Der Verband der Assistenz- und Oberärztinnen und -ärzte (VSAO) meldete umgehend heftigsten Widerstand gegen die geplante Massnahme an. Ab Mitte Mai wurden die Kantonsbehörden und Santésuisse geradezu mit Gesuchen von Schweizer Jungärztinnen und Jungärzten um die vorsorgliche Erteilung einer Praxisbewilligung und einer Zahlstellennummer überhäuft. Ende Juni demonstrierten rund 3000 Medizinerinnen und Mediziner mit Warnstreiks und Protestmärschen gegen die Absichten des Bundesrates. Der VSAO bezweifelte den kostendämpfenden Effekt und warf dem BSV vor, mit falschen Zahlen zu operieren. Unter dem Eindruck dieser Proteste distanzierte sich die FMH von ihrer früheren Zustimmung. Sie warnte vor einem Stau bei den Weiterbildungsstellen im Spital – mit dem Effekt eines längerfristigen Ärztemangels. Santésuisse benutzte die Polemik, um erneut eine Aufhebung des Kontrahierungszwangs zu verlangen. SVP und FDP warfen Bundesrätin Dreifuss vor, in blindem Aktivismus zu machen, um darüber hinweg zu täuschen, dass ihr Departement die Kostenentwicklung nicht im Griff habe. Einzig die CVP und die SP akzeptierten einen Zulassungsstopp als Übergangslösung.

Nach der politischen Sommerpause setzte der Abstimmungskampf für die Volksinitiative “für eine vernünftige Drogenpolitik” ein, welche unter dem gängigeren Namen “Droleg” den Drogenkonsum generell freigeben und die Drogenbeschaffung als Staatsmonopol etablieren wollte, um damit der organisierten Kriminalität die Daseinsberechtigung zu entziehen. Da niemand, nicht einmal die SP, deren Vorstand Stimmfreigabe beschloss, deren Delegiertenversammlung dann aber für eine Unterstützung votierte, wirklich an einen Erfolg des Volksbegehrens glaubte, wurde die Kampagne von beiden Seiten recht lau geführt, wobei auch ins Gewicht fiel, dass die Befürworter nur sehr beschränkte Mittel einsetzen konnten. Wortführerin der ablehnenden Kreise war Bundesrätin Dreifuss, die betonte, die Initiative sei im Interesse der Volksgesundheit abzulehnen. Die Vorstellung, mit einer Legalisierung könnte der Schwarzmarkt effizient bekämpft werden, gehöre ins Land der Illusionen. Zudem würde sich die Schweiz damit international isolieren und das weltweite Netz der Verbrechensbekämpfung schwächen.

Der Nationalrat behandelte die Vorlage in seiner Wintersession und folgte dabei den Vorschlägen der Landesregierung, verankerte aber zusätzlich explizit die Unentgeltlichkeit der menschlichen Organspende. Ein von den Grünen unterstützter Rückweisungsantrag von Felten (sp, BS), welche befürchtete, dass der Bund damit einen Blankocheck für die zentralisierte Organbeschaffung erhalte, wurde sehr deutlich abgelehnt. Ebenfalls keine Chance hatte der Antrag der SP auf ein Festschreiben der Freiwilligkeit der Spende. Das Wort Spende enthalte per definitionem den Begriff der Freiwilligkeit, argumentierten vor allem bürgerliche Kreise, weshalb es nicht nötig sei, diese noch speziell festzuschreiben. Die von den Grünen unterstützte SP hatte mit ihrem Antrag verhindern wollen, dass auf Gesetzesstufe die sogenannte "Widerspruchslösung" eingeführt wird, bei der eine Organentnahme möglich ist, wenn diese vom Verstorbenen oder seinen Angehörigen nicht ausdrücklich verweigert wird. Ein weiterer Antrag der SP und der Grünen für ein Moratorium zur Xenotransplantation (Übertragung gentechnisch veränderter tierischer Organe auf den Menschen) bis ins Jahr 2010 wurde ebenfalls verworfen. Die Gegner befürchteten vor allem eine Behinderung der Forschung in der Schweiz. Als Übergangslösung bis zum Vorliegen eines eigentlichen Transplantationsgesetzes kündigte Bundesrätin Dreifuss an, dass sie in Kürze dem Parlament beantragen werde, die Bewilligungspflicht für allfällige Xenotransplantationen in den dringlichen Beschluss über die Kontrolle von Blut, Blutprodukten und Transplantaten aufzunehmen.

Zum zweitenmal nach 1991 lud das EDI Behördenmitglieder und Interessengruppen aller drei staatlichen Ebenen zu einer nationalen Drogenkonferenz nach Bern ein. Die Bundesräte Koller und Dreifuss riefen dazu auf, die drogenpolitische Debatte zu deblockieren. Polarisierte Meinungen prallten kaum aufeinander. CVP, FDP und SP bekräftigten schon vor der Tagung ihre Absicht, eine Teilrevision des Betäubungsmittelgesetzes anzustreben, um möglichst rasch die gesetzliche Grundlage für die ärztlichen Substitutionsprogramme mit Heroin zu schaffen. Derart konkrete Fragen behandelte die Konferenz allerdings nur am Rande. Generell herrschte Einigkeit darüber, dass in der Drogenpolitik differenziert und behutsam vorgegangen werden muss, wobei Kohärenz, Koordination und Kommunikation zwischen allen Beteiligten zu fördern und auszubauen seien.