Tout comme le Conseil des Etats, le Conseil national approuve sans vote d'ensemble la garantie des constitutions cantonales des cantons de Bâle-ville, de Bâle-campagne, de Genève, du Tessin et du Jura.

Le Conseil des Etats est appelé à voter sur l'arrêté fédéral concernant la garantie des constitutions cantonales des cantons de Bâle-ville, de Bâle-campagne, de Genève, du Tessin et du Jura. Pour le premier de ces cantons — Bâle-ville — le changement constitutionnel concerne une extension des instruments parlementaires. Pour Bâle-campagne et Genève, deux modifications sont à l'ordre du jour: l'introduction d'une vignette de stationnement pour les véhicules commerciaux et la désignation de la présidence du Grand Conseil pour le premier, la révision des comptes de l'Etat par la Cour des comptes ainsi que la traversée du lac Léman pour le second. Au Tessin, le changement constitutionnel est relatif aux droits et buts sociaux. Finalement, celui ayant lieu dans le canton du Jura concerne une modification du droit d'initiative populaire et de référendum facultatif des communes.
La commission des institutions politiques (CIP), ne voyant pas de problème avec le droit fédéral, demande à la chambre haute d'accepter ces modifications constitutionnelles au niveau cantonal. L'entrée en matière concernant la garantie des constitutions cantonales étant acquise de plein droit, elle n'est pas soumise à un vote sur l'ensemble. Le Conseil des Etats a donc adopté, sans discussion, la position de la commission susmentionnée.

Afin d'aider les habitants de la commune de Moutier à décider de leur appartenance cantonale, deux expertises mandatées par les cantons de Berne et du Jura, ainsi que par la ville de Moutier, ont été rendues publiques. Elles ont pour but de présenter aux habitants de Moutier l'impact supposé qu'aurait un changement de canton. L'une concerne les prestations fournies par les deux cantons et répond à 18 questions sélectionnées par les trois mandataires (promotion économique, taux d'imposition, aide sociale, culture, etc), tandis que l'autre s'intéresse à l'avenir du site hospitalier de Moutier – un point qui est source de tensions entre les deux camps. L'une des conclusions du premier rapport est que les Prévôtois – tels que sont appelés les habitants de Moutier – paieraient légèrement moins d'impôts s'ils décidaient d'appartenir au canton du Jura. Par contre, Moutier – et l'ensemble du Jura bernois – profite sous certains aspects du statut spécial conféré à cette région au sein du canton de Berne, par exemple en ce qui concerne les subventions culturelles.
Les scénarios concernant l'hôpital sont nombreux et dépendent de la bonne volonté politique, ainsi que de la bonne collaboration entre les deux cantons. En cas de non-entente, l'établissement hospitalier risquerait une éventuelle fermeture par les autorités bernoises.
Dans l'ensemble, ces deux études semblent suggérer que Moutier aurait avantage à passer du côté jurassien. Le canton de Berne a, par ailleurs, refusé de présenter tels quels les résultats de ces rapports, préférant sa propre version. Le canton du Jura en sortirait également financièrement gagnant au vue de la péréquation intercantonale qui lui octroierait 26 millions; le canton de Berne, quant à lui, perdrait 29 millions si Moutier décidait de changer de canton. Les Prévôtois représenteraient également près de 10% de la population au sein du canton du Jura, significativement plus que leur poids démographique actuel dans le canton de Berne. Malgré tout - comme le note un analyse du journal "Le Temps" - cette votation, au delà des chiffres et des faits, sera plus une affaire de cœur.

