Am Abend des Wahlsonntags überraschte der Präsident der SVP, Ueli Maurer, die Präsidenten der anderen Parteien vor laufender Fernsehkamera mit der ultimativ vorgetragenen Forderung, dass bei der Gesamterneuerungswahl vom Dezember Christoph Blocher anstelle einer der bisherigen CVP-Vertreter in den Bundesrat zu wählen sei, ansonsten die SVP aus der Regierung austreten werde. Wie sich in letzterem Fall der amtierende Bundesrat der SVP, Samuel Schmid, verhalten würde, blieb offen. Die SVP-Fraktionsführung und später auch die Fraktion und eine Delegiertenversammlung sanktionierten dieses in kleinem Kreis vorbereitete Vorgehen Maurers erst im Nachhinein, aber ohne wesentliche Opposition. Die rasch verstummende parteiinterne Kritik monierte, dass die üblichen Prozeduren bei der Kandidatennomination missachtet würden, und dass ein so wichtiger Entscheid wie ein Regierungsaustritt nur von einer Delegiertenversammlung oder einer Urabstimmung gefällt werden könne.

Die beiden anderen bürgerlichen Regierungsparteien reagierten unterschiedlich. Die FDP kritisierte zwar das aggressive Vorgehen der SVP, sah aber keinen Grund, deren Anspruch auf einen der beiden CVP-Sitze und die Kandidatur Blocher zu bekämpfen. Die von der SVP anvisierte CVP erklärte hingegen, dass ihre Vertreter nicht zurücktreten würden und die Partei sie dabei voll unterstützen werde. Auch ihre Bundesräte Deiss und Metzler liessen nie Zweifel daran aufkommen, dass sie wieder kandidieren würden. Obwohl es an der kompromisslosen Haltung der CVP auch parteiinterne Kritik gab, welche befürchtete, dass nach dem neuerlichen Wahlsieg der SVP ein Beharren auf den zwei Bundesratssitzen für die CVP kontraproduktiv wäre, hielt die CVP-Spitze bis zur Bundesratswahl vom 10. Dezember an dieser Linie fest. In der Vorbereitung des Terrains für die Bundesratswahl machte sich die CVP die Idee der SP zu Eigen, dass die SVP, zumindest vorläufig, den durch die Demission Villigers freiwerdenden FDP-Sitz erhalten solle. Dabei griff sie die FDP auch inhaltlich an: Mit ihrer Unterstützung der Kandidatur Blocher sei diese zum Anhängsel der SVP geworden und nicht mehr repräsentativ für ihre gemässigt bürgerliche Wählerschaft. Diese werde einzig noch durch die CVP vertreten, weshalb deren Anspruch auf zwei Sitze gerechtfertigt sei. Eine Woche vor der Wahl beschloss die Fraktion, an der Wiederkandidatur sowohl von Deiss als auch von Metzler festzuhalten. Zudem entschied sie, dass die zuerst antretende Metzler bei einer Nichtwahl nicht gegen den nach ihr zu wählenden Deiss antreten dürfe.

Die Haltung der SP war nicht eindeutig und zudem stark von taktischen Interessen geprägt. Im Sommer hatte Parteipräsidentin Brunner eine gewisse Bereitschaft erkennen lassen, der SVP einen zweiten Regierungssitz zulasten der CVP einzuräumen. Sie begründete diese von einem Teil der Linken als Tabubruch empfundene Unterstützung der SVP nicht mit deren Wählerstärke, sondern mit dem Verhalten der CVP, welche zu weit nach rechts gerückt sei. Indirekt gab sie damit der CVP zu verstehen, dass eine SP-Unterstützung für die Verteidigung ihrer beiden Regierungssitze nicht gratis zu haben sei. In der Phase der Wahlvorbereitungen konkretisierte die SP-Spitze diesen Preis und verlangte von der CVP Zusicherungen, in konkreten sozial-, wirtschafts- und finanzpolitischen Fragen die SP-Positionen mitzutragen. Derartige Vorstösse wurden auch von den Grünen gemacht, welche aber rasch zur Erkenntnis kamen, dass die Positionen der CVP und der GP zu weit voneinander entfernt sind, um eine tragfähige Mitte-Links-Regierung zu bilden. Rechnerisch wäre eine derartige Koalition möglich gewesen, verfügte doch die Linke mit der CVP über eine knappe Mehrheit von 125:121 Stimmen in der Bundesversammlung. Obwohl die CVP der SP keine inhaltlichen Zugeständnisse machte, beschloss die SP-Fraktion eine Woche vor der Wahl, die beiden Kandidierenden der CVP zu unterstützen. Nach den Nationalratswahlen war von Brunner auch die von der CVP dankbar aufgenommene Idee ins Spiel gebracht worden, dass die SVP, zumindest vorläufig, den durch die Demission Villigers freiwerdenden FDP-Sitz erhalten könnte.

Gesamterneuerungswahlen des Bundesrats 2003