Die verbliebenen sechs Differenzen zum Voranschlag 2023 konnte das Parlament in der ersten Runde des Differenzbereinigungsverfahrens klären. So pflichtete der Nationalrat seinem Schwesterrat bei, dass der Betrag für die internationalen Sportanlässe nicht zugunsten der Staffel-WM 2024 in Lausanne erhöht werden soll, nachdem die entsprechenden Weltmeisterschaften in der Zwischenzeit bereits an die Bahamas vergeben worden waren. Zudem bereinigte er die Differenz bezüglich den Direktzahlungen für die Landwirtschaft: In der ersten Beratung hatte der Nationalrat eine Mindesthöhe für die Versorgungssicherheitsbeiträge festlegen und den Bundesrat so daran hindern wollen, diese zugunsten anderer Kreditposten zu kürzen. Nun pflichtete die grosse Kammer dem Ständerat entgegen einem Minderheitsantrag Nicolet (svp, VD) bei und strich die entsprechende Rahmenbedingung der Kreditvergabe wieder. Offen blieben jedoch die vier übrigen Differenzen, bei denen der Nationalrat an seiner Position festhielt.

Diese bereinigte in der Folge der Ständerat. Er hiess die Krediterhöhung beim BASPO für Swiss Sport Integrity sowie die neue Rahmenbedingung zur Kreditvergabe beim BSV für Schutz und Rechte der Kinder stillschweigend gut. Bezüglich der Reservierung eines Betrags der Entwicklungszusammenarbeit mit den Ländern des Ostens für den Wiederaufbau der zivilen Infrastruktur in der Ukraine habe sich die Kommission gemäss Sprecherin Johanna Gapany (fdp, FR) überzeugen lassen, dass diese Mittel einerseits für andere Länder reserviert seien und dass die Verwendung für die Ukraine aufgrund des Hilfskredits im Nachtrag II zum Voranschlag 2022 nicht nötig sei. Stillschweigend bereinigte der Ständerat diese Differenz. Bei den Investitionsbeiträgen für Entwicklungsländer, die ebenfalls für die Ukraine hätten eingesetzt werden sollen, wollte die FK-SR zwar an ihrer Position festhalten, der Ständerat folgte jedoch einer Minderheit Zanetti (sp, SO) auf Streichung der Planungsgrösse. Der Minderheitensprecher hatte die «psychologisch unmögliche Situation», in der man die entsprechenden Gelder entweder wie vorgesehen verschiedenen Ländern Afrikas oder neu der Ukraine zukommen lassen könne, damit aufgelöst, dass er um Bereinigung der Differenz bat, um eine Ablehnung der gesamten Planungsgrössen und damit sämtlicher bisher getroffener Einigungen zu verhindern. Aus formellen Gründen solle man dem Nationalrat zustimmen und den Kredit nicht zusätzlich der Ukraine zusprechen, was der Ständerat in der Folge mit 30 zu 12 Stimmen tat und somit diese letzte Differenz bereinigte.

Damit sich eine solche Situation, in welcher der Bundesbeschluss der Planungsgrössen nur vollständig angenommen oder abgelehnt werden kann, zukünftig nicht mehr ergibt, erarbeitete die FK-NR einen Entwurf zur Umsetzung ihrer parlamentarischen Initiative 21.503.

Die FK-SR zeigte sich mit den meisten Entscheidungen des Nationalrats zum Voranschlag 2023 einverstanden und beantragte selbst kaum Änderungen. Kommissionssprecherin Johanna Gapany (fdp, FR) erläuterte, dass die ständerätliche Kommission ebenfalls Änderungen bei der Absatzförderung für Schweizer Wein, bei den einheimischen Nutztierrassen und beim Herdenschutz vorgesehen hätte. Da der Nationalrat die entsprechenden Erhöhungen jedoch bereits selbst vorgenommen hatte, folgte der Ständerat auf Antrag seiner Kommission diesbezüglich stillschweigend der Version des Erstrats.

Differenzen schuf die kleine Kammer hingegen bei den beiden nationalrätlichen Änderungen zu den Krediten des BASPO sowie beim Kredit für Kinderschutz/Kinderrechte. Johanna Gapany erklärte, man teile zwar das inhaltliche Ziel des Nationalrats, die Ethik im Sport zu verbessern, lehne aber eine Aufstockung des Kredits für Swiss Sport Integrity ab, solange man nicht mehr Informationen zur Verwendung der Mittel habe. Eine Minderheit Carobbio Guscetti (sp, TI) wollte dennoch dem Nationalrat folgen und den Kredit erhöhen, damit die zahlreichen Anfragen, welche die Meldestelle bisher erreicht hätten, bearbeitet werden könnten. Mit 23 zu 18 Stimmen folgte der Ständerat jedoch seiner Kommissionsmehrheit und schuf somit eine erste Differenz zum Erstrat. Eine weitere Differenz folgte beim Kredit für die Staffel-Weltmeisterschaften 2024, dessen Erhöhung der Ständerat stillschweigend ablehnte, nachdem Finanzminister Maurer erläutert hatte, dass die Weltmeisterschaften in der Zwischenzeit an die Bahamas vergeben worden seien. Schliesslich beantragte die Kommissionsmehrheit, dem Nationalrat bei der Festschreibung der Verwendung der Mittel für Kinderrechte und Kinderschutz für eine Übergangslösung beizupflichten. Der Ständerat folgte jedoch einer Minderheit Knecht (svp, AG), welche argumentierte, dass man diese Mittel erst für den geplanten Zweck reservieren solle, wenn die rechtliche Grundlage für die Ombudsstelle geschaffen worden sei.

