Ebenfalls im Juni wurde bekannt, dass die CVP für den nach dem Rücktritt von Pascal Couchepin (fdp) frei gewordenen Bundesratssitz eine Kandidatur lancieren würde. Ihren Sitzanspruch begründete die CVP damit, dass die Position der Mitte in der Regierung gestärkt werden müsse. Zudem wies die CVP darauf hin, dass die CVP-GLP-EVP-Fraktion in der Bundesversammlung grösser sei als die freisinnig-liberale Fraktion, weshalb der CVP eher zwei Bundesratssitze zuständen als der FDP. Als CVP-Kandidat war von Anfang an Ständerat Urs Schwaller (FR) im Gespräch, der im August dann auch öffentlich sein Interesse an einer Wahl erklärte und von der Fraktion nominiert wurde. Als Schwierigkeit stellte sich jedoch heraus, dass der aus dem deutschsprachigen Teil des Kantons Freiburg stammende Schwaller nicht als Romand wahrgenommen wurde. Für die Rückeroberung eines zweiten Bundesratssitzes wäre die CVP auf die Unterstützung der Linksparteien angewiesen gewesen. Diese hatten jedoch kein starkes Interesse daran, die CVP-Kandidatur zu unterstützen. Bei der Wahl setzte sich der FDP-Kandidat Didier Burkhalter durch.

Am Abend des Wahlsonntags überraschte der Präsident der SVP, Ueli Maurer, die Präsidenten der anderen Parteien vor laufender Fernsehkamera mit der ultimativ vorgetragenen Forderung, dass bei der Gesamterneuerungswahl vom Dezember Christoph Blocher anstelle einer der bisherigen CVP-Vertreter in den Bundesrat zu wählen sei, ansonsten die SVP aus der Regierung austreten werde. Wie sich in letzterem Fall der amtierende Bundesrat der SVP, Samuel Schmid, verhalten würde, blieb offen. Die SVP-Fraktionsführung und später auch die Fraktion und eine Delegiertenversammlung sanktionierten dieses in kleinem Kreis vorbereitete Vorgehen Maurers erst im Nachhinein, aber ohne wesentliche Opposition. Die rasch verstummende parteiinterne Kritik monierte, dass die üblichen Prozeduren bei der Kandidatennomination missachtet würden, und dass ein so wichtiger Entscheid wie ein Regierungsaustritt nur von einer Delegiertenversammlung oder einer Urabstimmung gefällt werden könne.

Die beiden anderen bürgerlichen Regierungsparteien reagierten unterschiedlich. Die FDP kritisierte zwar das aggressive Vorgehen der SVP, sah aber keinen Grund, deren Anspruch auf einen der beiden CVP-Sitze und die Kandidatur Blocher zu bekämpfen. Die von der SVP anvisierte CVP erklärte hingegen, dass ihre Vertreter nicht zurücktreten würden und die Partei sie dabei voll unterstützen werde. Auch ihre Bundesräte Deiss und Metzler liessen nie Zweifel daran aufkommen, dass sie wieder kandidieren würden. Obwohl es an der kompromisslosen Haltung der CVP auch parteiinterne Kritik gab, welche befürchtete, dass nach dem neuerlichen Wahlsieg der SVP ein Beharren auf den zwei Bundesratssitzen für die CVP kontraproduktiv wäre, hielt die CVP-Spitze bis zur Bundesratswahl vom 10. Dezember an dieser Linie fest. In der Vorbereitung des Terrains für die Bundesratswahl machte sich die CVP die Idee der SP zu Eigen, dass die SVP, zumindest vorläufig, den durch die Demission Villigers freiwerdenden FDP-Sitz erhalten solle. Dabei griff sie die FDP auch inhaltlich an: Mit ihrer Unterstützung der Kandidatur Blocher sei diese zum Anhängsel der SVP geworden und nicht mehr repräsentativ für ihre gemässigt bürgerliche Wählerschaft. Diese werde einzig noch durch die CVP vertreten, weshalb deren Anspruch auf zwei Sitze gerechtfertigt sei. Eine Woche vor der Wahl beschloss die Fraktion, an der Wiederkandidatur sowohl von Deiss als auch von Metzler festzuhalten. Zudem entschied sie, dass die zuerst antretende Metzler bei einer Nichtwahl nicht gegen den nach ihr zu wählenden Deiss antreten dürfe.