Ende Januar 2016 folgte der Grosse Rat des Kantons Bern dem Antrag seiner Regierung und beschloss ein zweiteiliges Abstimmungsprozedere. Wie sich dies auch die kleinen, eng mit Moutier verknüpften Gemeinden Grandval, Belprahon, Sorvillier und Crémines gewünscht hatten, soll zuerst Moutier darüber abstimmen, ob die Gemeinde im Kanton Bern bleiben oder zum Kanton Jura wechseln will. Erst in einem zweiten Schritt und im Wissen über den Abstimmungsausgang im Nachbarstädtchen, soll anschliessend die Bevölkerung der vier wesentlich kleineren Gemeinden abstimmen. Im Falle eines Neins von Moutier dürften drei der vier umliegenden Gemeinden wohl ganz auf eine Abstimmung verzichten – nur Sorvillier hat sich für diesen Fall noch nicht festgelegt. Neben der Regierung hatten sich auch die vorberatende Kommission und die Deputation der französischsprachigen Grossräte für diese Lösung ausgesprochen. Die SVP wehrte sich vergeblich, indem sie daran erinnerte, dass das Berner Parlament im Juni 2015 eine Motion überwiesen habe, die Abstimmungen an nur einem Termin gefordert hatte. Zahlreiche Grossräte, die noch im Juni zu den Befürwortern jener Motion gehört hatten, begründeten ihren Meinungswechsel mit dem beschlossenen Zusatz, dass die beiden Abstimmungstermine maximal drei Monate auseinander liegen dürfen. Damit werde der befürchtete Abstimmungstourismus verhindert, also die Möglichkeit, dass jemand in eine Gemeinde umziehe, nur um dort erneut abstimmen zu können. Das Stimmrecht ist nämlich an eine Mindestwohndauer von eben drei Monaten geknüpft. Bei der Schlussabstimmung fanden sich 108 Stimmen für und 42 Stimmen gegen dieses zweiteilige Verfahren. Die SVP hatte auch vergeblich dagegen protestiert, dass der Kanton Jura im Abstimmungsbüchlein bei den kommunalen Abstimmungen seine Position vertreten darf. Der chancenlose Antrag wurde zurückgezogen. Moutier entschied sich Ende Februar definitiv für den 18. Juni 2017 als Abstimmungsdatum.

Die Kampagne für einen Kantonswechsel von Moutier begann bereits 2015, also rund zwei Jahre vor dem geplanten Abstimmungstermin. Bereits Anfang September 2015 hatte ein Komitee "Moutier, ville jurassienne" mit der Kampagne für einen Kantonswechsel begonnen. Rund 150 Personen begannen in ihren jeweiligen Quartieren Nachbarn zu besuchen, um den Puls zu fühlen. Im Kanton Jura wurde am "Fête du peuple jurassien" eine Petition lanciert, die die jurassische Regierung auffordert, alles zu tun, um Moutier zu zeigen, dass das Städtchen im Nordkanton willkommen sei. Alle Parteien mit Ausnahme der SVP und der FDP unterstützten das Sammeln der Unterschriften. Das traditionelle Fest im Kanton Jura stand ganz im Zeichen von Moutier.
Um dem Ja von Moutier am 24. November 2013 zu gedenken und dem Städtchen zu zeigen, wie stark das Herz des Kantons Jura für Moutier schlage, wurden am 24. November 2015 auf allen Jurassischen Gemeindehäusern die Flagge von Moutier gehisst. Die Petition "Bienvenue à Moutier" wurde am 17. Dezember 2015 mit 7474 Unterschriften der Kantonskanzlei überwiesen.

Bis zum 24. November 2015 hatten die bernjurassischen Gemeinden Zeit, ein Gesuch für eine kommunale Abstimmung über den Verbleib im Kanton Bern oder einen Wechsel zum Kanton Jura einzureichen. Nachdem sich im November 2013 ausser den Gemeinden Moutier und Belprahon (mit einem Patt) alle Gemeinden teilweise deutlich gegen einen Fusionsprozess ausgesprochen hatten, war die Ermöglichung kommunaler Abstimmungen der letzte Schritt zur Lösung der sogenannten Jurafrage. Neben Moutier und Belprahon hatte sich auch die Gemeinde Grandval um eine Abstimmung bemüht. Allerdings wollten die beiden kleineren Nachbargemeinden des Städtchens Moutier erst nach dem Entscheid des grossen Nachbarn abstimmen.
Ende Juni reichte mit Crémines eine weitere Nachbargemeinde ein Gesuch ein. Eine Petition mit 25 Unterschriften war vom Gemeinderat mit 3:2 Stimmen gutgeheissen worden. Auch Crémines gab bekannt, nur dann abstimmen zu wollen, falls Moutier sich für einen Kantonswechsel ausspricht. Anfang November entschied sich schliesslich auch Sorvillier, ein Gesuch für eine kommunale Abstimmung zu stellen. Auch hier wollte man zeitlich nach der Entscheidung in Moutier abstimmen können. In der Zwischenzeit hatte der Berner Regierungsrat den Gesetzesvorschlag mit zwei Varianten vorgelegt, wobei eine Variante die gestaffelte Abstimmung vorsah.
Gegen eine Abstimmung entschieden sich Mitte November die Gemeinderegierungen von Eschert und Court, den beiden südlichen Nachbarn von Moutier. So blieb es am 25. November bei den fünf Gemeinden Moutier, Belprahon, Grandval, Crémines und Sorvillier, die bei der Abstimmung von 2013 mit die höchsten Ja-Stimmenanteile aufgewiesen hatten: Moutier hatte als einzige Gemeinde eine Ja-Mehrheit (55.4%) und Belprahon ein Patt (50%) aufgewiesen. Sorvillier folgte damals mit 45.9% auf dem dritten Rang gefolgt von Monible (44%), Pontenet (43.4%) und Perefitte (41.2%). Auch in Grandval (37.1%) und Crémines (35.0%) hatte sich damals mehr als ein Drittel der Bevölkerung für einen Fusionsprozess ausgesprochen. Die einzige Gemeinde im Berner Jura, in der der Ja-Stimmenanteil bei der Abstimmung von 2013 mit 35.8% ebenfalls über einem Drittel gelegen hatte, war Court.

