Betreffend die Benachteiligung des international tätigen Schweizer Flugpersonals behandelten die beiden Räte eine Motion Lombardi (cvp, TI) und ein Postulat Kaufmann (svp, ZH) (Po. 06.3570). Das Postulat wollte, dass Wege aufgezeigt werden, wie die Benachteiligungen des in der Schweiz wohnhaften und in Deutschland arbeitenden Flugpersonals infolge des deutschen Steueränderungsgesetzes ab 1. Januar 2007 gemildert oder kompensiert werden können. Die Motion verlangte vom Bundesrat, eine Änderung des Doppelbesteuerungsabkommens mit Deutschland zu verhandeln und abzuschliessen, welche eine gerechte Besteuerung für Schweizer Flugpersonal bei deutschen Flugunternehmen sicherstellt. Das Postulat wurde im Nationalrat und die Motion von beiden Räten angenommen. Ausserdem nahm der Nationalrat ein Postulat der sozialdemokratischen Fraktion (Po. 07.3061) an, welches den Bundesrat aufforderte, zu prüfen, wie der internationale Flugverkehr angemessen besteuert werden kann.

Das Bundesgerichtsurteil über den degressiven Steuersatz des Kantons Obwalden führte im Nationalrat zur Einreichung von zahlreichen Interpellationen und Motionen zur Thematik des Steuerwettbewerbes. Während die FDP-Fraktion den Steuerföderalismus und den Steuerwettbewerb fördern wollte und vom Bundesrat verlangte, diesen auch in der Aussenpolitik offensiv zu vertreten, setzte sich die sozialdemokratische Fraktion dafür ein, dass der aus ihrer Sicht zunehmend aggressive und schädliche Steuerwettbewerb auf ein sozial verträgliches Ausmass eingedämmt wird.Dabei waren die Anliegen der ersteren erfolgreicher und wurden im Gegensatz zu der Motion der SP (Mo. 07.3107) angenommen. Auch die Kantone hatten sich zu diesem Thema beraten und wollen mit einer Kontrollkommission für einen fairen Steuerwettbewerb sorgen. Für zusätzliche Aufregung in diesem Bereich sorgte die EU-Kommission, welche ihre Drohung wahrmachte und von der Schweiz die Abschaffung bestimmter kantonaler Steuerpraktiken verlangte. Dies, weil aus Sicht der EU eine Vielzahl von Schweizer Kantonen über Steuergesetze verfügen, die nicht mit der ordnungsgemässen Anwendung des 1972 zwischen der EU und der Schweiz abgeschlossenen Freihandelsabkommens vereinbar sind.

Wie bereits 2006 bei den Abstimmungen bezüglich des Bundesgesetzes über die Besteuerung von Mitarbeiterbeteiligungen, blieb die sozialdemokratische Fraktion auch mit einer Motion zur Aufhebung der von ihr als ungerecht bezeichneten Praxis bei der Besteuerung von Mitarbeiterbeteiligungen erfolglos. Diese wollte den Bundesrat beauftragen, Massnahmen einzuleiten, welche sicherstellen, dass bei der Besteuerung von Aktien und Optionen für Mitarbeiter die steuerrechtlichen Grundsätze der Besteuerung der wirtschaftlichen Leistungsfähigkeit des Reinvermögenszuwachses und der Gleichmässigkeit der Besteuerung eingehalten werden. Sicherzustellen sei insbesondere, dass alle Einkünfte aus Arbeitsverhältnissen gleichermassen besteuert werden.Der Nationalrat lehnte die Motion gemäss Empfehlung des Bundesrates ab.

Obschon Bundesrat Merz das Parlament um einen klaren Richtungsentscheid in der Frage der Familienbesteuerung und eines allfälligen Wechsels hin zur Individualbesteuerung gebeten hatte, überwiesen die Räte bis im Herbst mehrere sich teilweise widersprechende Motionen: Während die FDP-Fraktion die Einführung der Individualbesteuerung verlangte, forderten die Christlichdemokraten eine Gleichstellung der Ehepaare unabhängig vom System (Mo. 04.3380). Donzé (evp, BE) (Mo. 04.3263) schlug zur Aufhebung der Diskriminierung von Ehepaaren gegenüber Konkubinatspaaren die Prüfung eines Vollsplittings und die Einführung eines Kinderabzuges vom Steuerbetrag vor. Ein Begehren der SP (Mo. 03.3616), welches pro Kind ebenfalls einen Abzug nicht vom steuerbaren Einkommen, sondern vom Steuerbetrag sowie die Einführung der Individualbesteuerung ohne Zwischenstufe des Splittings vorsah, wurde vom Nationalrat hingegen abgelehnt, ebenso wie die in der CVP-Motion enthaltene Forderung nach einer Entlastung der Familien. Auf Zustimmung stiess jedoch eine Motion Meier-Schatz (cvp, SG) (Mo. 04.3632), welche den Kantonen die Wiedereinführung des vor wenigen Jahren gestrichenen Ausbildungsabzugs ermöglicht. Der Ständerat überwies einen Vorstoss seiner WAK (Mo. 05.3464), welcher Sofortmassnahmen zur Reduktion der Diskriminierung bei der Ehegattenbesteuerung verlangt. Gemäss Kommissionssprecher Wicki (cvp, LU) verschliesse sich die Finanzdirektorenkonferenz der Diskussion um den Systemwechsel nicht, doch hege sie aufgrund der befürchteten Steuerausfälle Vorbehalte gegenüber der Individualbesteuerung. Zudem brauche der Systemwechsel Zeit; die Kantone rechneten für die nötige Gesetzesänderung und die Umsetzung der Verwaltungspraxis mit einer Frist von bis zu zehn Jahren.

Eine Motion der SP-Fraktion (Mo. 97.3663), welche die Besteuerung von natürlichen und juristischen Personen vom Wohnsitz in den Kanton des Arbeitsorts verlagern wollte, wurde vom Nationalrat auch als Postulat mit 75 zu 51 Stimmen abgelehnt. Die SP wies in ihrer Begründung darauf hin, dass die Zentrumslasten zentraler Orte durch diese Verlagerung ausgeglichen werden könnten. Eine angemessene Rückerstattung an den Wohnsitzkanton wurde dabei in Aussicht gestellt. Ruey (lp, VD) und Bundesrat Villiger waren jedoch der Meinung, dass das Problem der Zentrumslasten nicht durch eine Verlagerung der Besteuerung sondern durch den Finanzausgleich angegangen werden sollte. Diese Thematik war im Berichtsjahr vor allem in der Westschweiz aktuell geworden. Das Bundesgericht hatte im Oktober dem Kanton Genf untersagt, bei Pendlern aus der Waadt Steuern einzufordern. Der Kanton Genf hatte im November 1998 einzelnen gut verdienenden Pendlern schriftlich eine Steuerpflicht in Aussicht gestellt, nachdem der Kanton Waadt es mehrmals abgelehnt hatte, sich an den Zentrumslasten des Stadtkantons Genf zu beteiligen. Das Bundesgericht verwies in seinem Urteil auf das Verbot einer Doppelbesteuerung.
Zur Besteuerung von Wohneigentum siehe unten, Teil I, 6c (Wohnungsbau und -eigentum).