Le Conseil national a examiné le projet de révision partielle de la loi sur l’aménagement du territoire durant l’année sous revue. Malgré une proposition de non-entrée en matière déposée par le groupe des Verts, au motif que la révision proposée affaiblirait l’aménagement du territoire en Suisse (la distinction entre zones à bâtir et zones non constructibles devenant de plus en plus floue), le plénum a décidé d’entrer en matière sur le projet par 155 voix contre 12. Socialistes, démocrates-chrétiens et radicaux ont soutenu cette révision, émettant seulement quelques critiques à son égard. L’UDC a également soutenu ce projet, même s’il aurait souhaité une révision plus audacieuse. Des minorités de la Commission de l’environnement, de l’aménagement du territoire et de l’énergie, presque exclusivement composées de membres du groupe UDC, ont d’ailleurs proposé d’assouplir davantage encore les règles d’aménagement du territoire applicables aux zones agricoles. Une minorité emmenée par le député Toni Brunner (udc, SG) a par exemple réclamé que soit biffé l’art. 27a, selon lequel les cantons peuvent introduire des règles de protection du paysage plus restrictives que celles prévues par la loi fédérale. Cette proposition a toutefois été rejetée par 112 voix contre 56. Le conseil a introduit dans le projet de loi une disposition qui impose aux activités accessoires non agricoles de satisfaire aux mêmes exigences légales et aux mêmes conditions-cadre que les entreprises commerciales ou artisanales en situation comparable dans la zone à bâtir. Au vote sur l’ensemble, le projet a été adopté par 139 voix contre 18.

Le Conseil fédéral a chargé le DETEC de revoir son projet de nouvelle loi sur les forêts. Le gouvernement a notamment demandé qu’il examine des variantes supplémentaires, dont celle de la suppression totale des subventions fédérales à l’économie forestière. Le nouveau projet de loi élaboré par le DETEC, qui a nécessité de longues consultations avec les milieux intéressés, prévoyait de poursuivre le soutien à hauteur d’environ 95 millions de francs par an. Le coût de la nouvelle politique forestière pour l’ensemble des collectivités publiques s’élevait ainsi à 2,7 milliards de francs jusqu’en 2015. Cette dépense allait cependant à l’encontre de la majorité bourgeoise du gouvernement, qui jugeait que le secteur forestier et les forêts pouvaient survivre sans argent public. En juin, la Commission de l’environnement du Conseil des Etats s’est toutefois prononcée à l’encontre d’une suppression de toutes les subventions et réglementations de production dans la loi. La commission s’est en outre déclarée surprise et fâchée que le Conseil fédéral ait laissé examiner une telle variante.
Après s’être penché sur la question à plusieurs reprises, et après un débat très controversé en son sein, le gouvernement a finalement rendu sa copie fin juin. Dans cet avant-projet de loi mis en consultation jusqu’à la fin octobre, la Confédération continuerait à s’impliquer financièrement dans le domaine forestier à hauteur de 140 millions de francs par an, mais mettrait l’accent sur les forêts protectrices et la diversité biologique. Les subsides à l’économie privée seraient toutefois partiellement réduits, au profit de contrats de prestation avec les cantons et les communes. Le gouvernement a par ailleurs proposé, afin de favoriser l’entretien et l’exploitation des forêts, d’assouplir, dans les régions où la forêt avance rapidement, la règle qui veut que chaque arbre abattu soit obligatoirement remplacé.
La consultation s’est terminée en fin d’année. Contesté par la gauche et les milieux écologistes, le projet de révision de la loi sur les forêts a subi de vives critiques. Le Conseil fédéral a toutefois reçu le soutien des partis bourgeois et, dans une moindre mesure, des paysans. Selon les Verts, la faiblesse de l’économie forestière est à chercher dans le manque de coopération dans la filière bois, dans les structures administratives et d’exploitation inefficaces, ainsi que dans les lois cantonales. Pour eux, la révision proposée n’a pas répondu pas à ces lacunes. Le PS y a vu, pour sa part, un pas vers une libéralisation totale de l’économie forestière, à laquelle il s’oppose. Les milieux de l’économie forestière ont également jugé la révision insuffisante. Le PDC a défendu le projet, de même que l’UDC et le PRD, qui ont jugé qu’il apporte une plus grande efficacité à l’économie forestière. Les cantons se sont montrés, quant à eux, sceptiques. Pour eux, la révision de la loi ne permet en effet pas d’atteindre les objectifs fixés par le Programme forestier suisse (Le Programme forestier suisse, élaboré en 2002 et en 2003, est un programme d'action politique. Il contient une projection de l'état souhaité de la forêt, avec des objectifs à long terme quantifiés pour l'année 2015, ainsi qu'une stratégie définissant les mesures à prendre et les instruments à créer).

