Am 3. September 2015 war die Vernehmlassungsfrist zur Umsetzung der Pädophilen-Initiative abgelaufen. Im Februar 2016 veröffentlichte das Bundesamt für Justiz die Vernehmlassungsergebnisse. Nebst allen 26 Kantonen hatten fünf Parteien (BDP, CVP, FDP, SP und SVP), drei gesamtschweizerische Dachverbände (SSV, SGV und SGB) sowie 41 weitere interessierte Organisationen und Institutionen eine Stellungnahme abgegeben. Auf eine Stellungnahme ausdrücklich verzichtet hatten der Schweizerische Gemeindeverband, der Arbeitgeberverband sowie die Bundesanwaltschaft. Der Vernehmlassungsbericht zeigte deutlich, dass eine grosse Mehrheit der Stellungnehmenden – darunter die FDP, 24 Kantone sowie zahlreiche Organisationen aus den Bereichen Sport und Freizeit – dem ersten Entwurf des Bundesrates positiv gegenüberstanden und die darin vorgesehene Ausnahmebestimmung begrüssten. Der hiermit gewährte gerichtliche Ermessensspielraum sei wichtig, um Spannungen zwischen Art. 123c BV und rechtsstaatlichen Prinzipien, insbesondere der Verhältnismässigkeit, sowie den internationalen Menschenrechtsgarantien abzubauen. Für die SP barg auch diese Umsetzungsvariante noch zu viel Konfliktpotenzial; sie plädierte für eine „konsequent grund- und völkerrechtskonforme Umsetzung“ des Verfassungsartikels. Im Gegensatz dazu lehnten die BDP, die CVP und die SVP, die Kantone Schwyz und Wallis sowie das Komitee „Pädophile sollen nicht mehr mit Kindern arbeiten dürfen“ die Umsetzungsvariante mit Härtefallklausel ab. Die Ausnahmebestimmung erfülle in ihren Augen die Forderung des Verfassungsartikels und damit den Willen des Stimmvolkes nicht, indem sie dem Gericht die Möglichkeit gebe, vom zwingenden, lebenslangen Tätigkeitsverbot abzusehen. Die einzig zulässige Ausnahme müsse auf die einvernehmliche Jugendliebe beschränkt bleiben. Nur die zweite Variante ohne generelle Ausnahmebestimmung komme dieser Forderung nach. Mit dieser Position befanden sie sich unter den Vernehmlassungsteilnehmenden jedoch klar in der Minderheit.

Der bundesrätliche Vorschlag zur Ratifizierung der UNO-Konvention über die Rechte von Menschen mit Behinderungen stiess in der Vernehmlassung mehrheitlich auf Ablehnung. Sowohl die FDP, die SVP als auch der Arbeitgeberverband kritisierten das in der Konvention festgeschriebene Recht auf Arbeit, welches in der Schweizer Gesetzgebung generell nirgends verankert sei. Zudem befürchteten die Opponenten die Unmöglichkeit der Umsetzung gewisser Vorgaben der Konvention, wie etwa die Auflage einer Behindertenquote für Firmen oder die Eingliederung aller Kinder mit Behinderungen in die Regelschule.

Der im Vorjahr in die Vernehmlassung gegebene Vorentwurf für eine Teilrevision des Personalgesetzes fand nur bei der FDP Unterstützung. Für die Linke und die Personalverbände ging er zu weit, für die SVP wich er immer noch zu sehr von den Verhältnissen in der Privatwirtschaft ab. Als Konsequenz daraus stufte das EFD das Geschäft nicht mehr als prioritär ein.