Mitte Oktober verabschiedete der Berner Regierungsrat zuhanden des Grossrates seinen Gesetzesentwurf zur Regelung der kommunalen Abstimmungen über einen Wechsel zum Kanton Jura. Die Vorlage enthielt zwei Varianten. Variante 1 sah vor, dass die Gemeinden, die um eine Abstimmung ersuchten, das Plebiszit an zwei unterschiedlichen Daten durchführten. Der Regierungsrat sprach sich für diese Variante aus, die er bereits im Frühjahr 2015 propagiert hatte und die dem Wunsch der involvierten Gemeinden entsprach. Variante 1 widersprach aber einer kantonalen Motion, die im Sommer überwiesen worden war und verlangte, dass die kommunalen Abstimmungen alle gleichzeitig durchgeführt werden sollen. Diesem Umstand trug der Regierungsrat in Vorlage 2 Rechnung: Wenn alle Gemeinden gleichzeitig abstimmen sollen, dann aber über unterschiedliche Fragestellungen. Die Nachbargemeinden von Moutier sollten in diesem Fall eine Eventualfrage beantworten.
Die Empfehlung der Regierung stiess der SVP sauer auf, fand bei den Autonomisten hingegen viel Lob. Die vorberatende Kommission sprach sich Anfang November mit 13 zu 2 Stimmen ebenfalls für die von der Regierung präferierte zweistufige Abstimmungsvariante aus.

In seiner Antwort auf eine Interpellation Graber (svp, BE) mischte sich auch der Bundesrat in die Frage ein, ob die kommunalen Abstimmungen zu einem allfälligen Kantonswechsel zeitgleich oder gestaffelt stattfinden sollen. Die Nachbargemeinden von Moutier wollten eigentlich nur abstimmen, wenn Moutier sich für einen Kantonswechsel ausspräche. Der Berner Grosse Rat hatte jedoch eine Motion überwiesen, mit der eine zeitlich gestaffelte Abstimmung verhindert werden soll. Graber wollte von der Landesregierung wissen, ob dieses Verbot gegen die Gemeindeautonomie verstosse und ob eine Eventualabstimmung – die kleineren Gemeinden sollten auch darüber befinden, ob sie einen Kantonswechsel wollten, falls Moutier nein stimmen würde – rechtskonform sei. In seiner Antwort Ende August wies der Bundesrat ausdrücklich darauf hin, dass das Verfahren noch nicht abgeschlossen sei und diese Frage noch vom Berner Grossrat im Rahmen der Debatte um die entsprechende Gesetzesänderung gelöst werden müsse. Im Prinzip sehe der Bundesrat aber die Gemeindeautonomie auch mit einer gleichzeitigen Abstimmung nicht verletzt. Zudem könne eine Eventualabstimmung durchgeführt werden, wenn die entsprechende Frage präzis gestellt werde. In ihrer Antwort machte die Landesregierung gar einen entsprechenden Vorschlag: "Wollen Sie, dass Ihre Gemeinde sich der Republik und dem Kanton Jura anschliesst, wenn die Bürgerinnen und Bürger der Gemeinde Moutier sich für den Übertritt ihrer Gemeinde in die Republik und den Kanton Jura entscheiden?" Wenig erfreut über die "Einmischung des Bundesrates" zeigte sich der Bürgermeister von Moutier, Maxime Zuber (BE, psa).

