Lors de la session d’automne, le Conseil national a consacré un débat urgent à l'hausse considérable des tarifs pour l’année 2009. Interpellé par les goupes radical-libéral, socialiste (In. 08.3471) et UDC (In. 08.3470), ainsi que par le député Rudolf Rechsteiner (ps, BS) (In. 08.3288), le Conseil fédéral s’est dit très préoccupé par l’ampleur des hausses annoncées et par leurs conséquences prévisibles pour la croissance et la compétitivité de l’économie suisse. Selon son analyse, les hausses sont principalement imputables aux coûts du réseau, à la forte hausse des prix de l’énergie sur le marché international, aux frais de restructuration des entreprises liés à la libéralisation, ainsi que, plus marginalement, à l’encouragement aux énergies renouvelables et à la croissance de taxes et prestations fournies aux collectivités publiques. Les coûts du réseau sont particulièrement élevés en raison d’une part de la pratique dite du « double amortissement » et d’autre part de la méthode de tarification des services-systèmes. Les entreprises électriques ont en effet tout d’abord amorti rapidement leurs installations en prévision de la libéralisation et les amortissent une seconde fois après l’entrée en force de la LApEl, afin de dégager des moyens financiers supplémentaires au titre de réserves ou pour des investissements. Ensuite, les services-systèmes constituent des réserves de puissance (appelées aussi énergie de réglage) permettant une adaptation rapide aux fluctuations de la demande (consommation) comme de l’offre (production). La société gestionnaire du réseau national Swissgrid facture aux entreprises électriques ce courant d’appoint au prix du marché européen, soit considérablement plus cher que son coût (indigène) de production. Le gouvernement a en outre rappelé que l’ElCom, en tant qu’autorité indépendante de régulation, disposait de compétences étendues en matière de contrôle des prix et pouvait ainsi ordonner des baisses ou interdire des hausses de tarifs. Au vu du nombre de plaintes déposées auprès de la ElCom depuis l’annonce des nouveaux tarifs, le Conseil fédéral a prévu d’en renforcer les effectifs en les faisant passer à 18 postes à plein temps par la voie du budget 2009. Il s’est par contre refusé à suspendre l’introduction du supplément de 0,45 centimes/kWh pour le soutien aux énergies renouvelables, aux motifs que des investissements conséquents avaient d’ores et déjà été réalisés et que ce soutien ne représentait proportionnellement qu’une part insignifiante de la hausse annoncée. Il a enfin rejeté les propositions du PS et de l’UDC de geler les tarifs ou de suspendre l’entrée en force de la libéralisation au 1er janvier.
Lors d’un débat droite/gauche relativement houleux, le groupe radical-libéral a rappelé sa conviction dans la nécessité de la libéralisation du marché électrique et montré du doigt le manque de concurrence, le risque de pénurie et la dépendance de Swissgrid vis-à-vis d’intérêts politiques. Le groupe UDC a pour sa part fustigé les taxes et les mesures d’encouragement aux énergies renouvelables. À l’unisson, les partis bourgeois ont fait valoir que la hausse des prix résultait avant tout de la disproportion entre la croissance de la demande et celle de l’offre, situant l’enjeu au niveau de l’approvisionnement. Ils ont ainsi souligné une fois encore la nécessité de construire de nouvelles centrales nucléaires. À l’inverse, les groupes socialiste et écologiste ont mis en cause la libéralisation, réclamé son arrêt et plaidé pour un renforcement de la régulation et des mesures de soutien aux énergies alternatives et aux économies d’énergie. Ils ont en outre répété leur rejet de l’énergie nucléaire.

