Si, pour le Conseil fédéral, le projet d'accord-cadre avec l'UE est en grande partie favorable à la Suisse et conforme au mandat de négociation, il juge également prématuré de procéder à sa signature, et ce notamment en raison de questions relatives aux mesures d'accompagnement ou à la directive sur le droit des citoyens de l'UE qui demeurent sans réponse. L'exécutif national a donc annoncé, au début du mois de décembre 2018, son intention de soumettre le texte de l’accord institutionnel à consultation auprès d'acteurs politiques et économiques. Dans le contexte de la libre circulation des personnes, le Conseil fédéral estime en effet insuffisants les trois types de mesures d'accompagnement garantis par le texte de l'accord – délai d’annonce préalable fixé à quatre jours ouvrables dans les secteurs à risques, dépôt d’une garantie financière proportionnée pour les prestataires de service n’ayant pas respecté leurs obligations financières et demande de documents aux prestataires de services indépendants également basée sur les risques. Autre point de litige, la Suisse souhaite que l'accord mentionne de façon explicite l'exception à la reprise de la directive relative au droit des citoyens, alors que l'UE penche pour la reprise de ladite directive à l'échelle helvétique. Dans son communiqué de presse, la Direction des affaires européennes (DAE) précise que le champ d'application de l'accord négocié concerne les cinq accords d'accès au marché relatifs à la libre circulation des personnes, aux transports terrestres, au transport aérien, aux obstacles techniques au commerce (ARM) et à l’agriculture, ainsi que les futurs accords d’accès au marché, à l'exemple de l’accord sur l’électricité en discussion. Sous réserve de certaines exceptions, une reprise automatique du droit européen n'est pas envisagée. Tout développement du droit de l'UE fera ainsi «l’objet d’une décision indépendante de la Suisse dans le plein respect de ses procédures législatives». En ce qui concerne le règlement des différends, le texte soumis à consultation ne prévoit aucunement la mise en place d'une institution supranationale, mais envisage plutôt «un mécanisme de règlement des différends basé sur un tribunal arbitral paritaire».
«Berne joue la montre avec l'Union européenne», titre la Tribune de Genève au lendemain de l'annonce du Conseil fédéral, se demandant si la consultation en question ne s'apparente pas à un «exercice alibi», tant et si bien qu'en l'état, l'accord constitutionnel négocié avec l'UE ne recueille les faveurs ni du PS, ni de l'UDC. Selon le quotidien genevois, la décision du Conseil fédéral présente toutefois des points positifs: les nouvelles conseillères fédérales Karin Keller-Sutter et Viola Amherd prendront notamment part au verdict final, et si votation il devait y avoir, celle-ci se tiendrait après les élections fédérales d'automne 2019. La presse helvétique s'interroge également sur la réaction du voisin européen et des éventuelles représailles, à l'exemple de l'équivalence boursière que la Suisse pourrait ne pas obtenir. «Nous ne sommes pas sous pression!», a rétorqué le ministre des Finances Ueli Maurer en conférence de presse. Néanmoins, le Conseil fédéral a une fois de plus fait savoir que la Suisse remplit intégralement les conditions exigées pour la reconnaissance de l’équivalence boursière suisse selon MIFIR 23, tout en appelant à une avancée dans ce sens de la part de l'Union européenne.

Durant l’été, la visite de Doris Leuthard à Bruxelles et la perspective de la publication du rapport sur la politique européenne en automne ont relancé le débat sur l’adhésion à l’UE. Si les avis divergent sur le fond, l’ensemble des acteurs ont estimé que la situation de la Grèce a rendu politiquement très invraisemblable une adhésion à court terme. Ainsi, l’UDC s’est opposée à tout rapprochement avec l’UE arguant que la Suisse perdrait sa souveraineté. Le PS et les écologistes se sont eux montrés favorables à une adhésion à l’UE avec conditions, considérant qu’elle permettrait des avancées à différents niveaux malgré les tendances néolibérales à l’œuvre. Le PLR a prôné la continuation de la voie bilatérale. La conférence des gouvernements cantonaux s’est elle montrée favorable à un accord-cadre avec l’UE tout en rejetant une reprise automatique. Elle a estimé que ce dernier est une bonne solution et peut répondre à leur perte d’autonomie dans la reprise du droit européen. Avenir Suisse a considéré qu’une adhésion à l’espace économique européen ou à l’UE sont les meilleures solutions. Economiesuisse a estimé qu’il n’y a pas d’alternative à la voie bilatérale. L’USAM a souligné que les petites et moyennes entreprises n’ont pas forcément les mêmes intérêts que l’industrie, l’agriculture ou la finance. L’Union suisse des professions libérales (USPL) s’est alignée sur la position de l’UE et a affirmé que la position réactive de la Suisse pénalise certaines professions et certains pans de l’économie helvétique.

