Uneinig war man sich in der CVP bei der Militär- und Sicherheitspolitik. CVP-Stände- und Nationalräte beurteilten Fragen wie die Höhe der Verteidigungsausgaben, die Grösse der Armee und den Zeitpunkt für die Beschaffung der neuen Kampfflugzeuge äusserst unterschiedlich. Parteipräsident Darbellay ärgerte sich öffentlich über die „Armeefreunde“ in der kleinen Kammer, die für eine Aufstockung des Budgets und eine rasche Beschaffung der Flugzeuge votierten, nachdem sich die Partei in ihrer Wahlplattform für eine schlanke Armee ausgesprochen hatte. Schliesslich sorgten im Herbst dann aber auch rund drei Viertel der CVP-Nationalräte dafür, dass dem höheren Armeebudget zugestimmt wurde.

En août, le Conseil fédéral a mis en consultation une révision de la législation militaire. Celle-ci prévoyait d’obliger les soldats de milice à accomplir des cours de répétition de six semaines à l’étranger (pour les membres des troupes de blindés, de l’artillerie, des troupes d’aviation et de défense aérienne), la forte densité de constructions en Suisse ne permettant plus de faire de grandes manœuvres, mais également à participer à des opérations de maintien de la paix à l’étranger. L’avant-projet présenté par le conseiller fédéral Samuel Schmid, chef du DDPS, a été relativement mal reçu. En effet, tous les partis gouvernementaux, de même que la Société suisse des officiers et l’Union patronale suisse, se sont déclarés opposés à ce projet. Le PDC a rejeté cette révision en argumentant que le plan de refonte de l’armée 2008-2011 devait d’abord être défini et adopté, et a ajouté que de tels cours de répétition devaient rester une exception. D’abord favorables au projet, les radicaux ont cependant exprimé par la suite leurs réticences face à une absence de six semaines, qui serait trop lourde pour les employeurs. Les socialistes, favorables à la participation de militaires suisses à des opérations de maintien de la paix à l’étranger, se sont opposés de leur côté au fait que le DDPS veuille sortir de la Suisse pour entreprendre de « grandes manœuvres ». L’UDC s’est quant à elle élevée contre ce projet, fustigeant l’ensemble de la démarche. L’ASIN, farouche opposante à cette révision, a déclaré qu’elle examinerait l’opportunité de lancer le référendum, si celle-ci était adoptée.

