Kurz nach der Abstimmung zur "Milchkuh-Initiative", die wie ein Damokles-Schwert über dem Nationalstrassen- und Agglomerationsverkehrs-Fonds (NAF) gehangen hatte und überraschend deutlich abgelehnt worden war, nahm der Nationalrat als Zweitrat die Debatte über den NAF auf. Die KVF-NR beantragte dem Rat Eintreten auf die Entwürfe 1, 3 und 4, aber Nichteintreten auf den Entwurf 2, dem Bundesgesetz zum NAF. Der Nichteintretensantrag folgte automatisch aus der Ablehnung in der Kommissionsabstimmung: Kommissionsmitglieder von rechts lehnten den Entwurf wegen der enthaltenen Erhöhung des Mineralölsteuerzuschlags ab und Kommissionsmitglieder von links stimmten wegen den zu hohen Kosten für die Bundeskasse gegen den Entwurf. Eine Minderheit Burkart (fdp, AG) verlangte Eintreten auf Entwurf 2 und eine Minderheit Rytz (gp, BE) wollte die Vorlagen 1 bis 4 mit dem Auftrag, vor der Beratung des NAF eine Gesamtschau der Verkehrsentwicklung bis 2040 unter Berücksichtigung aller Verkehrsträger und -mittel vorzulegen, an den Bundesrat zurückweisen. Der Antrag Burkart wurde einstimmig angenommen, der Antrag Rytz mit 141 gegen 51 Stimmen (1 Enthaltung) abgelehnt. In der folgenden Debatte zum Bundesbeschluss über die Schaffung des NAF wurden Anträge aus allen Richtungen abgelehnt: Erfolglos verlangte Jürg Grossen (glp, BE) mit seinen Anträgen zur Besteuerung von Elektrofahrzeugen, dass die Abgabe sich an der Leistung orientiere und dass eine bestimmte Marktdurchdringung durch die E-Mobilität gegeben sein müsse, bevor die Abgabe in Kraft trete. Die Anträge von Evi Allemann (sp, BE), welche die Schonung der Bundeskasse beabsichtigten, wurden ebenso abgelehnt wie die Anträge von Ulrich Giezendanner (svp, AG) oder Walter Wobmann (svp, SO). Die Annahme der Mehrheitsanträge führte dazu, dass in der umstrittenen Frage der Erhöhung des Mineralölsteuerzuschlags die Erhöhung um 4 Rappen gemäss Ständerat angenommen wurde, bei der Zweckbindung der Mineralölsteuererträge aber eine Differenz zum Ständerat geschaffen wurde: Hatte dieser eine Zweckbindung von "maximal" 60% nach zwei Jahren beschlossen, so entschied der Nationalrat für "fix" 60% sofort bei Inkrafttreten. Weiter beschloss die grosse Kammer, dass der Strassenfonds bei grösseren Sparprogrammen des Bundes nicht angetastet wird. Der Rat verwehrte dem Bundesrat zudem die Kompetenz zur Anpassung der Benzinsteuer an die Teuerung. Dem Entwurf 1 wurde schliesslich mit 132 zu 62 Stimmen zugestimmt und die weiteren Entwürfe wurden ebenfalls deutlich angenommen. Aussergewöhnlich war das Abstimmungsresultat zum Netzbeschluss (Entwurf 3): 150 Ja-Stimmen standen 43 Enthaltungen aus den Reihen von SP und Grünen gegenüber.
Im Rahmen der Debatte zum NAF wurden zwei weitere Geschäfte behandelt: Zum Einen die Motion der KVF-SR 16.3009, welche vom Bundesrat bis Ende 2017 eine Vorlage zur Einführung einer E-Vignette verlangt, zum Anderen eine Motion der KVF-NR 16.3349, welche ein Reporting über die Kosten für Betrieb und Unterhalt der Netzbeschluss-Strecken verlangt. Die Motion zur E-Vignette war schon im März im Ständerat angenommen worden und fand auch im Nationalrat eine Mehrheit, obschon Befürchtungen um eine Verletzung der Privatsphäre geäussert wurden. Die Motion zum Reporting über die Kosten der Netzbeschluss-Strecken war im Zusammenhang mit dem NAF insofern wichtig, als zwischen den Kantonen und dem ASTRA Uneinigkeit über die Kosten bestand und diese Kosten, sollte der Netzbeschluss im NAF integriert sein, auch im Rahmen des NAF gedeckt werden sollten. Das ASTRA sah Kosten in der Höhe von CHF 105 Mio. auf die Bundeskasse zu kommen, die Kantone gingen jedoch von Kosten von nur CHF 35 Mio. aus. Mit dem Reporting sollten die effektiven Kosten bestimmt werden. Im Nationalrat wurde die Motion angenommen.

