Anfang November 2020 verabschiedete die GPDel ihren Inspektionsbericht zum Fall Crypto AG und bat den Bundesrat um Stellungnahme zu den darin formulierten Ausführungen und Empfehlungen innert sechs Monaten. Der Bericht zeigte auf, dass der Strategische Nachrichtendienst, eine Vorgängerorganisation des NDB, ab 1993 gewusst hatte, dass ausländische Nachrichtendienste hinter der Crypto AG standen und dass die Firma sogenannte «schwache» Chiffriergeräte, deren Verschlüsselung mit realistischem Aufwand zu brechen war, exportierte. Im darauffolgenden Zeitraum sei von nachrichtendienstlicher Zusammenarbeit auszugehen, sodass der NDB als Nutzniesser der CIA-Operation «Rubikon» durch die Crypto AG anzusehen sei. Damit liege aber kein verbotener Nachrichtendienst vor, denn es sei grundsätzlich zulässig, dass der NDB und ausländische Dienste gemeinsam ein Unternehmen in der Schweiz nutzten, um Informationen über das Ausland zu beschaffen. Es sei auch nicht davon auszugehen, dass die Crypto AG den Schweizer Behörden jemals «schwache» Verschlüsselungsgeräte geliefert habe. Dies zeige aber, wie wichtig es sei, dass die Schweizer Behörden die Sicherheit dieser Geräte überprüfen oder gar deren Konzeption mitbestimmen könnten, betonte die GPDel. So gesehen sei es nicht verantwortbar, dass der Bund Verschlüsselungslösungen von ausländischen Lieferanten beziehe; der Bundesrat habe der Wichtigkeit einheimischer Lieferanten für die Verschlüsselungstechnik nicht die nötige Beachtung geschenkt.
Insbesondere erachtete es die GPDel angesichts der politischen Tragweite als falsch, dass die VBS-Führung erst Ende 2019 über die Rolle der Crypto AG in Kenntnis gesetzt worden war. Sie sah darin nicht zuletzt einen Mangel an Führung und Aufsicht durch den Bundesrat, womit dieser eine Mitverantwortung für den jahrelangen Export von manipulierten Chiffriergeräten durch die Crypto AG trage. Weil keiner der Vorgänger Viola Amherds durch die NDB-Führungsriege, die offenbar selbst entschied, wer was zu wissen brauchte, über die Vorgänge informiert worden war, war von einem «Staat im Staat» und einem «Eigenleben» des NDB in der Presse zu lesen. Ebenso thematisiert wurde der problematische Umgang des NDB mit historischen Dokumenten: Wie die GPDel berichtete, wurden nur durch einen «Glücksfall» die entscheidenden Akten zur Aufklärung der Crypto-Affäre in einem alten Kommandobunker aufbewahrt – und dort auch gefunden.
Mit der Sistierung der Generalausfuhrbewilligungen für Chiffriergeräte der Crypto International AG, einer Nachfolgefirma der Crypto AG, im Dezember 2019, habe das WBF schliesslich widerrechtlich gehandelt, da die gesetzlichen Voraussetzungen für einen Widerruf nicht erfüllt gewesen seien; es habe damit lediglich versucht, ungünstige Medienberichterstattung zu vermeiden. Diese Rüge der GPDel ging in erster Linie an den amtierenden WBF-Vorsteher Guy Parmelin, der sich damit «prophylaktisch dem medialen Druck gebeugt» (NZZ) und dadurch im Bestreben, den Ruf der Schweiz als Technologiestandort und neutraler Staat zu wahren, falsche Entscheidungen getroffen habe, so das Urteil der Medien. Die darauffolgende Blockade der Einzelausfuhrgesuche durch den Bundesrat verstiess nach Einschätzung der GPDel gegen Treu und Glauben, da keine rechtlichen Gründe gegen deren Bewilligung gesprochen hätten. Dazu veranlasst hatte den Bundesrat eine Strafanzeige gegen die Crypto International AG, die das Seco eingereicht hatte, weil es einen Verstoss gegen Deklarationspflichten des Güterkontrollrechts vermutete. Aus Sicht der GPDel entbehrte diese jedoch einer sorgfältig erstellten Faktenlage und Argumentation und war «kein geeignetes Mittel, um auf den Fall Crypto AG zu reagieren». Damit sei die Strafanzeige lediglich ein Versuch gewesen, «sich der politischen Verantwortung zu entledigen» und die Bewältigung des Falles der Justiz zu überlassen.
Am Ende des Berichts formulierte die GPDel zwölf konkrete Empfehlungen an die Bundesbehörden, was zur Bewältigung der Crypto-Affäre und zur Vermeidung ähnlicher Fehler in Zukunft getan werden soll. Diese enthielten sowohl konkrete Schritte wie die Bewilligung aller Ausfuhrgesuche der Crypto International AG und der Einstellung des Strafverfahrens gegen dieselbe als auch Massnahmen zur Verbesserung der Kommunikation innerhalb und zwischen den involvierten Bundesbehörden.