Après le Conseil des Etats l’année précédente, le Conseil national s’est à son tour saisi du projet de législation concernant le trafic des marchandises. Le plénum a décidé d’entrer en matière par 124 voix contre 62, rejetant une proposition de renvoi du groupe UDC, hostile à l’instauration d’une bourse du transit alpin et à l’édiction d’objectifs chiffrés en matière de réduction du trafic routier transalpin. Lors de la discussion sur le projet de loi sur le transfert de la route vers le rail du transport lourd de marchandises à travers les Alpes (LTTM), la chambre basse a rejeté de justesse, par 91 voix contre 89, une proposition Loepfe (pdc, AI) visant à reprendre la formulation de l’article constitutionnel pour la protection des Alpes, soit « à travers la Suisse » au lieu de « à travers les Alpes ». Soutenu par le groupe UDC, par une majorité du groupe radical-libéral et un tiers du groupe PDC, cet amendement visait à restreindre la portée de l’objectif de transfert au seul trafic international, c’est-à-dire à en exclure le trafic interne. La majorité de la commission des transports (CTT-CN) et le chef du DETEC, Moritz Leuenberger, y ont opposé que la discrimination ainsi faite entre transporteurs suisses et internationaux serait contraire aux Accords bilatéraux conclus par la Confédération avec l’UE dans ce domaine. Le groupe UDC est revenu à la charge en proposant de supprimer purement et simplement l’objectif de réduire le nombre de courses transalpines de camions à 650'000 par an d’ici à 2019. Le plénum a balayé cet amendement et approuvé le projet du Conseil fédéral par 111 voix contre 68. Comme à la chambre haute l’année précédente, la gauche et les Verts ont tenté de ramener le délai à 2012, mais leur amendement en ce sens a été rejeté par 89 voix contre 83. Concernant la LTTM, le Conseil national ne s’est écarté du Conseil des Etats que s’agissant de la bourse du transit alpin, innovation la plus controversée du projet. Suivant sa commission, le plénum a refusé d’imposer au Conseil fédéral d’obtenir l’aval des chambres tant pour négocier la mise en place de la bourse avec les autres pays concernés que pour mettre en œuvre concrètement le dispositif retenu. Selon la formulation adoptée par 110 voix contre 82, le gouvernement sera compétent pour conclure les traités internationaux nécessaires à la création de la bourse, mais devra soumettre à l’Assemblée fédérale un projet législatif de mise en œuvre. Le plénum a en outre refusé d’obliger le Conseil fédéral à créer ladite bourse dans un délai de deux ans à compter de l’adoption de la loi, comme le souhaitait le camp rose-vert. Par 110 voix contre 80, le Conseil national n’a pas voulu autoriser le gouvernement à octroyer des droits de passage gratuits, afin d’inciter au transfert de la route vers le rail. Au vote sur l’ensemble, le projet a été approuvé par 109 voix contre 68, la totalité du groupe UDC ainsi que des députés radicaux et démocrates-chrétiens le rejetant. Concernant les autres projets d’actes du paquet, la chambre du peuple s’est distinguée de son homologue des cantons en se montrant plus généreuse dans son soutien au transport combiné de plaine. Elle a ainsi alloué un plafond de dépenses de CHF 200 millions jusqu’en 2015 pour le trafic interne, soit le double du montant approuvé par le Conseil des Etats l’année précédente.

Lors de l’examen des divergences, ce dernier s’est rallié au Conseil national sur l’ensemble des points litigieux et a approuvé unanimement tous les actes du paquet. À la chambre basse, la LTTM a été adoptée par 127 voix contre 65 et les autres projets par des majorités plus confortables encore. En votation finale, le groupe UDC et un quart du groupe radical-libéral ont rejeté la LTTM.

Après des entretiens exploratoires au cours du printemps, les Quinze ont officiellement accepté d’élargir le cadre des «bilatérales bis». De son côté, le Conseil fédéral a défini le contenu des mandats accordés en son nom aux négociateurs des nouveaux dossiers. Trois catégories de mandats ont été désignées: de négociation (fraude douanière, environnement, produits agricoles transformés, formation et jeunesse), de prénégociations (accords de Schengen et Dublin, libéralisation des services) et de discussion (fiscalité de l’épargne). Dix mandats en tout, que les commissions de politique extérieure du Conseil des Etats et du National ont accepté à l’unanimité. Les objets de la fraude douanière et de la fiscalité de l’épargne ont rapidement constitué les principaux points de friction entre les parties en présence, si bien que le Parlement européen, en fin d’année, a menacé la Suisse de rompre les négociations sur l’ensemble des dossiers si la situation sur celui de la fraude douanière ne se dirige pas vers une amélioration.
Ces points de conflits entre Berne et l’UE ont motivé une interpellation (01.3030) du groupe socialiste au CN, qui a interrogé le CF sur ses projets à l’encontre des fraudeurs et de la contrebande. Celui-ci a répondu elliptiquement que le résultat des négociations devrait fixer les instruments de lutte adoptés par la Suisse. Les auteurs de l’interpellation se sont déclarés non satisfaits.

