Nicht alle Parlamentarier der CVP waren einverstanden mit der Strategie der Parteispitze, bei den Bundesratsersatzwahlen den frei werdenden FDP-Bundesratssitz nicht anzugreifen. Nachdem die Kampfkandidatur Schwaller für die Nachfolge von Bundesrat Couchepin im Jahr 2009 gescheitert war, wollte man sich nicht auf eine neuerliche Herausforderung der FDP einlassen. Da Ständerat Bruno Frick (SZ) befürchtete, dass mit der Wahl von Schneider-Ammann der CVP auf längere Zeit die erneute Besetzung eines zweiten Sitzes verwehrt bleiben wird, schlug er eine Fusion mit der BDP vor. Eine Idee, die bei diversen Exponenten seiner Partei durchaus Beachtung fand.

Am 16. September wählte die Vereinigte Bundesversammlung den Nachfolger von Pascal Couchepin. Es standen sich die beiden Kandidaten der FDP-Fraktion, Didier Burkhalter und Christian Lüscher und der Kandidat der CVP, Urs Schwaller, gegenüber. Die SP und die GP unterstützten Schwaller, wobei eine Minderheit der SP erklärte, aus gesellschafts- und aussenpolitischen Gründen Burkhalter zu bevorzugen. Die SVP sprach sich für Lüscher aus und die BDP für beide Freisinnige. Im ersten Wahlgang lag Schwaller mit 79 Stimmen vor Lüscher mit 73 und Burkhalter mit 58; der Tessiner freisinnige Ständerat Dick Marty erhielt 34 Stimmen. Für den linksliberalen Marty hatten sich unter anderem Repräsentanten der SP und die Tessiner Grünen ausgesprochen. Im zweiten Wahlgang konnte Schwaller auf Kosten von Marty auf 89 Stimmen zulegen, Lüscher und Burkhalter kamen auf je 72. In der dritten Runde kam Schwaller auf 95 Stimmen und Burkhalter überholte mit 80 Stimmen Lüscher (63), worauf sich letzterer zugunsten von Burkhalter zurückzog. Im vierten Wahlgang fiel die Entscheidung: Bei einem absoluten Mehr von 120 wählte das Parlament mit 129 Stimmen Didier Burkhalter zum neuen Bundesrat; Schwaller hatte 106 und Lüscher 4 Stimmen erhalten. Da kein anderes Regierungsmitglied Wechselgelüste hatte, übernahm der 49jährige Burkhalter von Couchepin das EDI.

CVP-Präsident Darbellay (VS) hatte bereits im Februar angekündigt, dass seine Partei der FDP bei der nächsten Vakanz einen ihrer beiden Sitze streitig machen werde. Dabei rechtfertigte die CVP ihren Anspruch sowohl politisch als auch rechnerisch. Politisch sei die CVP zu bevorzugen, weil die FDP nach rechts in die Näher der SVP gerutscht sei und nur die CVP die wahre Mitte verkörpere. Rechnerisch gesehen habe die FDP zwar bei den letzten Wahlen den grösseren Wähleranteil erreicht, die Fraktionsgemeinschaft aus CVP, GLP und EVP verfüge aber über die grössere Nationalratsfraktion. Nachdem sich zuerst Darbellay selbst ins Spiel gebracht hatte, kristallisierte sich bald Ständerat und Fraktionschef Urs Schwaller (FR) als aussichtsreichster Kandidat heraus. Sein Manko bestand allerdings darin, dass er deutscher Muttersprache ist und zudem auch im deutschsprachigen Teil des mehrheitlich französischsprachigen Kantons wohnt. Von der FDP und auch von einem Teil der französischsprachigen Presse wurde sofort moniert, dass er deshalb nicht als Vertreter der Romandie gelten könne. Seine Kantonalpartei nominierte nicht nur ihn, sondern auch den französischsprachigen Freiburger Nationalrat de Buman. Die CVP-Fraktion entschied sich für eine Einerkandidatur und portierte Schwaller.

Die Medien spekulierten bereits vor der Rücktrittserklärung Couchepins über erfolgversprechende freisinnige Kandidaturen aus der Romandie und dem Tessin. Im Vordergrund standen dabei Nationalrat und Parteipräsident Fulvio Pelli (TI), Ständerat Didier Burkhalter (NE), die beiden Genfer Nationalräte Martine Brunschwig Graf und Christian Lüscher, welche ursprünglich zu den Liberalen gehört hatten, sowie der Waadtländer Regierungsrat Pascal Broulis. Von ihren respektiven Kantonalparteien zuhanden der FDP-Fraktion nominiert wurden Burkhalter, Brunschwig Graf und Lüscher; Pelli wurde von seiner Kantonalpartei empfohlen, aber nicht als offizieller Kandidat angemeldet. Die freisinnig-liberale Fraktion entschied sich Ende August für ein Zweierticket und schickte Burkhalter und Lüscher ins Rennen.

Ebenfalls im Juni wurde bekannt, dass die CVP für den nach dem Rücktritt von Pascal Couchepin (fdp) frei gewordenen Bundesratssitz eine Kandidatur lancieren würde. Ihren Sitzanspruch begründete die CVP damit, dass die Position der Mitte in der Regierung gestärkt werden müsse. Zudem wies die CVP darauf hin, dass die CVP-GLP-EVP-Fraktion in der Bundesversammlung grösser sei als die freisinnig-liberale Fraktion, weshalb der CVP eher zwei Bundesratssitze zuständen als der FDP. Als CVP-Kandidat war von Anfang an Ständerat Urs Schwaller (FR) im Gespräch, der im August dann auch öffentlich sein Interesse an einer Wahl erklärte und von der Fraktion nominiert wurde. Als Schwierigkeit stellte sich jedoch heraus, dass der aus dem deutschsprachigen Teil des Kantons Freiburg stammende Schwaller nicht als Romand wahrgenommen wurde. Für die Rückeroberung eines zweiten Bundesratssitzes wäre die CVP auf die Unterstützung der Linksparteien angewiesen gewesen. Diese hatten jedoch kein starkes Interesse daran, die CVP-Kandidatur zu unterstützen. Bei der Wahl setzte sich der FDP-Kandidat Didier Burkhalter durch.

Zur allgemeinen Überraschung kündigte Bundesrat Joseph Deiss (cvp) am 27. April seinen Rücktritt auf Ende Juli an. Der 60jährige hatte der Landesregierung während sieben Jahren angehört, zuerst als Aussenminister, dann als Vorsteher des EVD. Die erfolgreich verlaufene Volksabstimmung über den UNO-Beitritt sowie die Aushandlung der bilateralen Verträge mit der EU wurden als grösste politische Leistungen des engagierten, aber wenig spektakulären Freiburgers gewürdigt. Deiss verhehlte nicht, dass er als pragmatischer Konsenspolitiker Mühe hatte mit der seit der Wahl von Christoph Blocher zum Bundesrat rauher gewordenen Gangart in der Regierung und mit dem selbstbezogenen Verhalten einzelner ihrer Mitglieder. Für die in der Junisession vorzunehmende Ersatzwahl galten in den Medien sofort die CVP-Präsidentin und Nationalrätin Doris Leuthard (AG) sowie der CVP-Fraktionschef und Ständerat Urs Schwaller (FR) als Favoriten.