Dès le mois de juin, le parlement s'est penché sur le détail du message du Conseil fédéral concernant l’encouragement de la formation, de la recherche et de l’innovation pendant les années 2017 à 2020.
Le vaste projet contenant 16 propositions en rapport avec six domaines: la formation professionnelle et continue (loi fédérale, financement et contributions allouées aux cantons), les école polytechniques fédérales (loi fédérale et plafonnement des dépenses), l'encouragement et la coordination des Hautes Ecoles (loi fédérale et ouverture de crédits), l'attribution de bourses à des étudiants, étudiantes, ou artistes étrangers (loi fédérale et ouverture de crédits), l'encouragement de la recherche et de l'innovation (loi fédérale et financement des institutions et établissement de recherche d'importance nationale, financement de la commission pour la technologie et l'innovation (CTI)) et enfin la coordination nationale et internationale dans les domaines de la recherche et de l'innovation (loi fédérale et financement).
Les arrêtés fédéraux concernant le financement et les crédits alloués ont tous été acceptés au vote final lors de la session d'automne. Des divergences sont apparues au niveau de la hauteur du financement de la Confédération. Ainsi, pour la formation professionnelle le Conseil d'Etat a réclamé une rallonge de 100 millions, ce qui porte le total de l'enveloppe à 3.63 milliards de CHF. Les sénateurs ont également voulu relever de 160 millions le plafond des dépenses pour les écoles polytechniques fédérales, portant celui-ci à 10,34 milliards de CHF. Les universités et hautes écoles ont grâce à la chambre des cantons obtenu des rallonges de 95 millions, ce qui donne une somme totale de 2.8 milliards de CHF pour les universités et 2.19 milliards de CHF pour les HES. Enfin, les établissements de recherche d'importance nationale ont grâce aux sénateurs vu leur enveloppe augmenter de 40 millions, pour un total final de 422 millions de CHF. Toutes ces propositions du Conseil des Etats ont été acceptées par le Conseil national à la fin septembre 2016.
Durant ce même mois de septembre, les différentes modifications des lois fédérales proposées par les sept sages ont été acceptées, à l'exception de celle sur la formation professionnelle, qui a donné lieu à d'importants débats. Le projet du Conseil fédéral prévoyait une participation de la Confédération aux frais de formation professionnelle sous forme de subsides versés aux personnes qui suivent des cours préparatoires aux examens professionnels fédéraux ou aux examens fédéraux supérieurs. En tant que premier conseil, la chambre basse a approuvé le projet du Conseil fédéral. La chambre haute, elle, a souhaité ajouter un alinéa stipulant que ces subventions devraient être versées au moins une fois par année, et non seulement une fois les examens passés. Cette proposition émanant de la gauche et d'une partie du PDC et du PLR était motivée par le fait que certains candidats ne peuvent se permettre de préfinancer eux-mêmes leur formation continue, dans le cas où les employeurs ne le font pas non plus. De retour à la chambre du peuple, la proposition a soulevé les mêmes oppositions que chez les sénateurs: cela aurait un coût bureaucratique trop élevé, et des subventions risqueraient d'être versées à des personnes ne poursuivant pas leur formation jusqu'à l'examen. Un compromis a donc été trouvé: un préfinancement de la Confédération est possible, du moment que le candidat en fait une demande officielle. Cette solution médiane a également séduit les représentants des cantons et la nouvelle loi sur la formation professionnelle a été adoptée au vote final le 16 décembre 2016.

Die Reform der Regierung wurde auch in einzelnen Policies versucht. So bildete die Sondersession zur Gesundheitspolitik im April den Rahmen für einen Vorstoss der sozialdemokratischen Fraktion für die Schaffung eines Staatssekretärs. Die Motion, die eine Verbesserung der Steuerung des föderal stark zersplitterten Gesundheitswesens durch einen Staatssekretär anvisierte, hatte jedoch weder beim Bundesrat noch beim Nationalrat eine Chance. Darüber hinaus war auch die Idee eines Bildungsdepartementes Gegenstand parlamentarischer Diskussion. Der Bundesrat hatte diesbezüglich im Juni des Berichtsjahres eine Reorganisation der Departemente beschlossen. Vorgesehen ist, dass ab 2013 das bis anhin dem EDI angehörende Staatssekretariat für Bildung und Forschung sowie der Bereich der ETH gemeinsam mit dem Bundesamt für Berufsbildung und Technologie im EVD angesiedelt werden. (Siehe dazu auch die Interpellation Aubert (10.3056) und hier.) Mit der Neuorganisation wurde auch das für Europafragen zuständige Integrationsbüro dem EDA und das Bundesamt für Veterinärwesen dem EDI unterstellt (bisher EVD). Zudem versprach der Bundesrat, die Kooperation zwischen den Bundesstellen zu fördern und systematisch zu evaluieren.

