Zu innerparteilichen Differenzen kam es trotz der Bemühungen um eine klare Linie schon bald wieder: Die FDP-Delegierten hatten die SVP-Einbürgerungsinitiative deutlich abgelehnt. Trotzdem warben Exponenten wie Hans Hess (OW), Otto Ineichen (LU), Filippo Leutenegger (ZH), Walter Müller (SG) und Georges Theiler (LU) für ein Ja und nahmen gar Einsitz im überparteilichen Ja-Komitee. Philipp Müller (AG), der „Leuchtturm“ für das Thema schlanker Staat (der sich mit Pelli darauf geeinigt hatte, nicht im Ja-Komitee mitzumachen), vertrat am Parteitag der FDP Aargau die Ja-Position zur Einbürgerungsinitiative, die der offiziellen FDP-Parole entsprechende Nein-Position wurde durch eine SP-Politikerin vertreten. Gespalten blieb die Partei auch beim Gesundheitsartikel, nach dem Ja auf nationaler Ebene beschloss eine grosse Zahl von Kantonalsektionen die Nein-Parole.

FDP kämpft mit innerparteilichen Differenzen