Die Beteiligung der Schweiz an der KFOR wurde auch vom Nationalrat weiterhin gutgeheissen. Die Debatte war jedoch in der Volkskammer umfassend und das Thema umstritten. Zwei Rückweisungsanträge standen zu Beginn der Verhandlungen im Raum. Während die Mehrheit der SiK-NR Eintreten beantragte, gab es zwei Minderheiten mit anderen Absichten. Eine Minderheit I Mazzone (gp, GE) beantragte Rückweisung an den Bundesrat mit dem Auftrag, eine neue Vorlage zu unterbreiten, die einen kompletten Rückzug aus dem Kosovo bis Ende 2020 vorsah. Frei werdende Mittel sollten daraufhin dem EDA zugeführt werden, das seinerseits diverse Entwicklungshilfe-Projekte im Kosovo anstossen solle. Diesem linken Antrag stand einer von rechter Seite um Roger Golay (mcg, GE) gegenüber. Diese Minderheit II wollte den Einsatz ebenfalls per Ende 2020 beenden, jedoch ohne eine Nachfolgelösung zu fordern.

Für die SiK-NR sprach Rosmarie Quadranti (bdp, ZH) und betonte, dass sich sowohl die Finanz- als auch die aussenpolitische Kommission für die Verlängerung ausgesprochen hatten und sich eine Delegation der sicherheitspolitischen Kommissionen vor Ort einen Eindruck dazu hatte machen können, wie sich die Situation darstellte. Sie hielt jedoch auch fest, dass ihre Kommission grundsätzlich der Meinung war, der Kosovo-Einsatz sei zu beenden. Einen Zeitpunkt dafür festzulegen, sei jedoch verfrüht. Dazu bedürfe es einer stabilen Lage in der Region und man wolle sich offen halten, bei einer späteren erneuten Verlängerung darüber zu debattieren. Die Beendigung per Ende 2020 sei also ein falsches Signal.
Lisa Mazzone (gp, GE) führte namens der Grünen-Fraktion im Rat aus, dass der Einsatz der Schweiz im Kosovo wichtig sei, zumal die beiden Länder eine starke Verbindung hätten, nicht zuletzt weil die Schweiz als eine der ersten Nationen den Kosovo als Staat anerkannt hatte. Man müsse, so die Genferin, sich jedoch fragen, wie die weitere Präsenz der Schweiz aussehen solle; und die Antwort darauf lag in ihren Augen in einem zivilen Engagement und nicht (mehr) in einem militärischen. Ohnehin seien die Grünen strikt gegen Auslandeinsätze der Armee. Des Weiteren sähen die Grünen auch Probleme im Schweizer Armeeeinsatz, weil der Kosovo von der EU und von der NATO, welche die KFOR koordiniert, nicht als Staat anerkannt werde. Dies wiederum kreiere strukturelle Unsicherheiten in der Zusammenarbeit mit den zwei genannten Akteuren. Mit dieser Begründung warb sie für ihren Minderheitsantrag. Der zweite Minderheitsantrag Golay (mcg, GE) wurde vorwiegend mit der verbesserten Gesamtlage im Kosovo begründet. Zahlreiche (ehemals) beteiligte Armeen würden ihre Kontingente zunehmend abbauen oder seien bereits abgezogen worden. Ferner standen auch die Ausgaben für den Einsatz im Fokus, die man mit der Beendigung des Einsatzes bis 2020 eindämmen könne. Golay liess es sich nicht nehmen, die von Ständerat Minder (parteilos, SH) bemühte Metapher auch zu verwenden, die Schweiz müsse nicht als Letzte den Kosovo verlassen und „die Lichter löschen”. Die beiden Minderheitsanträge verfolgten also letztlich das gleiche Ziel, eine Rückweisung an den Bundesrat und eine Beendigung des Schweizer Engagements in der Region.
