Grâce au soutien des ses quatre membres socialistes et démocrates-chrétiens, le Conseil fédéral a adopté les protocoles et les a transmis aux Chambres pour ratification. Le PRD, l’UDC, l’USAM et Economiesuisse ont réitéré leur opposition. Le Conseil fédéral leur a répondu en précisant que le Protocole sur les transports ne s’oppose pas à un deuxième tunnel au Gothard, car l’axe n’est pas considéré comme une nouvelle route. Quant à l’entorse à l’accord bilatéral sur les transports, Moritz Leuenberger n’a pas caché qu’il souhaitait engager les autres pays dans la même voie que la Suisse, à savoir celle du transfert modal des marchandises de la route vers le rail. Afin d’ancrer la position centrale de la Suisse, le Conseil fédéral a également retenu la candidature de Lugano pour accueillir le Secrétariat permanent. Les dossiers de Davos, Lucerne et Sion ont été écartés. Le Tessin soumettra sa candidature le 28 février 2002 au comité de la Conférence alpine. Lugano affrontera celles d’Innsbruck (A), de Bolzano (I) et de Grenoble (F).

Après discussions, la Confédération et les cantons, à l’exception du Valais, se sont mis d’accord au sujet de la ratification des protocoles d’application de la Convention alpine. Ils étaient au nombre de neuf : aménagement du territoire et développement durable, agriculture de montagne, forêts de montagne, protection de nature et entretien des paysages, tourisme, énergie, transports, protection des sols et règlement des différends. Le Valais redoutait un antagonisme entre le développement touristique et les impératifs de la protection de la nature. Néanmoins, il s’est finalement rétracté et a accepté les protocoles additionnels, mais à la seule condition de rédiger un protocole socio-économique supplémentaire. Celui-ci devait, d’après lui, garantir un équilibre entre volonté de protection et développement économique des régions alpines. Le PRD a réagi en appelant le parlement à rejeter la ratification des protocoles. Economiesuisse en a fait de même. Le protocole des transport posait problème au parti radical, car il empêchait la construction de nouvelles routes transalpines et entrait, selon lui, en contradiction avec l’accord bilatéral sur les transports signé avec l’UE. Celui-ci laissait le libre choix du moyen de transport, élément que le protocole n’évoquait pas. Les radicaux y décelaient une manœuvre du Conseil fédéral pour empêcher le doublement du tunnel du Gothard. Outre ce point, le PRD craignait aussi le protocole sur le principe de subsidiarité, qui risquait selon eux de faire perdre aux cantons certaines compétences. L’UDC a maintenu sa position aux côtés des radicaux. Le PDC s’est dit prêt à approuver les protocoles, à condition que ceux-ci soient complétés par un volet "Economie et Société". Le PS a été le seul parti gouvernemental à approuver sans réserve les décisions prises par le Conseil fédéral.