Verschiedene Kommissionsminderheiten beantragten weitere Änderungen, vor allem bei den Planungsgrössen. So verlangte etwa eine Minderheit Herzog (sp, BS), dass das Bundesarchiv zukünftig an vier statt drei Wochentagen physisch offen ist, unterlag jedoch knapp mit 21 zu 20 Stimmen. Eine Minderheit Français (fdp, VD) wollte die Kredite für die generelle Entwicklungszusammenarbeit mit den Ländern des Ostens, für die wirtschaftliche Entwicklungszusammenarbeit mit ebendiesen Ländern sowie die Investitionsbeiträge für alle Entwicklungsländer erhöhen und/oder der zivilen Hilfe an die Ukraine zukommen lassen. Damit sollte der Wiederaufbau der zivilen Infrastruktur in der Ukraine insbesondere im Hinblick auf den Winter vorangetrieben werden. Kommissionssprecherin Gapany lehnte diese Anträge im Namen der Kommissionsmehrheit ab, zumal die entsprechenden Kredite bereits zugunsten anderer Länder eingeplant seien. Und obwohl auch Finanzminister Maurer auf Winterhilfs-Kredite im Rahmen des Nachtrags II zum Voranschlag 2022 mit demselben Zweck hinwies, nahm der Ständerat die Erhöhung bei der Entwicklungszusammenarbeit mit den Ländern des Ostens sowie bei den Investitionsbeiträgen für die Entwicklungsländer, nicht aber bei der wirtschaftlichen Entwicklungszusammenarbeit mit den Ländern des Ostens, an.
Schliesslich lag ein Einzelantrag Noser (fdp, ZH) auf Streichung der nationalrätlichen Rahmenbedingung zur Kreditvergabe für die Versorgungssicherheitsbeiträge bei den landwirtschaftlichen Direktzahlungen für das Jahr 2023 vor. Der Bundesrat hatte in seiner Botschaft vorgeschlagen, diese Versorgungssicherheitsbeiträge zugunsten anderer Formen der Direktzahlungen zu kürzen, worauf der Nationalrat jedoch verzichten wollte. Der Antragssteller befürchtete nun, dass das nationalrätliche Festhalten an der Höhe der Versorgungssicherheitsbeiträge die Umsetzung der parlamentarischen Initiative 19.475 für eine Risikoreduktion beim Einsatz von Pflanzenschutzmitteln gefährde. Mit 26 zu 15 Stimmen (bei 1 Enthaltung) hiess der Ständerat den Minderheitsantrag Noser gut und schuf somit eine weitere Differenz zum Nationalrat.

In der Folge nahm der Ständerat den Voranschlag 2023 sowie die Bundesbeschlüsse über die Entnahmen aus dem Bahninfrastrukturfonds für das Jahr 2023 und über die Entnahmen aus dem Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrsfonds für das Jahr 2023 in den Gesamtabstimmungen einstimmig an, ohne Gegenstimme (41 zu 0 Stimmen bei 1 Enthaltung) hiess er auch die Planungsgrössen im Voranschlag für das Jahr 2023 gut.

In der Wintersession 2022 behandelte das Parlament den Nachtrag II zum Voranschlag 2022 zusammen mit dem Voranschlag 2023. Anna Giacometti (fdp, GR) erläuterte dem Nationalrat die aktuelle Vorlage als Kommissionssprecherin: Nachdem National- und Ständerat in der Herbstsession 2022 bereits den Voranschlagskredit für subsidiäre Finanzhilfen über CHF 4 Mrd. an ein systemrelevantes Unternehmen der Elektrizitätswirtschaft bewilligt hatten, standen nun weitere Ausgaben von CHF 1.6 Mrd. in 23 Nachtragskrediten zur Diskussion. Den grössten Kreditposten stellte die Aufnahme von bis zu 110'000 Geflüchteten mit Schutzstatus S dar (CHF 1.2 Mrd.), gefolgt von Transport und Einrichtung von Reservekraftwerken im Kampf gegen eine mögliche Strommangellage ab dem Winter 2022/2023 (CHF 160 Mio. Nachtragskredit, CHF 470 Mio. Verpflichtungskredit) und einem Kredit zur Begleichung der Passivzinsen des Bundes aufgrund der Zinserhöhungen durch die SNB (CHF 135 Mio.). Zuvor hatte die FinDel bereits dringliche Kredite über CHF 4.3 Mrd. bewilligt (neben den CHF 4 Mrd. für die Elektrizitätswirtschaft auch CHF 303 Mio. für das Reservekraftwerk in Birr, für die höheren Migrationsausgaben, für die höheren Passivzinsen sowie für die Impfungen gegen die Affenpocken), diese müssen vom Parlament aber dennoch beraten werden. In der Zwischenzeit hatte der Bundesrat zudem zwei Nachmeldungen zum Nachtrag II vorgenommen, in denen er unter anderem CHF 100 Mio. für ein Winterhilfe-Paket zugunsten des Wiederaufbaus der zivilen Infrastruktur in der Ukraine beantragte.