Sous la pression de l'ouverture du marché de l'électricité dans l'Union européenne prévue pour 1999, la Suisse s'apprête elle aussi à libéraliser ce secteur jusqu'ici en situation monopolistique. Le Conseil fédéral a mis en consultation en début d'année un avant-projet de loi sur le marché de l'électricité. Ce dernier consiste en une loi cadre qui s'appuie sur les principes de coopération et de subsidiarité. Il propose un accès réglementé au réseau sur la base d'un accord et formule les principes régissant la gestion du réseau, la compatibilité et la sécurité de l'approvisionnement. La libéralisation se fera par étapes sur neuf années. A l'entrée en vigueur de la loi, seuls les gros consommateurs auront accès au libre marché. Cette première étape concernera 114 entreprises suisses consommant plus de 20 gigawattheures annuellement. Elle permettra de libéraliser 21% de l'ensemble du marché. Après trois ans, la part s'élèvera à 33%, puis à 60% après six ans et enfin à la totalité au bout de neuf ans. Parallèlement, les petites usines de distribution devront vendre un courant issu du marché libre à hauteur de 10% pour les trois premières années, de 20% pour les trois suivantes, puis de 50% et atteindre les 100% après neuf ans. Selon l'Union des centrales suisses d'électricité (UCS), les investissements non amortissables (INA) s'élèveraient à CHF 4.8 milliards si l'ouverture se faisait totalement en 1999. Ce montant diminuerait avec une libéralisation progressive pour atteindre entre CHF 700 millions et 1.8 milliard. Les consommateurs devront payer cette somme; le projet de loi autorise en effet les fournisseurs à augmenter temporairement (10 ans au maximum) leurs tarifs afin de rembourser ces investissements. Cela consistera en une hausse du kwh de 0.18 à 0.45 centime, selon l'Office fédéral de l'énergie. Le produit de cette augmentation sera réuni dans un fonds privé qui servira à indemniser les INA ainsi qu'à maintenir ou rénover des centrales hydrauliques. Les centrales nucléaires n'ont pas été exclues de l'indemnisation des INA. Le projet demande d'encourager au moyen d'un fonds de soutien les énergies renouvelables. Les distributeurs d'électricité devront en acquérir une part minimale. Le projet recommande également la création d'une seule société suisse de réseau qui sera issue du rapprochement entre les six grandes compagnies nationales. Une commission d'arbitrage est aussi prévue. Quant aux 900 sociétés de distribution au détail, elles devront se concentrer.
L'avant-projet de loi s'est heurté en procédure de consultation à d'âpres résistances, même si la majorité des acteurs concernés ont reconnu la nécessité de la libéralisation. L'encouragement des énergies renouvelables et la compensation des INA – deux pièces majeures du dossier – ont fait l'objet de critiques acerbes. Il en a été de même pour la création d'une société suisse unique pour l'exploitation du réseau. Concernant la priorité donnée aux énergies renouvelables, le Vorort, l'USAM, l'UCS, Migros, l'Union des villes suisses, plusieurs partis (PRD, PL, UDC) et la commission de la concurrence s'y sont opposés. Parmi les partisans d'un encouragement aux énergies renouvelables, le PS et le PDC ont souhaité maintenir la compétitivité des centrales hydroélectriques avec l'aide d'une taxe sur les énergies non renouvelables. Les cantons de montagne ont réclamé haut et fort cette taxe pour accompagner l'ouverture du marché de l'électricité. Ils ont demandé que la moitié des recettes de la taxe soit affectée à l'encouragement des énergies renouvelables. Concernant l'indemnisation des INA, le Vorort a exprimé son désaccord, estimant que les consommateurs n'avaient pas à payer pour les mauvais investissements des centrales. L'USAM, l'Union suisse des paysans et la commission de la concurrence s'y sont opposés. Les milieux écologistes et le PS se sont opposés à toute indemnisation des INA pour les centrales nucléaires. Concernant la création d'une société suisse unique pour l'exploitation du réseau, la gauche est d'accord, le Vorort, l'UCS, l'UDC et le PRD sont contre. L'UCS a proposé un bureau de coordination pour les lignes du réseau et réclamé un rythme d'ouverture plus lent. La commission de la concurrence, qui a vivement critiqué tout le projet, a néanmoins soutenu ce dernier point.