Die Debatte um den US-Abhörskandal erhielt erneut Aufwind, als das deutsche Nachrichtenmagazin Spiegel enthüllte, dass eine gemeinsame Einheit der CIA und NSA unter dem Dach der amerikanischen UNO-Mission in Genf gezielt Abhöraktionen durchgeführt hatte. Diverse Politiker forderten eine Protestnote an die US-Botschaft. Das EDA wollte jedoch keine Retorsionsmassnahmen ergreifen und der Bundesrat betonte, dass kein direkter Datenaustausch zwischen dem Nachrichtendienst des Bundes (NDB) und der NSA stattfände. Die Bundesanwaltschaft eröffnete ihrerseits mit der Genehmigung des Bundesrates ein Strafverfahren gegen Unbekannt. Gleich zu Beginn dämpfte Bundesanwalt Lauber jedoch die Erwartungen: Aus solchen Ermittlungen Erkenntnisse zu gewinnen, sei schwierig, weil sich Staaten in politischen Delikten generell keine Rechtshilfe leisteten. Durch diese Enthüllungen wurde einer bisher kaum beachteten Bestimmung im Entwurf des Nachrichtendienstgesetzes erstmals Aufmerksamkeit geschenkt: Laut dem Gesetzesentwurf soll der Austausch mit ausländischen Geheimdiensten ohne Zustimmung des Bundesrates möglich werden (Art. 10 NDG).

Nach den Attentaten vom 11. September in den USA beteiligte sich die Schweiz an den weltweiten Versuchen, die logistischen und organisatorischen Netzwerke der Terroristen aufzudecken und zu zerschlagen. Erste Abklärungen ergaben, dass bedeutsame Verbindungen zur Schweiz und namentlich dem schweizerischen Finanzplatz mit hoher Wahrscheinlichkeit nicht bestanden hatten. Konten von Organisationen, welche den US-Behörden verdächtig erschienen, wurden von der Bundesanwaltschaft gesperrt, und eine im Tessin angesiedelte islamische Finanzgesellschaft wurde polizeilich durchsucht. Obwohl sich von der für die Anschläge in den USA verantwortlich gemachten islamischen Organisation Al-Quaida in der Schweiz keine Spuren finden liessen, wurde sie und eventuelle Nachfolgeorganisationen sowie Unterstützungsaktionen zu ihren Gunsten vom Bundesrat verboten. Interpellationen von Ständerat Fünfschilling (fdp, BL) sowie der FDP-Fraktion im Nationalrat gaben dem Bundesrat Gelegenheit, sein Konzept und die bestehenden und geplanten Vorkehrungen zu einer wirksamen Bekämpfung des internationalen Terrorismus darzulegen. Eine umfassende Lagebeurteilung kündigte er für das Frühjahr 2002 an. Eine Motion Merz (fdp, AR) für einen Ausbau des Instrumentariums der Staatsschutzorgane namentlich im Bereich der Nutzung von elektronischen Datenbanken und Informationssystemen bei gleichzeitiger Verstärkung der parlamentarischen Aufsicht überwies die kleine Kammer in Postulatsform. Die CVP reichte ihrerseits Motionen für mehr Überwachungskompetenzen und eine Lockerung der Datenschutzbestimmungen für den Nachrichtendienst ein.

Trotz der Skepsis des Bundesrates stimmte der Nationalrat dem Beschluss über die Einsetzung einer Kommission zur Untersuchung der Beziehungen von schweizerischen Personen und Unternehmen zur Staatssicherheitspolizei (Stasi) der ehemaligen Deutschen Demokratischen Republik zu. Er überwies in diesem Zusammenhang auch eine Motion seiner Rechtskommission, welche den Bundesrat ersucht, die nötigen diplomatischen Schritte zu unternehmen, damit schweizerische Forscher Zugang zu den sich in Deutschland, Russland und den USA befindlichen Quellen erhalten. Der Bundesrat gab bekannt, dass entsprechende Zusicherungen aus Deutschland (Gauck-Behörde) vorliegen würden, für die beiden anderen Staaten aber kaum erhältlich seien.