Anfang Juni wurde Parteipräsidentin Doris Leuthard (AG) einstimmig zur einzigen Kandidaten der CVP für die Nachfolge von Joseph Deiss im Bundesrat nominiert und am 14. Juni von der Vereinigten Bundesversammlung gewählt. Übergangsweise übernahmen Bruno Frick (SZ) und Dominique de Buman (FR) die Leitung der Partei.

Der Anspruch der CVP auf den Bundesratssitz war unbestritten. Fast ebenso klar war, dass der zweisprachige Deiss, der im Parlament in der Regel Französisch gesprochen hatte, durch eine Person aus der Deutschschweiz ersetzt werden würde, da die Romandie immer noch zwei Sitze innehatte. Bis die Kronfavoritin Leuthard ihren Entscheid getroffen hatte, wagte niemand aus der CVP, öffentlich ein Interesse an einer Kandidatur anzumelden. Einige der in den Medien gehandelten Politikerinnen und Politiker erklärten, nicht zur Verfügung zu stehen, so etwa die Regierungsräte Engler (GR), Chassot (FR) und Cina (VS). Am 9. Mai gab die 43jährige Juristin Doris Leuthard ihre Kandidatur bekannt. Keine Überraschung war, dass die CVP-Aargau sie anschliessend einstimmig als Kandidatin bei der Fraktion anmeldete und dass keine anderen Bewerbungen eingingen. Die Fraktion nominierte sie einstimmig als einzige Kandidatin. Abgesehen von den Grünen, für welche die Kandidatin zu wenig weit links stand, sagten alle anderen Fraktionen Leuthard ihre Unterstützung zu. Die Vereinigte Bundesversammlung wählte sie am 14. Juni mit 133 Stimmen im ersten Wahlgang bei einem absoluten Mehr von 118; 29 resp. 28 Stimmen entfielen auf die CVP-Politikerinnen Simoneschi (TI) und Meier-Schatz (SG), weitere elf auf Ständerat Schmid (cvp, AI). Da kein amtierender Bundesrat Wünsche nach einem Departementswechsel anmeldete, übernahm Leuthard von ihrem Vorgänger das Volkswirtschaftsdepartement.

Zur allgemeinen Überraschung kündigte Bundesrat Joseph Deiss (cvp) am 27. April seinen Rücktritt auf Ende Juli an. Der 60jährige hatte der Landesregierung während sieben Jahren angehört, zuerst als Aussenminister, dann als Vorsteher des EVD. Die erfolgreich verlaufene Volksabstimmung über den UNO-Beitritt sowie die Aushandlung der bilateralen Verträge mit der EU wurden als grösste politische Leistungen des engagierten, aber wenig spektakulären Freiburgers gewürdigt. Deiss verhehlte nicht, dass er als pragmatischer Konsenspolitiker Mühe hatte mit der seit der Wahl von Christoph Blocher zum Bundesrat rauher gewordenen Gangart in der Regierung und mit dem selbstbezogenen Verhalten einzelner ihrer Mitglieder. Für die in der Junisession vorzunehmende Ersatzwahl galten in den Medien sofort die CVP-Präsidentin und Nationalrätin Doris Leuthard (AG) sowie der CVP-Fraktionschef und Ständerat Urs Schwaller (FR) als Favoriten.

An der ersten Delegiertenversammlung der CVP im neuen Jahr verteidigte der noch bis Februar amtierende Parteipräsident Philipp Stähelin das Vorgehen der Fraktion bei der Bundesratswahl. Die Unzufriedenheit über dieses von der Parteileitung nicht eigens traktandierte Thema war offensichtlich. Gemäss der früheren Luzerner Nationalrätin Judith Stamm sei nicht klar, wie das Wahlgeschäft wirklich verlaufen sei, es hätte Möglichkeiten für einen anderen Ausgang gegeben. Mit 159:79 Stimmen lehnten die Christlichdemokraten gegen das Votum von Bundesrat Joseph Deiss den Gegenvorschlag zur Avanti-Vorlage ab, beschlossen mit 174:24 Stimmen die Nein-Parole zur Verwahrungsinitiative und empfahlen mit 125:22 Stimmen die Mietrechtsrevision zur Annahme.

