Nach sieben Amtsjahren gab Fulvio Pelli (TI) am 21. April die Präsidentschaft der FDP ab. Karin Keller-Sutter (SG) wäre als Nachfolgerin zuoberst auf der Wunschliste gestanden, da sie aus der Deutschschweiz stammt, ein nationales Profil und die nötige Konsenskompetenz aufweise, die es für dieses Amt brauche. Die St. Galler Ständerätin sagte jedoch ab, weil für sie das Präsidialamt nicht mit dem Ständeratsmandat vereinbar sei. Mit Ruedi Noser (ZH), Philipp Müller (AG), dem Vizepräsidenten Vincenzo Pedrazzini (SZ), Andrea Caroni (AR), Martin Schmid (GR), Christian Wasserfallen (BE) oder Pankraz Freitag (GL) wurden in der Presse einige mögliche Namen genannt, die Findungskommission klagte jedoch über eine eigentliche Kandidatenflaute und zahlreiche Absagen. Anfang März stellte die Kommission dann mit Pankraz Freitag (GL) und Philipp Müller (AG) zwei unterschiedlich profilierte Papabili vor, die sich an verschiedenen Hearings in den Kantonen präsentieren mussten. Dem medial besser bekannten und in Bern auch besser vernetzten Müller wurden in der Presse die besseren Chancen eingeräumt: Dem gelernten Gipser wurde eher zugetraut, aus der FDP wieder eine Volksbewegung zu machen als dem von Wirtschaftskreisen unterstützte Glarner Mathematiklehrer. Müller hatte sich allerdings in der Romandie aufgrund seiner dezidierten und harten Asylpolitik nicht viele Freunde geschaffen. Zu einer Kampfwahl kam es jedoch nicht, da sich Freitag Mitte März als Kandidat zurückzog. Müller wurde am 22. April schliesslich ohne Gegenstimme mit 330 zu 0 Stimmen gewählt. Pelli wurde an derselben Abgeordnetenversammlung in Bern für seine Leistungen für die FDP mit stehenden Ovationen geehrt. Zwar habe er den Wählerschwund nicht aufhalten können, es sei ihm aber gelungen, interne Grabenkämpfe zu lindern. Darüber hinaus dürfe die Fusion mit den Liberalen als Erfolg verbucht werden. Die künftigen Erfolge der FDP würden auch eine Ernte von Pellis Wirken sein. Müller startete mit einer eigentlichen Tour de Suisse in sein Präsidium. Nach einigen Wochen mussten auch seine Kritiker anerkennen, dass der Neue für viel Schwung und eine grössere Nähe zur Basis sorge.

Weil die Tessiner FDP eine Amtszeitbeschränkung von 16 Jahren für Volksvertreter kennt, hätte Fulvio Pelli (TI) eigentlich nicht mehr zu den Nationalratswahlen antreten dürfen. Die Statuten sehen allerdings Sonderbewilligungen vor, die dem Parteipräsidenten und Aushängeschild der Tessiner FDP vom Parteivorstand auch gewährt wurden. Pelli selber kündigte an, solange im Nationalrat zu bleiben, wie er Präsident sei. Er war aufgrund der gehäuften Niederlagen seiner Partei bei kantonalen Wahlen und der intransparenten Kommunikation in seiner Funktion als Verwaltungsratspräsident bei der Tessiner Kantonalbank auch in der Südschweiz nicht unumstritten. Seine äusserst knappe Wiederwahl in den Nationalrat – 54 Stimmen verhalfen ihm dazu – liess die Kritiker ebenfalls nicht verstummen. Pelli selber gab nach der Niederlage bei den eidgenössischen Wahlen bekannt, im April 2012 sein Amt abzugeben. Dies habe er bereits vor zwei Jahren beschlossen. Als potentielle Nachfolgerinnen und Nachfolger wurden Karin Keller-Sutter (SG), Philipp Müller (AG), Christian Wasserfallen (BE), Ruedi Noser (ZH) und Andrea Caroni (AR) ins Spiel gebracht. Keller-Sutter kündigte früh an, dass für sie das Amt als Parteipräsidentin mit jenem als Ständerätin unvereinbar sei. Eine Findungskommission wurde im Dezember eingesetzt und als Wahltermin der 21. April 2012 festgelegt.