En plénum, la Chambre s'est ralliée à sa commission pour ce qui concerne le financement des paiements directs. Elle a cependant refusé d'accepter la proposition de majorité qui entendait lier l'octroi de tout paiement direct à un minimum d'exigences écologiques. De même, elle a rejeté des propositions de minorité rose-verte d'introduire des taxes incitatives et de faire dépendre tout paiement direct d'une conversion aux modes de production biologiques. Un front bourgeois, emmené par J.-N. Philipona (prd, FR) et soutenu par J.-P. Delamuraz, a fait barrage aux arguments favorables à une écologisation des paiements directs en assurant que cela conduirait à promouvoir une agriculture trop chère, donc peu rentable, qui serait condamnée à terme. Par ailleurs, le Conseil national a suivi la décision de la petite chambre de 1993 de rejeter l'initiative de l'USP «pour une agriculture paysanne compétitive et respectueuse de l'environnement». Pour sa part, le Conseil des Etats a facilement accepté le projet d'article constitutionnel de la grande chambre.
Suite aux débats parlementaires, l'USP a retiré son initiative.
(c.f. aussi: Positions de l'USP en 1990)

Parteien und Umweltschutzorganisationen reagierten auf die Vorlage allgemein positiv. Die SP und die Grüne Partei hätten es allerdings vorgezogen, wenn die Landwirtschaft mit Lenkungsabgaben auf Dünger und Pflanzenschutzmitteln zwingend in die Vorlage miteinbezogen worden wäre; der Entwurf sieht nur vor, dass der Bundesrat bei Bedarf die landwirtschaftlichen Hilfsstoffe in die Lenkungsabgaben miteinbeziehen kann. Von den Wirtschaftsverbänden befürwortete der Vorort die Abgaben auf VOC-haltigen Stoffen, insbesondere weil die Vorlage die Möglichkeit offerierte, Investitionen der entsprechenden Branchen zur Verringerung der VOC-Emissionen mit der Abgabebelastung zu verrechnen und somit als Anreiz zum Nachrüsten bei gleichzeitigem Spareffekt zu dienen. Hingegen sprach sich der Vorort gegen Abgaben auf Heizöl aus, da die Immissionen, im speziellen Schwefeldioxyd, schon während den achziger Jahren massiv reduziert worden waren und heute kein Problem mehr für die Luftreinhaltung darstellten.

Lors de la procédure d'élimination des divergences, le Conseil des États a ramené les critères de limitation d'octroi de paiements directs au seul revenu agricole, sur proposition de compromis d'A. Cottier (pdc, FR). La grande chambre s'est finalement ralliée de justesse à cette proposition, la gauche et les écologistes entendant fermement revenir à la proposition initiale. En revanche, la petite chambre a accepté la disposition introduite par le Conseil national visant à terme à une égalité entre paiements directs généraux et écologiques. Face à ces modifications, des menaces de référendum sont venues des rangs de la droite, libéraux et démocrates du centre en particulier, qui étaient opposés à toute limitation en fonction du revenu ou de la fortune et qui n'ont guère goûté la disposition prévoyant la parité entre paiements directs généraux et écologiques.

Le Conseil national, pour sa part, fit également un bon accueil à cette modification législative. La Chambre fut ainsi généralement unanime pour admettre la nécessité de réformer la politique agricole. La façon de le faire divisa cependant les parlementaires. Les bourgeois, outre qu'ils se sont inquiétés du financement des paiements directs, ont considéré ces derniers principalement sous l'angle d'une compensation des pertes de revenu dues à une dérèglementation progressive, alors que la gauche et les écologistes entendaient donner un plus grand poids aux paiements directs à caractère écologique. Sous la pression de cette minorité, des modifications ont été apportées au projet initial dans le sens d'une écologisation des paiements directs. C'est ainsi que les députés, contre l'avis de leur commission, ont instauré le principe, à moyen terme (cinq ans), d'une égalité de volume entre paiements directs économiques et écologiques. Ils ont par contre refusé de subordonner exclusivement le versement de paiements directs à des prestations à caractère écologique. Par ailleurs, la chambre a encore introduit, toujours sous l'impulsion de la gauche et des verts, une limitation de l'octroi de paiements directs en fonction des revenus et de la fortune de l'agriculteur.