Mitte März legte die Berner Regierung einen ersten Entwurf für eine Gesetzesänderung vor, die den anstehenden kommunalen Abstimmungen einzelner bernjurassischer Gemeinden über einen möglichen Wechsel zum Kanton Jura als Grundlage dienen sollte. In der umstrittenen Frage der Terminierung schlug der Berner Regierungsrat eine Kompromisslösung vor. Um eine ganze Kaskade von Abstimmungen zu verhindern, waren maximal zwei Termine für die kommunalen Urnengänge vorgesehen. Damit trug die Regierung dem Umstand Rechnung, dass sich die Gemeinden Belprahon und Grandval, die neben Moutier bisher eine kommunale Abstimmung verlangt hatten, wohl nur dann zu einem möglichen Kantonswechsel äussern wollen, wenn Moutier diesen Beschluss zuvor fassen würde. Als Bedingung sah die Regierung allerdings vor, dass der zweite Termin innerhalb von sechs Monaten nach dem ersten Termin festgesetzt werden soll. Der Regierungsrat begründete den Vorschlag mit der Gemeindeautonomie, die nicht eingehalten würde, wenn man die Gemeinden zwingen würde, am gleichen Tag abzustimmen. Dieser Gesetzesentwurf soll voraussichtlich Anfang 2016 im Parlament beraten werden.
Die berntreuen Grossräte um Manfred Bühler (BE, svp) zogen ihre bereits früher eingereichte Forderung, dass die kommunalen Abstimmungen am gleichen Tag stattfinden sollen, nach dem Bekanntwerden des regierungsrätlichen Kompromissvorschlages allerdings nicht zurück. Man wolle den Forderungen der Separatisten nicht einfach diskussionslos nachkommen. Die Verhandlungen über diesen Vorstoss wurden Anfang Juni im Berner Grossrat geführt. Mit einer satten bürgerlichen Mehrheit von 88 zu 56 Stimmen wurde die Motion Bühler überwiesen. Es wurde argumentiert, dass nach dem deutlichen Abstimmungsresultat von 2013 schon genügend Rücksicht auf die Minderheiten genommen worden sei. Zudem wurde die Befürchtung laut, dass Moutier im Falle eines Ja bei einer nachgelagerten Abstimmung Druck auf die beiden kleinen Nachbargemeinden ausüben könnte. Die mahnenden Stimmen, den laufenden Prozess nicht zu stören, verhallten ungehört. Auch der Hinweis von Regierungsrat Philippe Perrenoud (BE, sp), dass es keinen Grund gebe, überstürzt etwas zu entscheiden, bevor die entsprechende, bereits vorliegende Gesetzesvorlage beraten werde, fruchtete nicht. Mit einem Vorschlag für eine Eventualabstimmung versuchte die kantonale EVP die Diskussion zu erweitern: Grandval und Belprahon sollten gleichzeitig mit Moutier abstimmen, aber in einer Eventualfrage auch dazu Stellung nehmen, ob ein Kantonswechsel auch dann bejaht würde, wenn Moutier Nein sagen würde.
Derweil kündigten die Verantwortlichen von Moutier an, die Abstimmung am 18. Juni 2017 durchführen zu wollen. In den Kommentarspalten wurde dies entweder als Provokation oder als geschickter Schachzug bezeichnet – am 18. Juni 1940 hatte Charles de Gaulle von London aus zur Résistance gegen das Naziregime aufgerufen. Moutier wolle seine Autonomie wahrnehmen und selber bestimmen, wann die Abstimmung durchzuführen sei.

In aller Regel wirft die Gewährleistung der kantonalen Verfassungsänderungen nach Abstimmungen durch das nationale Parlament keine hohen Wellen. Aufgrund umstrittener Volksentscheide in den Kantonen Bern und Tessin herrschte aber in der Frühlingsession insbesondere im Nationalrat grosser Diskussionsbedarf. Im Kanton Bern hatte im November 2013 eine Initiative der jungen SVP, die ein Verbot von Einbürgerungen für Kriminelle, Sozialhilfeempfänger und Personen ohne Aufenthaltsbewilligung forderte, überraschend eine Mehrheit erhalten.
Im Kanton Tessin war im September 2013 ein kantonales Vermummungsverbot gutgeheissen worden, das Burka- und Niqabträgerinnen als Zielgruppe anvisierte. Der Bundesrat hatte in seiner Botschaft in beiden Fällen eine Gewährleistung empfohlen. Eine links-grüne Minderheit der SPK-NR argumentierte jedoch, dass die Verweigerung der Einbürgerung von Sozialhilfeempfängern eine Diskriminierung darstelle und ein generelles Verhüllungsverbot der Religionsfreiheit widerspreche und unverhältnismässig sei. In der Debatte erinnerte Bundesrätin Simonetta Sommaruga daran, dass die Aufgabe des eidgenössischen Parlaments lediglich sei, zu beruteilen, ob eine kantonale Verfassung bundesrechtskonform umgesetzt werden könne – und nicht, ob man mit der Änderung einverstanden sei oder diese gut finde. Der Bundesrat sei sowohl im Falle des Kantons Tessin als auch des Kantons Bern zum Schluss gekommen, dass eine sorgfältige Umsetzung der von der Mehrheit der kantonalen Bevölkerung angenommenen Verfassungsänderungen durchaus im Sinne des Bundesrechts möglich sei. Aus diesem Grund seien die kantonalen Verfassungen zu gewährleisten. Die beiden Minderheitenanträge wurden in der Folge mit 131 zu 42 Stimmen (bei 13 Enthaltungen) im Falle des Kantons Bern bzw. mit 117 zu 56 Stimmen (bei 12 Enthaltungen) im Falle des Kantons Tessin abgelehnt und alle Verfassungen gewährleistet.

