Von grosser Bedeutung für die CVP waren die Rücktritte ihrer Bundesräte Koller und Cotti nach jeweils zwölf Jahren Amtszeit auf Ende April. Der Rücktritt von Arnold Koller war erwartet worden. Dass nun auch Cotti sein Amt niederlegte, galt als Überraschung. Der CVP wurde vorgeworfen, sie wolle mit der Doppelvakanz ihre Partei vor den Wahlen ins Gespräch bringen und zudem ihre beiden Bundesratssitze auf längere Frist sichern. In der Presse wurden sogar Mutmassungen laut, die beiden Bundesräte würden nicht aus freien Zügen aus dem Amt zurücktreten. Die beiden Betroffenen und Parteipräsident Durrer (OW) bestritten jedoch jedes parteipolitische Kalkül. Dass einer der beiden Sitze von einer Frau besetzt werden sollte, galt parteiintern als unumstritten und wurde auch von breiten Kreisen der Öffentlichkeit erwartet. Die Kantonalsektionen meldeten insgesamt sechs männliche und zwei weibliche Kandidaturen an. Dass sich darunter auch Parteipräsident Durrer befand, sorgte vor allem in den Reihen der CVP-Politiker der Westschweiz für einige Unruhe, sah man dadurch doch die Wahlchancen der eigenen Kandidaten (Deiss, FR und Roth, JU) gefährdet. Im März wählte die Bundesversammlung die Innerrhoder Regierungsrätin Ruth Metzler knapp vor der St. Galler Regierungsrätin Rita Roos als Nachfolgerin für Koller zur Bundesrätin und den Freiburger Nationalrat Joseph Deiss als Nachfolger für Cotti zum Bundesrat. Am 1. Mai übernahm Metzler das Justiz- und Deiss das Aussenministerium. Bei der Bestätigungswahl des Gesamtbundesrates im Dezember zahlte sich die Neubesetzung der beiden CVP-Sitze aus. Obwohl die CVP – gemessen am Wähleranteil – von der SVP überholt worden war, richtete sich deren Anspruch auf einen zusätzlichen Sitz nicht gegen die beiden Neuen der CVP, sondern gegen die SP.

Nach einer bisher in der Schweiz bei Bundesratswahlen noch nie gesehenen medialen Kampagne, während welcher die potentiellen Bewerber und Bewerberinnen nicht nur in zahlreichen Presseartikeln vorgestellt wurden, sondern sich auch in diversen Fernsehkanälen in Diskussionssendungen massen, fand am 11. März die Wahl durch die Vereinigte Bundesversammlung statt. Zuerst wurde die Nachfolgerin von Koller bestimmt. Im ersten Wahlgang erreichte hinter den beiden offiziellen Kandidatinnen die nicht kandidierende Solothurner Ständerätin Simmen (cvp) 33 Stimmen. Im zweiten Wahlgang lagen die beiden CVP-Kandidatinnen mit je 122 Stimmen gleichauf und im dritten wurde Ruth Metzler mit 126 Stimmen bei einem absoluten Mehr von 123 Stimmen gewählt. Um einiges länger dauerte die Wahl für den Nachfolger von Flavio Cotti. Vom ersten bis zum vierten Wahlgang erhielten nicht die von der CVP-Fraktion empfohlenen Kandidaten Ratti, Durrer und Deiss am meisten Stimmen, sondern Jean-François Roth und Peter Hess. Remigio Ratti schied nach dem dritten, Parteipräsident Durrer nach dem vierten Wahlgang aus. Mit nur einer Stimme Vorsprung (120:119 bei einem absoluten Mehr von 120) setzte sich schliesslich Joseph Deiss gegen Hess durch. Zu Departementsrochaden kam es nicht. Am 1. Mai übernahm Metzler das Justiz- und Deiss das Aussenministerium.

Der Anspruch der CVP auf die Wiederbesetzung beider Sitze blieb unbestritten. Sowohl in den Medien wie auch bei den Parteien war von Anfang an klar, dass unter den Gewählten eine Frau sein sollte. Das von den Medien sofort in Gang gesetzte Kandidatenkarussell sah rasch die St. Galler Regierungsrätin Rita Roos und den Freiburger Nationalrat Joseph Deiss in der Favoritenstellung. Nicht nur, aber doch vor allem aus der Westschweiz wurde die Forderung angemeldet, dass als Nachfolger für den Tessiner Cotti ein Kandidat der lateinischen Schweiz gewählt werden müsse. Dies sei nicht nur für den Zusammenhalt der Schweiz, sondern auch der CVP wichtig. Dass es sich dabei um einen Mann handeln würde, war angesichts des Mangels an geeigneten französisch- resp. italienischsprachigen CVP-Politikerinnen naheliegend. Als mögliche Kandidaten wurden neben Deiss, der zwar deutscher Muttersprache ist, aber als Gemeindepräsident einer französischsprachigen Gemeinde als zweisprachig gilt, der jurassische Regierungs- und ex-Ständerat Jean-François Roth ins Spiel gebracht. In der Westschweiz gab es allerdings auch Stimmen für die Wahl von Deutschschweizern. Dabei wurde argumentiert, dass eine Fortsetzung der Übervertretung der lateinischen Schweiz es dem Bundesrat nicht erleichtern würde, die mehrheitlich euroskeptischen Deutschschweizer von der Notwendigkeit eines EU-Beitritts zu überzeugen. Das Tessin wirkte in der Verteidigung „seines“ Sitzes nicht eben überzeugend. Als Grund dafür wurde, neben der objektiven Feststellung, dass die italienische Sprachgruppe keinen Anspruch auf eine permanente Übervertretung im Bundesrat anmelden könne, auch das Interesse der anderen Tessiner Parteien gesehen, die den Weg für spätere eigene Kandidaten nicht verbauen wollten.

Bereits im März bestand für die Bundesversammlung die Möglichkeit, von den erweiterten Auswahlmöglichkeiten Gebrauch zu machen; genutzt wurde sie allerdings nicht. Am 13. Januar hatten die beiden christlichdemokratischen Bundesräte Arnold Koller und Flavio Cotti ihre Rücktritte auf Ende April bekannt gegeben. Beide waren 1986 in die Landesregierung gewählt worden. Obwohl beide versicherten, autonom und ohne Druck ihrer Partei zu diesem Entschluss gekommen zu sein, interpretierte ein guter Teil der Medien (und auch die Konkurrenzparteien) diesen Entscheid als geschicktes taktisches Manöver zugunsten der CVP. Damit würde diese Partei, der allenthalben eine Wahlniederlage im Herbst vorausgesagt wurde, positiv ins Gespräch gebracht und zudem ihre beiden Sitze im Bundesrat gegen Ansprüche der nach den Wahlen aller Voraussicht nach wählerstärkeren SVP abgesichert.