Unmittelbar nach dem Nein der Stimmbevölkerung zur Unternehmenssteuerreform III an der Urne betonten sowohl Gewinner als auch Verlierer die Wichtigkeit des Projektes und die Dringlichkeit einer neuen Vorlage. Einig war man sich mehr oder weniger darüber, dass kein kompletter Neubeginn nötig sei, sondern dass man entsprechend dem sogenannten Plan B auf der bisherigen Vorlage aufbauen könne. Bezüglich der effektiven Ausgestaltung der neuen Vorlage gingen die Meinungen aber weit auseinander. So meldeten sich zahlreiche Parteien, Verbände und Interessenorganisationen mit eigenen Positionspapieren, Eckpunkten und Vorschlägen zu Wort, darunter der Gewerbeverband, die SP oder auch die kantonalen Finanzdirektoren zusammen mit den Städte- und Gemeindevertretern.

Die neue Steuerungsgruppe von Finanzminister Maurer, welche mit Eva Herzog (BS, sp), Serge Dal Busco (GE, cvp), Heinz Tännler (ZG, svp) und Benedikt Würth (SG, cvp) vier Vertreterinnen und Vertreter der Finanzdirektorenkonferenz (FDK) umfasste, präsentierte Ende Mai – und somit in Rekordzeit – die Eckwerte der neuen, als „Steuervorlage 17” betitelten Vorlage. Diese hatte sich am Vorbild des Kantons Waadt orientiert, dem es durch ein soziales Abfedern der Steuerausfälle durch höhere Kinderzulagen gelungen war, sowohl bei der kantonalen Vorlage zur Umsetzung der Unternehmenssteuerreform III als auch bei der entsprechenden nationalen Vorlage an der Urne eine Mehrheit zu erzielen. Entsprechend beschränkte sich der Vorschlag der Steuerungsgruppe nicht nur auf eine Reduktion der den Kantonen zur Verfügung stehenden Entlastungsmassnahmen: eine engere Fassung des Patentabzugs sowie des Abzugs für Forschung und Entwicklung, ein Verzicht auf die Möglichkeit zur Einführung einer zinsbereinigten Gewinnsteuer sowie vor allem eine Beschränkung der maximalen Steuerentlastung durch die neuen Steuerabzüge auf 70 Prozent anstelle von zuvor 80 Prozent. Vielmehr verstärkte die Steuerungsgruppe mit der Steigerung der Dividendenbesteuerung von 60 auf 70 Prozent auch die Gegenfinanzierung und sorgte mit der von der SP geforderten Erhöhung der Kinderzulagen um CHF 30 für eine Entlastung der Familien. Zusätzlich wurden durch die Aufnahme einer Klausel zur ausdrücklichen Berücksichtigung von Städten und Gemeinden auch deren Bedenken berücksichtigt. Ansonsten übernahm die Steuervorlage 17 die Bestimmungen aus dem Unternehmenssteuerreformgesetz III, insbesondere bezüglich der Abschaffung der kritisierten Steuerprivilegien sowie bezüglich der Kompensation der Kantone durch eine Steigerung des Kantonsanteils an den Bundessteuern von 17 Prozent auf 21.2 Prozent.

Kurz darauf präsentierte der Bundesrat die neue Vorlage, die weitgehend auf dem Vorschlag der Steuerungsgruppe beruhte. Einen entscheidenden Unterschied wies die bundesrätliche Vorlage jedoch auf: Sie sah vor, den Kantonsanteil an den Bundessteuern nur auf 20.5 Prozent zu steigern, wodurch die Kantone anstelle von der ursprünglich vorgesehenen CHF 1 Mrd. noch CHF 820 Mio. erhalten würden. Entsprechend empört zeigten sich die Kantone von dieser Klausel, zumal sie in der kurzen Diskussion dazu in der Steuerungsgruppe keinerlei Anklang gefunden hatte, wie Heinz Tännler und Benedikt Würth erklärten. Die Kantone waren jedoch nicht als Einzige unzufrieden mit dem bundesrätlichen Vorschlag: Die SP und die Gewerkschaften hiessen zwar die Richtung der Verbesserungen gut, befürchteten jedoch, dass die Kantone ihre Unternehmenssteuern dadurch trotzdem stark senken würden. Zudem sollten die Kinderzulagen und die Dividendenbesteuerung stärker erhöht werden. Der Gewerbeverband sorgte sich aufgrund der steigenden Dividendenbesteuerung um die Zukunft der KMU, während die internationalen Grosskonzerne davon nicht stark betroffen seien. Kritisch beurteilte der Finanzdirektor des Kantons Zürich, Ernst Stocker (ZH, svp), vor allem den Verzicht auf die zinsbereinigte Gewinnsteuer. Da sich der Kanton Zürich in einer speziellen Situation befindet, indem er besonders stark von der Abschaffung der alten Steuerprivilegien betroffen ist, sich gleichzeitig aber keine grosse Senkung der ordentlichen Gewinnsteuersätze leisten kann, ist er stark auf den Eigenkapitalzinsabzug angewiesen. Anfangs September 2017 schickte der Bundesrat die Vorlage schliesslich in die Vernehmlassung, während der die interessierten Kreise bis Dezember 2017 die Möglichkeit haben, ihre Kritik anzubringen.