Während sich die Kommissionsmehrheit mit allen Nachtragskrediten und Nachmeldungen einverstanden zeigte, lagen zahlreiche Minderheitsanträge vor. So verlangte eine Minderheit Friedl (sp, SG), die Beträge zugunsten der Ukraine aufzustocken, was der Nationalrat jedoch mehrheitlich ablehnte. Kürzungsanträge stellten hingegen Mike Egger (svp, SG) bezüglich des Globalbudgets des BAG für den Kauf des Impfstoffes gegen die Affenpocken sowie Benjamin Fischer (svp, ZH) zu den Integrationsmassnahmen für Ausländerinnen und Ausländer, sie blieben jedoch ebenfalls erfolglos. Abgelehnt wurden auch die Kürzungs- oder Streichungsanträge von Mitgliedern der SVP-Fraktion bezüglich verschiedener Kredite beim BFE: So sollte der Kredit für die Reservekraftwerke weniger stark erhöht, das Globalbudget des BFE gar nicht erhöht und der Nachtragskredit für die Notstromgruppen gestrichen werden, obwohl die FinDel bereits verschiedene dieser Beträge gutgeheissen hatte. Erfolglos blieb schliesslich auch ein Einzelantrag Glättli (gp, ZH) auf Erhöhung des Globalbudgets des BFE zur Finanzierung einer Informationskampagne zum Einsparpotenzial im Warmwasserbereich.
Mit 139 zu 51 Stimmen (bei 1 Enthaltung) hiess der Nationalrat in der Folge den zweiten Entwurf des Nachtrags II zum Voranschlag 2023 gut, die ablehnenden Stimmen stammten von den Mitgliedern der SVP-Fraktion.

Keine Änderungsanträge lagen im Ständerat vor, der sämtliche Kredite stillschweigend guthiess, sämtliche Ausgaben einstimmig genehmigte und den Entwurf schliesslich mit 38 zu 0 Stimmen ebenfalls einstimmig annahm.

Knapp einen Monat, nachdem das Parlament den Nachtrag Ia gutgeheissen hatte, präsentierte der Bundesrat seinen Nachtrag Ib zum Voranschlag 2022. Die 17 darin enthaltenen Nachtragskredite umfassten CHF 2.7 Mrd., wobei der Grossteil davon (CHF 2.1 Mrd.) erneut für die ALV eingesetzt werden sollte. Diese zusätzlichen Gelder für die ALV waren nötig geworden, nachdem das Bundesgericht die Bemessungsgrundlage für Kurzarbeitsentschädigungen von Mitarbeitenden im Monatslohn um die Lohnanteile für Ferien- und Feiertagsentschädigungen ergänzt hatte. Einen Bezug zur Covid-19-Pandemie wiesen darüber hinaus auch die Kredite zur Impfstoffbeschaffung (CHF 314 Mio.), die Abgeltung im Regionalen Personenverkehr (CHF 97 Mio.) sowie der Kredit zur Erhöhung des Funktionsaufwandes beim BAG (CHF 39 Mio.) auf. Zwar werde die Krisenorganisation im BAG reduziert, viele Massnahmen müssten dennoch aufrechterhalten werden, begründete der Bundesrat diesen Nachtragskredit. Eine andere aktuelle Krise nahm der Kredit für die humanitäre Hilfe aufgrund des Ukraine-Krieges (CHF 61 Mio.) auf, mit dem zu einem Viertel aus der Ukraine geflohene Personen in den Nachbarstaaten und zu drei Vierteln die in der Ukraine verbliebenen Personen unterstützt werden sollten. Auch für Übergangsmassnahmen bezüglich des Horizon Pakets 2021–2027 beantragte der Bundesrat einen Nachtragskredit (CHF 44 Mio.), da das Parlamente eine temporäre direkte Förderung von innovativen Projekten durch Innosuisse veranlasst hatte. Schliesslich sollten CHF 29.5 Mio. nachträglich für den Teuerungsausgleich beim Bundespersonal bewilligt werden, da ein solcher im Rahmen des Voranschlags 2022 nicht geplant gewesen war.