Hauchdünn, mit nur einer Stimme Differenz, entschied der Nationalrat in der Frühjahrssession 2017, die Motion „Landwirtschaftliche Tierhalter müssen beim Stall wohnen dürfen“ anzunehmen. Kommt der Ständerat zum selben Entschluss, so wird der Bundesrat beauftragt, dem Parlament eine Gesetzesänderung zu präsentieren, nach welcher auf jedem landwirtschaftlichen Betrieb mit Tierhaltung zonenkonform ein Wohnhaus gebaut werden darf, unabhängig von dessen Produktionsrichtung.
Neben Motionär Leo Müller (cvp, LU) setzten sich verschiedene Vertreter der SVP und CVP für das Anliegen ein. Mit den bisherigen Bestimmungen war es in der Milchkuh- und Zuchtschweinehaltung erlaubt, neben den Ställen ein Wohnhaus zu bauen. Wer aber nur Mutterkühe oder andere Tiere hielt, der hatte keine Möglichkeit von dieser Ausnahmeregelung zu profitieren. Diese unterschiedliche Handhabung wurde vom Motionär als nicht nachvollziehbar bezeichnet.
Umstritten war die Vorlage vor allem aus zwei Gründen: Einerseits war mit der Zersiedelungsinitiative (17.063) gleichzeitig eine Initiative im Gange, welche unter anderem den intensiveren Schutz von Kulturland forderte und somit genau in die gegengesetzte Richtung zielte. Andererseits wurde von Bundesrätin Leuthard argumentiert, dass eine weitere Ausnahmeregelung zu Wohnbauten ausserhalb der Bauzone nicht zielführend sei. Es sei sinnvoller, die Diskussion um Ausnahmen im Rahmen der zweiten Etappe der Revision des Raumplanungsgesetzes (RPG 2) zu führen, welche für den Herbst desselben Jahres geplant war. Schliesslich wurde die Motion mit 94 zu 93 Stimmen (3 Enthaltungen) angenommen.

In der Herbstsession lehnte der Ständerat einen Systemwechsel bei der Wohneigentumsbesteuerung ab und schuf damit eine gewichtige Differenz zum Nationalrat. In der Eintretensdebatte beantragte Kommissionssprecher Schiesser (fdp, GL), die Eigenmietwertbesteuerung nicht abzuschaffen und damit auf einen Systemwechsel zu verzichten. Stattdessen solle die Eigenmietwertbesteuerung im Rahmen der geltenden Ordnung optimiert werden. Konkret beantragte er eine Reduktion des Eigenmietwerts auf 60% des Marktwerts, eine griffige Härtefallregelung und die Einführung eines Bausparmodells. Der vom Nationalrat im Vorjahr beschlossene Systemwechsel löse zwar das Problem der gerechten Festlegung des Eigenmietwerts, und das Schuldenmachen werde nicht mehr belohnt, doch erfordere er für Ersterwerber Abfederungen, die vermutlich mehr kosteten, als vom Bundesrat veranschlagt. Deshalb sei die geltende Ordnung mit der Möglichkeit des unbegrenzten Abzugs der Schuldzinsen und der Unterhaltskosten einem Systemwechsel vorzuziehen. Leuenberger (sp, SO) plädierte für Nichteintreten, da die zusätzlichen Steuererleichterungen – nach den Entlastungen bei der Familienbesteuerung – für den Bund nicht finanzierbar seien. Namens der CVP-Fraktion forderte David (cvp, SG) sowohl eine steuerliche Entlastung der Familien als auch eine Entlastung des Wohneigentums und damit einen Systemwechsel. Bundesrat Villiger hielt einen Systemwechsel nicht für zwingend, doch sei das heutige System nicht gerecht, weil es Begüterte, wenn sie die Abzugsmöglichkeiten geschickt nutzten, deutlich bevorzuge. Der Rat trat auf die Vorlage ein und lehnte mit 23:13 Stimmen den Antrag David und damit den Systemwechsel ab. In der Detailberatung folgte die kleine Kammer grossmehrheitlich den Anträgen ihrer WAK: Sie beschloss eine Reduktion des Eigenmietwerts auf 60% des Marktmietwerts und lehnte einen Antrag Plattner (sp, BS) und die Empfehlung des Bundesrats, der nur auf zwei Drittel des Marktwerts hinuntergehen wollte, ab. Anschliessend setzte sich eine Minderheit Dettling (fdp, SZ) durch, die in Härtefällen den Eigenmietwert bis zur Hälfte herabsetzen wollte – die Kommissionsmehrheit hatte nur bis zu zwei Drittel zugestehen wollen. Die maximale Höhe der abziehbaren Schuldzinsen wurde unverändert aus der alten Regelung übernommen (Vermögensertrag plus CHF 50'000). Beim Bausparen folgte die kleine Kammer dem Vorschlag des Bundesrats und lehnte das basellandschaftliche Modell, das der Nationalrat favorisiert hatte, ab. Zusätzlich wurde die Behandlungsfrist der Parlamentarischen Initiativen Bisig (99.413), Büttiker (99.412) und Maissen (98.458) um zwei Jahre verlängert. In der Wintersession hielt der Nationalrat auf Antrag seiner Kommission gegen die Stimmen der FDP und der SVP an der Abschaffung der Eigenmietwertbesteuerung fest. Gegen die Stimmen der Grünen und der SP bekräftigte er auch seinen Entscheid für das basellandschaftliche Modell des Bausparens.

