Lors de la session d’automne, le Conseil national a consacré un débat urgent à l'hausse considérable des tarifs pour l’année 2009. Interpellé par les goupes radical-libéral, socialiste (In. 08.3471) et UDC (In. 08.3470), ainsi que par le député Rudolf Rechsteiner (ps, BS) (In. 08.3288), le Conseil fédéral s’est dit très préoccupé par l’ampleur des hausses annoncées et par leurs conséquences prévisibles pour la croissance et la compétitivité de l’économie suisse. Selon son analyse, les hausses sont principalement imputables aux coûts du réseau, à la forte hausse des prix de l’énergie sur le marché international, aux frais de restructuration des entreprises liés à la libéralisation, ainsi que, plus marginalement, à l’encouragement aux énergies renouvelables et à la croissance de taxes et prestations fournies aux collectivités publiques. Les coûts du réseau sont particulièrement élevés en raison d’une part de la pratique dite du « double amortissement » et d’autre part de la méthode de tarification des services-systèmes. Les entreprises électriques ont en effet tout d’abord amorti rapidement leurs installations en prévision de la libéralisation et les amortissent une seconde fois après l’entrée en force de la LApEl, afin de dégager des moyens financiers supplémentaires au titre de réserves ou pour des investissements. Ensuite, les services-systèmes constituent des réserves de puissance (appelées aussi énergie de réglage) permettant une adaptation rapide aux fluctuations de la demande (consommation) comme de l’offre (production). La société gestionnaire du réseau national Swissgrid facture aux entreprises électriques ce courant d’appoint au prix du marché européen, soit considérablement plus cher que son coût (indigène) de production. Le gouvernement a en outre rappelé que l’ElCom, en tant qu’autorité indépendante de régulation, disposait de compétences étendues en matière de contrôle des prix et pouvait ainsi ordonner des baisses ou interdire des hausses de tarifs. Au vu du nombre de plaintes déposées auprès de la ElCom depuis l’annonce des nouveaux tarifs, le Conseil fédéral a prévu d’en renforcer les effectifs en les faisant passer à 18 postes à plein temps par la voie du budget 2009. Il s’est par contre refusé à suspendre l’introduction du supplément de 0,45 centimes/kWh pour le soutien aux énergies renouvelables, aux motifs que des investissements conséquents avaient d’ores et déjà été réalisés et que ce soutien ne représentait proportionnellement qu’une part insignifiante de la hausse annoncée. Il a enfin rejeté les propositions du PS et de l’UDC de geler les tarifs ou de suspendre l’entrée en force de la libéralisation au 1er janvier.
Lors d’un débat droite/gauche relativement houleux, le groupe radical-libéral a rappelé sa conviction dans la nécessité de la libéralisation du marché électrique et montré du doigt le manque de concurrence, le risque de pénurie et la dépendance de Swissgrid vis-à-vis d’intérêts politiques. Le groupe UDC a pour sa part fustigé les taxes et les mesures d’encouragement aux énergies renouvelables. À l’unisson, les partis bourgeois ont fait valoir que la hausse des prix résultait avant tout de la disproportion entre la croissance de la demande et celle de l’offre, situant l’enjeu au niveau de l’approvisionnement. Ils ont ainsi souligné une fois encore la nécessité de construire de nouvelles centrales nucléaires. À l’inverse, les groupes socialiste et écologiste ont mis en cause la libéralisation, réclamé son arrêt et plaidé pour un renforcement de la régulation et des mesures de soutien aux énergies alternatives et aux économies d’énergie. Ils ont en outre répété leur rejet de l’énergie nucléaire.