In der Sommersession 2023 lag das Schicksal des indirekten Gegenvorschlags des Bundesrates zur Prämien-Entlastungs-Initiative der SP in den Händen des Ständerats, denn bei einem erneuten Nichteintreten wäre der Gegenvorschlag vom Tisch. Wie bereits bei der ersten Behandlung beantragte die SGK-SR ihrem Rat, auf den Entwurf einzutreten, während erneut ein Minderheitsantrag auf Nichteintreten vorlag. Kommissionssprecher Ettlin (mitte, OW) begründete den Antrag auf Eintreten zum einen mit dem in den letzten Jahren deutlich gesunkenen Anteil der Kantone an den Prämienverbilligungen zulasten des Bundes – wobei die Kommission dem Ständerat in der Detailberatung bei den Kosten noch etwas entgegenkommen wolle – und zum anderen damit, dass man es für zu gewagt halte, «ohne Gegenvorschlag zur Initiative in eine Volksabstimmung zu gehen». Minderheitensprecher Germann (svp, SH) erachtete die von der Kommission vorgeschlagenen Korrekturen jedoch als ungenügend, da sie trotzdem sehr hohe Kosten für die Kantone mit sich bringen würden. Zudem lehnte er eine Vereinheitlichung bei den Prämienverbilligungen ab, da deren Voraussetzungen und Ausgestaltung in den Kantonen sehr unterschiedlich sei, und schliesslich störte er sich daran, dass ein höherer Anteil an Personen mit Prämienverbilligungen den individuellen Sparanreiz und den Reformdruck im Gesundheitswesen verringere. Im Unterschied zur Abstimmung ein halbes Jahr zuvor entschied sich der Ständerat dieses Mal jedoch mit 24 zu 16 Stimmen (bei 2 Enthaltungen), auf den Entwurf einzutreten. Mehrere Mitglieder der FDP- und der Mitte-Fraktion hatten ins Ja-Lager gewechselt, etwa aus Angst vor einer Abstimmung über die Initiative ohne Gegenvorschlag oder aufgrund der von der Kommissionsmehrheit vorgeschlagenen Änderungen am Entwurf.

In der Detailberatung folgte der Ständerat seiner Kommission denn auch bei ihrem neuen Konzept. Der Nationalrat hatte zuvor die Personen mit Ergänzungsleistungen von der Berechnung des Anteils mit Prämienverbilligungen unterstützter Personen ausgenommen – stattdessen sollte sich der Bund zukünftig an der Finanzierung der Prämienverbilligungen von Personen mit EL beteiligen. Damit würden die Kantone zusätzlich mehr Personen ohne Ergänzungsleistungen unterstützen, wodurch sich die Gesamtkosten für Prämienverbilligungen (von Bund und Kantonen, für Personen mit EL und Personen ohne EL) von jährlich CHF 356 Mio. auf CHF 2.2 Mrd. erhöhen würden. Diese vom Nationalrat bevorzugte Änderung, im Ständerat eingebracht von einer Minderheit Stöckli (sp, BE), lehnte die kleine Kammer mit 32 zu 11 Stimmen ab und schuf so eine erste grosse Differenz zum Erstrat. Zustimmung fand im Ständerat hingegen die vom Nationalrat ergänzte Festschreibung eines Sozialziels – die Kantone müssen somit festlegen, wie hoch der Anteil der Prämien am verfügbaren Einkommen maximal sein darf. Zudem behielt der Ständerat entgegen einer Minderheit Hegglin (mitte, ZG) die Definition von steuerbarem Einkommen und bezahlten Prämien bei, um zu verhindern, dass die Kantone durch Definitionsfreiheit in diesen Bereichen das Sozialziel unterlaufen könnten. Schliesslich entschärfte der Ständerat auf Antrag seiner Kommissionsmehrheit und entgegen einer Minderheit Stöckli den von den Kantonen übernommenen Mindestanteil: Der Bundesrat hatte vorgesehen, dass die Kantone bei Personen, bei denen die Prämien weniger als 10 Prozent des verfügbaren Einkommens ausmachen, 5 Prozent der Bruttokosten übernehmen müssen – der Ständerat erhöhte die Prämiengrenze auf 11 Prozent und senkte den zu übernehmenden Anteil auf 3.5 Prozent. Weiterhin sollen die Kantone jedoch bei Prämien von 18.5 Prozent des verfügbaren Einkommens 7.5 Prozent der Bruttokosten übernehmen – dazwischen würden die übernommenen Anteile abgestuft. Nachdem der Ständerat die Petition 17.2018 «für einkommensabhängige Krankenkassenprämien» zur Kenntnis genommen hatte, hiess er den indirekten Gegenentwurf in der Schlussabstimmung mit 26 zu 16 Stimmen (bei 1 Enthaltung) gut.

