotation des Ressourcenausgleichs zu hoch war.
Kaum Veränderungen stellte der Bericht schliesslich bei den Sonderlasten fest: Gedeckt würden 30 Prozent der geografisch-topografischen Sonderlasten, 10 Prozent der demografischen Sonderlasten und 4 Prozent der Kernlasten.

Der Bundesrat habe im Rahmen des dritten NFA-Wirksamkeitsberichtes zu prüfen, ob die Einkommen von Grenzgängerinnen und Grenzgängern in Zukunft nur noch mit 50% im Ressourcenpotenzial der Kantone berücksichtigt werden sollten. Dieser Auffassung war der Nationalrat, der ein entsprechendes Postulat seiner Finanzkommission (FK-NR) mit 151 zu 34 an den Bundesrat überwies. Eine Kommissionminderheit Schwander (svp, SZ), die die Grenzgängereinkommen im Rahmen des Finanzausgleichs weiterhin zu drei Vierteln ans Ressourcenpotenzial der Kantone anrechnen wollte, stiess nur bei etwas mehr als der Hälfte der SVP-Fraktion auf Gehör. In der Vernehmlassung des Wirksamkeitsberichts 2012-2015 hatten die Kantone Basel-Stadt, Basel-Landschaft, Neuenburg, Jura und Tessin die Ansicht vertreten, dass die durch die Grenzgänger verursachten Kosten, welche den betroffenen Kantonen nicht abgegolten werden, eine stärkere Reduktion der Gewichtung der Grenzgängereinkommen rechtfertigen würden.

Eine Untersuchung der Weltwoche ging der Verteilung der jährlich im Umfang von rund CHF 20 Mrd. an die Kantone überantworteten Bundesmittel nach. Damit wurde auf die gesamte Umverteilung von Mitteln von der Bundes- auf die Kantonsebene fokussiert und eine etwas globalere Sichweise auf den Streit um den Nationalen Finanzausgleich (NFA) ermöglicht. Zum Vergleich: Der NFA verteilt lediglich rund CHF 4,6 Mrd. um, wobei die Kantone 1,5 Mrd. beisteuern und 3,1 Mrd. aus Bundesquellen kommen. Im Schnitt stammt laut der Weltwoche rund ein Viertel aller kantonalen Einnahmen aus unterschiedlichen Bundestöpfen. Umgerechnet auf CHF pro Kantonsbewohner zeigte die Analyse der Weltwoche, dass ein Kanton pro Jahr im Schnitt CHF 2‘485 pro Kopf aus der Bundeskasse erhält. Die wenigsten Mittel erhalten die Kantone Aargau (CHF 1‘457 pro Kopf), Basel-Landschaft (CHF 1‘534 pro Kopf) und Zürich (CHF 1‘735 pro Kopf). Die finanzschwachen und topografisch eher benachteiligten Kantone Jura (CHF 5‘964 pro Kopf), Uri (CHF 5‘842 pro Kopf) und Graubünden (CHF 5‘830 pro Kopf) bilden das Spitzentrio der meistbegünstigten Kantone. Während der Kanton Uri mehr als die Hälfte seines Budgets aus Bundesmitteln bildet, machen die Bundeseinnahmen für den Kanton Basel-Stadt lediglich 13% des kantonalen Haushaltes aus.

Das im Vorjahr eingereichte Kantonsreferendum gegen das Steuerentlastungsprogramm des Bundes war erfolgreich. Das Volk lehnte am 16. Mai das Steuerpaket deutlich ab, in keinem einzigen Kanton ergab sich eine Ja-Mehrheit. (Zum Abstimmungsresultat siehe hier.)