Im Ständerat stand – neben den Verfassungsänderungen in den Kantonen Bern und Tessin – noch eine weitere kantonale Änderung im Fokus. Bei der Abstimmung vom November 2013 über die Aufnahme eines Verfahrens für eine Zusammenarbeit zwischen dem Kanton Jura und Gemeinden aus dem Berner Jura wurde im Kanton Jura ein neuer Verfassungsartikel angenommen, mit dem die Aufnahme eines Fusionsprozesses angestossen werden soll. Weil aber die Stimmbevölkerung im Berner Jura zeitgleich ein solches Verfahren ablehnte, wäre der Artikel in der jurassischen Verfassung eigentlich hinfällig. Die Frage war nun, ob ein solcher hinfälliger Artikel gewährleistet werden soll. Bundesrätin Simonetta Sommaruga legte in der ständerätlichen Beratung dar, dass die Gewährleistung formaljuristisch nicht daran gebunden sei, ob ein Artikel umgesetzt werde oder nicht, sondern lediglich bedeute, dass eine Änderung mit der Bundesverfassung konform sei. Die Tatsache, dass die Regierung des Kantons Jura in einem Schreiben signalisiert habe, dass dieser Artikel nicht zur Anwendung kommen werde, stehe einer Gewährleistung nicht im Wege. Anders als im Jahr 1977, als ein ähnlicher Artikel nicht gewährleistet worden war, gehe es im zur Diskussion stehenden Artikel ja nicht um die Idee, Berner Gebiete in das Gebiet des Kantons Jura einzubinden, sondern eben lediglich um den Anstoss eines Prozesses. Die Regierung des Kantons Jura habe deutlich signalisiert – unter anderem auch mit der Sistierung des jährlichen Berichts über die Wiederherstellung des Juras an das jurassische Parlament –, dass es den neuen Artikel als gegenstandslos betrachte und keine Ansprüche daraus ableite. Eine Nicht-Gewährleistung dieses Artikels, so Sommaruga weiter, käme einer Negierung des jurassischen Volkswillens gleich, für die es keine rechtliche Begründung gäbe. Auch im Ständerat wurden in der Folge alle Kantonsverfassungen gewährleistet. Keinen Anlass zu Diskussionen hatten die Verfassungsänderungen in den Kantonen Uri, Solothurn, Basel-Stadt, Basel-Landschaft, Appenzell Ausserrhoden, Appenzell Innerrhoden und Waadt gegeben.

Das nationale Parlament hiess Teilrevisionen der Verfassungen der Kantone Zürich, Basel-Stadt, Basel-Land, Schaffhausen, Aargau, Thurgau, Wallis, Genf und Jura gut. Dabei wurde, dies eine Seltenheit, im Fall der Genfer Verfassung auch materiell zu einer Neuerung Stellung genommen: Der Aargauer Ständerat Reimann (svp) gab seinem Erstaunen darüber Ausdruck, dass sich der Kanton Genf den Verfassungsauftrag gegeben hat, mit seinen Staatsbetrieben auf dem liberalisierten Telekommunikationsmarkt aktiv zu werden. In der Herbstsession wurden auch Verfassungsteilrevisionen der Kantone Nidwalden, Basel-Land, Thurgau und Genf sanktioniert.

In der Sommersession genehmigte der Ständerat sowohl die Totalrevision der Ausserrhoder Verfassung wie die Verfassungsänderungen in den Kantonen Zürich, Luzern, Glarus, Schaffhausen, Appenzell Innerrhoden, Aargau, Genf und Jura. Der Nationalrat folgte ihm darin im Herbst.