Dans le cadre de l'initiative parlementaire Giezendanner (udc, AG), la CTT-CN a approuvé la proposition de sa sous-commission d'ouvrir une procédure de consultation sur le doublement du tunnel routier du Gothard. Lors de la présentation de son contre-projet à Avanti, la CTT-CN a dévoilé les résultats. Quatre cantons (Appenzell Rhodes Intérieures, Bâle-Campagne, Obwald, Tessin), le PL, le PRD, l'UDC, Economiesuisse et le lobby de la route (TCS, FRS, ASTAG) se sont déclarés favorables à une planification immédiate d'un deuxième tube, puis une construction en coordination avec celle du réseau autoroutier suisse. Treize cantons (Bâle-Ville, Berne, Grisons, Jura, Lucerne, Neuchâtel, Nidwald, Schaffhouse, Schwyz, Soleure, Uri, Vaud, Zoug, Zurich) se sont opposés au doublement. Le PCS, le PS, l'UDF et les Verts, ainsi qu'une pléiade d'organisation environnementales (ATE, WWF) et l'Initiative des Alpes, ont également manifesté leur opposition. Argovie, Appenzell Rhodes Extérieures, Fribourg, Genève, Glaris, Uri, Valais et le PDC étaient d'accord avec un début immédiat de la planification, mais sous conditions. Il est à noter qu'Uri s'est déclaré défavorable à une dérogation de l'article constitutionnel sur la protection des Alpes sous couvert d'une modification constitutionnelle. St Gall et Thurgovie ont renoncé à donner un avis. Les résultats de cette consultation n'ont toutefois pas été utilisés, car le traitement par la commission de l'initiative Giezendanner a été gelé. L'initiative Avanti avait la priorité des membre de la commission, alors que Moritz Leuenberger souhaitait que le parlement les traite ensemble. (Pour le procès de la discussion d'un second tube pour le tunnel autoroutier du Gothard afin de réfaire celui-ci, voir ici (2008) et ici (2016).)

Bien que les routiers et quatre interpellations (02.3011, Heim (pdc, SO), 02.3024, UDC, 02.3030, PRD et 01.3098, Odilo Schmid (pdc, VS)) lui demandaient un allègement durant les périodes de fort trafic, le Conseil fédéral a maintenu la circulation alternée des camions dans le tunnel du Gothard. Il a expliqué que le dispositif augmentait la sécurité dans le tunnel et permettait de faire passer 3'500 camions par jour. Il ajoutait que les engorgements produits les jours de grande affluence étaient dus plus à la circulation des voitures que des camions. Néanmoins, Moritz Leuenberger s'est déclaré d'accord de réunir les différents acteurs de ce dossier – transporteurs, cantons alpins, organisations écologiques – pour en discuter. A l'issue de la première table ronde, Moritz Leuenberger a annoncé deux mesures immédiates destinées à fluidifier le trafic. L'interdiction de croiser qui frappait les camions, demeurait maintenue, mais la direction du trafic était changée plus souvent : toutes les deux heures au lieu de trois. D'autre part, la réouverture du col du Gothard au trafic poids lourds après les mois d'hiver était anticipée de quelques semaines. Cette mesure ne s'appliquait qu'aux camions sans remorque dans le but explicite de favoriser le trafic régional par opposition au trafic de transit international. Autre mesure: les zones d'attente devraient à l'avenir être situées en dehors de l'autoroute. Les camionneurs et l'Italie ont continué de dénoncer l'alternance.

Pour préparer son contre-projet, le Conseil fédéral s’est basé sur un document qui analysait l’évolution de la charge de trafic sur l’ensemble du réseau routier d’ici à 2020. Pour lui, les flux autour des agglomérations, ainsi que sur quelques tronçons d’autoroute, poseront problème à l’avenir. Une ébauche du contre projet a été rendue public en août, la version définitive est attendue pour le printemps 2002. Elle prévoit d’aménager les tronçons autoroutiers les plus encombrés et de désengorger les axes autour des grandes agglomérations. Le Gothard ne figure pas parmi les routes surchargées. D’après l’étude, c’est essentiellement le trafic Nord-Sud des vacanciers qui cause une cinquantaine de jours de congestion par an. Par conséquent, le percement d’un deuxième tunnel ne se justifiait pas pour le Conseil fédéral. Son contre-projet ambitionnait avant tout de cordonner le développement de la route et du rail en respectant la politique suisse des transports modal du premier vers le second. Toujours pour faire face à l’initiative, le Conseil fédéral proposait qu’un second article constitutionnel soit inséré dans le projet de la nouvelle péréquation financière avec les cantons, donnant à la Confédération une responsabilité en matière de trafic d’agglomération. Sans attendre la portée de cette proposition, le Conseil fédéral a pris deux mesures à court terme. Le crédit alloué aux entreprises de transport régional et local passera de CHF 130 à 170 millions dès 2002, afin de leur permettre de faire face aux investissements les plus importants. Les projets des transports publics en agglomération seront, d’autre part, pris en compte dans la deuxième étape de Rail 2000, ainsi que dans la convention sur les prestations 2003-2006 conclue avec les CFF. Il est à noter que sur la question du percement du Gothard, l’étude de l’Office fédéral des routes (OFROU), commandée par la sous-commission des transports du Conseil national pour l’application de l’initiative Giezendanner (99.421), aboutissait à un résultat totalement opposé de la simulation prise en compte par le Conseil fédéral. Les mesures prônées par la sous-commission l’étaient par conséquent aussi. Afin de pouvoir lancer une consultation et rédiger un message pour le Conseil national, la sous-commission a décidé de ne pas intégrer l’initiative parlementaire dans le débat à venir sur l’initiative Avanti. Elle préférait distinguer les deux textes afin que le peuple puisse en priorité se prononcer sur le principe de la construction d’un deuxième tunnel routier au Gothard (initiative Giezendanner). Bien qu’il n’ait pas à intervenir à ce stade de la procédure, Moritz Leuenberger a approuvé le choix de la sous-commission.
Seul le PS a manifesté son soutien à l’encontre du Conseil fédéral face à l’initiative Avanti. L’UDC souhaitait clairement le deuxième tunnel routier sous le Gothard et appuyait l’initiative. Le PRD était également favorable au Gothard bis, mais refusait l’idée d’un vote séparé proposé par la sous-commission du Conseil national. Quant au PDC, il demandait au Conseil fédéral d’examiner la compatibilité entre le second tube routier et l’article sur la protection des Alpes.