Lors de l’élimination des divergences, le Conseil des Etats a maintenu sa position par 20 voix contre 12 malgré une minorité Bieri (pdc, ZG) qui a proposé de suivre la décision du Conseil national sauf concernant l’enveloppe réservée aux hélicoptères qu’il souhaite maintenir. Au Conseil national, une minorité Allemann (ps, BE) a recommandé d’adhérer à la décision du Conseil des Etats. La chambre basse a toutefois suivi sa commission par 115 voix contre 60 en maintenant l’enveloppe pour les hélicoptères et en ne compensant pas l’achat prévu dans le projet 2. L’UDC, le PLR, le PDC et le PBD ont soutenu la proposition de la majorité tandis que la gauche a souhaité limiter le déséquilibre budgétaire. Finalement, les sénateurs se sont ralliés aux députés sur l’ultime divergence par 22 voix contre 4 estimant que les crédits engagés ont un impact peu important sur les crédits annuels du DDPS et que l’absence de compensation est finalement une entorse acceptable aux règles de discipline budgétaire.

Le Conseil des Etats a modifié le projet 1 sur recommandation de sa commission afin de compenser les 122 millions que coûtent les véhicules protégés de transports de personnes (projet 2) en les soustrayant aux achats de la nouvelle génération de véhicules (projet 1). Cette compensation vise à maintenir l’équilibre financier des dépenses annuelles. Il a par contre soutenu les crédits concernant les autres achats. L’enveloppe ainsi adoptée s’est maintenue à 529 millions de francs comme le demande le projet initial du gouvernement. Au demeurant, certains sénateurs se sont étonnés de constater que 90% des achats concernent l’acquisition de poids lourds, de voitures de livraison, de voitures de tourisme et d’élévateurs. Par ailleurs, la chambre haute a adopté le projet 2 sans modification. Au Conseil national, les deux projets ont fait l’objet de propositions de non entrée en matière qui ont toutefois été largement rejetées. Le groupe écologiste, en bloc, et une partie du groupe socialiste les ont soutenues. Le projet 2 a été adopté par 133 contre 35. Lors de la discussion par article sur le projet 1, la CPS-CN a recommandé à une courte majorité de supprimer les crédits de 24 millions pour les hélicoptères estimant que le DDPS doit respecter le budget qui avait été alloué lors du programme de 2005. Ensuite, au vu des besoins concernant la nouvelle génération de véhicules, elle a proposé de supprimer le crédit de 34 millions pour les voitures de tourisme du projet 1, estimant que ces dernières ne pourraient pas être fournies durant l’année sous revue, et de ne pas compenser les 122 millions liés au projet 2. Une minorité Allemann (ps, BE) a proposé de réduire globalement l’enveloppe financière de 180 millions en supprimant les crédits pour les hélicoptères, en compensant l’achat des 70 véhicules supplémentaires et en réduisant de 34 millions le budget pour la nouvelle génération de véhicules. Une minorité Glanzmann (pdc, LU) a recommandé d’adopter le projet 1 sans modification afin de garantir la sécurité du pays et parce que le député estime qu’une nouvelle flotte de véhicule respecterait mieux les standards environnementaux. La chambre a suivi sa commission sur les trois aspects controversés. Elle a supprimé le crédit pour les hélicoptères par 97 voix contre 73, a renoncé à l’acquisition de véhicules de tourisme par 95 voix contre 76 et a décidé de ne pas compenser le crédit additionnel induit par le message complémentaire par 116 voix contre 58. La majorité du PDC et du PLR ont soutenu la minorité Glanzmann sans succès tandis que la gauche a soutenu la minorité Allemann à l’unanimité. Au vote sur l’ensemble, le projet 1 a été accepté par 117 voix contre 33, issues exclusivement de la gauche. Les écologistes ont rejeté unanimement le programme, accompagnés en cela par une moitié du groupe socialiste. L’autre moitié s’est abstenue.