Anfang November 2020 verabschiedete die GPDel ihren Inspektionsbericht zum Fall Crypto AG und bat den Bundesrat um Stellungnahme zu den darin formulierten Ausführungen und Empfehlungen innert sechs Monaten. Der Bericht zeigte auf, dass der Strategische Nachrichtendienst, eine Vorgängerorganisation des NDB, ab 1993 gewusst hatte, dass ausländische Nachrichtendienste hinter der Crypto AG standen und dass die Firma sogenannte «schwache» Chiffriergeräte, deren Verschlüsselung mit realistischem Aufwand zu brechen war, exportierte. Im darauffolgenden Zeitraum sei von nachrichtendienstlicher Zusammenarbeit auszugehen, sodass der NDB als Nutzniesser der CIA-Operation «Rubikon» durch die Crypto AG anzusehen sei. Damit liege aber kein verbotener Nachrichtendienst vor, denn es sei grundsätzlich zulässig, dass der NDB und ausländische Dienste gemeinsam ein Unternehmen in der Schweiz nutzten, um Informationen über das Ausland zu beschaffen. Es sei auch nicht davon auszugehen, dass die Crypto AG den Schweizer Behörden jemals «schwache» Verschlüsselungsgeräte geliefert habe. Dies zeige aber, wie wichtig es sei, dass die Schweizer Behörden die Sicherheit dieser Geräte überprüfen oder gar deren Konzeption mitbestimmen könnten, betonte die GPDel. So gesehen sei es nicht verantwortbar, dass der Bund Verschlüsselungslösungen von ausländischen Lieferanten beziehe; der Bundesrat habe der Wichtigkeit einheimischer Lieferanten für die Verschlüsselungstechnik nicht die nötige Beachtung geschenkt.
Insbesondere erachtete es die GPDel angesichts der politischen Tragweite als falsch, dass die VBS-Führung erst Ende 2019 über die Rolle der Crypto AG in Kenntnis gesetzt worden war. Sie sah darin nicht zuletzt einen Mangel an Führung und Aufsicht durch den Bundesrat, womit dieser eine Mitverantwortung für den jahrelangen Export von manipulierten Chiffriergeräten durch die Crypto AG trage. Weil keiner der Vorgänger Viola Amherds durch die NDB-Führungsriege, die offenbar selbst entschied, wer was zu wissen brauchte, über die Vorgänge informiert worden war, war von einem «Staat im Staat» und einem «Eigenleben» des NDB in der Presse zu lesen. Ebenso thematisiert wurde der problematische Umgang des NDB mit historischen Dokumenten: Wie die GPDel berichtete, wurden nur durch einen «Glücksfall» die entscheidenden Akten zur Aufklärung der Crypto-Affäre in einem alten Kommandobunker aufbewahrt – und dort auch gefunden.
Mit der Sistierung der Generalausfuhrbewilligungen für Chiffriergeräte der Crypto International AG, einer Nachfolgefirma der Crypto AG, im Dezember 2019, habe das WBF schliesslich widerrechtlich gehandelt, da die gesetzlichen Voraussetzungen für einen Widerruf nicht erfüllt gewesen seien; es habe damit lediglich versucht, ungünstige Medienberichterstattung zu vermeiden. Diese Rüge der GPDel ging in erster Linie an den amtierenden WBF-Vorsteher Guy Parmelin, der sich damit «prophylaktisch dem medialen Druck gebeugt» (NZZ) und dadurch im Bestreben, den Ruf der Schweiz als Technologiestandort und neutraler Staat zu wahren, falsche Entscheidungen getroffen habe, so das Urteil der Medien. Die darauffolgende Blockade der Einzelausfuhrgesuche durch den Bundesrat verstiess nach Einschätzung der GPDel gegen Treu und Glauben, da keine rechtlichen Gründe gegen deren Bewilligung gesprochen hätten. Dazu veranlasst hatte den Bundesrat eine Strafanzeige gegen die Crypto International AG, die das Seco eingereicht hatte, weil es einen Verstoss gegen Deklarationspflichten des Güterkontrollrechts vermutete. Aus Sicht der GPDel entbehrte diese jedoch einer sorgfältig erstellten Faktenlage und Argumentation und war «kein geeignetes Mittel, um auf den Fall Crypto AG zu reagieren». Damit sei die Strafanzeige lediglich ein Versuch gewesen, «sich der politischen Verantwortung zu entledigen» und die Bewältigung des Falles der Justiz zu überlassen.
Am Ende des Berichts formulierte die GPDel zwölf konkrete Empfehlungen an die Bundesbehörden, was zur Bewältigung der Crypto-Affäre und zur Vermeidung ähnlicher Fehler in Zukunft getan werden soll. Diese enthielten sowohl konkrete Schritte wie die Bewilligung aller Ausfuhrgesuche der Crypto International AG und der Einstellung des Strafverfahrens gegen dieselbe als auch Massnahmen zur Verbesserung der Kommunikation innerhalb und zwischen den involvierten Bundesbehörden.