In der Sommersession 2015 nahm der Nationalrat die Beratung zur Volksinitiative „Für eine faire Verkehrsfinanzierung“ (Milchkuh-Initiative) auf. Wie schon in der kleinen Kammer gab es auch in der Volkskammer einen Rückweisungsantrag, der die Beratung der Initiative mit der Behandlung des NAF verknüpfen wollte. Der Rückweisungsantrag war von Nationalrat Français (fdp, VD) eingereicht und von rund einem Dutzend Mitgliedern der SVP-Fraktion mitunterzeichnet worden - auch von Mitgliedern des Initiativkomitees. Martin Candinas (cvp, GR) legte für die Kommissionsmehrheit dar, weshalb eine gemeinsame Behandlung von Volksinitiative und NAF nicht wünschenswert sei. Er warf dabei dem Initiativkomitee fehlende Kompromissbereitschaft vor, was von den Nationalräten und Mitgliedern des Initiativkomitees Rime (svp, FR), Binder (svp, ZH) und Amstutz (svp, BE) bestritten wurde. Als Roger Nordmann (sp, VD) für die Kommission sprach und der Initiative einen extremistischen Charakter bescheinigte, empörte sich die SVP-Fraktion. Ulrich Giezendanner (svp, AG), ebenfalls ein Mitglied des Initiativkomitees, forderte eine Entschuldigung für diese "Riesenfrechheit" – was Nordmann jedoch ausschlug. Der Rückweisungsantrag der Minderheit Français wurde äusserst knapp mit 93 zu 91 Stimmen bei 2 Enthaltungen abgelehnt. Für die Rückweisung stimmten die geschlossenen Fraktionen von SVP und FDP mit einzelnen Stimmen aus der CVP und der BDP. Die Fraktionen von SP, Grünen und GLP stimmten geschlossen dagegen. In der weiteren Debatte in der grossen Kammer argumentierten die Gegnerinnen der Vorlage mit den CHF 1.5 Mia., welche der Bundeskasse wegen der Initiative entgehen würden und mit den deswegen notwendigen Sparmassnahmen. Die Befürworterseite stellte hingegen die Vernachlässigung der Strasseninfrastruktur und die hohe Belastung durch Abgaben im Strassenverkehr in den Vordergrund. Der Minderheitsantrag Wobmann (svp, SO), der die Initiative zur Annahme empfehlen wollte, unterlag dem Mehrheitsantrag der Kommission schliesslich mit 97 zu 65 Stimmen bei 11 Enthaltungen. Für die Minderheit stimmte die geschlossene SVP-Fraktion und ein gutes Drittel der FDP-Fraktion. Die Hälfte der Mitglieder der FDP-Fraktion enthielt sich der Stimme oder entzog sich der Abstimmung. Während die Fraktionen von SP, Grünen und GLP geschlossen für den Mehrheitsantrag stimmten, taten dies die Fraktionen von CVP und BDP grossmehrheitlich.

Am 3. September bestimmten die Fraktionen ihre Kandidaturen. Die FDP nominierte die St. Galler Regierungsrätin Karin Keller-Sutter und den Nationalrat Johann Schneider-Ammann (BE). Die drei weiteren Nationalräte Peter Malama (BS), Ruedi Noser (ZH) und Ignazio Cassis (TI), die von den jeweiligen Kantonalsektionen portiert wurden, wurden nicht berücksichtigt. Auch die SP nominierte zwei aus vier Kandidatinnen: Ständerätin Simonetta Sommaruga (BE) und Nationalrätin Jacqueline Fehr (ZH) erzielten mehr Fraktionsstimmen als Nationalrätin Hildegard Fässler (SG) und die baselstädtische Finanzdirektorin Eva Herzog. Die SVP nominierte – nachdem sowohl die Nationalräte Caspar Baader (BL), Peter Spuhler (TG) und Ulrich Giezendanner (AG) abgesagt hatten – Nationalrat Jean-François Rime (FR) und die Grünen traten mit Nationalrätin Brigit Wyss (SO) als Sprengkandidatin an. Auch die CVP meldete ihren Anspruch auf einen zweiten Bundesratssitz an, wollte aber die Wahlen 2011 abwarten.

