Le Conseil national a traité du message relatif à la loi sur le génie génétique (LGG) adopté par le Conseil des Etats l’année précédente. Il vise, d’une part, à prolonger le moratoire sur l’utilisation d’OGM dans l’agriculture et, d’autre part, à réglementer le droit d’opposition et de recours prévu dans le cadre de la procédure d’autorisation de mise en circulation d’OGM. La commission de la Science de l’éducation et de la culture (CSEC-CN) a recommandé d’approuver le projet modifié par le Conseil des Etats en affirmant qu’il ne s’agit pas de prendre position sur les OGM mais de prolonger le moratoire en attendant les conclusions du programme national de recherche qui étudie les impacts et les risques d’une dissémination (PNR 59). Toutefois, une minorité Malama (plr, BS) a proposé de ne pas entrer en matière estimant qu’il s’agit d’une question politique à laquelle le programme ne pourrait pas répondre et que cette attente défavorise le pôle de recherche suisse. L’entrée en matière a tout de même été approuvée par 108 voix contre 71. Les groupes PLR et UDC ont rejeté le projet de loi. Malgré de fortes divisions, la majorité du groupe PDC s’est prononcée en faveur de la prolongation du moratoire. Les groupes socialiste et écologiste l’ont soutenu à l’unanimité estimant que la LGG crée les conditions adéquates permettant le bon déroulement du PNR 59 et garantit une production agricole favorable à l’économie et l’agriculture suisses. Une proposition Noser (plr, ZH) de renvoi au Conseil fédéral avec la tâche de compléter la LGG afin d’assurer les conditions de coexistence entre l’agriculture traditionnelle et celle utilisant des OGM a été rejetée par 109 voix contre 71. La majorité de la commission a estimé que le temps nécessaire à cette modification est insuffisant, au vu de la fin du moratoire en 2010, et que les connaissances ne sont pas disponibles. Les majorités des groupes PLR et UDC ainsi que la minorité du groupe PDC ont soutenu la proposition. Le Conseil national a modifié la proposition du Conseil des Etats sur un point mineur relatif à la terminologie utilisée pour finalement l’adopter par 106 voix contre 68. Lors de la procédure d’élimination des divergences, la chambre haute a rallié la position de la chambre basse. Au vote final, la chambre des cantons a adopté le projet par 33 voix contre 10 et la chambre du peuple par 114 voix contre 74.

Le Conseil national a examiné le projet de révision partielle de la loi sur l’aménagement du territoire durant l’année sous revue. Malgré une proposition de non-entrée en matière déposée par le groupe des Verts, au motif que la révision proposée affaiblirait l’aménagement du territoire en Suisse (la distinction entre zones à bâtir et zones non constructibles devenant de plus en plus floue), le plénum a décidé d’entrer en matière sur le projet par 155 voix contre 12. Socialistes, démocrates-chrétiens et radicaux ont soutenu cette révision, émettant seulement quelques critiques à son égard. L’UDC a également soutenu ce projet, même s’il aurait souhaité une révision plus audacieuse. Des minorités de la Commission de l’environnement, de l’aménagement du territoire et de l’énergie, presque exclusivement composées de membres du groupe UDC, ont d’ailleurs proposé d’assouplir davantage encore les règles d’aménagement du territoire applicables aux zones agricoles. Une minorité emmenée par le député Toni Brunner (udc, SG) a par exemple réclamé que soit biffé l’art. 27a, selon lequel les cantons peuvent introduire des règles de protection du paysage plus restrictives que celles prévues par la loi fédérale. Cette proposition a toutefois été rejetée par 112 voix contre 56. Le conseil a introduit dans le projet de loi une disposition qui impose aux activités accessoires non agricoles de satisfaire aux mêmes exigences légales et aux mêmes conditions-cadre que les entreprises commerciales ou artisanales en situation comparable dans la zone à bâtir. Au vote sur l’ensemble, le projet a été adopté par 139 voix contre 18.

Le Conseil fédéral a chargé le DETEC de revoir son projet de nouvelle loi sur les forêts. Le gouvernement a notamment demandé qu’il examine des variantes supplémentaires, dont celle de la suppression totale des subventions fédérales à l’économie forestière. Le nouveau projet de loi élaboré par le DETEC, qui a nécessité de longues consultations avec les milieux intéressés, prévoyait de poursuivre le soutien à hauteur d’environ 95 millions de francs par an. Le coût de la nouvelle politique forestière pour l’ensemble des collectivités publiques s’élevait ainsi à 2,7 milliards de francs jusqu’en 2015. Cette dépense allait cependant à l’encontre de la majorité bourgeoise du gouvernement, qui jugeait que le secteur forestier et les forêts pouvaient survivre sans argent public. En juin, la Commission de l’environnement du Conseil des Etats s’est toutefois prononcée à l’encontre d’une suppression de toutes les subventions et réglementations de production dans la loi. La commission s’est en outre déclarée surprise et fâchée que le Conseil fédéral ait laissé examiner une telle variante.
Après s’être penché sur la question à plusieurs reprises, et après un débat très controversé en son sein, le gouvernement a finalement rendu sa copie fin juin. Dans cet avant-projet de loi mis en consultation jusqu’à la fin octobre, la Confédération continuerait à s’impliquer financièrement dans le domaine forestier à hauteur de 140 millions de francs par an, mais mettrait l’accent sur les forêts protectrices et la diversité biologique. Les subsides à l’économie privée seraient toutefois partiellement réduits, au profit de contrats de prestation avec les cantons et les communes. Le gouvernement a par ailleurs proposé, afin de favoriser l’entretien et l’exploitation des forêts, d’assouplir, dans les régions où la forêt avance rapidement, la règle qui veut que chaque arbre abattu soit obligatoirement remplacé.
La consultation s’est terminée en fin d’année. Contesté par la gauche et les milieux écologistes, le projet de révision de la loi sur les forêts a subi de vives critiques. Le Conseil fédéral a toutefois reçu le soutien des partis bourgeois et, dans une moindre mesure, des paysans. Selon les Verts, la faiblesse de l’économie forestière est à chercher dans le manque de coopération dans la filière bois, dans les structures administratives et d’exploitation inefficaces, ainsi que dans les lois cantonales. Pour eux, la révision proposée n’a pas répondu pas à ces lacunes. Le PS y a vu, pour sa part, un pas vers une libéralisation totale de l’économie forestière, à laquelle il s’oppose. Les milieux de l’économie forestière ont également jugé la révision insuffisante. Le PDC a défendu le projet, de même que l’UDC et le PRD, qui ont jugé qu’il apporte une plus grande efficacité à l’économie forestière. Les cantons se sont montrés, quant à eux, sceptiques. Pour eux, la révision de la loi ne permet en effet pas d’atteindre les objectifs fixés par le Programme forestier suisse (Le Programme forestier suisse, élaboré en 2002 et en 2003, est un programme d'action politique. Il contient une projection de l'état souhaité de la forêt, avec des objectifs à long terme quantifiés pour l'année 2015, ainsi qu'une stratégie définissant les mesures à prendre et les instruments à créer).