Am Abend des Wahlsonntags überraschte der Präsident der SVP, Ueli Maurer, die Präsidenten der anderen Parteien vor laufender Fernsehkamera mit der ultimativ vorgetragenen Forderung, dass bei der Gesamterneuerungswahl vom Dezember Christoph Blocher anstelle einer der bisherigen CVP-Vertreter in den Bundesrat zu wählen sei, ansonsten die SVP aus der Regierung austreten werde. Wie sich in letzterem Fall der amtierende Bundesrat der SVP, Samuel Schmid, verhalten würde, blieb offen. Die SVP-Fraktionsführung und später auch die Fraktion und eine Delegiertenversammlung sanktionierten dieses in kleinem Kreis vorbereitete Vorgehen Maurers erst im Nachhinein, aber ohne wesentliche Opposition. Die rasch verstummende parteiinterne Kritik monierte, dass die üblichen Prozeduren bei der Kandidatennomination missachtet würden, und dass ein so wichtiger Entscheid wie ein Regierungsaustritt nur von einer Delegiertenversammlung oder einer Urabstimmung gefällt werden könne.

Die beiden anderen bürgerlichen Regierungsparteien reagierten unterschiedlich. Die FDP kritisierte zwar das aggressive Vorgehen der SVP, sah aber keinen Grund, deren Anspruch auf einen der beiden CVP-Sitze und die Kandidatur Blocher zu bekämpfen. Die von der SVP anvisierte CVP erklärte hingegen, dass ihre Vertreter nicht zurücktreten würden und die Partei sie dabei voll unterstützen werde. Auch ihre Bundesräte Deiss und Metzler liessen nie Zweifel daran aufkommen, dass sie wieder kandidieren würden. Obwohl es an der kompromisslosen Haltung der CVP auch parteiinterne Kritik gab, welche befürchtete, dass nach dem neuerlichen Wahlsieg der SVP ein Beharren auf den zwei Bundesratssitzen für die CVP kontraproduktiv wäre, hielt die CVP-Spitze bis zur Bundesratswahl vom 10. Dezember an dieser Linie fest. In der Vorbereitung des Terrains für die Bundesratswahl machte sich die CVP die Idee der SP zu Eigen, dass die SVP, zumindest vorläufig, den durch die Demission Villigers freiwerdenden FDP-Sitz erhalten solle. Dabei griff sie die FDP auch inhaltlich an: Mit ihrer Unterstützung der Kandidatur Blocher sei diese zum Anhängsel der SVP geworden und nicht mehr repräsentativ für ihre gemässigt bürgerliche Wählerschaft. Diese werde einzig noch durch die CVP vertreten, weshalb deren Anspruch auf zwei Sitze gerechtfertigt sei. Eine Woche vor der Wahl beschloss die Fraktion, an der Wiederkandidatur sowohl von Deiss als auch von Metzler festzuhalten. Zudem entschied sie, dass die zuerst antretende Metzler bei einer Nichtwahl nicht gegen den nach ihr zu wählenden Deiss antreten dürfe.

Die Haltung der SP war nicht eindeutig und zudem stark von taktischen Interessen geprägt. Im Sommer hatte Parteipräsidentin Brunner eine gewisse Bereitschaft erkennen lassen, der SVP einen zweiten Regierungssitz zulasten der CVP einzuräumen. Sie begründete diese von einem Teil der Linken als Tabubruch empfundene Unterstützung der SVP nicht mit deren Wählerstärke, sondern mit dem Verhalten der CVP, welche zu weit nach rechts gerückt sei. Indirekt gab sie damit der CVP zu verstehen, dass eine SP-Unterstützung für die Verteidigung ihrer beiden Regierungssitze nicht gratis zu haben sei. In der Phase der Wahlvorbereitungen konkretisierte die SP-Spitze diesen Preis und verlangte von der CVP Zusicherungen, in konkreten sozial-, wirtschafts- und finanzpolitischen Fragen die SP-Positionen mitzutragen. Derartige Vorstösse wurden auch von den Grünen gemacht, welche aber rasch zur Erkenntnis kamen, dass die Positionen der CVP und der GP zu weit voneinander entfernt sind, um eine tragfähige Mitte-Links-Regierung zu bilden. Rechnerisch wäre eine derartige Koalition möglich gewesen, verfügte doch die Linke mit der CVP über eine knappe Mehrheit von 125:121 Stimmen in der Bundesversammlung. Obwohl die CVP der SP keine inhaltlichen Zugeständnisse machte, beschloss die SP-Fraktion eine Woche vor der Wahl, die beiden Kandidierenden der CVP zu unterstützen. Nach den Nationalratswahlen war von Brunner auch die von der CVP dankbar aufgenommene Idee ins Spiel gebracht worden, dass die SVP, zumindest vorläufig, den durch die Demission Villigers freiwerdenden FDP-Sitz erhalten könnte.