Die parteiinternen Spannungen und die Kritik an Parteipräsidentin Koch hielten auch im Berichtsjahr weiter an. Koch hatte angekündigt, eine breit angelegte Grundwertdebatte zu lancieren und die politischen Inhalte nach dem autoritären Führungsstil Bodenmanns wieder vermehrt basisdemokratisch zu bestimmen. Die Situation spitzte sich nach dem Abstimmungswochenende vom 7. Juni zu, als die SP beim Haushaltsziel 2001, bei der Gen-Schutz-Initiative und bei der Initiative «S.o.S. – Schweiz ohne Schnüffelstaat» eine dreifache Niederlage erlitt. Teile der SP-Fraktion und der Gewerkschaftsspitze, die Koch`s Vorgänger Bodenmann nahestehen, warfen ihr vor, weder inhaltliche Schwerpunkte gesetzt noch Konturen für eine künftige SP-Politik erkennbar gemacht zu haben. Statt die Partei zu führen, überlasse sie das Feld bei Themen wie der Kapitalgewinnsteuer oder der Europapolitik der politischen Konkurrenz. Vorgehalten wurden ihr auch ungenügende Kenntnisse der Sachdossiers und die fehlenden Kontaktnetze im Bundeshaus. Einer der härtesten Kritiker war Ex-Generalsekretär Daguet; er zeigte sich besorgt über den Zustand seiner Partei gerade im Hinblick auf die Wahlen von 1999. Zusätzliche Angriffsflächen lieferte Koch mit ihrer Abneigung, für die Nationalratswahlen von 1999 zu kandidieren, und ihrem Rundumschlag gegen das «tyrannische Mediensystem». Der frühere Parteipräsident Helmut Hubacher ärgerte sich, dass zu wenig über Politik und zu viel über die Befindlichkeit der Parteipräsidentin gesprochen werde, und bezeichnete Koch als «ideale Fehlbesetzung».

In der WoZ erschien eine dreizehnteilige Serie von Diskussionsbeiträgen zur Frage «Was ist mit der Linken los?»
In einer vielbeachteten Beilage der WoZ formulierte Expräsident Bodenmann auf nicht weniger als acht Seiten Themen und Thesen für eine SP-Politik in der Absicht, eine inhaltliche Debatte über die Politik der Linken in Gang zu setzen. Für ihn war klar, dass die SP keine Partei der «neuen Mitte», sondern eine linke Partei sei. Sie habe sich in den neunziger Jahren klar links der Hauptströmungen in der europäischen Sozialdemokratie positioniert. Dieser Kurs sei nach Bodenmann beizubehalten, was nicht ohne zukunftsgerichtete konzeptionelle Grundlagenarbeit möglich sei.

Am Parteikongress vom 24. Oktober in Montreux wurde Parteipräsidentin Koch auf eindrückliche Weise mit 700 gegen 2 Stimmen im Amt bestätigt. Sie ging mit ihren Kritikern, allen voran Bodenmann, Hubacher und Daguet, hart ins Gericht und rief die Partei auf, in Zukunft Kritik bei ihr persönlich oder bei der Geschäftsleitung vorzubringen. Sie hielt an der Weiterführung der Grundwertdebatte fest, erklärte sich aber bereit, sich häufiger zu tagespolitischen Themen zu äussern. An dieser Stelle liess sie verlauten, auf vielseitigen Wunsch doch noch für den Nationalrat kandidieren zu wollen.

Nebst den personalpolitischen Fragen legten die SP-Delegierten die programmatischen Schwerpunkte für das Wahljahr 1999 fest: Arbeit für alle, soziale Sicherheit, europäische Integration und ökologischer Umbau von Wirtschaft und Gesellschaft. Als Grundlage dafür sollte das Positionspapier «Aufschwung für alle» dienen, in welchem sich die Partei zu wirtschaftlichem Wachstum und zu einer Wirtschaftspolitik zur Sicherung eines nachhaltigen, ressourceschonenden, umweltverträglichen und dauerhaften Aufschwungs bekannte. Dabei sprach sich die SP für eine Energieabgabe zugunsten erneuerbarer Energien, für eine antizyklische Ausgabenpolitik, für verstärkte Investitionen in die Bildung und für eine Geldpolitik der SNB aus, die auf die konjunkturelle Entwicklung und die Beschäftigungssituation Rücksicht nimmt. Ausserdem wurde ein Thesenpapier zur Globalisierung verabschiedet, in welchem verlangt wurde, dass sich der «schrankenlose und zerstörerische Kapitalismus» in Richtung einer echten sozialen und ökologischen Marktwirtschaft zu verändern habe. Ferner gab die SP-Schweiz auf Antrag der Jungsozialisten die Ja-Parole zur DroLeg-Initiative aus, nachdem sich der SP-Vorstand für Stimmfreigabe ausgesprochen hatte.

