In Erfüllung einer Motion Leo Müller (cvp, LU) präsentierte der Bundesrat im März 2016 seine Botschaft zum Bundesgesetz über die Besteuerung land- und forstwirtschaftlicher Grundstücke, mit dem die Rückkehr zur 2011 aufgelösten Praxis der Gewinnbesteuerung besiegelt werden soll. Wertzuwachsgewinne aus dem Anlagevermögen eines land- oder forstwirtschaftlichen Betriebs sollten somit nicht mehr länger vollumfänglich, sondern privilegiert besteuert werden. In der Vernehmlassung hatte sich die Mehrheit der Kantone, die FDP (mit Ausnahme der Waadtländer Sektion), die SP und nicht zuletzt auch die Konferenz der kantonalen Finanzdirektorinnen und Finanzdirektoren, der Schweizerische Gewerbeverband und der Gewerkschaftsbund gegen das Gesetzesvorhaben ausgesprochen. Vorgebracht wurden unter anderem Bedenken zur Rechtsgleichheit, da Landwirte erneut gegenüber anderen Selbständigerwerbenden bevorzugt würden. Zudem wurde die Befürchtung geäussert, dass bei den Kantonen mit Mindereinnahmen zu rechnen sei. Explizit begrüsst wurde die Rückkehr zur bisherigen Praxis von der SVP und der CVP, den Kantonen Freiburg, Genf, Nidwalden, Tessin, Waadt und Wallis sowie einer Mehrheit der stellungnehmenden Verbände und Organisationen, darunter auch der Schweizerische Bauernverband.

Der Nationalrat befasste sich in der Herbstsession mit dem Geschäft. Entgegen ihrem im Vorjahr ausgearbeiteten Modell hielt die Mehrheit der WAK den vom Bundesrat vorgeschlagenen Systemwechsel nun nicht mehr für notwendig und beantragte lediglich Korrekturen am geltenden System. Sie wollte den Eigenmietwert generell auf 60% des Marktwerts festsetzen und ein Bausparmodell nach Baselbieter Muster einführen. Die SP-Fraktion war zwar für einen Systemwechsel, nicht aber für massive Steuererleichterungen für die Hauseigentümer; sie sprach sich zuerst für Nichteintreten aus. Knapp durchsetzen konnte sich schliesslich, dank der Unterstützung der SP und der GP, die CVP, welche den vom Bundesrat beantragten Systemwechsel unterstützte. In der Detailberatung sprach sich der Nationalrat gegen den Widerstand der Linken für höhere Abzüge aus als der Bundesrat vorgeschlagen hatte. Unterhaltskosten sollten bereits ab CHF 4'000 (Bundesrat CHF 5'000) und Schuldzinsen für Ersterwerbende im Betrag von CHF 15'000 für Verheiratete bzw. CHF 7'500 für Alleinstehende abgezogen werden können. Bundesrat Villiger plädierte vergeblich dafür, angesichts des prekären Zustandes der Bundeskasse und im Hinblick auf die Gleichbehandlung mit den Mietern mehr Vernunft und Mass walten zu lassen. Trotzdem stimmte die grosse Kammer für die Einführung eines Bausparmodells nach basellandschaftlichem Muster. Dieses erlaubt Steuerpflichtigen unter 45 Jahren, während höchstens 10 Jahren bis zu CHF 12'000 (Verheiratete CHF 24'000) jährlich auf ein Bausparkonto zu überweisen und von der Steuer abzuziehen. Nur bezüglich der Übergangsfrist folgte der Rat dem Bundesrat. In der Gesamtabstimmung hiess er die Vorlage mit 75:60 Stimmen bei 18 Enthaltungen gut; die SP und die Grünen hatten geschlossen dagegen gestimmt. Im Anschluss daran schrieb der Nationalrat die parlamentarischen Initiativen Gysin(fdp, BL) von 1998 zum Bausparen (98.455), Hegetschweiler (fdp, ZH) zur Besteuerung des Eigenmietwerts (99.409) und die der CVP-Fraktion zur Wohneigentumsförderung (98.457) ab. Nachdem bereits die kleine Kammer die Standesinitiative des Kantons Aargau für eine tiefere Bewertung des selbstgenutzten Wohneigentums (99.300) abgelehnt hatte, schloss sich ihr der Nationalrat an.

Durch die Anpassungen des Nationalrats steigen die Ausfälle gegenüber dem bundesrätlichen Vorschlag (CHF 90 Mio.) auf CHF 280 Mio. an. Dazu kommen noch rund CHF 50 Mio. für das Bausparmodell. Bezüglich der Auswirkungen auf die Kantone nannte der Bundesrat als Antwort auf die Interpellation von Nationalrat Zanetti (sp, SO) (01.3519) zusätzliche Mindereinnahmen bei ihrem Anteil an der direkten Bundessteuer von CHF 65 Mio. (der Vorschlag des Bundesrates sah einen Ausfall von CHF 35 Mio. vor). Dazu kommen noch nicht bezifferbare, aber erhebliche Mindererträge bei den Staats- und Gemeindesteuern. In ihren ersten Beschlüssen korrigierte die WAK des Ständerats die Entscheide des Nationalrats wieder nach unten und sah geringere Einnahmeausfälle vor.

Das Finanzdepartement veröffentlichte die Vernehmlassungsunterlagen zur Revision der Wohneigentumsbesteuerung. Der bundesrätliche Vorschlag stützte sich auf die Empfehlungen der Expertenkommission und beantragte die Abschaffung der Eigenmietwertbesteuerung bei einem Wegfall der Schuldzins- und Unterhaltskostenabzüge. Bundesrat Villiger liess verlauten, nach dem deutlichen Nein zur Hauseigentümerinitiative sei lediglich eine aufkommensneutrale Reform denkbar. Mit Ausnahme des SGB sprachen sich alle interessierten Organisationen für den Systemwechsel aus. Allerdings wollten die SP und der Mieterverband nur eine kostenneutrale Variante unterstützen, wohingegen der SHEV und die bürgerlichen Parteien mit deutlichen Steuerermässigungen rechneten. Der SHEV kritisierte in erster Linie die vorgesehene Streichung des Unterhaltskostenabzugs. Dadurch würden wichtige Anreize zum Erhalt der Bausubstanz wegfallen. SHEV-Präsident Dettling drohte im August mit einer neuen Initiative, sollten Bundesrat und Parlament die Wohneigentumsförderung beschneiden. Bei den Kantonen herrschte ein uneinheitliches Bild. Der Systemwechsel wurde von elf Kantonen abgelehnt und von fünfzehn begrüsst.

In einem Grundsatzentscheid sprach sich der Bundesrat im Oktober für eine Streichung des Unterhaltskostenabzugs aus. Entgegen seiner Ankündigung hat er aber die Botschaft nicht verabschiedet. Bundesrat Villiger erklärte anlässlich der Budgetberatung im Parlament, die Gefahr eines Konjunkturabschwungs habe einen Aufschub notwendig gemacht.