Die von-Wattenwyl-Gespräche dienen den Parteispitzen als wichtige Möglichkeit des Austausches. In der Regel trifft sich eine Delegation des Bundesrates mit den Partei- und Fraktionspräsidenten der Regierungsparteien, um zentrale Geschäfte und Anliegen im Vorfeld der Sessionen zu diskutieren und zu koordinieren. Im Gegensatz zu 2015 war die BDP nach dem Ausscheiden von Eveline Widmer-Schlumpf nicht mehr an die Gespräche eingeladen.
Die Themen blieben bei den ersten Gesprächen Anfang Februar allerdings dieselben wie schon 2015: Die Legislatur- und Finanzplanung sowie die Umsetzungsarbeiten zum Verfassungsartikel 121a (Steuerung der Zuwanderung) und die Flüchtlingssituation in Europa und der Schweiz.
Zu den zweiten Gesprächen im Mai 2016 traten die Parteien mit drei neuen Präsidien an. Bei der FDP hatte Petra Gössi das Zepter übernommen, die CVP wurde neu von Gerhard Pfister präsidiert und bei der SVP war Albert Rösti neu an die Parteispitze gewählt worden. Gegenstand der Diskussionen war der Sprachenstreit, der durch die Diskussionen um den Frühsprachenunterricht in den Kantonen angeheizt worden war. Im Bereich der internationalen Finanzpolitik wurde die Vermeidung eines möglichen Reputationsschadens für die Schweiz durch die Übernahme internationaler Regulierungen diskutiert. Schliesslich informierte der Bundesrat über die Weiterentwicklung der Armee.
Im August wurde auf Anregung von Bundeskanzler Thurnherr entschieden, die von-Wattenwyl-Gespräche des dritten Quartals künftig in Form einer Klausur durchzuführen. An der nach wie vor freien und informellen Diskussion über wichtige politische Anliegen soll neu der Gesamtbundesrat teilnehmen. Damit soll den Gesprächen ein höherer Stellenwert zugemessen werden. Der früher substanzielle Austausch, der als Zeichen der funktionierenden Konkordanz bewertet wurde – die NZZ sprach von einem eigentlichen Schmiermittel der Konkordanz –, laufe immer mehr Gefahr, ein Leerlauf zu werden oder zu reinen Alibi-Gesprächen zu verkommen. Die einzige Möglichkeit für ein Treffen zwischen Regierung und Bundesratsparteien sei aber wichtig, um Möglichkeiten und Strategien auszuloten. Fix auf der Agenda soll eine Diskussion über die Jahresziele des Folgejahres stehen.
Erstmals trat die Exekutive also am 2. September 2016 in corpore zu den Gesprächen an. Neben den Jahreszielen 2017 des Bundesrates, die Schwerpunkte in der Finanzpolitik, im Infrastrukturbereich, der Bildung und der Europapolitik vorsehen, wurden die Lage im Asylwesen und die durch den Brexit schwieriger gewordenen Verhandlungen mit der EU diskutiert.
Bei den letzten Gesprächen des Jahres Mitte November nahm dann wieder nur eine Delegation des Bundesrates teil. Ueli Maurer informierte über die finanzpolitische Lage und plädierte für eine Annahme des Stabilisierungsprogramms 2017-2019. Im Rahmen der Europapolitik wurde auch über die im Dezember anstehende Entscheidung zur Umsetzung der Masseneinwanderungsinitiative, die Rasa-Initiative und den Brexit diskutiert.

