Am 7. Dezember begann der Nationalrat bei der Debatte des Voranschlags 2017 noch einmal von vorne. Bereits der Antrag der FK-NR hatte jedoch deutlich gemacht, dass sich die inhaltlichen Positionen seit der letzten Beratung nicht verändert hatten. Entsprechend sah der Voranschlag 2017 am Ende der Behandlung wieder genau gleich aus wie noch eine Woche zuvor, lediglich das Resultat der Gesamtabstimmung hatte sich verändert: Die SP-Fraktion lehnte das Budget zwar noch immer geschlossen ab, die SVP-Fraktion enthielt sich jedoch grösstenteils der Stimme, so dass der Voranschlag mit 82 zu 52 Stimmen bei 65 Enthaltungen angenommen wurde. Dabei schuf der Nationalrat zahlreiche Differenzen zum Ständerat.

Im Differenzbereinigungsverfahren schloss sich der Ständerat bezüglich der Finanzierung der Asylkosten dem Nationalrat an. Folglich entschied man sich, im Voranschlag 2017 die tiefere Schätzung der Anzahl Asylanträge zu verwenden, wodurch bei den Betriebsausgaben der Empfangs- und Verfahrenszentren sowie bei den Sozialhilfekosten für Asylsuchende, vorläufig Aufgenommene und Flüchtlinge insgesamt CHF 344 Mio. gespart werden konnten. Zudem wurde eine Kreditsperre von CHF 60 Mio., verteilt auf alle Departemente, beschlossen, was einen Verzicht auf eine Ausserordentlichkeit der Asylausgaben erlaubte. Auch bezüglich des sogenannten Schoggi-Gesetzes, das durch Ausfuhrbeiträge einen Preisausgleich zwischen Rohstoffen aus der Schweiz und dem Ausland vorsieht, schloss sich der Ständerat dem Vorschlag des Nationalrats an und erhöhte die Exportsubventionen in der Landwirtschaft um CHF 26,7 Mio.

Nachdem die sechs noch bestehenden Differenzen im Rahmen des Differenzbereinigungsverfahrens nicht geklärt werden konnten, wurde eine Einigungskonferenz einberufen. Diese folgte in den vier kleinen Differenzen dem Nationalrat und suchte in den zwei grossen Differenzen Kompromissvorschläge zwischen den beiden Kammern. Im Nationalrat votierten jedoch unter anderem die SVP-, FDP- und BDP-Fraktionen gegen den Kompromissvorschlag der Einigungskonferenz, so dass dieser mit 105 zu 84 Stimmen bei 5 Enthaltungen abgelehnt wurde. Folglich werden jeweils die tieferen Beträge aus den Beratungen definitiv übernommen. Beim Bundespersonal (CH 50 Mio.), bei externen Beratungen (CHF 60,3 Mio.) und der Informatik (CHF 17,5 Mio.) werden somit Querschnittskürzungen von insgesamt CHF 128 Mio. vorgenommen, wie es der Nationalrat gewünscht hatte. Entgegen dessen Präferenzen wird hingegen die Qualitäts- und Absatzförderung der Landwirtschaft nicht um CHF 2.5 Mio. erhöht. Damit weist der definitive Voranschlag 2017 ein Finanzierungsdefizit von CHF 250 Mio. auf, hält jedoch die Vorgaben der Schuldenbremse mit einem strukturellen Überschuss von CHF 92 Mio. ein.