Der Nationalrat befasste sich in der Herbstsession mit dem Geschäft. Entgegen ihrem im Vorjahr ausgearbeiteten Modell hielt die Mehrheit der WAK den vom Bundesrat vorgeschlagenen Systemwechsel nun nicht mehr für notwendig und beantragte lediglich Korrekturen am geltenden System. Sie wollte den Eigenmietwert generell auf 60% des Marktwerts festsetzen und ein Bausparmodell nach Baselbieter Muster einführen. Die SP-Fraktion war zwar für einen Systemwechsel, nicht aber für massive Steuererleichterungen für die Hauseigentümer; sie sprach sich zuerst für Nichteintreten aus. Knapp durchsetzen konnte sich schliesslich, dank der Unterstützung der SP und der GP, die CVP, welche den vom Bundesrat beantragten Systemwechsel unterstützte. In der Detailberatung sprach sich der Nationalrat gegen den Widerstand der Linken für höhere Abzüge aus als der Bundesrat vorgeschlagen hatte. Unterhaltskosten sollten bereits ab CHF 4'000 (Bundesrat CHF 5'000) und Schuldzinsen für Ersterwerbende im Betrag von CHF 15'000 für Verheiratete bzw. CHF 7'500 für Alleinstehende abgezogen werden können. Bundesrat Villiger plädierte vergeblich dafür, angesichts des prekären Zustandes der Bundeskasse und im Hinblick auf die Gleichbehandlung mit den Mietern mehr Vernunft und Mass walten zu lassen. Trotzdem stimmte die grosse Kammer für die Einführung eines Bausparmodells nach basellandschaftlichem Muster. Dieses erlaubt Steuerpflichtigen unter 45 Jahren, während höchstens 10 Jahren bis zu CHF 12'000 (Verheiratete CHF 24'000) jährlich auf ein Bausparkonto zu überweisen und von der Steuer abzuziehen. Nur bezüglich der Übergangsfrist folgte der Rat dem Bundesrat. In der Gesamtabstimmung hiess er die Vorlage mit 75:60 Stimmen bei 18 Enthaltungen gut; die SP und die Grünen hatten geschlossen dagegen gestimmt. Im Anschluss daran schrieb der Nationalrat die parlamentarischen Initiativen Gysin(fdp, BL) von 1998 zum Bausparen (98.455), Hegetschweiler (fdp, ZH) zur Besteuerung des Eigenmietwerts (99.409) und die der CVP-Fraktion zur Wohneigentumsförderung (98.457) ab. Nachdem bereits die kleine Kammer die Standesinitiative des Kantons Aargau für eine tiefere Bewertung des selbstgenutzten Wohneigentums (99.300) abgelehnt hatte, schloss sich ihr der Nationalrat an.

Durch die Anpassungen des Nationalrats steigen die Ausfälle gegenüber dem bundesrätlichen Vorschlag (CHF 90 Mio.) auf CHF 280 Mio. an. Dazu kommen noch rund CHF 50 Mio. für das Bausparmodell. Bezüglich der Auswirkungen auf die Kantone nannte der Bundesrat als Antwort auf die Interpellation von Nationalrat Zanetti (sp, SO) (01.3519) zusätzliche Mindereinnahmen bei ihrem Anteil an der direkten Bundessteuer von CHF 65 Mio. (der Vorschlag des Bundesrates sah einen Ausfall von CHF 35 Mio. vor). Dazu kommen noch nicht bezifferbare, aber erhebliche Mindererträge bei den Staats- und Gemeindesteuern. In ihren ersten Beschlüssen korrigierte die WAK des Ständerats die Entscheide des Nationalrats wieder nach unten und sah geringere Einnahmeausfälle vor.

Das Finanzdepartement veröffentlichte die Vernehmlassungsunterlagen zur Revision der Wohneigentumsbesteuerung. Der bundesrätliche Vorschlag stützte sich auf die Empfehlungen der Expertenkommission und beantragte die Abschaffung der Eigenmietwertbesteuerung bei einem Wegfall der Schuldzins- und Unterhaltskostenabzüge. Bundesrat Villiger liess verlauten, nach dem deutlichen Nein zur Hauseigentümerinitiative sei lediglich eine aufkommensneutrale Reform denkbar. Mit Ausnahme des SGB sprachen sich alle interessierten Organisationen für den Systemwechsel aus. Allerdings wollten die SP und der Mieterverband nur eine kostenneutrale Variante unterstützen, wohingegen der SHEV und die bürgerlichen Parteien mit deutlichen Steuerermässigungen rechneten. Der SHEV kritisierte in erster Linie die vorgesehene Streichung des Unterhaltskostenabzugs. Dadurch würden wichtige Anreize zum Erhalt der Bausubstanz wegfallen. SHEV-Präsident Dettling drohte im August mit einer neuen Initiative, sollten Bundesrat und Parlament die Wohneigentumsförderung beschneiden. Bei den Kantonen herrschte ein uneinheitliches Bild. Der Systemwechsel wurde von elf Kantonen abgelehnt und von fünfzehn begrüsst.

In einem Grundsatzentscheid sprach sich der Bundesrat im Oktober für eine Streichung des Unterhaltskostenabzugs aus. Entgegen seiner Ankündigung hat er aber die Botschaft nicht verabschiedet. Bundesrat Villiger erklärte anlässlich der Budgetberatung im Parlament, die Gefahr eines Konjunkturabschwungs habe einen Aufschub notwendig gemacht.

In einem Thesenpapier zur Wohnpolitik forderte die CVP einerseits marktwirtschaftlich wirksame Mechanismen in der Preisgestaltung des Immobilienmarktes, andererseits aber auch verschiedenste Instrumente staatlicher Intervention zugunsten eines sozialen Ausgleichs; im übrigen schlug sie die Gründung einer eidgenössischen Hypothekarbank vor.