Après le Conseil des Etats l’année précédente, le Conseil national s’est à son tour saisi du projet de législation concernant le trafic des marchandises. Le plénum a décidé d’entrer en matière par 124 voix contre 62, rejetant une proposition de renvoi du groupe UDC, hostile à l’instauration d’une bourse du transit alpin et à l’édiction d’objectifs chiffrés en matière de réduction du trafic routier transalpin. Lors de la discussion sur le projet de loi sur le transfert de la route vers le rail du transport lourd de marchandises à travers les Alpes (LTTM), la chambre basse a rejeté de justesse, par 91 voix contre 89, une proposition Loepfe (pdc, AI) visant à reprendre la formulation de l’article constitutionnel pour la protection des Alpes, soit « à travers la Suisse » au lieu de « à travers les Alpes ». Soutenu par le groupe UDC, par une majorité du groupe radical-libéral et un tiers du groupe PDC, cet amendement visait à restreindre la portée de l’objectif de transfert au seul trafic international, c’est-à-dire à en exclure le trafic interne. La majorité de la commission des transports (CTT-CN) et le chef du DETEC, Moritz Leuenberger, y ont opposé que la discrimination ainsi faite entre transporteurs suisses et internationaux serait contraire aux Accords bilatéraux conclus par la Confédération avec l’UE dans ce domaine. Le groupe UDC est revenu à la charge en proposant de supprimer purement et simplement l’objectif de réduire le nombre de courses transalpines de camions à 650'000 par an d’ici à 2019. Le plénum a balayé cet amendement et approuvé le projet du Conseil fédéral par 111 voix contre 68. Comme à la chambre haute l’année précédente, la gauche et les Verts ont tenté de ramener le délai à 2012, mais leur amendement en ce sens a été rejeté par 89 voix contre 83. Concernant la LTTM, le Conseil national ne s’est écarté du Conseil des Etats que s’agissant de la bourse du transit alpin, innovation la plus controversée du projet. Suivant sa commission, le plénum a refusé d’imposer au Conseil fédéral d’obtenir l’aval des chambres tant pour négocier la mise en place de la bourse avec les autres pays concernés que pour mettre en œuvre concrètement le dispositif retenu. Selon la formulation adoptée par 110 voix contre 82, le gouvernement sera compétent pour conclure les traités internationaux nécessaires à la création de la bourse, mais devra soumettre à l’Assemblée fédérale un projet législatif de mise en œuvre. Le plénum a en outre refusé d’obliger le Conseil fédéral à créer ladite bourse dans un délai de deux ans à compter de l’adoption de la loi, comme le souhaitait le camp rose-vert. Par 110 voix contre 80, le Conseil national n’a pas voulu autoriser le gouvernement à octroyer des droits de passage gratuits, afin d’inciter au transfert de la route vers le rail. Au vote sur l’ensemble, le projet a été approuvé par 109 voix contre 68, la totalité du groupe UDC ainsi que des députés radicaux et démocrates-chrétiens le rejetant. Concernant les autres projets d’actes du paquet, la chambre du peuple s’est distinguée de son homologue des cantons en se montrant plus généreuse dans son soutien au transport combiné de plaine. Elle a ainsi alloué un plafond de dépenses de CHF 200 millions jusqu’en 2015 pour le trafic interne, soit le double du montant approuvé par le Conseil des Etats l’année précédente.

Lors de l’examen des divergences, ce dernier s’est rallié au Conseil national sur l’ensemble des points litigieux et a approuvé unanimement tous les actes du paquet. À la chambre basse, la LTTM a été adoptée par 127 voix contre 65 et les autres projets par des majorités plus confortables encore. En votation finale, le groupe UDC et un quart du groupe radical-libéral ont rejeté la LTTM.

Parteien und Verbände äusserten sich kritisch zur Vorlage zur Verlagerung des alpenquerenden Güterverkehrs von der Strasse auf die Schiene: Die Vertreter der Alpeninitiative beharrten auf dem Reduktionsziel 2009 und unterstrichen dies mit einer Petition mit 40'000 Unterschriften. Der Schweizerische Nutzfahrzeugverband ASTAG stellte sich hinter den Verfassungsauftrag, lehnte aber eine Kontingentierung über eine Alpentransitbörse ab, da diese den Binnenverkehr diskriminiere; zudem entspreche der massive Ausbau der Rola nicht den Bedürfnissen der Wirtschaft. Bei den Parteien sprachen sich SP und Grüne gegen alle drei Varianten aus und verlangten die Einhaltung des Ziels bis 2009. Die CVP bevorzugte die erste Variante, allerdings ohne Alpentransitbörse. Die SVP verwarf ebenfalls alle drei Modelle und forderte eine auf Rentabilität ausgerichtete neue Vorlage. Die FDP wünschte eine vertiefte Problem- und Lösungsanalyse und Vorschläge zur Verbesserung der Zusammenarbeit mit den Nachbarstaaten.

Les partis gouvernementaux ont accueilli de manière globalement positive les propositions du Conseil fédéral, même si les partis bourgeois ont émis quelques réserves sur le mode de financement. Ainsi le parti radical s'est opposé à la hausse du prix de l'essence, du moins tant qu'un fonds d'investissement pour les transports publics ne serait pas créé à l'instar de celui qui existe pour la route. L'UDC et le PDC ont également exprimé le souhait que la solution du financement spécial soit, dans un second temps, abandonnée en faveur d'un fonds pour les transports publics. De plus, conformément à ce qu'ils avaient déclaré lors de la consultation sur la taxe poids lourd liée aux prestations, les partis bourgeois se sont opposés à la version retenue en la matière par le gouvernement. Au sujet des deux variantes à choix, les partis socialiste et radical ont exprimé leur préférence pour la construction simultanée des deux tunnels. Tiraillée entre ses sections bernoise et zurichoise, l'UDC n'a pas voulu s'exprimer à ce sujet, laissant au Conseil fédéral le soin de trancher. Après avoir exprimé sa préférence pour la réalisation en priorité du tunnel du Gothard, le PDC est, quant à lui, revenu sur sa position devant la profonde émotion, voire les menaces de dissidence, exprimées par la section valaisanne.