In der Wintersession 2016 beriet der Nationalrat den Voranschlag 2017 als Erstrat. Dabei setzte er den Rotstift vor allem im Eigenbereich an. So beschloss er unter anderem Kürzungen beim Bundespersonal, bei externen Beratern und Dienstleistungen sowie bei der Informatik, sprach aber mehr Geld für die Landwirtschaft und die Bildung als es der Bundesrat vorgesehen hatte. Die Hauptdiskussion im Nationalrat drehte sich aber um die vom Bundesrat vorgesehene ausserordentliche Budgetierung von Asylausgaben in der Höhe von CHF 400 Mio. und die grundlegende Frage, ob ein solches Vorgehen eine Aufweichung der Schuldenbremse darstelle. Während die Mehrheit der FK-NR die Kriterien der Ausserordentlichkeit bei der Schuldenbremse, insbesondere die Einmaligkeit und Unvorhersehbarkeit, als nicht gegeben erachtete, wies Philipp Hadorn (sp, SO) im Namen der Kommissionsminderheit darauf hin, dass bei der Erarbeitung dieser Ausnahmeklausel das Asylwesen explizit als Anwendungsfall erwähnt worden war. Die Finanzkommission des Nationalrats beantragte diesbezüglich, die Asylausgaben aufgrund der neusten Schätzungen des SEM mithilfe von dessen ursprünglicher Schätzmethode zu kalkulieren und nicht – wie es der Bundesrat getan hatte – aufgrund der vom SEM neu entwickelten Schätzmethode vom Mai 2016. Dadurch konnte die Schätzung der Anzahl Asylgesuche von 45‘000, mit denen der Bundesrat im Sommer 2016 gerechnet hatte, auf etwa 30‘000 Asylgesuche reduziert werden. In Übereinstimmung mit diesen neuen Zahlen reduzierte die Finanzkommission die Betriebsausgaben bei den Empfangs- und Verfahrenszentren und die Ausgaben bei der Sozialhilfe für Asylsuchende, vorläufig Aufgenommene und Flüchtlinge um etwa CHF 340 Mio. Zusammen mit einer Kreditsperre im Umfang von 60 Mio., die auf alle Departemente verteilt werden sollte, würde dies einen Verzicht auf ausserordentliche Asylausgaben erlauben. Dieser Konzeptentscheid war in der Kommission mit 13 zu 12 Stimmen knapp angenommen worden, noch knapper fiel die Entscheidung im Nationalrat aus: Dieser stimmte dem Kommissionsvorschlag nur dank dem Stichentscheid von Ratspräsident Stahl (svp, ZH) mit 97 zu 96 Stimmen zu. Bundesrat Maurer kritisierte das Vorgehen, bei Bedarf plötzlich die Diskussionsgrundlage zu ändern und nicht wie üblich und bei allen anderen Budgetpositionen die Zahlen von Juni 2016 zu verwenden. Diese Praxis, „wenn es unangenehm wird, noch gewisse Änderungen [vorzunehmen]“, gefährde die Schuldenbremse stärker als die Ausserordentlichkeit gewisser Ausgaben.

Bei der Gesamtabstimmung sprachen sich die Fraktionen der SP und der Grünen mehrheitlich gegen den Voranschlag aus, weil ihnen die Sparanstrengungen deutlich zu weit gingen. Gleichzeitig beschloss aber auch die SVP-Fraktion, den Voranschlag abzulehnen und begründete dieses Vorgehen damit, dass in Zeiten ohne Rezession ein ausgeglichenes Budget angestrebt werden sollte. Damit lehnte der Nationalrat den Voranschlag 2017 mit 77 zu 113 Stimmen bei 3 Enthaltungen ab. Der Ständerat wird somit bei seiner Beratung am 5. Dezember 2016 nur den Bericht des Bundesrates, nicht aber die Beschlüsse des Nationalrates diskutieren. Anschliessend wird sich der Nationalrat noch einmal mit dem Voranschlag beschäftigen müssen, wobei er theoretisch mit der Diskussion nochmals von vorne beginnen müsste. Zum ersten Mal stellte sich beim Bund damit auch die Frage, was wäre, wenn die Räte bis zum 1. Januar 2017 kein Budget verabschieden könnten. Denn obwohl die meisten Kantone solche Regelungen kennen, sieht der Bund für diesen Fall keinen rechtlich vorgeschriebenen Ablauf vor. Gemäss Philipp Rohr, dem Sprecher der Finanzverwaltung, dürfte der Bund dann theoretisch keine Zahlungen mehr tätigen. Um dies zu verhindern, müsste das Parlament eine Art Notbudget beschliessen, bevor in der Frühlingssession ein neuer ordentlicher Voranschlag erarbeitet werden könnte. Olivier Feller (fdp, VD) reichte in der Folge eine Motion ein, welche diese rechtliche Lücke schliessen soll.

Diskussionslos überwies der Nationalrat zwei Postulate (Zuppiger, Po. 04.3542; SP-Fraktion, Po. 04.3584), welche vom Bundesrat einerseits eine Übersicht über die Verschuldung der öffentlichen Hand (Bund, Kantone und Gemeinden) und der Sozialversicherungen sowie eine Schätzung der absehbaren Entwicklung, andererseits eine volkswirtschaftliche Vermögensbilanz und einen Bericht über die Entstehung und Entwicklung der Staatsschulden seit 1990 verlangten.