Mit sofortiger Wirkung trat im August die Basler Nationalrätin Margrith von Felten aus der Sozialdemokratischen Partei aus und kündigte an, bei den Parlamentswahlen von 1999 als Parteilose auf einer links-grün-feministischen Liste zu kandidieren. Als Gründe für ihren Austritt bezeichnete sie zunehmende politische Differenzen mit den SP-Positionen. Sie kritisierte insbesondere den Kurswechsel der Partei in der Wirtschaftspolitik; mit dem Wirtschaftskonzept von 1994 setze die Partei auf Wirtschaftswachstum, was in ihren Augen angesichts der Bedrohung der Lebensgrundlagen ein Irrsinn sei. Bis zum Ende der laufenden Legislaturperiode wechselte sie in die Bundeshausfraktion der Grünen.

Mit der Wahl Kochs begab sich die SP fest in Frauenhand; an ihrer Spitze standen neben Koch die Fraktionspräsidentin Ursula Hafner (SH) und die Parteisekretärin Barbara Haering Binder (ZH). Nachdem Haering Binder aber schon bei der Wahl Kochs hatte durchblicken lassen, dass sie Hämmerle bevorzugt hätte, kam es Anfang Dezember zum öffentlichen Zerwürfnis. Haering Binder gab ihren Rücktritt auf März 1998 bekannt. Der Eklat machte deutlich, dass die SP-Fraktion auch ein halbes Jahr nach der Wahl Kochs noch in ein «Koch»- und ein «Bodenmann/Hämmerle»-Lager gespalten war. Die SP-Frauen Schweiz stellten sich in einer Pressemitteilung hinter ihre Präsidentin.

Der Nationalrat behandelte die Vorlage in seiner Wintersession und folgte dabei den Vorschlägen der Landesregierung, verankerte aber zusätzlich explizit die Unentgeltlichkeit der menschlichen Organspende. Ein von den Grünen unterstützter Rückweisungsantrag von Felten (sp, BS), welche befürchtete, dass der Bund damit einen Blankocheck für die zentralisierte Organbeschaffung erhalte, wurde sehr deutlich abgelehnt. Ebenfalls keine Chance hatte der Antrag der SP auf ein Festschreiben der Freiwilligkeit der Spende. Das Wort Spende enthalte per definitionem den Begriff der Freiwilligkeit, argumentierten vor allem bürgerliche Kreise, weshalb es nicht nötig sei, diese noch speziell festzuschreiben. Die von den Grünen unterstützte SP hatte mit ihrem Antrag verhindern wollen, dass auf Gesetzesstufe die sogenannte "Widerspruchslösung" eingeführt wird, bei der eine Organentnahme möglich ist, wenn diese vom Verstorbenen oder seinen Angehörigen nicht ausdrücklich verweigert wird. Ein weiterer Antrag der SP und der Grünen für ein Moratorium zur Xenotransplantation (Übertragung gentechnisch veränderter tierischer Organe auf den Menschen) bis ins Jahr 2010 wurde ebenfalls verworfen. Die Gegner befürchteten vor allem eine Behinderung der Forschung in der Schweiz. Als Übergangslösung bis zum Vorliegen eines eigentlichen Transplantationsgesetzes kündigte Bundesrätin Dreifuss an, dass sie in Kürze dem Parlament beantragen werde, die Bewilligungspflicht für allfällige Xenotransplantationen in den dringlichen Beschluss über die Kontrolle von Blut, Blutprodukten und Transplantaten aufzunehmen.

Nach der Rücktrittsankündigung Bodenmanns begann sich das Kandidatenkarussell rasch zu drehen. Insbesondere die SP-Frauen meldeten ihren Anspruch auf das Parteiamt an, wobei sie ein Kopräsidium forderten. Gleichzeitig führten Parteiexponenten - weitgehend via Medien - eine teils gehässige Diskussion über den Zustand und die künftige Ausrichtung der Partei. Nachdem sich chancenreiche Kandidaten wie Ständerätin Christiane Brunner (GE) oder Nationalrat Franco Cavalli (TI) zurückgezogen hatten, verblieben am Schluss nur der Nationalrat und Biobauer Andrea Hämmerle (GR) und die - erst im letzten Augenblick kandidierende - Zürcher Stadträtin Ursula Koch. Diese machte Ende Juni an einem Parteitag in Thun als Frau, Städterin und einen neuen Stil versprechende Politikerin klar das Rennen gegen den «Bergler« und Kontinuität garantierenden Hämmerle, obwohl sie keine politische Erfahrung auf nationaler Ebene mitbrachte. Koch kündigte nach ihrer Wahl Grundwertediskussionen in der SP an, versprach der Parteibasis mehr Macht und forderte die Wiederherstellung des Primats der Politik vor der Wirtschaft.
Die SP-Frauen setzten ihre Forderung nach einem Co-Präsidium auch selbst um: Als Nachfolgerinnen von Margrith von Felten (BS) wählten sie Jacqueline Fehr (ZH) und Véronique Pürro (GE) gemeinsam ins Präsidentinnenamt der SP-Frauen.