In der Wintersession 2022 beriet der Ständerat den indirekten Gegenvorschlag des Bundesrates zur Prämien-Entlastungs-Initiative der SP. Die Initiative selbst sollte erst in einem zweiten Schritt beraten werden, um den Initiantinnen und Initianten die Möglichkeit zu geben, die Initiative in der Zwischenzeit zurückzuziehen. Erich Ettlin (mitte, OW) stellte dem Rat den Gegenvorschlag vor und betonte, dass der Bundesrat damit die Kantone in die Pflicht nehmen wolle – für den Bund würde die Vorlage denn auch keine neuen Verpflichtungen mit sich bringen. Bei den Kantonen, namentlich der FDK und der GDK, sei die Vorlage jedoch auf Widerstand gestossen; die FDK lehne Initiative und Gegenvorschlag ab, während die GDK «nur» Verbesserungen am Gegenvorschlag verlange. Die SGK-SR habe in der Folge einige Änderungen vorgenommen, sei bei ihrem Entwurf aber nahe an der bundesrätlichen Version geblieben. Zur Beratung dieser Details gelangte der Ständerat jedoch nicht. Zuvor hatte er einen Einzelantrag Würth (mitte, SG) auf Nichteintreten zu beraten. Bevor man über Verbesserungen am Gegenvorschlag diskutiere, solle man überlegen, «ob das geltende System wirklich revisionsbedürftig» sei, argumentierte Würth. Das aktuelle System sei im Rahmen der NFA geschaffen worden, wobei man den Kantonen bezüglich Prämienverbilligungen absichtlich viel Spielraum gelassen habe, zumal sie die sozialpolitische Situation – etwa alternative sozialpolitische Massnahmen, Einkommensverteilung, Gesundheitskosten und Prämienlast – am besten kennen würden. Wolle man die Regeln zur IPV erneut ändern, solle man das durch eine Entflechtung der Aufgaben von Bund und Kantonen tun, nicht durch eine noch stärkere Verflechtung, wie sie der Gegenvorschlag beinhalte. Zudem seien die Kantonsbeiträge aufgrund der Finanzkrise zwar deutlich gesunken, in den letzten Jahren aber wieder angestiegen. Auch Jakob Stark (svp, TG) zeigte sich vom Gegenvorschlag des Nationalrats nicht begeistert, er erachtete diesen als «dirigistisch-zentralistische Lösung [...], die den Kantonen den Spielraum nimmt».
Für Eintreten sprachen sich hingegen Marina Carobbio Guscetti (sp, TI) und Paul Rechsteiner (sp, SG) aus. Bei der Schaffung des KVG habe man das Versprechen gegeben, dass aufgrund der Prämienverbilligungen niemand mehr als 8 Prozent des Einkommens für die Krankenkassenprämien aufbringen müsse – quasi als «Korrektiv der Kopfprämien» (Rechsteiner). Durch die Änderung im Rahmen der NFA sei das System dysfunktional geworden, weil die Kantone keine Mindestbeiträge mehr leisten müssten. Heute liege der Anteil der Krankenkassenprämien bei durchschnittlich 14 Prozent des Einkommens, in Extremfällen gar bei 20 Prozent. Mit der Initiative und dem Gegenvorschlag wolle man nun zum damaligen System zurückkehren.
Gesundheitsminister Berset rief dem Rat den Kontext des Projekts in Erinnerung, nämlich die Initiative, «[qui] aurait des conséquences financières assez importantes pour la Confédération», die also bei Annahme grosse finanzielle Auswirkungen für den Bund hätte. In den letzten Jahren seien die Beiträge der Kantone an die Prämienverbilligungen – wie von der Initiative kritisiert – stark auseinandergegangen, daher sei es nötig, hier wieder für mehr Konvergenz zu sorgen.
Mit 22 zu 20 Stimmen sprach sich der Ständerat jedoch gegen Eintreten aus. Geschlossen für Eintreten stimmten die Mitglieder der SP- und der Grünen-Fraktion, gespalten zeigte sich die Mitte-Fraktion. Geschlossen oder fast geschlossen gegen Eintreten votierten die Mitglieder der SVP- und der FDP-Fraktion.