Das Parlament überwies mehrere Vorstösse zur Gentechnologie-Forschung in der Landwirtschaft: Diskussionslos billigte der Nationalrat drei Motionen der SP-Fraktion. Beim Nationalen Forschungsprogramm „Nutzen und Risiken der Freisetzung gentechnisch veränderter Pflanzen“ verlangte sie geeignete Foren für die Diskussion der Resultate für interessierte Bevölkerungskreise. Bei der Analyse möglicher gesundheitlicher Risiken gentechnisch veränderter Pflanzen und Lebensmittel sei die Entwicklung geeigneter molekularbiologischer Methoden und Forschungsansätze zu fördern. Schliesslich sollte sich der Bundesrat baldmöglichst für breit angelegte und umfassende Untersuchungen über innovative Lösungen ohne Gentechnologie in der Landwirtschaft einsetzen. Der Ständerat unterstützte die beiden ersten Begehren diskussionslos, das dritte lehnte er ab, weil es den Eindruck erwecke, die traditionelle Forschung entwickle sich in die falsche Richtung. Auf Zustimmung stiess hingegen eine Motion Leumann (fdp, LU), welche eine Intensivierung der Ressortforschung im Bereich des Nebeneinanders von gentechnisch veränderten und gentechnisch nicht veränderten Pflanzen durch praktische Feldversuche verlangt.

Am Parteitag in Naters bei Brig (VS) forderte der ehemalige SP-Präsident Peter Bodenmann bei seinem ersten Auftritt an einer nationalen SP-Versammlung seit seinem Rücktritt vor sieben Jahren eine mutigere Europa-Politik. Nach eingehender Debatte verabschiedeten die Delegierten ein Positionspapier, das den Bundesrat auffordert, nach der Inkraftsetzung der Bilateralen II noch in der laufenden Legislaturperiode Beitrittsverhandlungen mit der EU aufzunehmen; die konkreten Vor- und Nachteile einer EU-Mitgliedschaft könnten erst nach Abschluss der Verhandlungen beurteilt werden. In einem Thesenpapier „Umverteilung und Gleichstellung“ billigten die Sozialdemokraten eine Reihe von Vorschlägen, die von einer Steuerreform über die Entlastung von Familien, der effektiven Gleichstellung zwischen Mann und Frau bis hin zur Strukturreform der Altersvorsorge sowie zu Massnahmen gegen die Armut reichten. Für die Abstimmung vom November gaben die Delegierten mit 297:87 Stimmen die Nein-Parole zur NFA heraus; es überwogen die Warnungen vor der Gefahr des Sozialabbaus bei den Behindertenheimen, sollte sich der Bund bei deren Finanzierung zurückziehen. Diskussionslos stimmte die SP der neuen Finanzordnung zu. Auch beim Stammzellenforschungsgesetz setzten sich die Befürworter mit 246:101 Stimmen durch; die Geschäftsleitung hatte aus Respekt gegenüber persönlichen ethischen Werthaltungen für Stimmfreigabe plädiert, doch zeigte der Appell an die Verantwortung der Politik von Alt-Bundesrätin Ruth Dreifuss, in deren Amtszeit die Vorlage erarbeitet worden war, Wirkung.

Reprenant pour l'essentiel l'argumentaire du gouvernement, le Conseil national a lui aussi repoussé cette initiative. Il a néanmoins dû affronter une proposition socialiste de contre-projet octroyant un droit de plainte à certaines organisations ainsi qu'une demande de renvoi dans le but d'élaborer un contre-projet de la part des écologistes. Quant à lui, le Conseil des États a suivi la grande chambre.