Die geplante schrittweise Annäherung zwischen CVP und BDP war auch 2014 im medialen Fokus, kam aber nicht voran. Nachdem man sich bereits 2013 gegen eine Fusion ausgesprochen hatte, wurden im Februar 2014 auch Pläne für eine gemeinsame Fraktion begraben. Während sich Neo-Fraktionspräsident Filippo Lombardi (cvp, TI) in einem Interview für eine gemeinsame Fraktion aussprach, relativierte BDP-Parteipräsident Martin Landolt (bdp, GL) diese Idee. In der Presse wurde gemutmasst, dass eine interne Arbeitsgruppe aus BDP- und CVP- Vertretern (Christophe Darbellay, Gerhard Pfister und Pirmin Bischof bei der CVP sowie Martin Landolt, Lorenz Hess und Rosmarie Quadranti bei der BDP) Pläne für eine Union nach dem Vorbild der CDU-CSU in Deutschland schmiede. Ziel sei vor allem die Verteidigung der jeweiligen Bundesratssitze. Gemeinsam kämen die beiden Parteien auf 17,7% Wählerstärke, was mindestens eine mathematische Legitimierung von zwei Sitzen in der Regierung bedeuten würde. Die medialen Spekulationen wurden von den Parteienvertretern wenn überhaupt nur sehr zurückhaltend interpretiert. Geplant sei eine Kooperation, nicht mehr aber auch nicht weniger. Angestrebt würden vor allem flächendeckende Listenverbindungen für die eidgenössischen Wahlen 2015. Die Basis der BDP, die bereits einer mittlerweile nicht mehr spruchreifen Fusion sehr skeptisch gegenüber stand, befürchtete auch in einer Union einen Identitätsverlust der noch jungen Partei. Ende August informierte die Arbeitsgruppe die Öffentlichkeit, dass die Fraktionen von CVP und BDP künftig unter dem Namen BDP-CVP-Union die Bundespolitik gemeinsam gestalten wollten. Beschlossen sei aber noch nichts, weil zuerst die Kantonalsektionen vertieft informiert werden müssten. Anfang Oktober wehte dem Plan dann aus eben diesen Kantonen ein steifer Wind entgegen. Insbesondere die BDP Graubünden, Heimatkanton der BDP-Bundesrätin Eveline Widmer-Schlumpf, lehnte jede strukturelle Verschmelzung kategorisch ab. Die Wählerschaft würde ein Zusammengehen mit der katholischen CVP nicht goutieren. In anderen Kantonen war man ebenfalls vonseiten der BDP nicht grundsätzlich gegen eine Zusammenarbeit, wollte aber nicht auf Eigenständigkeit verzichten. Definitiv war die Absage dann Ende Oktober. Die Gründe für das Nein – die in den letzten Jahren vorgenommene, beschwerliche Aufbauarbeit einer neuen Partei, die mit einer Union obsolet würde, sowie die in einzelnen Kantonen schwierige Zusammenarbeit – waren zwar nachvollziehbar. In der Presse, und hinter vorgehaltener Hand auch in der CVP, wurde aber von einem Fehlentscheid der BDP gesprochen. Die Unterstützung für Bundesrätin Widmer-Schlumpf werde durch den BDP-Entscheid nicht grösser, liess sich Gerhard Pfister (cvp, ZG) zitieren. Die CVP werde ihre Zusammenarbeit vermehrt wieder auf andere Parteien ausrichten. Es sei eine historische Chance verpasst worden. Die BDP war demgegenüber bemüht, den Ball flach zu halten. Die Kantonalsektionen hätten sich nicht nur zu einer Absage der Union, sondern auch zu einer Stärkung der lösungsorientierten Mitte bekannt. Daran wolle man weiterhin zusammen mit der CVP arbeiten.

Gespalten war die CVP bei der Asylpolitik. Vor der Asyldebatte in der Sommersession hatten sich einige CVP-Nationalräte unter Führung des Zugers Gerhard Pfister für eine Streichung der Sozialhilfe für Asylbewerber ausgesprochen. Nur noch Nothilfe soll gewährt werden. Präsident Darbellay befand, dies sei mit der humanitären Tradition der Partei nicht kompatibel. Letztlich verhalfen aber die CVP-Parlamentarier der verschärften Asylgesetzrevision zum Durchbruch. Nicht nur der Idee von Not- statt Sozialhilfe, sondern auch den gesonderten Zentren für renitente Asylsuchende, der Abschaffung von Dienstverweigerung als Asylgrund und der Streichung der Möglichkeit, bei Botschaften Asylgesuche zu stellen, verschafften die CVP-Räte zu einer knappen Mehrheit. Damit wurde die Parteispitze – auch Fraktionspräsident Schwaller sprach sich gegen die Neuerung aus – in der Asylpolitik desavouiert.