In einem Interview mit der NZZ Ende April 2018 kündigte Johann Schneider-Ammann seinen Rücktritt an. Der Berner Magistrat nannte das Legislaturende 2019 als klaren Orientierungspunkt. Er sei angetreten, um die Vollbeschäftigung zu sichern, was ihm gelungen sei. Er wolle allerdings in der verbleibenden Zeit «mit den Bauern noch etwas Gutes auf die Beine stellen». Schneider-Ammann spielte hier auf das komplizierte Landwirtschaftsdossier an, bei dem es unter anderem auch darum geht, die Bauern von mehr Freihandel zu überzeugen.
Die Rücktrittserklärung weckte unterschiedliche Reaktionen: Der SVP stiess insbesondere deren Zeitpunkt sauer auf. Es sei eine Unsitte, so früh seinen Rücktritt bekannt zu geben. Damit verkomme man zu einer «lame duck». Man habe sich an die Amtsperiode von vier Jahren zu halten und vorzeitige Rücktritte seien nur aus schwerwiegenden privaten oder gesundheitlichen Gründen tolerierbar. Auch die Grünen kritisierten vorgezogene Rücktritte; diese zementierten die Kräfteverhältnisse, dienten dem Staus Quo und dem Parteimarketing vor Wahlen. In der Tat zeigte eine Studie, dass in den letzten hundert Jahren sieben von zehn Bundesrätinnen und Bundesräten jeweils vor Ende einer Legislatur zurückgetreten waren. Die CVP hingegen lobte die Ankündigung, da jetzt die Chance für eine Doppelvakanz bestehe – CVP-Bundesrätin Doris Leuthard hatte ihren Rücktritt ja bereits im Sommer 2017 angekündigt. Freilich heizte die Aussage des FDP-Magistraten sofort die Spekulationen um seine Nachfolge an.
Mitte September 2018 verdichteten sich die Anzeichen, dass Schneider-Ammann allenfalls vor Ende der Legislatur zurücktreten könnte. Zahlreiche Medien thematisierten seine immer häufiger werdenden Aussetzer; die Aargauer Zeitung wusste gar zu berichten, dass er auch in Bundesrats-Sitzungen ab und zu einnicke. Am 25. September machte der Berner Bundesrat den Spekulationen dann ein Ende und gab seinen Rücktritt auf Ende des laufenden Jahres 2018 bekannt. Damit setzte er – so die einhellige Medienmeinung – Doris Leuthard unter Druck, die dann in der Tat zwei Tage später ebenfalls den definitiven Termin für ihren Rücktritt bekannt gab.
In den Medien wurde Schneider-Ammann als Unternehmer und geschickter Handelspolitiker gewürdigt, der sich für Freihandel und Berufsbildung, vor allem das duale Bildungssystem, eingesetzt habe. Er sei allerdings oft zu gutmütig und friedliebend gewesen und habe um des Konsens willen seine Meinung oft zurückgestellt (BaZ). Die Liberté bezeichnete den Berner als «ministre du table ronde», warf ihm Schwächen in der Landwirtschaftspolitik vor und gab ihm die Schuld für die Probleme mit der Hochseeflotte. Auch nach acht Jahren in der Regierung sei der Patron mit der Politik nie so richtig warm geworden, bilanzierten der Tages-Anzeiger und die Aargauer Zeitung. «Immer Unternehmer, nie Politiker» fasste das St. Galler Tagblatt diese Bilanz zusammen und auch die NZZ titelte: «Ein Patron, der nie Politiker wurde». In den Rückschauen häufig Erwähnung fand die Rede zum Tag der Kranken des damaligen Bundespräsidenten («rire c'est bon pour la santé»). Die WoZ hob hervor, dass Schneider-Ammann zwar als behäbig gegolten habe, in der Sache aber ideologische, wirtschaftsliberale Härte gezeigt habe, die ihn am Schluss immer mehr in Konflikt mit den Bauern, den Gewerkschaften und den Parteien gebracht habe. Ziemlich anders sah dies die Weltwoche, die den Wirtschaftsminister dafür lobte, die Wirtschaft in Ruhe gelassen zu haben.