Die Haltung der SP war nicht eindeutig und zudem stark von taktischen Interessen geprägt. Im Sommer hatte Parteipräsidentin Brunner eine gewisse Bereitschaft erkennen lassen, der SVP einen zweiten Regierungssitz zulasten der CVP einzuräumen. Sie begründete diese von einem Teil der Linken als Tabubruch empfundene Unterstützung der SVP nicht mit deren Wählerstärke, sondern mit dem Verhalten der CVP, welche zu weit nach rechts gerückt sei. Indirekt gab sie damit der CVP zu verstehen, dass eine SP-Unterstützung für die Verteidigung ihrer beiden Regierungssitze nicht gratis zu haben sei. In der Phase der Wahlvorbereitungen konkretisierte die SP-Spitze diesen Preis und verlangte von der CVP Zusicherungen, in konkreten sozial-, wirtschafts- und finanzpolitischen Fragen die SP-Positionen mitzutragen. Derartige Vorstösse wurden auch von den Grünen gemacht, welche aber rasch zur Erkenntnis kamen, dass die Positionen der CVP und der GP zu weit voneinander entfernt sind, um eine tragfähige Mitte-Links-Regierung zu bilden. Rechnerisch wäre eine derartige Koalition möglich gewesen, verfügte doch die Linke mit der CVP über eine knappe Mehrheit von 125:121 Stimmen in der Bundesversammlung. Obwohl die CVP der SP keine inhaltlichen Zugeständnisse machte, beschloss die SP-Fraktion eine Woche vor der Wahl, die beiden Kandidierenden der CVP zu unterstützen. Nach den Nationalratswahlen war von Brunner auch die von der CVP dankbar aufgenommene Idee ins Spiel gebracht worden, dass die SVP, zumindest vorläufig, den durch die Demission Villigers freiwerdenden FDP-Sitz erhalten könnte.

Die Grünen kündigten kurz nach Ogis Demission an, dass sie eine eigene Kandidatin aufstellen würden, was sie mit der Nominierung von Nationalrätin Cécile Bühlmann (LU) dann auch taten. Die SP versuchte vergeblich, die FDP und die CVP von der Opportunität eines Rauswurfs der SVP aus der Regierung zu überzeugen. Ihr Angebot, zu diesem Zweck eine freisinnige Kandidatur zu unterstützen, fand lediglich bei einigen Freisinnigen aus der Romandie Interesse. Der Versuch, die SVP aus dem BR abzuwählen, fand in der SP-Fraktion mit 29:5 Stimmen eine klare Mehrheit. Danach lancierten einzelne SP-Politiker die Idee, mit Ulrich Siegrist wenigstens einen möglichst weit vom politischen Kurs seiner Partei entfernten Vertreter der SVP zu wählen. Ganz zum Schluss der Kampagne versuchte die SP dann auch noch, den FDP-Präsidenten Franz Steinegger (UR) ins Spiel zu bringen. Die FDP und die CVP hatten zwar keine Lust, der SVP den Bundesratssitz zu entreissen; aber sie machten von Anfang an klar, dass sie niemanden unterstützen würden, der auf der radikalen aussenpolitischen Linie von Nationalrat Blocher und seiner Zürcher SVP politisiert. Da Eberle und auch Fuhrer sowohl beim UNO-Beitritt als auch bei der Frage der Bewaffnung von schweizerischen Armeekontingenten bei Friedenseinsätzen im Ausland eine von Blocher divergierende Meinung vertreten, waren für sie grundsätzlich alle vier SVP-Politiker wählbar. Beide Fraktionen verzichteten darauf, eine bestimmte Kandidatur zu unterstützen. Die Fraktion der Liberalen sprach sich für Schmid aus.