Die Fraktionen der SP, der FDP-Liberalen, der GLP und der BDP waren für Eintreten und unterstützen die bundesrätliche Vorlage respektive auch die Anpassungen durch die Ständekammer. Die SVP-Fraktion – ihr Sprecher Amstutz (svp, BE) war der Ansicht, man „verblöde” im Kosovo Geld, während andernorts Menschen sterben – wollte die Vorlage entsprechend dem Minderheitsantrag II zurückweisen. Die Grüne Fraktion stellte sich hinter Mazzone (gp, GE) und ihren Rückweisungsantrag. Bundesrat Parmelin äusserte sich vor der Eintretensabstimmung ausführlich zu den Plänen der Regierung – und bewarb diese. Es sei eine rationale und pragmatische Vorlage, die alle Lösungen offenhalte und mit dem dreijährigen Horizont auch nicht über das Ziel hinausschiesse. Es sei selbstverständlich, dass dannzumal eine neue Standortbestimmung nötig sein werde und dass im Jahresrhythmus dem Parlament Bericht über die Einsätze erstattet werde. In der nachfolgenden Ausmarchung der beiden Rückweisungsanträge obsiegte jener Mazzones knapp mit 78 zu 73 Stimmen bei 30 Enthaltungen. Dieser wurde sodann dem Eintretensantrag der Kommissionsmehrheit gegenübergestellt, wo er schliesslich chancenlos blieb. Mit 167 zu 15 Stimmen der geschlossen stimmenden Grünen-Fraktion und von vier Sozialdemokraten (bei einer Enthaltung) wurde auf die Vorlage eingetreten.
Die Detailberatung gestaltete sich in der Folge nicht mehr brisant. Zwar gab es zu einzelnen Artikeln Minderheitsanträge, die Kommission setzte sich jedoch in allen Punkten durch und die Volkskammer stimmte stets in Übereinstimmung mit der ständerätlichen Version – es gab also keine Differenzen mehr. Die Vorlage wurde mit 100 zu 76 Stimmen genehmigt.

Der Bundesrat legte Ende 2016 seine Botschaft zur erneuten Verlängerung des Swisscoy-Einsatzes der Schweizer Armee vor. Die Beteiligung an der KFOR sollte vom Parlament bis 2020 bewilligt werden, wobei bereits klar ist, dass 2019 abermals eine Anpassung beantragt werden wird. Vorläufig stand die dreijährige Weiterverlängerung zur Debatte, wobei der Bundesrat zudem eine Verringerung des Bestands der Swisscoy beantragte. Die verbleibenden 190 Armeeangehörigen (bis anhin 235) sollen den Auftrag wie bisher weiterführen. Der Fokus liegt auf den Bereichen Verbindung und Beobachtung, Personen- sowie Gütertransporten, Genie und Logistik, Militärpolizei, Lufttransport, medizinische Versorgung, Führung von Nachrichtendienst-Zellen und Kampfmittelbeseitigung. In einer zweiten Phase soll der Bestand weiter abnehmen: Der Bundesrat plant mit dem Verbleib von 165 Armeeangehörigen im Kosovo. Für die Einsätze sind CHF 37,5 Mio. pro Jahr budgetiert worden, der Betrag verringert sich in der zweiten Phase mit weniger AdA auf noch CHF 33,2 Mio. jährlich.
Der Ständerat wurde als Erstrat mit der Behandlung dieser Vorlage betraut, dessen SiK die Vorlage mit 10 zu einer Stimme guthiess. Der Gegner der Vorlage war diesmal nicht im linken Lager zu finden, sondern in der Person von Thomas Minder (parteilos, SH). Er verlangte in der Kommission einen Rückweisungsantrag und gelangte mit seiner Position auch ans Ratsplenum. Seiner Ansicht nach soll sich die Schweiz gänzlich aus dem Kosovo zurückziehen und den Swisscoy Einsatz beenden. Die vorgelegte Botschaft beinhalte lediglich eine "Pseudoreduktion" und angesichts der zunehmenden Rückzüge anderer Streitkräfte sei es an der Zeit, dass auch die Schweiz die Terminierung des Einsatzes endlich ins Auge fasse. Etwas sarkastisch fügte er an, dass die Schweizer womöglich noch "die Container putzen und die Lichter löschen" werden. Kritik musste sich jedoch nicht nur die Regierung, sondern auch die Ratslinke anhören. Sie, die das Armeebudget jeweils vehement bekämpfe und sich nun fast widerstandslos füge und die Millionenbeiträge an die Swisscoy seit 17 Jahren genehmige. Minder sah die Uno-Ziele im Kosovo als längst erfüllt an. Einen erneuten Gegenantrag stellte er jedoch nicht, seine Rede beendete er lediglich mit seiner damit ausgedrückten Ablehnung des Vorhabens. Ganz anders sahen dies die übrigen bürgerlichen Ständeräte, die sich für den Einsatz aussprachen und den Erfolg der Mission herausstrichen. Letztlich war die Vorlage unbestritten, nur vier Stimmen waren gegen den Antrag. Dabei sticht ins Auge, dass diese, neben dem parteilosen Minder, von drei SVP-Ständeräten stammten. 33 Standesvertreterinnen und -vertreter genehmigten den Antrag und 2 enthielten sich.