Bereits im Frühjahr 2018 beschloss der SBV unter Markus Ritter (cvp, SG) für die beiden Agrarinitiativen, die Volksinitiative für Ernährungssouveränität sowie die Fair-Food-Initiative, die Stimmfreigabe. Die Initiativen kämen von Menschen, welche sich um die Landwirtschaft sorgten, und es sei daher falsch, diese zu bekämpfen, begründete Ritter den Entscheid im St. Galler Tagblatt. Ritter sowie die Vize-Präsidentin des SBV, Christine Bühler, wollten zumindest die Fair-Food-Initiative annehmen, wie sie den Medien gegenüber bekannt gaben. Der SBV sei durch die beschlossene Stimmfreigabe einerseits und die Annahme durch Ritter und Bühler andererseits gespalten, urteilte die Aargauer Zeitung. Die CVP zeigte sich darob irritiert, Isidor Baumann (cvp, UR), welcher sich für den ständerätlichen Gegenvorschlag einsetzte, sah durch Ritters Support für die Fair-Food-Initiative laut Aargauer Zeitung gar die «Fraktionsloyalität gegenüber der Landwirtschaft» in Gefahr. Entsprechend standen auch nicht alle Bauernvertretenden hinter dem Entscheid des SBV: Der St. Galler Bauernverband sowie ein überparteiliches Bauernkomitee bestehend aus Vertreterinnen und Vertretern der CVP, BDP, FDP und SVP stellten sich gegen die beiden Agrarinitiativen.

Le Conseil fédéral a présenté en début d’année les résultats de la consultation sur la Politique agricole 2011 (PA 2011). Si la majorité des cantons, des partis politiques et des organisations non paysannes ont accepté la pièce maîtresse du projet, soit la réallocation, aux paiements directs, des fonds engagés par la réduction du soutien du marché, la majorité des organisations paysannes et les milieux concernés de l’industrie alimentaire s’y sont par contre opposés, soutenus par l’UDC. Les opposants ont critiqué non seulement le principe de la réallocation, mais aussi le rythme prévu. Quinze cantons, ainsi que le PDC, ont demandé un ralentissement de la réforme et davantage de fonds fédéraux, tandis que les milieux économiques libéraux ont revendiqué une réforme plus rapide. Le PS, les organisations de consommateurs et les organisations de protection de l’environnement, de la nature et des animaux, ainsi que de l’agriculture biologique, ont quant à elles approuvé le principe de la réallocation, tout en demandant un axe d’orientation supplémentaire qui accorde plus de poids à l’écologie et aux animaux. Le Conseil fédéral a dès lors chargé le DFE de maintenir, dans le projet de message, le principe de la réallocation aux paiements directs des fonds dégagés par la réduction du soutien du marché, et de fixer à 13,5 milliards de francs au total les enveloppes financières, qui rendent ainsi les adaptations supportables sur le plan social.

L’Union suisse des paysans (USP) a vivement réagi aux propositions du gouvernement. Elle a jugé inacceptable la réduction des moyens financiers initialement prévus, tout comme le rythme et l’ampleur des réformes. Quant aux principaux partis politiques, si le PDC, le PS et le PRD ont estimé que le projet gouvernemental allait dans la bonne direction, l’UDC a critiqué celui-ci, estimant qu’il n’améliorait pas la compétitivité des paysans. Les démocrates du centre ont d’ailleurs pris position peu avant le début de la procédure de consultation sur ce projet dans un document stratégique. Dans le cadre des débats sur l’OMC et la PA 2011, ils n’ont pas réclamé une augmentation massive des paiements directs, mais un démantèlement des contraintes qui pèsent sur les producteurs, afin qu’ils puissent notamment développer des activités annexes. En outre, l’agriculture doit, selon l’UDC, concentrer son activité sur l’économie laitière, ainsi que sur la production de viande et de fruits et légumes.
Notons encore que l’ « Alliance agricole », plateforme qui regroupe une quinzaine d’associations paysannes, écologistes et de défense des consommateurs (dont Bio Suisse, Uniterre, Pro Natura et le WWF Suisse) s’est mobilisée en faveur des paiements directs. Elle a notamment demandé leur maintien dans la PA 2011

Verstärkt versuchte die CVP, sich als Partei des Mittelstandes zu profilieren. In einer einstimmig verabschiedeten Resolution verlangte sie bessere Rahmenbedingungen für kleine und mittlere Unternehmen durch Steuerentlastungen, einen leichteren Zugang zur Forschung und einen Abbau an Bürokratie. In einem Leitbild zur Landwirtschaft forderte die CVP ausserdem die schrittweise Anpassung der Preise an die Marktverhältnisse, ohne mit der Abgeltung von Zusatzleistungen zu brechen. Vom Bundesrat verlangte sie einen klaren Fahrplan zur Umsetzung der geplanten Agrarreform.

Lors de la procédure d'élimination des divergences, le Conseil des États a ramené les critères de limitation d'octroi de paiements directs au seul revenu agricole, sur proposition de compromis d'A. Cottier (pdc, FR). La grande chambre s'est finalement ralliée de justesse à cette proposition, la gauche et les écologistes entendant fermement revenir à la proposition initiale. En revanche, la petite chambre a accepté la disposition introduite par le Conseil national visant à terme à une égalité entre paiements directs généraux et écologiques. Face à ces modifications, des menaces de référendum sont venues des rangs de la droite, libéraux et démocrates du centre en particulier, qui étaient opposés à toute limitation en fonction du revenu ou de la fortune et qui n'ont guère goûté la disposition prévoyant la parité entre paiements directs généraux et écologiques.

Pour faire face à ces défis, ainsi qu'aux tâches et objectifs qui en découlent, le gouvernement a décidé de donner un rôle plus important aux paiements directs, c'est ainsi que les modifications de la loi sur l'agriculture visant à introduire de nouvelles dispositions à ce sujet et le message y afférent font partie intégrante du rapport.

Les partis bourgeois ainsi que l'Union suisse des paysans se sont montrés satisfaits de ce rapport qui constitue, à leurs yeux, un fondement valable et réaliste de la nouvelle politique agricole suisse. Pour leur part, la gauche, les verts et l'Association pour la défense des petits et moyens paysans l'ont trouvé trop timide. Il lui ont notamment reproché la place trop étroite accordée aux paiements directs. Ils ont en outre regretté que l'octroi de ceux-ci ne soit que marginalement lié à des exigences écologiques. Le VKMB a même présenté un «contre rapport» dans lequel il suggère d'étendre les paiements directs et les soutiens à la protection de l'environnement. Selon cette organisation, aucune exploitation ne devrait disparaître et il faudrait rechercher l'argent nécessaire en diminuant de 25% les dépenses militaires.

Le parlement a pris acte du rapport qui a satisfait bon nombre d'élus. Certains d'entre eux ont cependant mis l'accent sur les objectifs contradictoires qu'il contenait, et surtout sur le problème du financement des nouvelles mesures proposées. Par ailleurs, le Conseil des Etats a transmis la motion de sa commission demandant au gouvernement d'édicter des dispositions afin que les mesures sociales prévues dans le rapport (préretraites, aides au désendettement, etc.) soient applicables le plus vite possible. Le Conseil national a rejeté cette motion, mais a adopté un postulat de sa commission reprenant la même revendication.