Der Wahlsieg der SVP bei den Nationalratswahlen, welcher sie von der viertgrössten zur wählermässig stärksten Partei hatte anwachsen lassen, belebte die sporadisch aufkeimende Diskussion um die Fortführung der sogenannten Zauberformel für die parteipolitische Zusammensetzung der Landesregierung. Unmittelbar nach den Nationalratswahlen verlangten Parteipräsident Maurer (ZH) und Nationalrat Blocher (svp, ZH) einen der beiden CVP-Sitze, da diese nun zur schwächsten Bundesratspartei geworden sei. Diese Forderung wurde von der SVP übernommen; die von der Partei reklamierte Aussprache über eine neue Regierungszusammensetzung stiess aber bei den anderen Bundesratsparteien auf kein Interesse. Die FDP zeigte keine Lust, einen der beiden im Frühjahr frisch gewählten CVP-Vertreter bereits wieder abzuwählen, und auch die SP konnte kein Interesse an der Schwächung der politischen Mitte zugunsten der SVP haben. In der Folge änderte deshalb die SVP ihre Stossrichtung und verlangte einen der beiden SP-Sitze. Mit dieser Forderung konnte sie zwar bei einigen Freisinnigen auf Unterstützung hoffen, provozierte aber auch eine Gegenreaktion bei der SP, welche erklärte, dass bei einer Abwahl eines ihrer beiden Regierungsmitglieder auch das andere zurücktreten würde. Die FDP gestand zwar zu, dass eine rein bürgerliche Regierung nicht ohne Reiz wäre, gab aber zu bedenken, dass die bestehenden Volksrechte die Regierungspolitik lähmen könnten und zudem der SP ihre Oppositionsrolle zu einfach machen würden. Ende November nominierte die SVP-Fraktion ihren Bisherigen Adolf Ogi sowie, als Herausforderer für die beiden Sozialdemokraten, Christoph Blocher. Die CVP-Fraktion sprach sich einstimmig und die FDP-Fraktion bei einigen Gegenstimmen für die Bestätigung der Bisherigen und damit gegen die Wahl von Blocher aus.

Als erste Kantonalpartei nominierte die Freiburger CVP mit Joseph Deiss ihren Kandidaten. Mit den Nationalräten Remigio Ratti (TI), Peter Hess (ZG), Adalbert Durrer (OW), Jean-François Roth (JU) sowie Ständerat Bruno Frick (SZ) wurden von den dafür zuständigen Kantonalsektionen weitere männliche Bewerber angemeldet. Dabei wurde von den Medien die Kandidatur von Parteipräsident Durrer als für die CVP nicht ganz unproblematisch erachtet, da davon ausgegangen werden konnte, dass die Fraktion nicht darum herumkommen würde, neben einer Frau auch ihren Präsidenten zu nominieren, was die Chancen einer „lateinischen“ Kandidatur gefährden würde. Der in den letzten Jahren von vielen Medien als Kronfavorit für einen CVP-Bundesratsposten gehandelte St. Galler Nationalrat Eugen David verzichtete angesichts der beiden aussichtsreichen weiblichen Kandidatinnen aus der Ostschweiz darauf, sich um eine Nomination zu bewerben. Die Auswahl von weiblichen Kandidatinnen der CVP war nicht ganz ohne Probleme. National bekannte Politikerinnen, wie etwa die Nationalrätinnen Judith Stamm (LU) oder Rosmarie Zapfl (ZH), welche 60 und mehr Jahre zählen, wurden parteiintern als zu alt beurteilt. Von den kantonalen Regierungsrätinnen stellten sich einige, welche auch national über einen gewissen Bekanntheitsgrad verfügen, nicht zur Verfügung (Brigitte Mürner, LU, Elsbeth Schneider, BL). Von ihren Kantonalsektionen als offizielle Kandidatinnen angemeldet wurden schliesslich die Regierungsrätinnen Rita Roos (SG) und Ruth Metzler (AI).

