Dans la nouvelle version de l'ordonnance sur la protection des eaux (OEaux), approuvée par le Conseil fédéral, figure une dérogation à l'autorisation de déversement d'eaux issues de circuits de refroidissement ouverts. Cet assouplissement vise à réduire le problème découlant de l'obligation de suspendre le déversement d'eaux de refroidissement lorsque la température du cours d'eau excède les 25 degrés. Au-delà de cette température, les autorités pourront donc tolérer des rejets thermiques ayant un effet minime sur la température de l’eau. Des dérogations spécifiques sont accordées aux centrales nucléaires existantes. Toutefois, les nouvelles installations construites devront limiter la production de chaleur et utiliser l'évacuation dans le cours d'eau seulement pour les rejets thermiques non récupérables.
Le projet de modification a été accueilli favorablement par la plupart des cantons et par les milieux économiques interrogés. Ce ne fut pas le cas pour le PS, les organisations environnementales, quelques associations professionnelles et instituts de recherche, et pour huit cantons (AG, BL, FR, GE, LU, TI, TG, VD). Une des principales raisons qui motive leur position est la survie des organismes aquatiques. Pour l'assurer, il faudrait empêcher ou limiter toute hausse de température des cours d'eau par des rejets thermiques.

Bei ihrer Beratung der Standesinitiative des Kantons Bern, die eine erhöhte finanzielle Beteiligung des Bundes sowie die finanzielle Entflechtung von Bundes- und Kantonsmitteln im Naturschutz forderte, konnte sich die UREK-NR auf einen im Mai 2016 gefällten Entscheid des Bundesrates berufen, der jährlich zusätzliche Beiträge in der Höhe von CHF 55 Mio. für die Biodiversität vorsieht. Zusammen mit dem im Vorjahr bereits von der erstberatenden UREK-SR ins Feld geführten Argument, der Erhalt der Umwelt sei eine gesamtheitliche Aufgabe, die von Kanton und Bund sowohl in nationalen als auch in lokalen Projekten gemeinsam getragen werden müsse, erwog die nationalrätliche Kommission einstimmig, auf keine Folge geben zu plädieren. Der Nationalrat folgte diesem Antrag in der Herbstsession 2016 stillschweigend und versenkte das Anliegen.

Fabio Regazzi (cvp, TI), der seine Interessen als passionierter Fischer gleich zu Beginn der parlamentarischen Beratung seiner Motion darlegte, störte sich am Umstand, dass die Kantone gemäss einer 2014 erfolgten Änderung der Verordnung zum Bundesgesetz über die Fischerei (VBGF) nicht über die Zulassung von Widerhaken in Fliessgewässern bestimmen dürfen. Im Gegensatz dazu haben die Kantone die Kompetenz, Wiederhaken in gewissen Seen und Stauhaltungen zu erlauben. Ferner trage die Regelung dem Föderalismus auch insofern nicht Rechnung, als die Morphologie der Gewässer in den Kantonen sehr unterschiedlich sei. Nicht zuletzt verschwinde dadurch gerade im Tessin auch eine jahrhundertealte Tradition des Angelns mit toten Ködern. Der Nationalrat aus dem Südkanton wusste mit diesem Anliegen auch den Tessiner Anglerverband und den Staatsrat hinter sich.
Bundesrätin Leuthard hingegen konnte auf die Unterstützung des Schweizerischen Fischereiverbandes zählen und stellte sich dezidiert gegen das Anliegen. Ihr sei nicht bekannt, dass Fische im Tessin anders, resp. weniger, leiden als Fische in Fliessgewässern anderer Kantone. Sie verteidigte die bestehende Regelung im Namen des Tierschutzes – entgegen der Ansicht des Motionärs, der bereits in seiner Begründung argumentiert hatte, dass das Fischen mit Widerhaken kleinere Fische gar schütze. Eine fast geschlossen stimmende SVP sowie die Grossmehrheiten der CVP- und FDP-Fraktionen verhalfen der Motion zum Sieg in der grossen Kammer: Mit 98 zu 83 Stimmen bei 5 Enthaltungen nahm der Nationalrat das Anliegen in der Herbstsession 2016 an, womit dieses zur Beratung an den Zweitrat und dessen Kommission weitergereicht wurde.

Der Kanton Bern sorgte sich um die Finanzierung neuer Aufgaben im Naturschutz. Um solche, etwa im Bereich der Biodiversität oder des Gewässerschutzes, erfüllen zu können, müssten gemäss Kanton die Bundesmittel erhöht werden. In Form einer Standesinitiative fordert der Kanton die Entflechtung von Bundes- und Kantonsmitteln: Nationale Projekte sollen ausschliesslich mit Bundesmitteln und regionale oder lokale Projekte gänzlich aus der Kantonskasse finanziert werden. Die UREK-SR als vorberatende Kommission des Erstrates empfahl dem Ständerat das Anliegen einstimmig zur Ablehnung. Sie anerkannte zwar die vom Kanton angesprochene Problematik, da die vom Bund zum Erhalt der Biodiversität, zur Sanierung von Wasserkraftanlagen und zur Renaturierung der Gewässer bereitgestellten Mittel im Moment nicht ausreichen würden, sprach sich jedoch für eine gesamtheitliche Betrachtung der Umwelt aus: Massnahmen zum Erhalt der Umwelt können somit nur kofinanziert werden. Der Ständerat folgte dem Antrag seiner Kommission in der Herbstsession 2015 und gab dem Anliegen keine Folge.