En début d’année, le DDPS a remis au Conseil fédéral le plan directeur d’Armée XXI, dont les grandes lignes avaient été exposées l’année précédente. Changement d’importance survenu entre temps sur l’initiative du commandant de corps Jean Abt: la possibilité pour les recrues de partager leur école en deux périodes de trois mois, étalées sur deux ans. Le plan directeur entérine aussi la décision d’ouvrir tous les fonctions militaires aux femmes, ainsi que la disparition des troupes du train et des cyclistes. Il a aussi précisé l’un des points essentiels de la réforme: la centralisation du recrutement dans six centres, qui accueilleront dès 2002 les jeunes appelés pour un séjour de deux ou trois jours. L’objectif de ce nouveau système est de cerner au mieux les profils psychologiques des recrues et d’éviter ainsi un taux trop important d’abondons en cours de service militaire. Alors que ce taux s’élevait à 8% en 1980, il a atteint un peu moins de 15% en 2000. Ce phénomène représenterait 90'000 jours de service et un coût évalué à CHF 10 millions. Entre six et sept centres de recrutement seront opérationnels dès 2003. A ce sujet, le gouvernement a reçu les doléances mi-inquiètes, mi-offusquées, du Tessin. Ce dernier ne serait pas inscrit sur la liste des cantons chargés d’abriter les nouveaux centres de recrutement. Le conseiller d’Etat Luigi Pedrazzini (pdc), chef des Affaires militaires du Tessin, s’en est ouvert à Samuel Schmid, invoquant «une question de principe» et rappelant l’importance pour le canton italophone de conserver un contrôle direct sur le recrutement de ses ressortissants, soit environ 1300 jeunes gens par année.
Sans remettre en cause les points essentiels du plan directeur, le gouvernement a toutefois demandé au département de Samuel Schmid de faire en sorte de réduire le budget prévu annuellement, de CHF 4.3 milliards à 4 milliards, demande que Samuel Schmid a déclaré incompatible avec les objectifs de fonctionnement d’Armée XXI et son souci d’autonomie. Cet argument a porté ses fruits, puisque le Conseil fédéral, lors de la mise en consultation du plan directeur quelques semaines plus tard, a finalement maintenu le budget militaire initial. Le renforcement de la part des investissements voulu par le DDPS fut un argument important dans le maintien de ce budget: sur CHF 4.3 milliards, 2 milliards seront alloués aux investissements, soit un plan de dépenses de CHF 29 milliards répartis sur 15 ans. La mise en application d’Armée XXI est prévue pour le 1er janvier 2003.
Au cours de sa mise en consultation, le plan directeur a subi de très nombreuses critiques de sources politiques, civiles et militaires. Plus tôt dans l’année, un groupe de hauts gradés avait déjà publié dans la presse une lettre où il jugeait la réforme inconstitutionnelle, car ne tenant plus compte du principe de défense autonome inscrit dans la Constitution. Une fois le projet transmis en consultation, la Société suisse des officiers (SSO) a émis le souhait d’y voir adapté des modifications, notamment dans les domaines de l’organisation et de la formation. Au niveau des partis, le PS, jetant un véritable pavé dans la mare, a plaidé pour une défense professionnelle de 15'000 hommes. Si l’armée de milice devait être maintenue, le parti préconiserait un maximum de 120'000 soldats au total, pour 200 jours de service et un budget de CHF 2.5 milliards. Le tout répondrait à une analyse des menaces probables, effectuée chaque dix ans. Pour sa part, le PRD, pourtant largement initiateur de la réforme, a demandé une révision entière de la réforme. Le parti a déploré l’abandon du train et la trop longue période d’affilée de l’école de recrue, handicap pour l’économie et pour la formation universitaire. Il a plaidé pour une école de 280 jours maximum, une plus grande prise en considération des commandements régionaux et, partant, une marge de manœuvre de l’état-major général plus limitée. Enfin, il a soulevé les risques d’une armée à deux vitesses, avec une professionnalisation accrue du secteur militaire. Toujours dans un registre conservateur, l’UDC s’est élevée contre les projets d’ouverture et de coopération internationale de la réforme. Elle a rejeté l’option du service long (300 jours), ferment de professionnalisation, ainsi que la limite d’âge fixée à 30 ans. L’ASIN a voué aux gémonies le projet, le jugeant «incohérent, superficiel et dépassé». Lors de l’assemblée des délégués udc, Samuel Schmid a même été violemment désavoué par les membres de son parti: 291 voix contre 49 ont proposé le renvoi du plan directeur au Conseil fédéral. Parmi les partis gouvernementaux, seul le PDC a approuvé le projet dans son ensemble, soulignant au passage l’importance de la nature de milice de l’armée suisse.
Les associations d’étudiants ont contesté le nouveau calendrier de l’école de recrues, le jugeant inadapté aux contraintes universitaires. Alors que 16 semaines d’école de recrue traditionnelles empêchaient déjà les nouveaux universitaires d’assister au début des cours en octobre (pour les deux tiers d’étudiants qui choisissent d’effectuer leur service en été), les 24 semaines d’affilée prévues par Armée XXI apparaissent comme un obstacle infranchissable au cursus des universitaires. L’Union nationale des étudiants suisses (VSS/UNES) a aussi rappelé que l’abaissement de la limite d’âge pour servir, de 42 à 30 ans, concentre les obligations militaires sur une durée inadéquate pour les recrues universitaires – un quart des 20'000 personnes appelées chaque année sous les drapeaux –, contraintes à jongler difficilement entre leurs examens et leurs jours de service. L’association a peur que le DDPS ne cherche à encourager, par ce calendrier, le choix d’un service long de la part des étudiants.
Face à cette volée de voix discordantes, le DDPS a été contraint de retarder le calendrier de mise en application d’Armée XXI, et d’en modifier les points conflictuels. Les quatre changements par rapport au plan directeur: la durée de l’école de recrue est ramenée à 21 semaines au lieu de 24, soit 262 jours d’affilée; la troupe du train, chère aux conservateurs, est finalement maintenue; le poids des unités blindées est revu à la baisse, passant de trois à deux brigades; enfin, le système de service long (300 jours d’affilée) ne pourra pas excéder un cinquième des effectifs, répondant ainsi aux craintes d’une professionnalisation de l’armée. La mouture finale du texte a été transmise en octobre au parlement.