Parmi les acteurs engagés pour un «oui» aux votations, le Vorort a joué son rôle de porte-parole d’une économie helvétique très majoritairement favorable aux bilatérales, dont l’investissement vis-à-vis de la votation fut évalué à plus de 10 millions de francs. Autres organisations favorables: l’Union suisse des arts et métiers (USAM), l’Union patronale suisse, l’Union suisse des paysans, l’USS, la FTMH, la Confédération des syndicats chrétiens, les associations de banquiers et des assureurs, l’Association transports et environnement. Soutien inhabituel qui démontre l’amplitude des débats, l’Université de Neuchâtel s’est officiellement engagée pour les bilatérales en raison du système d’échange qui les accompagne. Dans le rang des partis politiques: le PDC, le PS, le PRD, le Parti libéral, le Parti chrétien-social et l’UDC sont allés dans le sens du Conseil fédéral. Le débat au sein de cette dernière fut particulièrement houleux et a vu Christoph Blocher légèrement vaciller à la tribune du congrès réuni sur la question des bilatérales. Par 297 voix contre 201, les délégués UDC ont donné un mot d’ordre favorable aux accords, alors que leur leader médiatique n’avait pu afficher une position claire et cohérente sur la question (à relever que, le même jour, les délégués du Parti de la liberté eurent moins d’atermoiements pour recommander un «non» massif). Ainsi, plus de la moitié des sections cantonales de l’UDC se sont opposées à la décision du parti national. Second camouflet pour Christoph Blocher, la position de l’ASIN dont il est le président a été largement débattue par ses propres adhérents réunis en congrès, furieux qu’une recommandation de vote vis-à-vis de la votation ne fut même pas à l’ordre du jour. Au final, l’ASIN a, contre l’avis de Blocher, décidé de voter un mot d’ordre. Ce dernier a débouché sur un «non» très majoritaire.

Ende März fasste die Parteispitze einstimmig die Ja-Parole zu den bilateralen Verträgen mit der EU. In einer Broschüre verkündete sie einhellig, die bilateralen Verträge seien die erste Station auf dem Weg zum vollständigen Beitritt. Vollmer (BE) betonte, erst die SP habe die Abkommen durch ihre Überzeugungsarbeit mehrheitsfähig gemacht.

Die Regierungsparteien zeigten sich erfreut über den politischen Durchbruch bei den bilateralen Verhandlungen zwischen der EU und der Schweiz. Die FDP verlangte ein rasches Ratifikationsverfahren und eine zügige Umsetzung der Verträge; Diskussionen um einen EU-Beitritt seien mindestens bis zur Inkraftsetzung der Regelungen kontraproduktiv. Die CVP rief die konstruktiven Kräfte des Landes auf, die innenpolitische Umsetzung des Vertragswerkes in Angriff zu nehmen. Dabei seien die bilateralen Verträge emotionslos und sachlich zu prüfen und die daraus resultierenden Vorteile ins Zentrum zu rücken. Die SP wertete das Abkommen als einen wichtigen Schritt auf dem Weg zu einem EU-Beitritt. Um das Paket innenpolitisch mehrheitsfähig zu machen, forderte sie flankierende Massnahmen gegen Lohndumping im Bereich der Personenfreizügigkeit sowie Begleitmassnahmen im Landverkehr. Zurückhaltender reagierte die SVP, die sich erst nach der innenpolitischen Umsetzung abschliessend äussern will. Für sie stand fest, dass die bilateralen Verhandlungen keine Vorstufe zu einen EU-Beitritt sein dürfen und forderte den Bundesrat auf, das in Brüssel deponierte Beitrittsgesuch zurückzuziehen. Über ein allfälliges Referendum werde sie erst nach den parlamentarischen Beratungen entscheiden. Für die Ergreifung des Referendums sprachen sich die Schweizer Demokraten aus. Unterstützung kündigte die Lega dei Ticinesi an.

Im Dezember kam es zu einem SP-Hauskrach zwischen Parteipräsident Bodenmann und Bundesrat Leuenberger. Bodenmann hatte kurz vor einem Treffen zwischen Leuenberger und dem österreichischen Verkehrsminister telefonisch beim österreichischen Verkehrsministerium interveniert und geraten, nicht auf die bundesrätlichen Vorschläge einzugehen. Leuenberger warf Bodenmann daraufhin via Medien vor, die bilateralen Verhandlungen mit der EU zu torpedieren. Auch die bürgerlichen Parteien kritisierten den europapolitischen Sololauf Bodenmanns harsch. In einer Erklärung hiess die SP-Fraktion die internationalen Kontakte ihres Präsidenten jedoch ausdrücklich gut.