Mit Inkrafttreten der revidierten Fremd- und Inhaltsstoffverordnung (FIV) per 1. Januar 2014 war der Grenzwert für Arsen von 50 auf 10 Mikrogramm gesenkt sowie ein Grenzwert für Uran festgelegt worden (30 Mikrogramm). Die neuen Grenzwerte entsprechen den durch die WHO festgelegten Richtwerte. Die Senkung hatte zur Folge, dass die Grenzwerte in Gewässern einzelner Versorgungsgebiete, die sich insbesondere in den alpinen Regionen der Kantone Graubünden, Tessin und Wallis befinden, überschritten wurden. Im April 2015 erschien in der Fachzeitschrift "Aqua & Gas" ein Artikel der EAWAG zu Methoden der Arsen- und Uranentfernung aus dem Trinkwasser. Die Studie folgert, dass der Arsengehalt in Gewässern am Besten mit Eisenoxidfiltern reduziert werden könne. Einer erhöhten Urankonzentration sei in erster Linie mit Ionentauschern zu begegnen.

Nachdem der Ständerat im Vorjahr bereits einem Entwurf zur Anpassung des Gewässerschutzgesetzes zugestimmt hatte, der das Anliegen einer Berner Standesinitiative zur Lockerung des Verbots zur Verbauung und Korrektur von Fliessgewässern umsetzen wollte, folgte der Nationalrat im Berichtsjahr der kleinen Kammer. Mit der vorgeschlagenen Gesetzesanpassung soll es neu auch möglich sein, Änderungen des natürlichen Flussverlaufs zur Errichtung einer Deponie für unverschmutztes Aushubmaterial vorzunehmen. Dem Nationalrat lag ein Nichteintretensantrag einer linken Kommissionsminderheit vor, welche die Ansicht vertrat, dass es aufgrund Berücksichtigung eines Einzelfalles – denn darauf beruhte das Anliegen des Kantons Bern – keiner Gesetzesänderung bedürfe, die potentiell Raum für zusätzliche Ausnahmen schaffen würde. Da dieser Antrag nur bei den geschlossenen Fraktionen der SP, Grünen und GLP Unterstützung fand, beschloss der Nationalrat allerdings, auf das Geschäft einzutreten, und nahm es in der Folge an. In der Schlussabstimmung passierte die neue Regelung den Ständerat mit 36 zu 3 und den Nationalrat mit 116 zu 72 Stimmen.

Im Rahmen der im Vorjahr angenommenen Standesinitiative des Kanton Berns erarbeitete die UREK-SR eine Änderung zum Gewässerschutzgesetz. Mit seiner Standesinitiative will der Kanton Bern das Verbot zur Verbauung und Korrektur von Fliessgewässern lockern. Während dies im Falle von unverbauten Fliessgewässern nur zu Zwecken des Hochwasserschutzes oder der Schiffbarmachung erlaubt war, sollen Änderungen des natürlichen Flussverlaufes neu auch zur Errichtung einer Deponie für unverschmutztes Aushubmaterial vorgenommen werden können. Die Initianten begründeten ihr Anliegen mit den weiten und als Folge dessen wenig ökologischen Transportwegen, welche oft nötig wären, um Aushubmaterial aus abgelegenen Tälern zur nächsten Deponie zu verfrachten. Die Erstellung einer eigenen Deponie sei jedoch aufgrund der engen Platzverhältnisse in den Tälern ohne Flusskorrektur oft nicht möglich. Nachdem die zuständigen Kommissionen der beiden Räte im ersten Quartal einen Gesetzesvorentwurf genehmigt hatten, schickten sie diesen im April in die Vernehmlassung. Während sich 21 Stellungnehmer mit der Änderung vollauf zufrieden zeigten, wurde der Einschub von ebenso vielen Stellungnehmern kritisiert. Zwei Drittel der Kritiker sahen in der Änderung eine zu grosse Aufweichung des bestehenden Verbots von Korrektur und Verbauung natürlicher Fliessgewässer, das verbleibende Drittel an kritischen Äusserungen favorisierte einen Gesetzesentwurf mit weiterreichenden Ausnahmen zum Verbot. Aufgrund der gemischten Vernehmlassungsantworten beschloss die Kommission mit 8 zu 2 Stimmen bei zwei Enthaltungen, an ihrem auch vom Bundesrat unterstützten Entwurf festzuhalten. Der Ständerat, welcher die Vorlage als Erstrat behandelte, stütze diesen Entscheid in der Wintersession einstimmig.