Das Verfahren um das 2011 bei der Ausschaffungsinitiative eingesetzte Inserat mit dem Titel „Kosovaren schlitzen Schweizer auf“ wurde 2014 wieder aufgenommen. Zwar wollte die Staatsanwaltschaft Bern das Verfahren 2013 eigentlich ad acta legen, weil der in seiner Rolle als Parteipräsident als Hauptverantwortlicher betrachtete Toni Brunner parlamentarische Immunität genoss. Sie wurde aber vom Berner Obergericht im August 2014 aufgrund einer Beschwerde der beiden Kosovaren, die das Verfahren angestrebt hatten, angewiesen, die Untersuchung wieder aufzunehmen. In die Kritik gerieten verschiedene Inserate der SVP auch im Länderbericht der Europäischen Kommission gegen Rassismus und Intoleranz (ECRI): Die SVP verwende extrem intolerante Bilder und eine ebensolche Sprache. Die Volkspartei wehrte sich, der Bericht enthalte zahlreiche Fehler und sei eine Bestätigung der abgehobenen und unseriösen Arbeitsweise solcher Gremien.

Obwohl am Parteitag Ende Mai in Neuenburg das Thema der NATO-Einsätze im Kosovo nicht traktandiert war, äusserten sich die Bundesräte Leuenberger und Dreifuss ausgiebig dazu. Leuenberger liess verlauten, Milosevic und seine Aggression gehörten verurteilt, «nicht nur moralisch», und Dreifuss forderte die Partei auf, «Flagge zu zeigen», indem sie Fremdenfeindlichkeit und Abschottung eine Absage erteile. Parteipräsidentin Koch nahm ihre früheren Aussagen etwas zurück und forderte nun eine schnelle Beendigung des Krieges, so dass die Rückkehr der Flüchtlinge möglich werde. Die Delegierten verabschiedeten eine Resolution, die forderte, den Krieg zu Luft und zu Land unverzüglich zu beenden. Innenpolitisch forderte die Resolution die unbürokratische Aufnahme von Flüchtlingen und ein uneingeschränktes Bleiberecht, bis eine dauerhafte Rückkehr sichergestellt werden könne. Die Schweiz solle sich zudem mit Blau- und Gelbmützen an einer internationalen Friedenstruppe beteiligen.

Der Kosovo-Konflikt und die Intervention der NATO führten innerhalb der SP zu einer Kontroverse. Parteipräsidentin Koch sprach sich für den NATO-Einsatz im Kosovo aus. Innerhalb der Partei stiess Koch mit ihren Äusserungen auf harsche Kritik und verschiedene Parteiexponenten wollten ihre Erklärung nicht als SP-Meinung stehen lassen. Nationalrat Cavalli (TI) forderte den sofortigen Stopp des NATO-Einsatzes. Nationalrat Ziegler (GE) sprach sich dagegen für den sofortigen Beitritt der Schweiz zum Verteidigungsbündnis der NATO aus. Weil Parteipräsidentin Koch zudem in der Sonntagspresse den Einsatz von Bodentruppen gefordert hatte – sie dementierte später ihre Aussagen wieder – wurde sie von Generalsekretär Steiert in den Medien angegriffen. Das Zerwürfnis innerhalb der Partei wurde Tage später noch deutlicher, als die SP-Frauen in einer Resolution den sofortigen Stopp des NATO-Angriffes forderten. An ihrer 1.-Mai-Rede in Basel wurde Koch wegen ihrer Haltung im Kosovo-Konflikt mit Pfiffen empfangen.