In der Wintersession 2016 beriet der Nationalrat den Voranschlag 2017 als Erstrat. Dabei setzte er den Rotstift vor allem im Eigenbereich an. So beschloss er unter anderem Kürzungen beim Bundespersonal, bei externen Beratern und Dienstleistungen sowie bei der Informatik, sprach aber mehr Geld für die Landwirtschaft und die Bildung als es der Bundesrat vorgesehen hatte. Die Hauptdiskussion im Nationalrat drehte sich aber um die vom Bundesrat vorgesehene ausserordentliche Budgetierung von Asylausgaben in der Höhe von CHF 400 Mio. und die grundlegende Frage, ob ein solches Vorgehen eine Aufweichung der Schuldenbremse darstelle. Während die Mehrheit der FK-NR die Kriterien der Ausserordentlichkeit bei der Schuldenbremse, insbesondere die Einmaligkeit und Unvorhersehbarkeit, als nicht gegeben erachtete, wies Philipp Hadorn (sp, SO) im Namen der Kommissionsminderheit darauf hin, dass bei der Erarbeitung dieser Ausnahmeklausel das Asylwesen explizit als Anwendungsfall erwähnt worden war. Die Finanzkommission des Nationalrats beantragte diesbezüglich, die Asylausgaben aufgrund der neusten Schätzungen des SEM mithilfe von dessen ursprünglicher Schätzmethode zu kalkulieren und nicht – wie es der Bundesrat getan hatte – aufgrund der vom SEM neu entwickelten Schätzmethode vom Mai 2016. Dadurch konnte die Schätzung der Anzahl Asylgesuche von 45‘000, mit denen der Bundesrat im Sommer 2016 gerechnet hatte, auf etwa 30‘000 Asylgesuche reduziert werden. In Übereinstimmung mit diesen neuen Zahlen reduzierte die Finanzkommission die Betriebsausgaben bei den Empfangs- und Verfahrenszentren und die Ausgaben bei der Sozialhilfe für Asylsuchende, vorläufig Aufgenommene und Flüchtlinge um etwa CHF 340 Mio. Zusammen mit einer Kreditsperre im Umfang von 60 Mio., die auf alle Departemente verteilt werden sollte, würde dies einen Verzicht auf ausserordentliche Asylausgaben erlauben. Dieser Konzeptentscheid war in der Kommission mit 13 zu 12 Stimmen knapp angenommen worden, noch knapper fiel die Entscheidung im Nationalrat aus: Dieser stimmte dem Kommissionsvorschlag nur dank dem Stichentscheid von Ratspräsident Stahl (svp, ZH) mit 97 zu 96 Stimmen zu. Bundesrat Maurer kritisierte das Vorgehen, bei Bedarf plötzlich die Diskussionsgrundlage zu ändern und nicht wie üblich und bei allen anderen Budgetpositionen die Zahlen von Juni 2016 zu verwenden. Diese Praxis, „wenn es unangenehm wird, noch gewisse Änderungen [vorzunehmen]“, gefährde die Schuldenbremse stärker als die Ausserordentlichkeit gewisser Ausgaben.

Bei der Gesamtabstimmung sprachen sich die Fraktionen der SP und der Grünen mehrheitlich gegen den Voranschlag aus, weil ihnen die Sparanstrengungen deutlich zu weit gingen. Gleichzeitig beschloss aber auch die SVP-Fraktion, den Voranschlag abzulehnen und begründete dieses Vorgehen damit, dass in Zeiten ohne Rezession ein ausgeglichenes Budget angestrebt werden sollte. Damit lehnte der Nationalrat den Voranschlag 2017 mit 77 zu 113 Stimmen bei 3 Enthaltungen ab. Der Ständerat wird somit bei seiner Beratung am 5. Dezember 2016 nur den Bericht des Bundesrates, nicht aber die Beschlüsse des Nationalrates diskutieren. Anschliessend wird sich der Nationalrat noch einmal mit dem Voranschlag beschäftigen müssen, wobei er theoretisch mit der Diskussion nochmals von vorne beginnen müsste. Zum ersten Mal stellte sich beim Bund damit auch die Frage, was wäre, wenn die Räte bis zum 1. Januar 2017 kein Budget verabschieden könnten. Denn obwohl die meisten Kantone solche Regelungen kennen, sieht der Bund für diesen Fall keinen rechtlich vorgeschriebenen Ablauf vor. Gemäss Philipp Rohr, dem Sprecher der Finanzverwaltung, dürfte der Bund dann theoretisch keine Zahlungen mehr tätigen. Um dies zu verhindern, müsste das Parlament eine Art Notbudget beschliessen, bevor in der Frühlingssession ein neuer ordentlicher Voranschlag erarbeitet werden könnte. Olivier Feller (fdp, VD) reichte in der Folge eine Motion ein, welche diese rechtliche Lücke schliessen soll.