Zur Nachfolge von Arnold Koller präsentierte die CVP-Fraktion Ruth Metzler und Rita Roos, ohne sich für eine der beiden zu entscheiden. Sogar ein Dreierpack mit Parteipräsident Durrer sowie Deiss und Ratti schlug sie für den zweiten Bundesratssitz vor. Die Fraktionen der anderen Bundesratsparteien verzichteten darauf, Empfehlungen für die Wahl abzugeben und der Anspruch der CVP auf die Wiederbesetzung der beiden Sitze wurde weiterhin von keiner Seite in Frage gestellt.

Der Anspruch der CVP auf die Wiederbesetzung beider Sitze blieb unbestritten. Sowohl in den Medien wie auch bei den Parteien war von Anfang an klar, dass unter den Gewählten eine Frau sein sollte. Das von den Medien sofort in Gang gesetzte Kandidatenkarussell sah rasch die St. Galler Regierungsrätin Rita Roos und den Freiburger Nationalrat Joseph Deiss in der Favoritenstellung. Nicht nur, aber doch vor allem aus der Westschweiz wurde die Forderung angemeldet, dass als Nachfolger für den Tessiner Cotti ein Kandidat der lateinischen Schweiz gewählt werden müsse. Dies sei nicht nur für den Zusammenhalt der Schweiz, sondern auch der CVP wichtig. Dass es sich dabei um einen Mann handeln würde, war angesichts des Mangels an geeigneten französisch- resp. italienischsprachigen CVP-Politikerinnen naheliegend. Als mögliche Kandidaten wurden neben Deiss, der zwar deutscher Muttersprache ist, aber als Gemeindepräsident einer französischsprachigen Gemeinde als zweisprachig gilt, der jurassische Regierungs- und ex-Ständerat Jean-François Roth ins Spiel gebracht. In der Westschweiz gab es allerdings auch Stimmen für die Wahl von Deutschschweizern. Dabei wurde argumentiert, dass eine Fortsetzung der Übervertretung der lateinischen Schweiz es dem Bundesrat nicht erleichtern würde, die mehrheitlich euroskeptischen Deutschschweizer von der Notwendigkeit eines EU-Beitritts zu überzeugen. Das Tessin wirkte in der Verteidigung „seines“ Sitzes nicht eben überzeugend. Als Grund dafür wurde, neben der objektiven Feststellung, dass die italienische Sprachgruppe keinen Anspruch auf eine permanente Übervertretung im Bundesrat anmelden könne, auch das Interesse der anderen Tessiner Parteien gesehen, die den Weg für spätere eigene Kandidaten nicht verbauen wollten.

Bereits im März bestand für die Bundesversammlung die Möglichkeit, von den erweiterten Auswahlmöglichkeiten Gebrauch zu machen; genutzt wurde sie allerdings nicht. Am 13. Januar hatten die beiden christlichdemokratischen Bundesräte Arnold Koller und Flavio Cotti ihre Rücktritte auf Ende April bekannt gegeben. Beide waren 1986 in die Landesregierung gewählt worden. Obwohl beide versicherten, autonom und ohne Druck ihrer Partei zu diesem Entschluss gekommen zu sein, interpretierte ein guter Teil der Medien (und auch die Konkurrenzparteien) diesen Entscheid als geschicktes taktisches Manöver zugunsten der CVP. Damit würde diese Partei, der allenthalben eine Wahlniederlage im Herbst vorausgesagt wurde, positiv ins Gespräch gebracht und zudem ihre beiden Sitze im Bundesrat gegen Ansprüche der nach den Wahlen aller Voraussicht nach wählerstärkeren SVP abgesichert.