En relation avec le problème de l’afflux des requérants d’asile en Suisse, il a été à plusieurs reprises question de l’emploi de l’armée en vue de renforcer le corps des gardes-frontières et d’encadrer les réfugiés. Au parlement, une motion Freund (udc, AR) (Mo. 98.3106) a notamment été déposée devant le Conseil national, demandant au gouvernement de soumettre aux chambres, dans les plus brefs délais, un arrêté fédéral urgent qui permette de renforcer le Corps des gardes-frontière en engageant la troupe dans le cadre du service d’instruction normal. Combattue par la gauche, la décision sur la motion Freund a été renvoyée.
Une autre motion du groupe parlementaire démocrate-chrétien du Conseil national proposait de confier à des militaires en service d’appui la gestion des structures d’hébergement destinées à l’accueil d’urgence des requérants d’asile. Le groupe libéral des chambres fédérales a quant à lui déposé deux motions devant le Conseil national afin que la Suisse crée et gère des camps de réfugiés à proximité des zones de crise à l’étranger. Selon ce dernier, l’armée pourrait s’acquitter de cette mission. Le but recherché est d’éviter des déplacements de population et de soulager les centres d’accueil en Suisse.

Le projet de construire une bretelle auto-routière provisoire pour l'organisation du défilé militaire d'Emmen (LU) afin de faciliter l'accès du public a suscité de vives protestations dans le canton; les écologistes, la gauche ainsi que les démocrates-chrétiens, représentant ainsi la majorité du Grand Conseil, se sont même prononcés pour l'annulation du défilé. Le DMF et le Département militaire lucernois ont été chargés, en conséquence, de revoir leur conception de cette manifestation. Finalement, il fut décidé d'organiser une journée de l'armée, où celle-ci a notamment été représentée par des expositions, des démonstrations, des représentations et même par deux mini-défilés. Cette manifestation, pour laquelle les Chambres ont débloqué un crédit de CHF 1.5 million, fut organisée par le corps d'armée de campagne 2. L'aspect écologique fut pris en compte, puisque la desserte fut assurée en grande partie par les transports publics.

C'est dans cette atmosphère de parcimonie que, présentant l'étude de son groupe «politique étrangère et politique de sécurité» sur la guérilla et la résistance civile, le PDC suisse a réaffirmé son allégeance à la primauté de la défense opérative. Il exige, toutefois, que soient exploitées toutes les possibilités de préparer le pays à la guérilla, car celle-ci a son rôle à jouer comme prolongement de la défense en territoire occupé. Sans craindre de voir grand, les militaires, eux, ont débattu des données actuelles de la défense combinée. C'est que le prochain plan directeur, qui fixera les objectifs que la préparation de la défense militaire devra atteindre dans les années 90, est en maturation. Tandis qu'une «pause de réflexion» était imposée à l'administration militaire au début de l'année, pour y calmer les controverses relatives aux moyens de rehausser mobilité et capacité de défense antichar, les doctrines modernes d'engagement et les systèmes d'armes qui leur correspondent ont fait l'objet d'un examen approfondi au sein de la Société suisse des officiers. Les partisans d'une mécanisation accrue y ont donné le ton.