Auch 2019 trafen sich die Spitzen der vier Regierungsparteien, um im Rahmen der von-Wattenwyl-Gespräche mit dem Bundespräsidenten und einer Delegation des Bundesrats über wichtige anstehende Geschäfte zu diskutieren. Die Regierung nutzt diese vier mal pro Jahr im von-Wattenwyl-Haus in Bern stattfindenden Gespräche, um über zentrale Anliegen zu informieren und mit den Parteien über mögliche Lösungsansätze zu verhandeln.

Mitte Februar, kurz vor der Frühjahrssession, diskutierten Guy Parmelin, Ignazio Cassis, der aktuelle Bundespräsident Ueli Maurer sowie Bundeskanzler Walter Thurnherr mit den Parteien über die Europapolitik und die wirtschaftliche Entwicklung. Aussenminister Ignazio Cassis informierte über den Stand des institutionellen Rahmenabkommens mit der EU und über das Vorgehen beim UNO-Migrationspakt. Diskutiert wurde weiter über die Auswirkungen des Brexit auf die Schweiz. Neo-Wirtschaftsminister Guy Parmelin orientierte über die Konjunkturlage und über die geplanten Gespräche über ein Freihandelsabkommen mit den USA. Im Weiteren kritisierten die Parteien, dass der Bundesrat mit seiner Weigerung, eine unabhängige Behörde einzusetzen, die Regulierungsfolgenabschätzungen bei neuen Gesetzen vornehmen soll, verschiedene Motionen nicht vollständig umsetze.

Um über die Beschaffung der neuen Kampfflugzeuge zu diskutieren, nahm die neue Vorsteherin des VBS, Viola Amherd, erstmals als Bundesrätin an den von-Wattenwyl-Gesprächen teil. Sie führte aus, dass der Kauf der Flugzeuge, nicht aber des ebenfalls zu beschaffenden Systems für eine bodengestützte Luftverteidigung als referendumsfähiger Planungsbeschluss vorgelegt werden soll. Neben Amherd, dem Bundespräsidenten und dem Bundeskanzler war auch Simonetta Sommaruga bei den Gesprächen zugegen. Die Neo-Energieministerin informierte über die Entwicklungen in der Klimapolitik, da das Parlament in der anstehenden Sommersession auch über das CO2-Gesetz debattieren wird. Finanzminister Ueli Maurer berichtete zudem über den Stand der Bundesfinanzen. Man habe ein finanzpolitisches Ausnahmejahrzehnt hinter sich. Die Parteien wünschten schliesslich auch eine Information zur aktuellen Europapolitik.

Das Europadossier war dann auch wieder Gegenstand der Klausur im Vorfeld der Herbstsession Ende August, bei der der Bundesrat in corpore teilnahm. Ignazio Cassis informierte über die innenpolitische Diskussion, die zu den noch offenen Punkten im Rahmenabkommen angestossen worden sei. Guy Parmelin sprach zu den Freihandelsverhandlungen mit den Mercosur-Staaten. Diskutiert wurde zudem über die Probleme mit sogenanntem «Soft Law». Schliesslich legten die einzelnen Departementsvorsteherinnen und -vorsteher ihre strategischen Ziele im Rahmen der Legislaturplanung 2019–2023 dar. Die Parteien betonten dabei die Bedeutung der Digitalisierung.

Mitte November – also nach den eidgenössischen Wahlen und vor der ersten Session der 51. Legislatur – diskutierten die Beteiligten Politikspitzen über die prognostizierte konjunkturelle Abschwächung. Im Rahmen der Diskussionen rund um die Europapolitik kam erneut der Brexit und die so genannte «Mind the gap»-Strategie zur Sprache: Die Schweiz hat sich früh mit Hilfe von bilateralen Abkommen mit Grossbritannien auf mögliche Szenarien vorbereitet. Debattiert wurde zudem auch der Fall «Pilatus» bzw. der Entscheid des EDA, dass die Unterstützung der Regime von Saudi-Arabien und den Vereinigten Arabischen Emiraten durch die Pilatus Werke einzustellen sei.