Dans le cadre de l'initiative parlementaire Giezendanner (udc, AG), la CTT-CN a approuvé la proposition de sa sous-commission d'ouvrir une procédure de consultation sur le doublement du tunnel routier du Gothard. Lors de la présentation de son contre-projet à Avanti, la CTT-CN a dévoilé les résultats. Quatre cantons (Appenzell Rhodes Intérieures, Bâle-Campagne, Obwald, Tessin), le PL, le PRD, l'UDC, Economiesuisse et le lobby de la route (TCS, FRS, ASTAG) se sont déclarés favorables à une planification immédiate d'un deuxième tube, puis une construction en coordination avec celle du réseau autoroutier suisse. Treize cantons (Bâle-Ville, Berne, Grisons, Jura, Lucerne, Neuchâtel, Nidwald, Schaffhouse, Schwyz, Soleure, Uri, Vaud, Zoug, Zurich) se sont opposés au doublement. Le PCS, le PS, l'UDF et les Verts, ainsi qu'une pléiade d'organisation environnementales (ATE, WWF) et l'Initiative des Alpes, ont également manifesté leur opposition. Argovie, Appenzell Rhodes Extérieures, Fribourg, Genève, Glaris, Uri, Valais et le PDC étaient d'accord avec un début immédiat de la planification, mais sous conditions. Il est à noter qu'Uri s'est déclaré défavorable à une dérogation de l'article constitutionnel sur la protection des Alpes sous couvert d'une modification constitutionnelle. St Gall et Thurgovie ont renoncé à donner un avis. Les résultats de cette consultation n'ont toutefois pas été utilisés, car le traitement par la commission de l'initiative Giezendanner a été gelé. L'initiative Avanti avait la priorité des membre de la commission, alors que Moritz Leuenberger souhaitait que le parlement les traite ensemble. (Pour le procès de la discussion d'un second tube pour le tunnel autoroutier du Gothard afin de réfaire celui-ci, voir ici (2008) et ici (2016).)

Pour préparer son contre-projet, le Conseil fédéral s’est basé sur un document qui analysait l’évolution de la charge de trafic sur l’ensemble du réseau routier d’ici à 2020. Pour lui, les flux autour des agglomérations, ainsi que sur quelques tronçons d’autoroute, poseront problème à l’avenir. Une ébauche du contre projet a été rendue public en août, la version définitive est attendue pour le printemps 2002. Elle prévoit d’aménager les tronçons autoroutiers les plus encombrés et de désengorger les axes autour des grandes agglomérations. Le Gothard ne figure pas parmi les routes surchargées. D’après l’étude, c’est essentiellement le trafic Nord-Sud des vacanciers qui cause une cinquantaine de jours de congestion par an. Par conséquent, le percement d’un deuxième tunnel ne se justifiait pas pour le Conseil fédéral. Son contre-projet ambitionnait avant tout de cordonner le développement de la route et du rail en respectant la politique suisse des transports modal du premier vers le second. Toujours pour faire face à l’initiative, le Conseil fédéral proposait qu’un second article constitutionnel soit inséré dans le projet de la nouvelle péréquation financière avec les cantons, donnant à la Confédération une responsabilité en matière de trafic d’agglomération. Sans attendre la portée de cette proposition, le Conseil fédéral a pris deux mesures à court terme. Le crédit alloué aux entreprises de transport régional et local passera de CHF 130 à 170 millions dès 2002, afin de leur permettre de faire face aux investissements les plus importants. Les projets des transports publics en agglomération seront, d’autre part, pris en compte dans la deuxième étape de Rail 2000, ainsi que dans la convention sur les prestations 2003-2006 conclue avec les CFF. Il est à noter que sur la question du percement du Gothard, l’étude de l’Office fédéral des routes (OFROU), commandée par la sous-commission des transports du Conseil national pour l’application de l’initiative Giezendanner (99.421), aboutissait à un résultat totalement opposé de la simulation prise en compte par le Conseil fédéral. Les mesures prônées par la sous-commission l’étaient par conséquent aussi. Afin de pouvoir lancer une consultation et rédiger un message pour le Conseil national, la sous-commission a décidé de ne pas intégrer l’initiative parlementaire dans le débat à venir sur l’initiative Avanti. Elle préférait distinguer les deux textes afin que le peuple puisse en priorité se prononcer sur le principe de la construction d’un deuxième tunnel routier au Gothard (initiative Giezendanner). Bien qu’il n’ait pas à intervenir à ce stade de la procédure, Moritz Leuenberger a approuvé le choix de la sous-commission.
Seul le PS a manifesté son soutien à l’encontre du Conseil fédéral face à l’initiative Avanti. L’UDC souhaitait clairement le deuxième tunnel routier sous le Gothard et appuyait l’initiative. Le PRD était également favorable au Gothard bis, mais refusait l’idée d’un vote séparé proposé par la sous-commission du Conseil national. Quant au PDC, il demandait au Conseil fédéral d’examiner la compatibilité entre le second tube routier et l’article sur la protection des Alpes.