Ende März deponierten kantonale Gewerkschaften und Arbeitlosenkomitees aus der Westschweiz rund 54'000 Unterschriften für das Referendum gegen den dringlichen Bundesbeschluss zur Arbeitslosenversicherung vom Dezember 1996. Dieser wollte einerseits den fünfprozentigen A-fonds-perdu-Beitrag des Bundes an die ALV (rund 230 Mio Fr.) ersatzlos streichen und andererseits mit einer Kürzung der Taggelder um 1% bzw. 3% die Arbeitslosenkasse um 70 Mio. Fr. entlasten. Sowohl SGB wie SP hatten beschlossen, das Referendum zumindest in der Startphase nicht mitzutragen. Als Begründung wurde angeführt, dass Partei und Gewerkschaft mit dem Kampf um eine Neuauflage des Arbeitsgesetzes und mit den Vorarbeiten an Volksinitiativen zum KVG und zur Arbeitszeitreduktion voll ausgelastet seien. Zudem räumten sie dem Referendum kaum eine Chance ein, hatten sie doch 1993 bei einem ersten ALV-Leistungsabbau eine deutliche Referendumsniederlage einstecken müssen. Angesichts des grossen Erfolgs der Unterschriftensammlung, beschlossen dann aber die Gewerkschaften, doch noch mit zum Teil beträchtlichen finanziellen Mitteln auf den Referendumszug aufzuspringen. Die neue SP-Präsidentin, Ursula Koch, setzte ebenfalls voll auf einen Erfolg in der ersten von ihr mitgeleiteten nationalen Abstimmungskampagne.

Die SP verabschiedete am Parteitag ihr Wirtschaftsprogramm für die Jahre 1994 bis 2005 unter dem Titel «Mit radikalen Reformen die Zukunft gestalten». Mit knappem Mehr entschieden die Delegierten, dass die Reformen innerhalb des herrschenden kapitalistischen Systems durchzuführen seien. Die Überwindung des Kapitalismus stelle für die nächsten zwölf Jahre kein Ziel der SP mehr dar, da die Partei der herrschenden Wirtschaftsordnung zurzeit kein grundlegend neues und glaubwürdiges Konzept entgegenzusetzen habe. Der Abschied von der traditionellen grundsätzlichen Kapitalismuskritik sorgte innerhalb der Partei für eine breite, kontroverse Diskussion. Nationalrätin Margrith von Felten (BS) schalt das Papier in einem Rückweisungsantrag als «Arrangement mit den herrschenden Verhältnissen». Ausserdem kritisierte die zentrale Frauenkommission der Partei, dass Frauenforderungen im Wirtschaftsprogramm zu wenig berücksichtigt würden. Insgesamt hatten über 400 Sektionen und Kantonalparteien Änderungsanträge eingereicht. Ein Antrag der Zürcher Kantonalsektion, der forderte, das Ziel des sozialen Friedens sei aus dem Programm zu streichen, wurde von den Delegierten knapp und etwas überraschend mit dem Argument angenommen, die Sozialpartnerschaft werde von den Arbeitsgebern verletzt. Das über 100seitige Wirtschaftskonzept fordert eine sozialere und ökologischere Schweiz, mehr Wettbewerb und Transparenz der Schweizer Wirtschaft, eine neue Landwirtschaftspolitik und eine Reform des Bildungswesens.

Von den Bundesratsparteien legte die SP bezüglich ihrer Haltung zum EWR schon weit im Vorfeld der Abstimmung die grösste Geschlossenheit an den Tag, ohne jedoch interne Kritik – vor allem seitens der Verteidiger direktdemokratischer Instrumente – zu ersticken. Die Partei akzeptierte den EWR als Übergangslösung und forderte innenpolitische Reformen als flankierende Massnahmen in den Bereichen Sozial- und Umweltpolitik. Als mittelfristiges Ziel sprach sich die SP allerdings für einen EG-Beitritt aus, da nur ein solcher gleichberechtigte Mitsprache und -verantwortung gewähre. Mit 47 zu 4 Stimmen beantragte der Vorstand, am Parteitag von Genf die Ja-Parole zu fassen. Die Delegierten folgten diesem Antrag mit 521 zu 62 Stimmen – entgegen den Voten von Nationalrat Gross (ZH) sowie der Nationalrätin von Felten (BS), welche das Vertragswerk als undemokratisch und zu wirtschaftsfreundlich resp. sexistisch ablehnten –, obwohl in der Sondersession zum Eurolex die Forderung nach flankierenden Massnahmen nicht durchgesetzt werden konnte. Drei Wochen vor der Abstimmung über den Beitritt zum EWR äusserte Parteipräsident Bodenmann im parteiinternen Pressedienst, nur ein Wunder könne noch ein Ja zum EWR bringen, worauf vor allem die Neuenburger Sektion bemängelte, der Präsident habe zu früh resigniert. Die Vorwürfe seitens der Romands wurden nach der Verwerfung des EWR-Abkommens erneut erhoben.